Steve McGarrett wordt naar Honolulu teruggeroepen voor de begrafenis van zijn vader, die door een gek is vermoord. Gouverneur Jameson wil dat Steve leiding geeft aan een nieuwe elite-eenheid van de politie. Zij belooft hem alle bevoegdheden te verlenen die hij daarvoor nodig heeft. Aanvankelijk weigert Steve de baan, maar wanneer hij de man ontmoet die aan het hoofd staat van het onderzoek naar de moord op zijn vader, verandert hij van gedachten.

Wanneer een voormalig expert in cyberterrorisme wordt ontvoerd, krijgt Five-0 opdracht om de man te vinden en de nationale veiligheid te waarborgen.

Een escalerende bendeoorlog zaait dood en verderf tijdens een rugbywedstrijd van een lokale middelbare school. Five-0 ontdekt een verband tussen Samoaanse bendes en de maffia op het vasteland.

Five-0 wordt opgeroepen om een gevaarlijke ontsnapte gevangene te vinden. Om hem te vinden moeten zij achterhalen waarom hij is ontsnapt. Mary Anne, de zus van Steve, ruilt het vasteland in voor een bezoek aan Hawaï en zorgt daarmee voor nieuwe problemen.

Wanneer het lichaam van een tienermeisje wordt aangetroffen nabij Waikiki krijgen Steve en zijn team opdracht om haar vermiste zus te vinden. De zaak wordt een stuk gecompliceerder wanneer blijkt dat hun vader Michael Reeves is, een ambassadeur van de Verenigde Staten voor de Filippijnen die bevriend is met de gouverneur.

Five-0 duikt de wereld van North Shore-surfen in wanneer de CEO van een succesvol surfbedrijf wordt vermoord.

McGarrett moet een beroep doen op zijn navy seal-vaardigheden wanneer een voortvluchtige, van moord verdachte marinier mensen in gijzeling neemt aan boord van een Amerikaans marineschip.

Het team krijgt te maken met Interne Zaken, corrupte politieagenten en een machtig cocaïnekartel tijdens een onderzoek naar de moord op de ex-partner van Danny, die tijdens een luau-feest in Hawaï dood is aangetroffen met zijn politiepenning in zijn mond.

Een beveiligingsmedewerker wordt vermoord voordat hij de kans krijgt om informatie te verstrekken over een moordcomplot tegen een meedogenloze dictator die een congres over ontwikkelingshulp wil bijwonen. Five-0 moet de dictator beschermen en tegelijkertijd onderzoek doen naar de moord.

Een bende dieven overvalt een bepantserd voertuig en doodt de beveiligingsmedewerkers zonder geld mee te nemen. Danny is aangewezen op de hulp van zijn ex-vrouw, die het enige aanknopingspunt bezit.

Het team krijgt opdracht om onderzoek te doen naar de ontvoering van een vrouw en de moord op een man. Zijn echtgenote kan zich niets meer herinneren, maar Dr. Bergman brengt het huidige onderzoek in verband met een aantal onopgeloste moorden.

Victor Hesse keert terug naar Hawaï, en Steve ontdekt dat hij banden met het eiland heeft via een lokale crimineel. Chin wordt het slachtoffer van de spelletjes van Victor wanneer hij wordt gegijzeld en er een bomgordel aan hem wordt bevestigd.

De mogelijke betrokkenheid van de Japanse maffia bij de moord op de moeder van Steve komt aan het licht wanneer Mary Ann McGarrett wordt ontvoerd en de champ box, een mysterieuze gereedschapskist van Steve's vader, wordt gestolen.

Tijdens een wilde politie-achtervolging sterft de bestuurder die probeerde te ontsnappen. Dit leidt tot een schokkende ontdekking. In het kader van het onderzoek naar dit voorval moet het team de ex-verloofde van Chin ondervragen.

De enige getuige in een prominente moordzaak verdwijnt. Het team van Five-0 moet de jungle in om haar te vinden en te beschermen tegen huurmoordenaars die steeds naderbij komen.

Five-0 moet het vermiste hoofd van het Tsunami Warning Center zien te vinden terwijl het eiland op het punt staat te worden getroffen door een verwoestende tsunami.

Het team krijgt te maken met piraten die een plezierjacht met jongeren gijzelen, plus de bezorgde ouders van de gegijzelden.

Wanneer de dochter van een rechter wordt vermoord, moet het team het motief zien te achterhalen voordat er meer moorden plaatsvinden. Matt, de broer van Danny, is in de stad, maar niet voor een familiereünie.

Five-0 zoekt tijdens een congres naar de moordenaar van een science fiction-fan die van het balkon van een flatgebouw is gegooid. Een CIA-agent die meer wil weten over de Yakuza die de ouders van McGarrett doodden, brengt een bezoek aan de stad om met Steve te praten.

Steve en Danny krijgen stuiten op een moordzaak terwijl ze in de jungle naar Hawaïaanse petrogliefen zoeken. Kono brengt samen met Chin Ho een bezoek aan haar stervende tante en komt achter de ware reden waarom de loopbaan van Chin Ho bij de politie van Honolulu ten einde kwam.

Five-0 moet in actie komen wanneer een rechercheur van de New Yorkse politie wraak wil nemen op een lokale misdaadbaas.

Een beroemde fotograaf wordt vermoord. Danny vindt het de beste zaak ooit: hij moet modellen ondervragen die in de stad zijn voor de jaarlijkse bikini-shoot voor de cover van een sporttijdschrift.

De informatie van agent Kaye heeft Five-0 geholpen om Wo-Fat te lokaliseren, maar voordat ze verdere actie kunnen ondernemen, wordt Danny blootgesteld aan een dodelijke chemische stof. Het onderzoek naar dit neurologische middel krijgt voorrang. Five-0 moet nu een aanslag met biologische wapens op het eiland zien te verijdelen.