Frank, Erin en het kantoor van de officier van justitie kampen met publieke verontwaardiging nadat een jury een agent van de NYPD niet terechtstelt. De agent is betrapt op video na het neerschieten van een tiener. Wanneer een politieagent wordt beschoten als een vermoedelijke wraakactie, openen Danny en Baez een klopjacht naar de dader.

Wanneer een belangrijk ooggetuige in een moordzaak vlucht uit angst voor wraak, leiden Erin en Anthony hun eigen klopjacht om hem te vinden en over te halen om te getuigen. Garrett probeert Frank te overtuigen om het feest van de Police Union bij te wonen. Danny en Baez nemen een verdachte overval op een gemakswinkel onder de loep.

Wanneer de seriemoordenaar Thomas Wilder een boodschap aan zijn laatste slachtoffer hangt dat Danny beschimpt, wordt hun dodelijk kat en muis spel persoonlijk voor Danny.

Danny en Baez onderzoeken een groep overvallers die een wilde misdaadgolf houden en worden partners met een rechercheur die jaren geleden het hart van Baez heeft gebroken.

Danny en Frank worden partners voor een zaak met betrekking tot een ex-gevangene die gerehabiliteerd was, maar die nu betrokken is in een moord. Erin bereidt haar voor op een proces en ontdekt dat de locatie van een vermoedelijke moordenaar geheim werd gehouden door de voormalige aanklager in de zaak.

Jaime en Danny hebben verschillende opvattingen over hoe ze om moeten gaan met een nieuwe jonge agent, die ook nog eens de zoon is van Danny's vriend. Ondertussen krijgt Anthony te maken met de gevolgen van een slechte investering. Erin besluit om een oplossing te zoeken voor zijn situatie.

Linda vraagt Danny en Baez om een collega uit de brand te helpen die problemen heeft met haar boze ex. Ondertussen moet Erin een manier vinden om om te gaan met haar voormalige mentor, een rechter die sinds de dood van zijn vrouw oneerlijke straffen uitdeelt. Frank gaat tegen een gemeenteraadslid in die publiekelijk NYPD's "broken windows" protocol neerhaalt.

Erin wordt overspoeld met schuldgevoelens wanneer een man die ze vrij heeft gelaten wordt beschuldigd van het doden van een agent. Frank en burgemeester Poole zetten hun politieke spel over Frank's herbenoeming als commissaris voort. Danny en Baez onderzoeken een geval van een agent die die meer komt opdagen.

Danny moet uitvinden wie de moordenaar is van een man, aangezien meerdere vrouwen die voor hem werkten de schuld op zich nemen. Frank en zijn priester zijn het niet eens over hoe ze het jongetje moeten behandelen die geld heeft gestolen van de kerk. Nicky en een groep vrienden worden gearresteerd wanneer de politie drugs vindt in de auto.

Potentiële overvallers worden neergeschoten door een gepensioneerd luitenant, die vervolgens op de vlucht slaat en Frank opzadelt met de gevolgen van zijn actie. Ondertussen wil Baez een drugsdealer arresteren voor een moord waarvan ze getuige was toen ze kind was.

Een bendelid wordt vermoord in zijn auto en vergelding ligt op de loer. Danny en Baez ondervragen de loopjongen die vastgebonden in de kofferbak werd gevonden. Frank worstelt met het verzoek van een agente voor het nummer van de badge van haar overleden vader, dit nummer is identiek aan het nummer van zijn overleden zoon Joe.

Wanneer de eerste partner van Frank aankondigt om een boek uit te brengen vol met verhalen van hun eerste dagen als agent, is Frank bezorgd over zijn persoonlijke verhalen die publiekelijk gemaakt zullen worden. Wanneer Jamie en Eddie een oproep om hulp van een agent nabij beantwoorden, hebben de keuzes die ze maken invloed op hun toekomst in de afdeling en hun relatie.

Danny is ondervraagd door een onderzoeker van de officier van justitie wanneer een voormalig collega van hem verdacht gemaakt wordt van het planten van bewijs om zo een moordzaak af te ronden. Wanneer enkele radicale antiregeringsactivisten dreigen om publiekelijk een Amerikaanse vlag te verbranden, worstelt Frank met de grens van meningsuiting.

Een onderzoeker van de officier van justitie, Anthony Abetemarco, helpt Erin wanneer ze onder druk wordt gezet om een zaak van een collega over te nemen. Eddie en Jamie doen zich voor als een bejaard koppel om zo een groep op te pakken die een wijk terroriseert.

Linda is bezorgd wanneer een ondergedoken seriemoordenaar haar en haar gezin begint te bedreigen. Tijdens een gijzeling protesteert Jamie om een bevel uit te voeren.

De enige overgebleven Mustang waarin Steve McQueen reed in de film 'Bullitt' is gestolen. Een bevel van de waarnemende officier van justitie zorgt voor een meningsverschil tussen Frank en Erin.

Videobeelden tonen aan dat Jamie zich schuldig heeft gemaakt aan politiegeweld bij een manifestatie. Een advocaat in burgerrechten beweert dat een verkrachtingszaak vol met verzonnen aanklachten zit.

Danny voegt zich bij de zoektocht naar twee ontsnapte gevangenen nadat hij tot de ontdekking is gekomen dat één van de twee iemand is die hij ten onrechte de gevangenis in hielp.

Eén van Erins informanten verlaat de getuigenbescherming om haar voormalige baas een alibi te geven. Frank en de commandant van de brandweer van New York hebben ruzie.

Een reporter die het uniform van de NYPD draagt wordt beschoten wanneer hij meerijdt met Jamie en Eddie. Frank plaatst Danny en Baez op de jacht naar de schutter die het mogelijk op agenten heeft gemunt. Garrett overweegt om een andere baan te nemen.

Danny krijgt samen met Baez een moordzaak van een mogelijke seriemoordenaar toegewezen. Erin overweegt om zich aan te melden om rechter te worden. Een kandidaat voor de burgemeestersverkiezing beweert dat Frank in het geheim haar echtgenoot bespioneert. Eddie confronteert haar vader.

Frank is alert wanneer een aanslag op New York waarschijnlijk wordt geacht ten gevolge van een terroristische aanslag in het Midden-Oosten.