Baez viene ferita mentre sta confiscando una partita di stupefacenti. Danny cerca i criminali che fanno parte del cartello della droga, mentre Frank è in difficoltà.

Un detective fuori servizio interviene per mettere in fuga due malviventi in un locale gay. In seguito al suo intervento, però, l'agente viene discriminato da un suo collega.

Dopo aver inseguito un ladro, Danny riesce a fermarlo ma il criminale si butta dalla finestra e accusa l'agente di averlo spinto. Si scatena un protesta contro il Dipartimento.

Una ragazza terrorizzata, sparisce prima che Jamie possa aiutarla. Poco dopo, viene ricoverata in un ospedale e muore. Prima di morire, bisbiglia che il poliziotto che l'ha aiutata è in pericolo.

Frank e Danny sono determinati a mandare dietro le sbarre un criminale internazionale abile a scagionarsi dalle accuse d'omicidio che gli vengono mosse.

Frank si scontra, durante un dibattito televisivo, con il procuratore McCoy. Intanto, Jamie e Janko indagano su un caso archiviato come suicidio.

Un delinquente testimonia contro un boss in cambio della promessa che verrà inserito in un programma di protezione. Quando questo non avviene, Danny e Baez si espongono personalmente.

La squadra deve indagare sull'omicidio di tre leader. Intanto Linda, dopo essere stata aggredita, decide di trovare il modo per proteggere se stessa.

Durante la cerimonia delle promozioni, Frank individua un uomo che sostiene possa essere l'assassino di un poliziotto ucciso in passato.

Gormley e Garrett sono indecisi su come arginare un artista di strada che lascia in giro per la città dei borsoni dall'aspetto inquietante, costringendo ogni volta il Dipartimento ad inviare gli artificieri.

Jamie prende a cuore la situazione di un ragazzino senzatetto che non trova più la zia con cui viveva per strada. Il giovane ritiene che la donna sia stata assassinata dal suo stesso compagno e per rintracciare il sospettato entra quindi in scena Danny, che nel frattempo è ai ferri corti con Linda a causa dei lunghi straordinari. Erin intanto viene sostituita in un caso che si risolve in un patteggiamento, ma non si arrende e decide di scavare più a fondo.

Un imprenditore spara e uccide uno sconosciuto introdottosi armato in casa sua. All'inizio la polizia ritiene si tratti di un rivale in affari, ma poi si scopre che nella faccenda è implicata la malavita newyorchese. Nel frattempo Danny è in lizza per una medaglia al valore, ma Frank è in dubbio se assegnargliela o meno in quanto contrario a ogni forma di favoritismo nei confronti dei propri figli. Erin infine affronta la riapertura di un vecchio caso: una donna accusata di omicidio viene ora difesa dal figlio recentemente divenuto avvocato.

Un veterano della narcotici, nonostante lo stipendio modesto, possiede una Ferrari; pare che i soldi derivino da abili compravendite immobiliari, ma Frank non è convinto e decide di scavare più a fondo. Nel frattempo Danny indaga sull'omicidio di un ragazzo portoricano che viveva nel lusso in un appartamento sussidiato per persone a basso reddito. Jamie intanto cattura un rapinatore che rifiuta di collaborare all'identificazione del suo complice.

Il compagno della vicesindaco viene arrestato per un reato minore e il sindaco chiede a Frank d'intervenire. Nel frattempo Erin deve processare un sicario che rischia di farla franca e l'unico modo per inchiodarlo sarebbe ottenere la testimonianza di un noto pentito di mafia, che però fa parte del programma protezione testimoni. Jamie infine, seguendo la segnalazione di un volontario civile, finisce in una sparatoria con uno spacciatore.

La detective Baez viene presa in ostaggio all'interno della stanza interrogatori da un ex marito con il vizio della bottiglia che rischia di non rivedere più la figlia. Danny cerca quindi di fare da mediatore, mentre i colleghi fanno di tutto per rintracciare la bambina. Nel frattempo il figlio di Garrett è stato invece arrestato per possesso di droga e il padre prova per l'ennesima volta ad aiutarlo, mentre la collega di Jamie organizza una colletta per pagare il funerale a un'anziana vedova in un quartiere difficile.

Erin si accorge di un'intrusione nel suo appartamento e quando la sua assistente viene aggredita in ufficio risulta chiaro che qualcuno sta cercando di minacciarla. La procuratrice riesamina quindi i suoi casi per scoprire chi si nasconde dietro a tutto ciò. Jamie intanto, dopo essere scampato a una bomba artigianale, si mette sulle tracce di un dinamitardo, mentre Frank indaga su una raccolta fondi sospetta.

Una ragazza serba appena arrivata in città viene rapita, ma riesce all'ultimo ad allertare il 911. Il caso sembra legato alla mafia serba e ad una tratta di esseri umani. Intanto la collega di Jamie, in un'operazione congiunta con l'FBI, deciderà di prestarsi a un'indagine sotto copertura. Nel frattempo nonno Henry inizia a frequentare una donna, ma Erin, preoccupata che lo stia raggirando, scava nel passato della sua nuova amante.

Frank goes toe to toe with an investigative journalist who refuses to give up her source, despite the source admitting to committing murder. Also, Danny is paired with a troubled teenager as part of an NYPD program aimed at influencing youth to make better decisions.

When a suspect voluntarily admits to killing a reality show celebrity chef in his own restaurant, Danny and Baez are convinced the suspect is taking the fall for someone. Also, Frank faces a moral dilemma when a longtime friend, Sen. Ted McCreary, asks for Frank’s help to make a DUI go away, and investigative journalist Anne Farrell returns.

When NYPD Deputy Chief Donald Kent, a commanding officer of the gang division, and his wife are gunned down in an apparent gang hit, Frank orders all hands on deck to catch his friend’s killer. Working the case, Danny and Baez go see Mario Hunt, a well-known member of a deadly gang, in the first of a two-part season finale.

When a member of the Reagan clan is shot, Danny’s tries to track down the gang member responsible, without letting his emotions get the best of him. Also, he must get creative in order to bring in witnesses.