Стив МакГаррет сидит в тюрьме в ожидании суда по обвинению в убийстве губернатора, Дэнни приводит к нему неожиданного посетителя, чтобы помочь очистить его имя. Между тем, Коно отстранена от работы в ожидании внутреннего расследования.

В джунглях обнаружен труп морского пехотинца, предположительно совершившего самоубийство. По просьбе своего наставника по «морским котикам» Джо Уайта (Терри О’Куинн) Стив МакГаррет убеждает Макса провести вскрытие, считая, что это убийство. Макс обнаруживает странные совпадения с другим трупом морского пехотинца, погибшего в аварии. Между тем, Чин Хо беспокоится о Коно, тусующейся с группой экс-полицейских, включая Фрэнка Делано.

Отдел 5.0 должен расследовать смерть аквалангиста, занимавшегося охотой за сокровищами, и найти связь между его больной матерью и скорой помощью 1939 года. Чин понимает, что Коно использовала его логин и пароль, чтобы войти в базу данных полиции, и приезжает поговорить с ней, но опять видит её с Фрэнком Делано (Уильям Болдуин) и его бандой экс-полицейских. Стив МакГаррет узнает, что Джо Уайт не отсылал в ЦРУ видеозапись с губернатором, Во Фатом и его отцом.

Негативное влияние Фрэнка Делано на Коно становится всё сильнее, когда она включается в расследование Отделом 5.0 убийства волейбольного тренера в связи с отмыванием денег. Чин начинает проводить время со своей бывшей невестой Малией.

Труп в бассейне «помогает» раскрыть серию дерзких ограблений. Однако выясняется, что сам он не погиб в результате ограбления. расследование приводит отряд 5.0 в спортзал для боксеров с улиц. Убийца найден. И в результате МакГаррету приходится выйти на ринг. В серии появляется Кенси Блай из сериала Морская полиция: Лос-Анджелес.

Два человека убиты во время съёмки документального фильма о гавайских древних захоронениях. Дэнно не понимает в чем святость этих захоронений и насылает на себя гнев духов. И он никак не найдёт новую квартиру. Вопрос в том, кто убил документалистов: духи или реальные люди?

Самолёт «Сессна» падает в море у северного побережья Оаху, но патологоанатом выясняет, что пилот — таможенный агент Моника Дженсен — была мертва ещё до взлёта. Расследование приводит команду МакГаррета то в магазин, легально торгующий марихуаной, то на склад контрабандных редких животных, то в лавку китайских лекарств. Дэнни находит себе нового четвероногого друга.

Полиция находит труп человека, недавно перенёсшего пластическую операцию, в багажнике «маслкара». Задача Отдела 5.0 — выяснить чей же это труп и кто убийца. А помимо этого — узнать, за что Макс обижен на Стива и Дэнно.

Самая удивительная серия сезона, в которой расследование убийства журналистки приводит к Дженне Кей. МакГаррет попадает в безвыходное положение, а отряд 5.0 с помощью Джо Уайта его спасает. Между тем, Чин Хо Келли объявляет о своей помолвке.

МакГаррет и его команда ищут пропавший автобус, полный школьников, и тех, кто похитил детей; однако похитители не хотят брать выкуп деньгами. В результате МакГаррет обращается к одному из заключенных, имеющему связь с тем, что требуют похитители.

Подростки находят в пещере тело человека. Расследование Отдела 5.0 пересекается с делом, которое ведёт капитан Фрайер. На этот раз им удаётся сотрудничать, а Чин Хо Келли женится.

Юную девушку убивают прямо в её спальне, Отдел 5.0 ищет убийцу, идя по «денежному следу». Якудза Адам Ношимури (Иэн Энтони Дейл) обвиняет Джо Уайта в убийстве своего отца — Хиро Ношимури, но Джо всё отрицает и не хочет рассказать всей правды даже МакГарретту. Чин Хо предупреждает МакГарретта, что тот «не видит всей картины» и что Джо нельзя доверять.

Дерзко ограблен грузовик транспортной компании, но по документам ничего не пропало. Отдел 5.0 обращается к старому знакомому — Санг Мину, чтобы воспользоваться его знаниями и связями в криминальной среде.

Расследование начинается с трупа в самолёте, убит федеральный маршал. Пока Отдел 5.0 идёт по ложному следу, Дэнни узнаёт, что похищена его дочь, Грейс, а похитителем является его бывший коллега из Нью-Джерси Рик Петерсон (Питер Грин), против которого Дэнни 10 лет назад дал показания в суде. Теперь преступник хочет отомстить.

Отдел 5.0 блистает нарядами на благотворительном банкете, организованном самим губернатором. Но найден труп молодой женщины, и приходится вместо банкета приступить к работе. Расследование приводит на территорию российского консульства, и Отдел 5.0 применяет весьма нестандартные методы, чтобы доказать виновность подозреваемого. В этой серии Лори Уэстон покидает Отдел 5.0, а МакГаррет оправляется проходить военные сборы на авианосце, чтобы быть рядом с дамой своего сердца.

Найден труп мужчины в традиционной гавайской одежде, убитого старинным гавайским оружием. Выясняется, что это местный судостроитель Брендон Каруба, фанат исторических реконструкций и традиционного гавайского искусства. Отдел 5.0 подозревает защитников окружающей среды, не раз угрожавших бизнесу Карубы, но оказывается, что в убийстве виноваты не друзья природы, а друзья по бизнесу. А Дэнно тем временем пытается наладить свою личную жизнь: приглашает друзей выпить в баре за его счёт и знакомит Грейс со своей новой подругой.

При взрыве самодельного взрывного устройства погиб диджей пиратской радиостанции Бобби Рейнс. Первым подозреваемым Отдела 5.0 становится бывший нью-йоркский полицейский Тони Арчер (Джеймс Каан), который затем оказывает большую помощь в расследовании и помогает найти настоящих убийц Рейнса.

Мэри МакГаррет устроилась работать бортпроводницей на рейс Нью-Йорк—Гонолулу, но первый же полёт не обходится без приключений: неизвестный иностранец (Тони Тодд) похищает её напарницу Анджелу, а саму Мэри заставляет пронести в самолёт большую партию контрабандных бриллиантов. Однако, анонимный звонок в охрану аэропорта сообщает о контрабанде, и Мэри арестовывают. Стив МакГаррет и Отдел 5.0 должны выяснить, кто похитил Анджелу и кто организовал нападение на полицейских, перевозящих улики. Из-за нехватки времени они обращаются за консультацией к отсидевшему 30 лет торговцу бриллиантами и убийце Августу Марчу (Эдвард Аснер). Расследование помогает вести капитан Фрайер. А Отдел 5.0 втайне от Стива готовит на его день рождения необычный торт.

Стив отбывает в Японию, а в его отсутствие Дэнно и Отделу 5.0 приходится расследовать дело серийного убийцы, прячущего трупы женщин в мусорные мешки. Оказывается, что это дело непосредственно и лично касается патологоанатома Макса. От расследования отвлекает Камекона, который утверждает, что кто-то украл его креветочный фургон.

Отдел 5.0 расследует смерть бывшего солдата, умершего от оспы. Расследование приводит к румынской мафии, что вынуждает 5.0 сотрудничать с Лос-Анжелеским отделением Морской полиции. В сериале появляются агенты Джи Каллен и Сэм Ханна из сериала Морская полиция: Лос-Анджелес.

В Осаке Стив МакГаррет с помощью Интерпола нашёл и арестовал Во Фата.

Джо Уайт исполняет обещание и приводит Стива МакГаррета