Sean Walker i jego dziewczyna Leila spędzają wakacje na Hawajach. Na miejscu poznają inną parę. Nowopoznana kobieta zaprasza obije na wspólne nurkowanie, w którym uczestniczy jednak tylko Sean. Kiedy mężczyzna wraca do hotelu, okazuje się, że Leila zniknęła, a ich pokój zajmują obcy ludzie. Sean traci w ten sposób dokument i tym samym tożsamość. W międzyczasie, do mieszkania rodziców Leili wchodzą zamaskowani ludzie. Dochodzi do strzałów. Tymczasem, prezydent Elias Martinez zostaje poinformowany o tajnym ośrodku, w którym przetrzymywani są ludzie o odmiennym od ludzkiego DNA i nieokreślonych jeszcze możliwościach. Prezydent zwołuje konferencje, na której zamierza ogłosić istnienie ośrodka. Komuś zależy na tym, aby konferencja skończyła się tragicznie. W tym celu dochodzi do porwania samolotu, którym ma zostać dokonany zamach. Pilotem i jednocześnie zamachowcem jest ojciec Leili, Michael. Na pokładzie znajduje się także Sean.

Samolot z pasażerami, który w tajemniczych okolicznościach zniknął tuż przed zamachem na prezydenta, pojawia się na pustyni w Arizonie. Pilot Michael Buchanan, ojciec porwanej dziewczyny Seana, na widok nadjeżdżających pojazdów rządowych, nakłania chłopaka do ucieczki. Seanowi udaje się dotrzeć do szpitala, skąd próbują go przejąć pod zarzutem morderstwa agenci FBI. Tymczasem prezydent Martinez zdaje sobie sprawę, że Sophia go okłamała, nie wspominając o pozostałych obcych, którym 60 lat wcześniej udało się uciec. Blake Szef wywiadu Blake Sterling nakazuje swojemu najlepszemu agentowi wykrycie wszystkich "uśpionych". Nie wie, że Simon jest jednym z nich.

Agenci FBI eskortują Seana. W trakcie jazdy ktoś wjeżdża w ich samochód. Ocalały Sean wynosi ranną agentkę Collier z samochodu tuż przed wybuchem. Zawozi ją do motelu i prosi o pomoc w dostępie do bazy danych FBI. Chce ustalić, kim jest Vicky Roberts, z którą Sean nurkował w trakcie porwania Leili. Agentka nie chce mu pomóc. Udaje jej się wezwać przez telefon pomoc. Prezydent Martinez rozmawia z Sophią, która odmawia udzielenia jakichkolwiek informacji na temat "uśpionych". Martinez nakazuje rozpowiedzieć wśród uwięzionych, że każdy, kto udzieli informacji na temat "uśpionych" zostanie uwolniony. Z okazji korzysta William, który prosi o wolność dla siebie i swojej dziewczyny Mai. Przetrzymująca Leilę Vicky przymierza się do jej zastrzelenia. W ostatniej chwili dzwoni telefon i Vicky dowiaduje się, że Sean uciekł, co powstrzymuje ją od zabicia dziewczyny. Tymczasem, w miejscu gdzie przetrzymywane są zwłoki zabitych pasażerów samolotu, ludzie ożywają.

Sean i agentka Collier uciekają z zasadzki w bazie FBI w Yumie. Oboje chcą odszukać Vicky, przetrzymującą Leilę. Prezydent Martinez odbiera telefon od tajemniczego mężczyzny, który przyznaje się do próby zamachu oraz do "uśmiercenia", a następnie przywrócenia do życia pasażerów samolotu. Mężczyzna grozi, że jeśli osadzeni w ośrodku Inostranka ludzie nie zostaną wypuszczeni, zacznie zabijać na większą skalę. Przesłuchując Sophię Martinez dowiaduje się, że szantażystą jest Thomas, lider "uśpionych", który jest gotowy zrobić wszystko, aby uwolnić osadzonych w ośrodku. Wkrótce pasażerowie feralnego samolotu zaczynają z niewyjaśnionych przyczyn krwawić. Tymczasem Vicky dostaje rozkaz zabicia Leili. W ostatniej chwili Leila uwalnia się z więzów i ucieka.

Objętym kwarantanną pasażerom samolotu pozostało niewiele życia. Może ich uratować jedynie antidotum, które posiada Thomas, lider "uśpionych". Martinez nie ulega szantażowi Thomasa i grozi, że zabije izolowanych w ośrodku na Alasce "obcych", jeśli nie dostanie antidotum. Thomas zgadza się w zamian za uwolnienie Sophii. Martinez wypuszcza Sophię, jednak każe ją śledzić. Tymczasem Sean prosi znajomego o namierzenie telefonu Vicky. Jednocześnie odsłuchuje wiadomość od będącej na posterunku policji Leili. W drodze do dziewczyny dowiaduje się, że w tym samym miejscu namierzono telefon Vicky. Sean zdaje sobie sprawę z pułapki, ale ma plan jak uwolnić Leilę, ma bowiem o Vicky informacje, które pozwalają mu ją szantażować.

Sophia zostaje napromieniowana izotopem skandu, dzięki czemu agenci CIA mogą monitorować jej poczynania. Dzięki pomocy agenta CIA Simona, będącego jednocześnie jednym z "uśpionych", Sophii udaje się uciec. Pomagając jej, Simon zdradza swoją tożsamość przed agentem Murphym. Leila i Sean próbują dowiedzieć się, dlaczego ojciec Leili został zamieszany w sprawę zamachu.

Prezydent Martinez dowiaduje się od Sterlinga, że wśród agentów CIA jest zdrajca. Agent Murphy wskazuje Simona. Thomasowi udaje się podmienić w laboratorium próbki krwi i ukryć prawdziwą tożsamość Simona, a o zdradę zostaje oskarżony Murphy. Leila i Sean poznają dziennikarkę Madeline, która pomaga im rozszyfrować tajne dokumenty ojca Leili, wśród których jest m.in. lista 13 kobiecych nazwisk. Tymczasem siostra Leili trafia do tajemniczego ośrodka, w którym znajduje się kilkanaście dziewczynek o twarzach starych kobiet.

Prezydent Martinez dowiaduje się, że za zamachem na jego życie stoi ktoś z Białego Domu. Okazuje się, że jest to Jarvis, którego w wyborach wspierał wpływowy biznesmen i lobbysta Dempsey. Teraz, w ramach spłaty długu, Jarvis ma nie dopuścić do uwolnienia przez Martineza więźniów z Alaski, czego próbą był nieudany zamach. Jarvis postanawia uwolnić się od Dempseya i wyjawić Martinezowi prawdę. Niepewny lojalności Jarvisa Dempsey każe go zabić, a kiedy to się nie udaje, szantażuje jego żonę. Dempsey ściga także Seana, który zostaje postrzelony przez jego wysłannika.

Podczas zjazdu "uśpionych" Sophia zapewnia, że prace nad stworzeniem portalu, umożliwiającego im powrót do domu są zaawansowane. Okazuje się jednak, że nie wszyscy chcą wracać. Partnerka Thomasa, Isabel, namawia go do zabicia matki i przejęcia władzy w strukturach "uśpionych". Thomas wyciąga w kierunku Sophii broń, ale nie potrafi strzelić. Przebywający w szpitalu wiceprezydent Jarvis dowiaduje się od żony, że ktoś groził ich rodzinie. Jarvis postanawia nie zdradzać Martinezowi, kto stał za zamachem. Agentka Collier informuje Seana i Leilę, że wszystkie dziewczynki z posiadanej przez nich listy zostały niedawno porwane. Tylko jednej z nich udało się uciec. Sean i Leila postanawiają odwiedzić uciekinierkę.

Sophia podejrzewa, że jej syn Thomas ukrywa przed nią cześć funduszy, które zostały zgromadzone, by umożliwić powrót przybyszów do domu. Agencja Obrony Narodowej odkrywa tajną wyrzutnię rakiet nuklearnych umieszczoną na terenie państwa Alamah. Ambasador Alamahu wyznaje Martinezowi, że właścicielem wyrzutni jest pewna firma, której członkowie zarządu, jak się okazuje, noszą nazwiska więźniów z Alaski. Martinez podejrzewa, że za wyrzutnię odpowiedzialny jest Thomas. O tym samym dowiaduje się Sophia. W międzyczasie, rakiety zostają wystrzelone. Nie zawierają jednak głowic, a satelitę, kierującego sygnał w przestrzeń kosmiczną. Tymczasem Abby Stern, jedyną z porwanych dziewczynek, której udało się uciec, naprowadza Seana i Leilę na pewien szpital psychiatryczny. Znajdują tam ukrytą piwnicę, w której Leila znajduje ślady pozostawione przez młodszą siostrę oraz dokumenty, świadczące o tym, że jej ojciec jest jednym z "uśpionych".

Doradca prezydenta Martineza, Blake Sterling oświadcza, że rozkodował wiadomość, która może świadczyć o tym że "uśpieni" chcą skolonizować Ziemię. Zbuntowany przywódca "uśpionych", Thomas, pracuje tymczasem nad stworzeniem portalu, który przeniesie Obcych na Ziemię. Matka Thomasa, Sofia, wraz z Simonem próbują go powstrzymać. Sean i Leila dowiadują się o eksperymentach przeprowadzanych na dzieciach, które mają na celu spowolnienie rozwoju ludzkości. Ojcu Leili, Michaelowi, udaje się uciec z niewoli. Spotyka się z Sofią i Simonem. Przyrzeka znaleźć Thomasa w zamian za pomoc w znalezieniu jego młodszej córki Sarah. Sterling przyjeżdża do ośrodka Inostranka i prosi majora Pearsona o akta więźniów i dostęp do pokoju przesłuchań. Do Inostranki zmierza również Thomas.

W ośrodku Inostranka pojawia się Thomas ze swoimi ludźmi i żąda uwolnienia wszystkich więźniów. Rozpoczyna się walka. Thomas wygrywa i uwalnia swoich ludzi. W Białym Domu prezydenta Martineza odwiedza senator Catherine żądając wyjaśnień, dlaczego na Alasce znajduję się nielegalne więzienie, po czym ogłasza publicznie, że na Alasce jest realizowany tajny program rządowy. Michael jest zmuszony opowiedzieć córce o swojej przeszłości. Sean opuszcza Leilę nie mogąc pogodzić się z jej pochodzeniem.

Thomas gromadzi swoich ludzi w spokojnej okolicy na przedmieściach miasta i informuje ich o planie. Simon informuje Sophie, że Thomas zabija każdego jeńca, który nie chce przyrzec mu posłuszeństwa. Oznacza to, że zamordował już 44 towarzyszy Sophie, która razem z Michaelem próbuje znaleźć Hansona, pomocnika Thomasa. Dowiadują się od niego, że Thomas zamierza ukraść uran z kalifornijskiej elektrowni jądrowej, żeby uruchomić portal, który pomoże w dostaniu się na Ziemię Obcym. Sophie dzwoni do Martineza żeby go ostrzec, jednocześnie informuje, że ostatnim razem, gdy Thomas próbował zrealizować ten plan nastąpiła katastrofa w Czarnobylu. Simon próbuje zapobiec katastrofie atomowej. Każe zamknąć elektrownię jądrową i przenieść pręty paliwowe z rdzenia w inne miejsce. Okazuje się jednak, że w ten sposób realizuje plan Thomasa. Hanson próbując uciec z niewoli atakuje Sophie, na szczęście Michael zjawia się w ostatniej chwili i ratując ją, zabija Hansona. Thomas napada na konwój przewożący uran.

W Narodowym Obserwatorium Astronomicznym dwóch techników zauważa dziwne zjawisko na niebie. Okazuje się, że to odpowiedź na wiadomość, którą Thomas wysłał do swoich ludzi. Thomas próbuje przekonać Sophię, że powinna się z nim spotkać, bo ma dla niej szokujące informacje. Sean i Vicky próbują tymczasem znaleźć Jarvisa - okazuje się, że będzie on gościem na balu dobroczynnym w hotelu Ambasador w Waszyngtonie. Żeby dostać się na ten bal będą musieli ukraść czyjąś tożsamość. Prezydent Martinez wydaje rozkaz śledzenia Sophii - ma nadzieję, że zaprowadzi go do swoich ludzi. Podążając za nią trafiają na spotkanie, które Thomas zorganizował dla "uśpionych". Nie spodziewają się jednak tak katastrofalnych informacji jak te, którymi lider podzielił się ze pobratymcami.

Sean chce odnaleźć Dempseya, multimilionera, którego firma farmaceutyczna prowadzi potajemne badania na dzieciach, mające na celu ochronę rasy ludzkiej przed Obcymi. Sean zmusza Vicky, która pracowała dla Dempseya, aby pojechała z nim do Francji, gdzie Dempsey ponoć się ukrywa i poszukuje śladów innych cywilizacji. Tymczasem kościół, w którym trwa zebranie Thomasa zostaje otoczony przez ludzi prezydenta Martineza. Sophia próbuje znaleźć wyjście z sytuacji, ale pada strzał, który uniemożliwia pokojowe rozwiązanie sporu. Starling informuje Martineza, że próbki DNA zostały zamienione i podejrzewa, że Simon jest "uśpionym". Sytuacja staje się coraz bardziej napięta. Aby uratować Obcych, Sophia szantażuje Martineza. Prezydent orientuje się jednak, że Sophia blefuje i wydaje rozkaz, który prowadzi do śmierci wielu Obcych.

Sophii, Leili i Michaelowi udaje się uciec z Waszyngtonu. Trafiają na przedmieścia, gdzie Thomas ukrył uciekinierów z ośrodka Inostranka. Simon dowiaduje się, że Martinez i Sterling wiedzą, że jest "uśpionym". Pod osłoną nocy ucieka z Waszyngtonu na przedmieścia do Sophii, która jest zdruzgotana śmiercią syna i innych "uśpionych". Traci pokojowe nastawienie do ludzi, uważa, że czas rozpocząć ekspansję Obcych na Ziemię i przejąć panowanie nad planetą. Simon i Michael próbują wyperswadować jej ten pomysł. Tymczasem Sean chce wydać Dempseya w ręce francuskiej policji, ale Vicky uważa, że trzeba rozprawić się z nim ostatecznie. Po drodze do kryjówki Dempseya Sean i Vicky zostają zaatakowani. Współpracujący z Dempseyem dr. Crowe pokazuje mu amforę, której czas powstania określa na 300 lat p.n.e. Multimilioner rozbija naczynie, w którym znajduje zwój pergaminu. Prezydent Martinez chce zarządzić ogólnokrajowe badanie DNA. Sprzeciwia się temu senator Lewis argumentując, że to naruszenie praw obywatelskich.

Sophia planuje zniszczenie całej ludzkości, aby móc pomieścić na Ziemi 2,5 biliona Obcych. Na przedmieściach, gdzie przebywają "Uśpieni" werbuje kilkoro zaufanych ludzi do pomocy, między innymi po to, by znaleźć super skuteczną broń masowego rażenia. Próbuje namówić do współpracy Jarvisa. Obiecuje, że jeśli uda się wprowadzić w życie jej plan, Jarvis zostanie prezydentem Stanów Zjednoczonych. Leila, która przebywa z "Uśpionymi", pomaga Uwolnić się Simonowi. Wspólnie chcą zapobiec katastrofie, którą szykuje Sophia. Leila dzwoni do Sean'a z prośbą o pomoc. informuje go, że w sprawę może być zamieszana niejaka Irina Bogdanov. W Białym Domu senator Lewis informuje Martineza, że jedyną osobą, która nie poddała się badaniom DNA jest żona prezydenta, Christina. Prezydent zaczyna nabierać podejrzeń.

W czasie spotkania w Białym Domu prezydent Martinez mdleje. Po przewiezieniu do szpitala okazuje się, że ma rozległy udar. Sophia dowiaduje się, że "uśpieni" znaleźli broń, na której jej zależało. Gdy dowiaduje się o tym Leila, ostrzega Seana. Zauważa to Michael i informuje córkę, że jeśli zdradzi "uśpionych", on nie będzie w stanie jej ochronić. Sean namawia Vicky, by z Francji pojechała z nim do Murmańska. Odkrywają tam jakiego rodzaju broni chce użyć Sophie. Peel i Sterling próbują znaleźć dowody na to, że za ciężki stan prezydenta odpowiedzialny jest Jarvis.

Jarvis zostaje zaprzysiężony na prezydenta. Jedną z jego pierwszych decyzji jest rozpoczęcie negocjacji z Sophie i jej ludźmi. Tymczasem wirus grypy hiszpanki, który "uśpieni" chcą wykorzystać jako broń przeciw ludzkości, jest już w drodze z Rosji pod opieką kuriera Aleksa. Tym samym samolotem co Alex lecą również Sean i Vicky. Vicky używa swoich kontaktów w CIA, żeby przejąć samolot. Sophia próbuje wymusić na Jarvisie zwolnienie samolotu z eskorty, uświadamiając mu, że faktycznie jest tylko częścią jej planu. Michael dostaje od Sophii rozkaz zabicia Simona, ale nie jest w stanie tego zrobić. Leila i Simon uciekają z obozu. Michael zostaje postrzelony, ostatnimi siłami przekazuje Simonowi skład antidotum na truciznę, którą dostał Martinez. Tymczasem Sterling znajduje dowody na to, że to Jarvis otruł prezydenta. Informuje o tym Jarvisa, po czym zostaje natychmiast zwolniony.

Sophia dowiaduje się, że Simon uciekł z antidotum, zarządza więc ewakuację obozu "uśpionych". Zawiadamia jednocześnie prezydenta Javrisa, że Simon będzie próbował ratować Martineza i uświadamia mu, że nie może do tego dopuścić, gdyż spędzi resztę życia w więzieniu. Dr Lu, współpracownik Sophii informuje ją, że może być problem przy rozpowszechnieniu grypy hiszpanki. Warunkiem pandemii jest przeżycie nosiciela wirusa wystarczająco długo, by go przekazać. Na razie wszyscy zarażeni natychmiast umierali, potrzeba więcej eksperymentów, aby metoda zadziałała. Sophia wpada na okrutny sposób przetestowania szybkości rozprzestrzeniania się zarazy. Simon spotyka się ze Starlingiem. Udaje mu się go przekonać, że ma dobre intencje i może pomóc Martinezowi. Wspólnie chcą wykorzystać Christinę, żonę Martineza, żeby podać mu antidotum, ale Jarvisowi udaje się ją przekonać, że to oni od samego początku chcieli go otruć.

Po podaniu antidotum prezydent Martinez wraca powoli do zdrowia. Dowiaduje się, że Jarvis chciał go otruć, żeby zająć jego miejsce w Białym Domu. Tymczasem dr Lu proponuje, żeby zarazić wirusem, bardziej wytrzymałego osobnika niż człowiek, czyli półczłowieka - półobcego. Sophia uznaje, że idealną kandydatką jest Leila. Żąda od Jarvisa, żeby usunął satelitę krążącego nad Tybetem, gdyż może on zakłócić działanie portalu dla Obcych. Zirytowany ciągłymi żądaniami Jarvis chce w zamian obietnicy, że Sophia ocali Amerykanów przed plagą hiszpanki. W wyniku zbiegu okoliczności Starling, Simon, Vicky i Sean spotykają się i orientują, że walczą po tej samej stronie. Gdy docierają do obozowiska uśpionych, Leila jest już w ciężkim stanie. Na rozkaz prezydenta satelita przesuwa się znad Tybetu - nic nie stoi na przeszkodzie, żeby otworzyć portal dla Obcych.

Sterling znajduje na komputerze Dr. Lu dokument, który pokazuje, jak szybko rozprzestrzeni się śmiertelny wirus oraz gdzie znajdują się trzy pojemniki z nim. Prezydent Martinez nie może interweniować - oficjalnie to Jarvis nadal sprawuje władzę, wierzy w plan Sophii i nie zamierza ustąpić Martinezowi. Agentom federalnym, wbrew Jarvisowi, udaje się zapobiec rozprzestrzenieniu się wirusa w dwóch miejscach. Jednak w jednym uśpieni mogą zaatakować niewinnych ludzi w każdym momencie. Sean, Vicky, Sterling i Simon próbują ich powstrzymać. Martinez bezradnie obserwuje na zdjęciach satelitarnych pojawiające się na całym świecie trzęsienia Ziemi, które zwiastują przybycie Obcych przez portal Sophii. Ponieważ Jarvisowi udało się zmienić położenie satelity nikt nie wie, gdzie otworzy się przejście i pojawią intruzi, którzy chcę zniszczyć ludzkość.