After his girlfriend mysteriously disappears from a cruise, Sean Walker discovers a conspiracy of global proportions.

The president's staff grapples with a new reality; the conspiracy engulfs an FBI agent and a mercenary with questionable ties; a shadowy figure emerges with knowledge of the detainees.

The White House grapples with a mysterious biological threat. Their only hope is to crack Sophia during interrogation. Meanwhile, Vicky and Carter keep their hostage captive while they await further instructions. FBI Agent Collier, on her search for Leila, stumbles upon Vicky's secret life. Elsewhere, a powerful businessman, Dempsey with classified intelligence and ties to the White House, emerges from the shadows.

The CDC tries to identify the contagion and treat those infected as the biological threat intensifies; Simon asks Sophia to betray Thomas.

Sean encounters a mysterious conspiracy theorist while looking for answers in Leila's home; Simon's allegiances are tested.

President Martinez orders Director of National Intelligence, Blake Sterling, to root out the mole from their staff, which causes Sterling to question his judgment of people close to him. Sophia reasserts her power over Thomas and the other detainees, and she prepares them for the next leg of their mission. Elsewhere, with the aid of Madeline, Sean continues his hunt for answers, all the while trying to stay one step ahead of the covert agents who trail him.

President Martinez, furious about recent security failures, demands answers from Director of National Intelligence, Blake Sterling. When he doesn't receive the progress that he desires, Martinez decides to personally interrogate Michael Buchanan about his involvement in the assassination attempt. While Michael holds to his claim that he doesn't know who is involved, he inadvertently reveals incriminating evidence about someone deep inside the President's staff. Meanwhile, Dempsey dispatches Vicky on a new clandestine mission. And, elsewhere, Sean and Leila scramble to stay ahead of the covert ops that are trying to silence them and what they know.

President Martinez reacts to the knowledge of who betrayed him within his administration. Meanwhile, after revealing her plan for the Sleepers' future, Sophia learns of dissension among her people. She sets a trap for the perpetrators and acts decisively to quell any future mutiny. Elsewhere, Sean and Leila try to unravel the mystery of Samantha's kidnapping, while evading Dempsey's nefarious clutches.

Sophia's suspicions are confirmed when Thomas reveals a shocking new plan. Leila and Sean battle mercenaries while searching for Samantha.

Martinez and his Chief of Staff order their intelligence departments to determine the nature of Thomas' message and who it was sent to. Meanwhile, Thomas launches a surprise attack, Alaskan Senator Catherine Lewis threatens to go on national television to alert the public to the enemy among them, and Sean and Leila get a fresh lead on Samantha's location.

Meanwhile, newly appointed Alaskan Senator Catherine Lewis threatens to divulge information about the Mt. Inostranka detention facility on an episode of "HARDBALL with Chris Matthews." Elsewhere, Sean and Leila get a fresh lead on the whereabouts of Samantha, but it leads them to a dramatic turn in their lives. James Dempsey foresees that he and Sean will once again cross paths.

President Martinez gets tougher with dealing with the cleanup of Thomas's breakout of 51 Inostranka detainees. Michael drops Lelia and Samantha off with a fellow alien family to go help Sophia stop Thomas. The 51 detainees and Thomas move into a suburban area, while Michael and Sophia detain one of them for questioning. Sean gets into a bar fight.

Thomas summons Sophia, Diane Geller, and the other Sleepers to reveal the contents of the game-changing message he received. With newfound intensity, President Martinez confronts Vice President Ray Jarvis about his betrayal. Sean blackmails Vicky into helping him on a mission of vengeance. Elsewhere, Dempsey continues on his hunt for experimental subjects.

כדי להגן על אנשיה, סופיה מורה על השמדת אתר לאומי כדי לאלץ את הנשיא מרטינז לסגת מהמצור עליהם. בינתיים, שון וויקי טסים לצרפת בעקבות דימפסי, שעורך בהרי צרפת חפירות ארכיאולוגיות.

סופיה ואנשיה מתארגנים מחדש, וסופיה מחליטה להפר את השבועה שלא לפגוע באוכלוסיית כדור הארץ. בינתיים, הנשיא מרטינז משיק תכנית לבדיקת הדנ"א של האזרחים בעזרתה של הסנטורית לואיס, רק כדי לגלות שישנה חפרפרת במקום גבוה בצמרת...

סגן הנשיא ג'רוויס מביע את חוסר אמונו במנהיגות של הנשיא מרטינז ומסכים להיפגש עם יריב. סופיה מתקדמת עם חיפושיה אחר נשק-על. ואחרי שהייתה עדה לעוולות בקהילת סליפר, ליילה מתחילה לתהות לאן היא שייכת.

סגן הנשיא ג'רוויס מוציא לפועל את תכנית ההתנקשות. בלייק עושה הכול על מנת להוכיח שסגן הנשיא אשם, כדי שהוא לא יתמנה לנשיא בפועל. מייקל נאלץ לעזור ללילה, ושון וויקי מגיעים לרוסיה כדי למצוא את הנשק שסופיה ואנשיה מחפשים.

הנשיא מרטינז וסטרלינג דוחים את הצעות העזרה של ג'רוויס לעזרה, וגורמים לו לשתף פעולה עם גורם בלתי צפוי. הסנטורית לואיס מוסרת לנשיא את תוצאות בדיקת הדם, ומתריעה בפניו על חפרפרת אפשרית. דימפסי פוגש את שון ומטיל עליו משימה.

סיימון מגיע אל סטרלינג החשדן, ומשכנע אותו שעליהם לעזור לנשיא מרטינז, אך גרוויס מפעיל כוחות כדי לעצור אותם. בינתיים, שון ולילה מאתרים את השליחה ומנסים למנוע ממנה לבצע את הניסוי שסופיה הטילה עליה לבצע ברקמה הנגועה.

סופיה סובלת מייסורי מצפון על החלטתה, אך ממשיכה בתוכנית להפצת הוירוס הקטלני. שון וויקי חוברים לסטרלינג ולסיימון ומנסים למצוא היכן סופיה ואנשיה מסתתרים. הנשיא מרטינז מתעורר מהתרדמת ומנסה למצוא את הבוגדים שניסו להרעיל אותו.

מלחמת כוחות מתחוללת בבית הלבן, כאשר הנשיא מרטינז וראש הסגל מנסים להדיח את גרוויס, שנתמך על ידי סופיה, מעמדת הנשיאות. שון, ויקי, סטרלינג וסיימון מנסים לעצור את הפצת הוירוס. לילה נלחמת על חייה, אך האם זה מאוחר מדי?