Tras el sorpresivo regreso de la madre de McGarrett y la dolorosa decisión de Chin en el intrigante final de la temporada anterior, el comando está decidido a encontrar a Wo Fat por haber matado a un miembro importante de su familia.

McGarrett le pide ayuda a Catherine para ubicar a su madre, y el comando llama a August March para pedirle ayuda cuando un robo de arte se vuelve letal.

El relajante día en el mar de McGarrett y Danny da un giro letal cuando secuestran su barco y los abandonan a su suerte en medio del océano.

Doris McGarrett visita inesperadamente a su hijo, mientras el comando investiga la muerte de un jugador de polo que literalmente pierde la cabeza.

Es Halloween en Hawái, y el tiempo corre cuando un espeluznante asesinato lleva al comando a una matanza ritualista y las pruebas sugieren que el asesino volverá a atacar pronto.

Cuando Danny se ve obligado a quedarse completamente quieto mientras los técnicos de bombas desactivan la que él accidentalmente activó, McGarrett lo distrae haciéndole contar la historia de su caso más difícil y emotivo de sus días como policía en Nueva Jersey.

Mientras el comando investiga el asesinato de un joven pirata informático, McGarrett intenta organizar un reencuentro entre su madre y su hermana, cosa que hace mucho tiempo es necesaria.

McGarrett juega al gato y al ratón con una terapeuta lista y seductora que él cree mató a su paciente. Mientras tanto, Catherine debe perseguir a uno de los antiguos blancos de Doris que ahora busca venganza.

Max y la chica que le gusta quedan en peligro cuando un robo fallido a un banco lleva al comando a determinar que los criminales tuvieron razones muy inesperadas.

Un viaje de campamento de Aloha Girls con Grace se vuelve letal cuando un hombre armado toma de rehenes a McGarrett y una niñita. Mientras tanto, Adam le presenta a Kono a su peligroso hermano, que hace poco fue liberado de prisión.

Tras que un ingenuo intenta robarle el auto a McGarrett, él y Catherine conocen a un muchacho cuyo padre desapareció y podría estar en peligro mortal en una región aislada de Oahu.

El comando debe investigar la muerte de un profesor de la universidad estatal de Oahu. Su jefe, su asistente de cátedra y un alumno al que atrapó copiándose son todos posibles sospechosos.

Cuando secuestran a Chin por la noche y lo dejan en medio de la prisión de Halawa vestido como recluso, este debe luchar por su vida para escapar antes de que los demás prisioneros lo reconozcan como miembro del comando.

En la víspera de una elección, el gobernador le pide al comando que investigue discretamente el asesinato de una prostituta a quien se encontró en la cama de un congresista desaparecido.

El comando debe investigar cuando un hombre misterioso elige como blancos a oficiales de policía selectos para vengarse y McGarrett es el siguiente en la lista.

El comando investiga la muerte de un maestro de Lua (un antiguo arte marcial hawaiano), mientras que McGarrett contrata a un investigador privado para seguir a su madre.

Cuando una víctima de asesinato cae en la camioneta de Dog, el cazador de recompensas, el comando envía a Catherine de encubierto al equipo de roller derby local para encontrar al culpable.

Cuando una compañía turística que pone en peligro a la población local de tiburones empieza a recibir amenazas mortales, el comando enfrenta la difícil tarea de acotar la lista de sospechosos.

Cuando McGarrett y Catherine cruzan a Corea del Norte a recuperar los restos de un amigo caído, él relata su última misión mortal allí.

El comando permite que el presentador de un programa de entrevistas y su equipo lo sigan por un día, pero la investigación se vuelve peligrosa cuando tienen un encuentro con Wo Fat.

Cuando se descubre el cuerpo de una niña que había sido secuestrada hacía 10 años, el comando debe encontrar a los secuestradores, que ahora se llevaron a una nueva víctima.

McGarrett debe ayudar a su madre a ejecutar una operación de encubierto para recuperar una microficha incriminadora. Mientras tanto, la vida de Kono peligra cuando se acerca a descubrir el secreto de Adam.

Mientras la CIA pone al comando a cargo de encontrar a un asesino peligroso que anda suelto en la isla, Kono se da a la fuga por un asesinato que no cometió. Por otro lado, la visita de McGarrett a Wo Fat en la prisión termina con un descubrimiento impactante en el final de la tercera temporada.