Après l'enlèvement de sa fiancée Leila Buchanan, Sean Walker, jeune informaticien sans histoire, se retrouve directement mêlé à une conspiration politique. Entre-temps, le Président des Etats-Unis se rend en Alaska dans la prison secrète de Mount Inostranka qui détient depuis 1944 une centaine d'extraterrestres sous l'égide de l'énigmatique Sophia Maguire. Le directeur de la CIA, Blake Sterling, va tenter de le dissuader d'ébruiter l'information. Quelques heures plus tard, Sean fera tout pour empêcher son beau-père, Michael Buchanan, de piloter un avion de ligne destiné à se crasher sur le Président Martinez...

L'avion de Michael Buchanan a finalement atterri dans le désert d'Arizona. Sauf, Sean Walker apprend que son beau-père a été contraint de le piloter sous peine de voir sa famille massacrée. Le jeune homme prend alors la fuite pour retrouver Leila mais perd connaissance en chemin. Il se réveille quelques heures plus tard à l'hôpital de Yuma, avant d'être appréhendé par le FBI. Hélas, personne ne veut croire à son histoire d'enlèvement et de crash. A Washington, Blake Sterling demande à l'agent de FBI Simon Lee de retrouver l'avion, sans savoir qu'il fait partie des extraterrestres de Mount Inostranka...

Victime d'un accident de voiture avec son escorte, Sean décide de sauver l'agent du FBI, Angela Collier, qui le retient prisonnier, plutôt que de s'enfuir. Cette dernière réalise que son histoire est plausible et décide finalement de l'aider à retrouver Leila, retenue en captivité par Vicky, la jeune femme qui l'a précédemment kidnappée dans les Caraïbes. Pendant ce temps, tous les passagers de l'avion de Buchanan meurent dans des circonstances mystérieuses. Toujours prisonnière à Mount Inostranka, Sophia Maguire refuse obstinément de donner le responsable du crash au Président Martinez malgré sa promesse de la remettre en liberté...

A peine 24 heures après leur mort, les passagers de l'avion reprennent miraculeusement vie. De leur côté, Sean et l'agent Collier viennent d'échapper à une fusillade dans le commissariat de Yuma. Grâce au fichier du FBI, ils vont bientôt retrouver la trace d'un fils caché de Vicky et le prendre en photo. Un certain Thomas menace le Président Martinez de faire de nouvelles victimes si tous les prisonniers d'Inostranka ne sont pas libérés sur-le-champ. En vain. Leila parvient à s'évader et laisse un message sur le répondeur de Sean depuis un commissariat de police texan...

Thomas contacte à nouveau le Président Martinez et lui propose un antidote pour sauver les passagers de l'avion en échange de la libération des prisonniers d'Inostranka. Mais face au refus de la Maison-Blanche, il réitère ses menaces terroristes. L'agent Simon Lee tente alors de l'en dissuader. Sean a enfin pu écouter le message de Leila, mais il réalise que les policiers qui l'ont recueillie sont de mèche avec Vicky. Menaçant cette dernière de révéler l'existence de son fils à ses commanditaires, Sean va enfin réussir à sauver Leila. Quant au Président Martinez, il finit par accepter l'antidote contre la liberté de Sophia...

Simon doit choisir entre sa loyauté envers les détenus et sa mission gouvernementale. Il se rappelle notamment comment son appartenance au groupe des détenus et ses liens avec Thomas ont pu anéantir sa vie amoureuse dans le passé. Alors que Blake Sterling et les agents du gouvernement traquent Sophia, ils s'aperçoivent qu'il y a un traître parmi eux. Sean et Leila reviennent au domicile des Buchanan et rencontrent Madeline Jackson, une journaliste qui a enquêté sur la base des détenus en Alaska...

Alors que Sophia et Thomas s'échappent du building qui vient de s'effondrer et rejoignent Aaron, Blake Sterling informe le Président qu'il y a une taupe dans son service. Le chef de l'Etat exige des résultats le plus rapidement possible pour la débusquer. Blake se rappelle alors que, quatorze ans plus tôt, il avait été confronté à la même situation. En lieu sûr, Sophia recadre Thomas sur ses prérogatives. Sean et Leila, toujours accompagnés de Madeline, tentent d'en savoir plus sur l'implication de Michael dans le complot...

Le président Martinez interroge Michael à propos de son implication dans la tentative d'assassinat. Le seul indice que Michael possède est l'heure à laquelle ses ravisseurs ont autorisé l'opération. Cette piste mène le président et Blake Sterling à soupçonner le vice-président Raymond Jarvis d'être impliqué dans le complot. Celui-ci, comprenant que l'étau se resserre autour de lui, prend contact avec le mystérieux James Dempsey. De leur côté, Sean et Leila, toujours traqués, se mettent en quête d'un médecin pour soigner Sean, blessé par balle...

Sean et Leila, après s'être débarassés du tueur à leurs trousses, cherchent l'hôpital dans lequel serait enfermée Samantha. Le président Martinez et Blake Sterling comprennent qu'ils ont affaire à un complot de grande ampleur. La NSA les informe qu'une base de lancement de missiles a été découverte dans une zone tribale non contrôlée et que cette installation menace directement la côte Ouest des Etats-Unis. Sophia n'a plus confiance en son fils Thomas. Celui-ci trahit ouvertement sa mère avec la complicité d'Isabel et semble être impliqué dans l'existence de la base de missiles...

Le président Martinez demande à ses services de renseignements de décrypter le message que Thomas a envoyé dans l'espace, puis de déterminer de quel endroit il a été envoyé. La NSA découvre que la première phrase du message dit : «Tout est prêt pour votre arrivée». Blake Sterling pense qu'il s'agit d'une invasion imminente. De leur côté, Sean et Leila poursuivent une piste sérieuse pour retrouver la trace de Samantha. Sophia et Simon conviennent que pour contrer les noirs desseins de Thomas, ils doivent faire appel à Michael Buchanan...

En Alaska, Thomas et ses hommes décident d'attaquer la base d'Inostranka. Ils veulent délivrer tous les détenus et les emmener au plus vite. Mais Thomas ignore que Blake Sterling est sur place, en train d'interroger Maya, une prisonnière dont il pense qu'elle détient des informations capitales. Michael Buchanan explique à sa fille Leila qu'elle va devoir faire un choix crucial entre lui et Sean. La sénatrice Catherine Lewis prévient le président Martinez qu'elle veut divulger des informations sur la base d'Inostranka...

Le président Martinez veut reprendre la situation en main après l'attaque d'Inostranka. Thomas et les détenus se réfugient dans une zone pavillonaire pour préparer la suite de leurs opérations. Sophia, aidé de Michael, qui a laissé Leila et Samantha chez des amis, les Geller, veut absolument trouver l'endroit où se trouve Thomas et mettre tout en oeuvre pour l'arrêter. Elle informe le président Martinez que Thomas a l'intention de voler de l'uranium dans une centrale nucléaire située en Californie. De son côté, Sean retrouve la trace de Vicky...

Sean oblige Vicky à devenir son alliée dans le but de remonter jusqu'à ceux qui sont à l'origine du complot. Vicky lui révèle que celui qui est au centre de la conspiration est James Dempsey, un homme intouchable. Sean décide d'en savoir plus et d'atteindre le vice-président Raymond Jarvis. Alors que celui-ci revient aux affaires, Thomas reçoit un message de la part de son peuple. La gravité du contenu lui fait organiser un meeting où il convoque Sophia. Le président Martinez comprend qu'il se passe quelque chose d'important...

Alors que Sean et Vicky pourchassent James Dempsey, où il visite un mystérieux site archéologique dans la région du Jura, en France, la situation devient critique en Californie. Sophia, Thomas et leur peuple sont encerclés par les forces spéciales, et le président Martinez veut tout faire pour les stopper. Martinez adopte une ligne dure pour les négociations : il refuse tout compromis. Dans l'église, Thomas laisse à sa mère Sophia le choix des initiatives. Elle décide alors de faire un coup d'éclat pour se sortir de cette situation...

Sophia et ses alliés pleurent leurs pertes après l'échec des négociations. Tout en observant la réaction de Simon aux événements, Blake Sterling commence à douter de sa loyauté et conçoit un test pour en savoir plus. Le président Martinez charge la sénatrice Catherine Lewis de démasquer les taupes infiltrées au sein de la Maison Blanche. Par ailleurs, Sean et Vicky sont sur les traces de l'énigmatique Dempsey. Leur piste mène à Morez, dans le Jura français...

Le président Martinez reçoit enfin les résultats des tests sanguins auxquels le personnel de la Maison Blanche a été soumis. Il les analyse avec le plus grand sérieux. Mais le fait que son épouse ne se soit pas soumise aux examens ne passe pas inaperçu. La suspicion de Catherine Lewis grandit. De son côté, Sophia se montre résolue. Il n'y a qu'un objectif qui compte à ses yeux : amener sur Terre son peuple tout entier. Pour cela, elle ne va pas hésiter à manipuler le vice-président Raymond Jarvis. En France, à Morez, Sean parvient à sauver Vicky d'une mort affreuse, alors qu'elle est encerclée par les flammes. Il se retrouve tout à coup face à James Dempsey...

Le vice-président Raymond Jarvis décide de passer à l'action. Il donne les ordres nécessaires pour que le plan de Sophia soit appliqué. Sans hésiter, il empoisonne le président Martinez. Celui-ci est immédiatement victime d'une violente attaque cérébrale. Il est hospitalisé d'urgence. Blake Sterling et Peel, le chef de cabinet, cherchent à tout prix les preuves de l'implication de Jarvis dans cet acte qui relève du complot d'Etat. Parallèlement, Sean et Vicky se rendent en Russie, à Mourmansk, pour essayer de mettre la main sur l'arme de destruction massive que Sophia a l'intention d'utiliser contre les Etats-Unis...

En Russie, Sean et Vicky essayent d'arrêter la personne qui transporte la souche virale à destination des Etats-Unis. Mais avant de la stopper, ils doivent l'identifier. A la Maison Blanche, Blake Sterling continue son enquête sur les agissements du vice-président Jarvis, qui finit par être intronisé président. Sa première annonce officielle concerne l'instauration de nouvelles relations avec Sophia. Leila et son père Michael tentent de sauver Simon. Mais pour cela, ils doivent prendre beaucoup de risques...

En possession de l'antidote qui peut sauver le président Martinez, toujours dans le coma, Simon Lee s'allie avec Blake Sterling. Ensemble, les deux hommes comptent sur Christina Martinez pour les aider. Pour Raymond Jarvis, tout doit être mis en oeuvre pour les stopper. De leur côté, Sean et Vicky poursuivent la femme qui transporte les souches virales et qui veut les relâcher dans le système d'aération d'un centre commercial. Pour Sophia, surtout après la mort de Michael, rien ne doit entraver la venue de son peuple, quel que soit le prix à payer...

Sophia est plus que jamais déterminée à propager le virus de la grippe espagnole et a anéantir la population de la Terre entière. Toute son opération est prête, et ses complices sont en place. Sean et Vicky, en cherchant à la localiser, rencontrent Blake et Simon. Ils unissent leurs forces pour savoir où Sophia a établi son quartier général. De son côté, à peine sorti du coma, Elias Martinez se rend à la Maison Blanche pour reprendre ses fonctions. Il veut revenir très vite aux affaires pour punir les traîtres qui l'ont éloigné du pouvoir, et en particulier Raymond Jarvis...

Elias Martinez veut absolument redevenir président mais il doit pour cela affronter Jarvis. Leila tente de survivre alors que des tremblements se font ressentir sur la Terre pendant que le portail s'ouvre. Sean, Blake, Simon et Vicky essaient de localiser les complices de Sophia avant qu'ils ne relâchent le virus...