Steve McGarrett découvre enfin l'identité de "Shelburne" : sa mère... Officiellement morte depuis plus de 20 ans, cette dernière était en réalité en fuite afin de protéger sa famille des représailles de Wo Fat. Sur le point d'être extradé sur le continent, le dangereux criminel ne représente heureusement plus une menace. Mais une ambitieuse opération menée par Delano lui permet de retrouver la liberté. La traque se met immédiatement en place, menée par un Chin Ho dévasté par la mort de sa femme Malia...

Après avoir assisté à une cérémonie hawaiienne en hommage à la femme de Chin, l'équipe du 5-0 enquête sur le cambriolage d'une galerie d'art qui s'est terminé par un enlèvement. McGarrett et Danny font appel à August March pour identifier les criminels. Par ailleurs, Steve demande à Catherine de localiser sa mère, soucieux de savoir pourquoi elle n'a pas tué Wo Fat quand elle en a eu l'occasion...

Danny et Steve profitent d'un moment de répit pour s'adonner à une partie de pêche quand ils se retrouvent nez à nez avec un pirate des mers...

Doris fait une visite surprise à son fils. L'équipe du 5-0 enquête sur le meurtre d'un joueur de polo qui a été décapité...

A Hawaii, tout le monde se prépare à fêter Halloween tandis que l'équipe du 5-0 est confrontée à un tueur énigmatique...

Danny est dans une posture difficile : il a une bombe sur lui, que les techniciens tentent de désamorcer. Pour détendre la situation, McGarrett essaye d'en savoir un peu plus sur la vie de Danny avant qu'il n'arrive au Five-O...

Steve McGarrett constate à l'aéroport que Mary a un nouvel emploi d'assistante pour personnes âgées. Mary refuse de croire Steve lorsqu'il lui parle de leur mère, qui est bien en vie. Parallèlement, un adolescent est enlevé devant sa famille sur une route déserte par un commando masqué, en revenant de la prison pour mineurs où il a passé six mois pour piratage informatique. Il est retrouvé mort...

Près d'un champ en feu, un homme meurt après avoir été brûlé et heurté par une voiture. En interrogeant la psychologue de la victime, Steve est convaincu qu'elle est à l'origine du meurtre. De son côté, Doris McGarrett apprend par l'agent Channing qu'un ennemi qu'elle croyait mort est à sa recherche...

Steve et Danny sont contactés par l'homme chargé de la sécurité des modèles d'une marque de sous-vêtements féminins après avoir reçu une lettre de menace inquiétante. Danny reste avec les mannequins tandis que Steve rejoint le reste de l'équipe pour enquêter sur le braquage d'une banque. Décidé à enfin tenter sa chance avec la belle Sabrina, l'employée au guichet, Max a été témoin de tout l'événement. Au cours de l'assaut, Sabrina et un client qui tentait d'intervenir ont été blessés par balle...

Grace participe au camp scout d'Aloha Girls. Danny et Steve décident de l'accompagner. Pendant l'expédition, la petite Lucy découvre un homme blessé. Après avoir refusé une aide médicale, celui-ci prend soudainement Steve et la petite fille en otages et les emmène au coeur de la jungle, où un avion transportant une grosse quantité de diamants s'est écrasé peu de temps avant. Pendant ce temps, Adam présente son frère tout juste sorti de prison à sa petite amie Kono. Pour l'aider à se réinsérer, il lui donne l'occasion de se lancer dans les affaires en toute légalité...

McGarrett fait la connaissance d'un adolescent délinquant dont le père est porté disparu. Il décide de lui venir en aide et visiblement il ne s'agit pas d'une simple disparition. Pendant ce temps Kamekona convainc Danny de se lancer avec lui dans les affaires...

Danny et Steve enquêtent sur le meurtre de Joel Cutler, un professeur de l'université d'Oahu dont le corps décomposé a été retrouvé dans une cuve d'acide. Patrick Roth, son employeur, Bram Helms, son assistant, et Tyler Brown, un élève soupçonné de tricherie, font figure de principaux suspects. De son côté, Kono doit assurer la protection de Sang Min, qui doit témoigner au cours d'un procès. L'homme parvient à échapper à la surveillance dont il fait l'objet. Quant à Danny, il reçoit la visite de son neveu, venu du New Jersey...

En pleine nuit, Chin Ho est drogué et enlevé à son domicile. A son réveil, il est vêtu comme un prisonnier et incarcéré à Halawa, l'établissement pénitentiaire de l'île, cerné par un gardien corrompu et un ancien ennemi. Alors que le 5-0 découvre que sa disparition est liée à la mort de Frank Delano, Chin Ho sait qu'il doit trouver un moyen de s'échapper avant que son identité de policier ne soit révélée à l'ensemble des détenus. Avec l'aide de Sang Min, un prisonnier qu'il connaît, il tente de passer inaperçu. C'est alors que Kaleo, un ancien policier, lui aussi détenu, déclenche une émeute qui devient vite incontrôlable...

Le gouverneur Denning demande à l'équipe de McGarrett de mener une enquête discrète sur le meurtre par strangulation d'une prostituée, retrouvée au domicile d'un couple d'amis du gouverneur, actuellement en voyage au Népal. Tout porte à croire que la jeune femme était en compagnie d'un député très en vue, qui brigue le poste de sénateur. Au cours de l'enquête, Chin et Kono constatent qu'ils sont suivis par des agents fédéraux ce qui déplaît fortement à McGarrett. Parallèlement, Danny passe au tribunal avec l'espoir d'obtenir gain de cause dans le différend qui l'oppose à son ex-femme pour la garde de leur fille.

Un motard de police qui escortait un convoi est abattu par un tireur embusqué au bord d'une route. La victime, un policier très apprécié et apparemment sans histoire, était un ami du père de McGarrett. Chin retrouve à proximité du corps la douille et constate que le nom du défunt est gravée dessus. Bientôt, un deuxième policier est abattu. Là encore, une douille avec son nom gravé dessus est retrouvée à proximité de la victime. L'équipe tente d'établir des liens entre les deux policiers. McGarrett est en effet persuadé qu'il a affaire à une vengeance liée au passé professionnel des deux hommes...

Un commerçant de l'île est assassiné et placé dans le coffre d'une voiture. Une arme est trouvée non loin de lui et porte la marque d'une empreinte. McGarrett est stupéfait lorsqu'il apprend qu'elle correspond à celle de Kamekona qui se révèle être le cousin de le victime. Celui-ci nie toute implication dans cette affaire, précisant au passage qu'il devait tout à cet homme, le seul qui ne s'était pas détourné de lui lorsqu'il était sorti de prison. Steve semble tout d'abord le croire. Parallèlement, ce dernier rend visite à Mick Logan auquel il demande de prendre sa mère en filature pour tenter d'en savoir plus sur ses activités...

Un cadre, employé dans une grande entreprise, est assassiné alors qu'il participait à un jeu de guerre factice avec plusieurs de ses collègues. Malgré la popularité dont il bénéficiait auprès des autres membres de la société, Steve et Danny découvrent qu'il avait récemment été menacé par l'un d'eux. Mais bientôt, les soupçons des enquêteurs se portent sur une jeune femme qui avait flirté avec la victime la veille du drame. Il semblerait qu'elle l'ait drogué à son insu avec un fort sédatif. Parallèlement, Steve et Danny se réjouissent à l'idée d'assister à un mach de football américain qui doit bientôt avoir lieu...

L'équipe enquête sur l'assassinat de Dana, une enseignante sans histoire, qui a été poussée du haut d'un immeuble et dont le corps a atterri sur le capot d'une voiture. Elle venait de se séparer de son compagnon avec lequel elle entretenait depuis longtemps une relation houleuse. Steve et Danny partent l'interroger. Celui-ci leur révèle qu'il sentait depuis quelque temps que Dana lui cachait des secrets. Les enquêteurs découvrent qu'elle appartenait à une équipe de patineuses professionnelles sur piste. Steve demande alors à Catherine d'infiltrer le groupe de sportives afin d'élucider le meurtre...

McGarrett et son équipe enquêtent sur plusieurs incendies criminels qui ont pour cibles des bateaux appartenant à une société qui organise des plongées avec des requins. L'affaire prend une dimension plus sérieuse lorsque le frère du propriétaire des engins est retrouvé mort, enfermé dans une cage au fond de la mer. Les premiers soupçons des enquêteurs se portent sur des pêcheurs, qui n'apprécient pas cette activité touristique. Mais une nouvelle piste les oriente vers un gang de surfeurs appelé Kapu. Parallèlement, Steve entraîne Kamekona, qui souhaite obtenir son permis de pilote d'hélicoptère...

Catherine et Steve se rendent en Corée du Nord pour le rapatriement de la dépouille de Freddy, l'un de leurs amis communs, fruit de longues et difficiles négociations entre les Etats-Unis et le gouvernement coréen. Steve se souvient alors de sa dernière mission sur place, il y a plusieurs années. Alors qu'il s'apprête à repartir, il constate que le corps de Freddy ne se trouve pas dans le cercueil, comme convenu. Malgré les réticences de Catherine, Steve décide de partir à la recherche de la dépouille de son ami sans prévenir les autorités américaines. Il entre alors en contact avec de vieilles connaissances...

La présentatrice vedette d'un célèbre talk-show télévisé est autorisée à suivre l'unité pendant une journée entière et à filmer ses différentes activités. Steve et son équipe sont bientôt appelés dans un quartier où le corps d'un homme, défiguré et affreusement mutilé a été découvert. La journaliste profite du fait que Max soit fan de son émission pour lui demander de filmer le cadavre grâce à une caméra discrète. Les choses dégénèrent lorsque le terroriste Wo Fat, présent sur les lieux et déguisé en policier, se met à tirer avant de s'enfuir à bord d'un véhicule. Chin explique à la journaliste ce qu'il sait sur ce dangereux criminel.

L'équipe est appelée dans une forêt où le corps d'une adolescente a été découvert par un couple de randonneurs. Elle semble avoir été froidement exécutée. Max remarque aux chevilles de la victime des traces laissant supposer qu'elle a été attachée plusieurs années. Rapidement, Chin découvre que la jeune fille a été enlevée en 2003 alors qu'elle avait 7 ans. Alertés, ses parents sont bouleversés par la nouvelle. Ils révèlent à Steve que le kidnapping a eu lieu dans un parc aquatique. Parallèlement, Kono s'inquiète pour Adam dont le comportement étrange lui laisse craindre qu'il lui cache un lourd secret.

L'équipe doit résoudre le meurtre d'un agent de sécurité travaillant pour une entreprise de construction. Sur le terrain où son corps a été trouvé, Max remarque la présence de plusieurs squelettes dont les plus anciens ont été déposés en terre 18 ans plus tôt. Il semblerait que les Yakuzas sont responsables de ces meurtres. Les choses se compliquent lorsque Danny découvre que le frère d'Adam est impliqué. Au milieu de l'enquête, Catherine informe Steve que sa mère est suspectée par le FBI d'avoir piraté la base nationale des empreintes digitales. En allant lui demander des explications, Steve fait une découverte stupéfiante...