Обычный парень Шон Уокер попадает в эпицентр государственного заговора когда его девушка Лейла загадочным образом исчезает во время романтического круиза. В поисках Лейлы, Шон вынужден захватить самолет, их грозят сбить, чтобы спасти президента США, намеревающегося раскрыть общественности опасную государственную тайну…

Оправившись от ударной волны, команда президента пытается разработать план дальнейших действий. Блейк Стерлинг арестует Софию для допроса. Тем временем на сцене появляется новая фигура – загадочный Томас, которому известны намерения задержанных…

Администрация президента разрабатывает новую жесткую стратегию, призванную заставить Софию раскрыть планы задержанных. В руках Викки и Картера оказывается крайне важный заложник…

Белый Дом сталкивается с загадочной биологической угрозой. Их единственная надежда – расколоть Софию на допросе. Викки и Картер продолжают удерживать заложника, ожидая дальнейших инструкций. Тем временем на сцену выходит новый игрок – влиятельный бизнесмен со связями в Белом Доме…

Биологическая угроза усиливается. На борьбу с инфекцией брошены все силы. Белый дом и Глава Национальной разведки сталкиваются с серьезными трудностями в переговорах с Томасом. Саймон просит Софию сдать Томаса…

После срыва сделки с Томасом, Мартинез и Стерлинг начинают подозревать предателя в своих рядах. Шон встречает Мадлен – конспиролога, расследующую исчезновение Лейлы. Саймону приходится выбирать между верностью заключенным и профессиональным долгом…

Получив приказ президента выявить предателя в их рядах, Стерлинг начинает подозревать свое ближайшее окружение. София готовит Томаса и других заключенных к следующему этапу миссии. При помощи Мадлен, Шон продолжает поиски ответов…

Устав ждать результатов расследования от Стерлинга, президент Мартинез решает сам допросить Майкла Бьюкенена о покушении. Хотя Бьюкенен продолжает утверждать, что не знает, кто замешан в деле, в ходе разговора всплывают детали, указывающие на кого-то из администрации президента. Викки получает новое задание. Шон и Лейла продолжают скрываться от агентов тайной разведки…

София готовит ловушку, после того как узнает о разногласиях среди своих людей. Тем временем Шон и Лейла расследуют похищение Саманты и пытаются сбежать от Демпси.

Подозрения Софии подтверждены, когда Томас показывает отвратительный новый план. Между тем Лейла и Шон, ища Саманту, борются с наемниками.

После передачи сигнала спутник самоуничтожается, но спецслужбы США успевают перехватить часть сигнала и расшифровать его. Томасу во главе небольшого отряда проникает на территорию тюрьмы и берёт её под контроль. Тем временем жена покойного сенатора Аляски обнаруживает секретные документы по проекту «Иностранка». Шон и Лейла спасают Саманту.

Томас освобождает заключённых тюрьмы. Блэйк попадает в плен к Томасу, но Роуз помогает ему сбежать. Тем временем жена сенатора Аляски собирается рассказать о тюрьме «Иностранка» на телевидении. Шон узнаёт от Лейлы, что он не может оставаться с ней и её отцом.

София узнаёт, что Томас собирается украсть уран, чтобы использовать его как топливо для портала. Она предупреждает об этом президента, и тот решает перевезти уран в безопасное место. Но оказывается, что всё это было тщательно продуманным планом Томаса, и конвой, перевозящий уран, попадает в засаду. Шон решает выяснить, кто стоял за похищением девочек, и отправляется к Вики.

Томас получает ответное послание с родной планеты. Спецслужбам США удаётся проследить за Софией до собора, в котором собрались более двухсот пришельцев. Отряды спецназа начинают готовиться к штурму здания. Шон и Вики, проникают на закрытый приём, устроенный вице-президентом.

Когда Мартинес ставит ультиматум пришельцам, София отдаёт приказ на уничтожение Монумента Вашингтона. Мартинес позволяет людям Софии уехать на трёх специально предоставленных автобусах. Блэйк понимает, что агент Ли крот. Поняв, что угрозы Софии были блефом, президент отдаёт приказ на уничтожение автобусов с людьми Софии. Тем временем Шон и Вики отправляются во Францию, чтобы найти Демси

София принимает решение осуществить план Томаса и колонизировать Землю, переместив туда всех жителей родной планеты — 2 миллиарда человек. Мартинес поручает сенатору Льюису провести массовую проверку жителей США для выявления инопланетян. Начать он предлагает с Белого дома. Жена президента отказывается пройти проверку. А Шон и Вики вот-вот найдут Демпси, но это может быть именно то, что он ожидает

София убеждает вице-президента подсыпать яд Мартинесу, пообещав взамен неприкосновенность США после вторжения. Мартинес начинает подозревать, что его жена инопланетянка. Шон узнает от Демси, что он избранный и должен остановить инопланетян. Лейла сообщает Шону, что София собираются устроить геноцид человечеству с помощью оружия, которое находится в Сибири.

Шон и Вики проникают на судно «Ирина Богданова», где проводилось вскрытие зараженного трупа и узнают, что легкие трупа зараженные штаммом испанского гриппа отправлены с курьером в США. На заседании кабинета министров президент Мартинес теряет сознание. В больнице ему ставят диагноз — инсульт. Стерлинг подозревает в случившемся вице-президента, но у него нет доказательств. Майкл, чтобы защитить Лейлу, убивает одного из охранников.

Шон и Вики успевают сесть на борт самолёта с курьером, остается вычислить кто курьер и остановить его. Вице-президент принимает присягу и вступает в должность президента страны. Стерлинг обвиняет его в сговоре с Софией, и лишается поста главы национальной безопасности. Майкл погибает, но Ли удается убежать от Софии прихватив с собой лекарство для Мартинеса.

Человек Софии отправляется в торговый центр для проведения тестового заражения людей, Шон и Вики успевают предотвратить этот теракт. София продолжает манипулировать вице-президентом. Чтобы получить более медленный штамм вируса София заражает Лейлу. Обхитрив Джарвиса, Саймон и Стерлинг передают лекарство супруге президента, которая даёт его мужу.

Белый Дом охвачен борьбой за власть исторических масштабов, в которой Мартинез и начальник штаба Пил (приглашенный актер Роджер Барт) против Джарвиса и его тайной союзницы Софии. Тем временем Шон, Вики, Стерлинг и Саймон пытаются остановить вирус в пунктах распространения. А Лейла борется за свою жизнь. Но всё это может быть слишком поздно ─ поскольку портал начинает открываться, сотрясая весь мир.