Alors qu'il intervenait sur un banal cambriolage, un agent de police est grièvement blessé. Il décède peu après son admission à l'hôpital. Frank ordonne que tout soit mis en oeuvre pour identifier et retrouver son assassin. Danny ne tarde pas à avoir un suspect, un certain Angelo. Une vieille dame, témoin du meurtre, peine cependant à l'identifier, en raison de sa mauvaise vue. Danny l'aiguille afin qu'elle désigne Angelo. Cette méthode n'est pas du goût d'Erin, qui considère que cela fragilise le témoignage et que le cas n'est pas défendable. C'est ainsi qu'Angelo se retrouve dans les rues et que la crise éclate chez les Reagan...

Danny est accompagné par Russell Burke, une vedette du cinéma d'action hollywoodien, venu se renseigner sur les méthodes de travail de la police new-yorkaise pour les besoins d'un rôle. Danny se retrouve bientôt à devoir garder les secrets de son équipier d'un soir, quand ce dernier se fait blesser...

Danny enquête sur la mort d'un homme, abattu sous les yeux de son jeune fils. Grâce aux renseignements donnés par l'enfant, Danny réussit à identifier l'assassin. Doté d'un casier judiciaire chargé, l'individu a déjà été condamné pour meurtre quelques années plus tôt. Il n'est malheureusement pas en prison, la police n'ayant jamais réussi à le coincer. Un peu plus tard, Frank est contacté par un représentant de la Sécurité Intérieure, qui lui annonce que l'homme que Danny recherche travaille pour eux. Alors que Jamie a désobéi aux ordres de son lieutenant, Frank doit décider d'une sanction adéquate...

Danny et Baez enquêtent sur la mort d'une adolescente qui aurait été poussée par un sans-abri sur les voies du métro. Pendant ce temps, Frank doit rencontrer la nouvelle inspectrice générale, qui aura en charge la surveillance de la politique sécuritaire menée par la police de New York...

Baez enquête sous couverture afin de récolter des renseignements sur l'ex-petite amie de Danny, qui vendrait de la drogue. Elle n'est pas au bout de ses surprises...

L'officier de police James Stafford abat un suspect de 14 ans en pleine rue. Lorsque Jamie Reagan débarque sur les lieux, son collègue prétend d'emblée que le jeune homme pointait un revolver vers lui. Aucune arme n'est malheureusement retrouvée sur la scène de crime et plusieurs témoins assurent que le policier n'était pas en état de légitime défense. Il est accusé de violences sur mineur. Du coup, l'opprobre est jeté sur le département de Frank tout entier, qui est mis sous la surveillance du maire en personne. Pendant ce temps, Danny et Baez tentent de faire la lumière sur le meurtre d'un trader, ruiné à cause de son addiction au jeu...

Lors du dîner entre Frank et l'avocat de la mafia Angelo Gallo, ce dernier est assassiné par balles dans un restaurant en plein centre-ville. Frank à la vie sauve de peu. Pendant ce temps, Danny est appelé pour être juré dans un procès pour meurtre...

Danny et Baez enquêtent sur une affaire d'homicide dont le principal suspect n'est autre que le frère de Baez, un ancien toxicomane. Baez n'avait pas eu de ses nouvelles depuis très longtemps. Pendant ce temps, Frank apprend que l'un de ses agents les plus décorés, un berger allemand qui fait partie de l'unité K9, est accusé de brutalité policière. Henry enquête quant à lui sur la mort suspecte d'un ancien collègue. Les premiers éléments récoltés le laissent perplexe. Il se pourrait que la veuve du policier soit mêlée à l'affaire. Henry décide de l'interroger...

Danny et Baez enquêtent sur un attentat, mais doivent faire face aux résistances de la communauté locale, qui ne collabore pas de bonne volonté. Ils leur faut pourtant recueillir le plus de témoignages possible. Pendant ce temps, un homme frappe un policier parce qu'il était trop agressif durant son interrogatoire. Frank doit composer avec les retombées politiques de l'incident, qui ne manque pas de faire du bruit dans les services...

La loyauté de Danny est une nouvelle fois mise à rude épreuve. Il est contraint de s'occuper d'une affaire concernant Mickey, un ami d'enfance. Mickey et Connie, qui s'étaient installés en Floride, sont de retour à New York, la mère de Connie étant tombée malade. Mickey est soupçonné d'avoir des liens avec une famille de la mafia. Pendant ce temps, Frank apprend que la criminalité est en nette augmentation. Cette hausse serait liée à une décision de justice concernant la politique sur les fouilles au corps, qui sont désormais sévèrement réglementées...

Quand Danny apprend par Nicky qu'une nouvelle sorte d'héroïne est en circulation, il entame une course effrénée pour remonter jusqu'au distributeur. La drogue provoque des overdoses en série. Pendant ce temps, Frank sort le grand jeu pour aider à débarrasser les rues de ces substances...

Danny et Maria prennent en filature un vétéran des Marines. Ils mettent tout en oeuvre pour le retrouver, car Danny pense qu'il est atteint de stress post-traumatique. Il faut impérativement s'assurer qu'il ne met pas sa vie en danger et qu'il ne représente pas non plus un risque pour son entourage. Frank, quant à lui, est pris au dépourvu en pleine conférence de presse par Betty Lowe, dont la fille a été assassinée. Cette femme souhaite saisir la justice et connaître la vérité. Frank prend alors la décision de rouvrir le dossier, espérant pouvoir faire arrêter le coupable...

Danny et Baez enquêtent sur le meurtre de Tiffany Lamp, célèbre travesti d'un show télé, retrouvée morte dans un parc de la ville. Pendant ce temps, Erin se replonge dans une affaire de drogue après avoir été enlevée par la mère de l'accusé...

Danny et Baez sont amenés à enquêter sur l'enlèvement d'une jeune fille, disparue à la sortie de son école. Cette affaire fait ressurgir de douloureux souvenirs dans l'esprit de Danny, qui a travaillé sur une affaire similaire, mais non résolue, quelques années auparavant. Frank, qui est en désaccord complet avec l'inspectrice générale Kelly Peterson, réussit à lui tenir tête. Il refuse en effet de révéler des informations sur un programme qui lui permet de superviser des agents de renseignements à l'étranger...

Danny reçoit l'appel d'une femme en détresse. Elle menace de se suicider en entraînant avec elle celui qui a tué ses parents dans un accident de la route. Frank accompagne son petit-fils Sean lors d'une sortie de classe. Il s'échine à convaincre l'institutrice de lâcher du lest...

Alors qu'ils sont très occupés par une affaire compliquée, Danny et Maria apprennent qu'une femme enceinte a été agressée par des adolescents. Elle est la victime de leur jeu stupide. Ces jeunes s'amusent en effet à frapper violemment à la tête des inconnus qu'ils croisent dans la rue. Danny et Baez sont chargés de mener l'enquête. Il va falloir arrêter cette bande au plus vite. De son côté, Frank se retrouve dans une situation assez délicate. Il souhaite promouvoir un officier, mais freine la procédure, de peur que l'on puisse penser qu'il s'agit d'une preuve flagrante de favoritisme...

Une femme meurt des suites d'une opération de chirurgie plastique, terrassée par une dose mortelle de lidocaïne. Danny et Baez tentent de démasquer le meurtrier. De son côté, Erin s'essaye au speed dating...

Danny et Baez mènent l'enquête sur le meurtre d'un professeur d'université qui était apparemment très respecté. Ils découvrent que l'homme avait en réalité participé à un programme de bourses d'études pour le moins discuté. Il s'agit de déterminer pourquoi cet homme a été éliminé. Par ailleurs, Danny découvre que son père ne l'a pas mis au courant d'une enquête qui est menée sur lui par le procureur, pour violation de l'éthique et de certaines procédures. Il s'inquiète pour la suite des événements. Jamie revoit un de ses amis d'enfance, qui ne semble pas totalement indifférent à son charme...

Erin enquête sur une affaire dans laquelle un policier est accusé d'avoir tué un suspect en détention. Frank lui conseille de s'en tenir aux faits afin d'éviter toute mauvaise publicité pour les services de police. Jamie, quant à elle, recommande à Edit de pardonner à son père ses erreurs passées...

Un agent de l'unité de Danny, qui était en mission sous couverture, est abattu. D'après les premiers éléments de l'enquête, la victime avait pas mal de choses à cacher. Frank découvre notamment que le policier cachait un important secret. Par ailleurs, Erin est approché par un drogué qui sollicite son aide. Mais lorsque la jeune femme reconnaît en lui un ami de Nicky, l'individu prend la fuite. Mise au courant, Nicky charge alors Erin et Jamie de retrouver sa trace. Il s'agit d'un ancien camarade de classe de Nicky, qui vit actuellement dans la rue...

Danny est écarté d'une enquête et comprend qu'une personne en interne essaie d'étouffer l'affaire. Jamie se retrouve au milieu d'une altercation entre un père polonais et sa fille, sur le point d'épouser un étudiant syrien, qui va bientôt perdre son visa...