Alors que Danny et sa partenaire Maria Baez escortent un convoi transportant des saisies de drogue, celui-ci est attaqué et Maria est sérieusement blessée. Danny doit donc continuer seul l'enquête sur l'attaque de ce fourgon. Pendant ce temps, Frank doit faire face aux conséquences des actes d'un des lieutenants de la police de New York...

Jamie refuse de laisser tomber un flic qui a témoigné contre son partenaire, ce qui lui a valu la désapprobation d'Eddie et d'autres officiers. Ailleurs, Erin et Danny sont en désaccord concernant une affaire où le meurtrier, toujours en liberté commet un nouvel assassinat. Frank reçoit la visite d'une célébrité sportive.

Danny et Maria se voient assignés chacun un nouveau partenaire lorsque l'un des leurs ne veut plus faire équipe avec son partenaire. Pendant ce temps, Frank compromet ses relations avec sa hiérarchie lorsqu'il parle ouvertement de l'égalité au sein de la police de New York.

Lorsque Danny est accusé d'avoir utilisé la force pour arrêter un suspect, Frank se retrouve dans une position délicate. Comment doit-il réagir vis-à-vis de son fils? Pendant ce temps, Jamie rencontre une jeune femme médecin avec qui le courant passe bien ce qui met sa partenaire, Eddie Janko mal à l'aise.

Le petit ami abusif d'une femme cible Jamie après que celui-ci ait essayé d'intervenir dans une dispute conjugale. De plus, la presse a obtenu de manière inégale des propos jugés sensibles d'Henry, et Frank doit faire face au scandale qui suit.

Frank et Danny sont déterminés à mettre la main sur un criminel international qui a la fâcheuse tendance d'échapper aux filets de la police et de la justice. Pendant ce temps, Erin est en plein questionnement : va-t-elle accepter de travailler pour un cabinet privé afin de subvenir aux frais de scolarité de Nicky ? Danny, de son côté, prend un mauvais départ avec son nouveau patron...

Frank est déstabilisé durant une interview télévisée par le procureur de district intérimaire... Pendant ce temps, Danny est de garde avec son nouveau patron quand une fusillade éclate. Il se rend compte que leurs méthodes d'investigation et leurs personnalités ne sont pas compatibles...

Après une altercation avec un agent de police, un citoyen se retrouve sur un brancard en route pour l'hôpital. Mais la caméra fixée sur le policier s'est arrêtée au beau milieu de l'intervention et Frank doit faire face aux critiques de l'opinion publique... Danny et Baez se débattent pour protéger un informateur qui n'a pas bénéficié du programme de protection des témoins.

Danny et Baez enquêtent sur les décès de trois leaders de la communauté juive qui ressemblent fort à des crimes de haine. Frank rencontre des membres de la communauté qui veulent s'assurer que ces crimes ne sont pas pris à la légère... De son côté, Linda décide, à la suite de son agression, de se munir d'une arme malgré l'avis contraire de Danny...

Frank est déterminé à coincer un tueur de flics, celui-là même qui assassina un collègue policier de Henry il y a quelques années. De leur côté, Danny et Baez enquêtent sur une série de meurtres liés à des stars de cinéma pour adultes...

100e épisode Danny se retrouve en position délicate quand il apprend qu'un groupe de vétérans pourrait bien être l'auteur de braquages. Pendant ce temps, une alerte à la bombe dans le métro s'avère n'être que la performance d'un célèbre collectif d'artistes de rue. Garret et Gormley ont des positions divergentes sur les suites à donner à cet incident...

Une jeune adolescente affirme que sa tante a été tuée par son petit ami. Danny enquête... Erin, quant à elle, est furieuse car McCoy la remplace en tant que procureur dans une affaire impliquant un agent des services correctionnels.

Danny et Baez enquêtent car un propriétaire a tiré sur un intrus qui se révèle être un tueur à gages... En parallèle, une affaire de meurtre vieille de 12 ans, instruite à l'époque par Erin, est rouverte par un jeune avocat qui réclame justice au nom de sa mère.

Danny et Baez enquêtent sur une affaire de meurtre dans une résidence de luxe où la victime na pas le profil de la majorité des résidents. De son côté, Frank fait part de son mécontentement car un ami de Gormley, détective, tire avantage de sa position et des lacunes juridiques...

Le témoin clé dans une affaire d'assassinat se rétracte et quitte la ville. Erin est en charge de son retour sous protection afin qu'il puisse témoigner. Danny et Baez sont réquisitionnés pour cette mission. Frank, quant à lui, entame de sévères négociations avec le maire au sujet des avantages des policiers de la ville...

Dans la salle d'interrogatoire, Maria Baez est prise en otage par un homme émotionnellement instable. Danny doit céder à ses demandes s'il veut empêcher l'homme de nuire à sa coéquipière. Frank est confronté à un dilemme quand Garrett lui demande un service : abandonner les charges contre son fils...

Erin est secouée : un inconnu s'introduit chez elle et agresse sa collègue de travail. Pendant ce temps, Jamie et Eddy découvrent une bombe artisanale dans l'appartement d'une vieille dame, tandis que Frank s'intéresse à un organisme de charité qui récolterait des fonds au profit du NYPD...

Eddie part, pour la première fois, en mission sous couverture : elle doit infiltrer un réseau qui kidnappe de jeunes femmes via le site web de fausses auberges de jeunesse. Frank aide une jeune femme qu'il a connue au début de sa carrière : celle-ci cherche à rencontrer l'individu incarcéré qui tua sa famille...

Frank est opposé à une journaliste d'investigation : elle refuse de livrer son informateur qui a pourtant admis avoir commis un meurtre... De son côté, Danny se voit confier la garde d'un adolescent en difficulté, dans le cadre d'un programme du NYPD pour la réinsertion des jeunes.

Branle-bas de combat au NYPD : le commandant de division Donald Kent et sa femme ont été abattus, apparemment par un gang. Frank met toutes ses équipes sur le coup pour retrouver le meurtrier de son ami. Pour les besoins de l'enquête, Danny et Baez rendent visite à Mario Hunt, membre d'un gang réputé dangereux...

Un membre du clan Reagan est gravement blessé par un individu issu d'un gang. Danny met tout en oeuvre pour mettre la main sur le responsable en essayant de ne pas se laisser submerger par ses émotions. Il lui faudra faire preuve de toute son ingéniosité pour amener les personnes concernées à témoigner...