Risolto il mistero inerente l'uccisione di Joe, la famiglia Reagan prova a tornare ad una vita normale. Frank si trova nuovamente al centro di una spinosa situazione quando un sostenitore dell'attuale sindaco, uno dei suoi maggiori finanziatori, nonché marito di un'amica di Erin, viene trovato morto. Il primo cittadino pretende che il commissario bolli il fatto come un casuale fatto di violenza. Jamie ottiene il suo primo lavoro sotto copertura quando viene spedito in un locale e si imbatte in un sospettoso individuo.

Danny scopre che uno dei rapinatori della banca è un ex poliziotto. Jamie incontra il suo nuovo partner.

Erin decide di riaprire un caso che Frank ha chiuso diciotto anni fa. Danny e Jackie sono alle prese con l'omicidio di tre ragazzini.

Anche se si sta lavorando a un caso, Danny cerca di organizzare un weekend romantico con Linda. Jamie intanto sta lavorando sotto copertura.

Dopo una telefonata arrivata al 911 da un centro religioso si scatena una sorta di crisi politica. Jamie e Renzulli vengono feriti mentre cercano di entrare nel centro per rispondere alla chiamata.

Un killer sta facendo strage di prostitute e Jackie lavora sotto copertura come escort. Erin incontra un ragazzo i cui interessi coincidono con i suoi.

Henry subisce un attacco cardiaco il Giorno del Ringraziamento e la famiglia teme di perderlo. Danny e Jackie stanno indagando su un suicidio che ha lasciato dei dubbi e Frank e il sindaco sono in disaccordo su una minaccia alla città.

Per ottenere un aiuto per suo figlio, un ex mafioso aiuta Danny su alcuni casi del passato. Jamie sta lavorando sotto copertura per trovare un segreto sulla famiglia Sanfino.

Danny ed Erin devono lavorare fianco a fianco per scoprire chi ha ucciso il loro informatore.

Mentre Frank deve combattere contro il nuovo responsabile marketing del sindaco che vorrebbe cambiare la pubblicità usata per il reclutamento della polizia, Danny e Jackie si trovano per le mani un caso piuttosto confuso che riguarda un uomo che è stato ucciso in un ristorante dove si è visto un poliziotto in uniforme scappare dalla scena del crimine.

Mentre si trova in auto con la sua famiglia, Danny rimane coinvolto in una sparatoria con un uomo che sta scappando da un killer. Nel frattempo Frank dice addio a un vecchio amico e collega.

Dopo che una ricca signora muore di infarto, Danny e Jackie indagano sulle accuse della figlia, che afferma che Dio le ha detto che il suo patrigno è responsabile della morte di sua madre. Frank sta controllando il passato di un prete che l'arcivescovo vuole far canonizzare come santo dalla Chiesa.

Una famiglia viene derubata e assalita e il criminale viene ucciso, la famiglia Reagan discute su quanto sarebbero disposti a fare pur di proteggere la propria famiglia. Frank è in conflitto per via delle accuse mosse ad una ragazza arrestata durante un rally clandestino.

Danny e Jackie indagano sull'omicidio di un amico di famiglia che era un detective sotto copertura. La famiglia di Danny si preoccupa per lui per via dell'aspetto profondamente emotivo del caso.

Un reporter famoso, grande amico di Frank, si trova in città e viene aggredito. Nel frattempo il caso per cui Jamie sta lavorando sotto copertura arriva a un punto critico.

Erin si sta occupando del caso di una donna accusata di aver ucciso il marito. Durante le procedure l'avvocato difensore della donna viene assassinato e Danny viene assegnato alle indagini. Quando Erin interroga suo fratello sul banco dei testimoni la tensione sale.

Danny si trova in una posizione difficile quando la pistola legata a una rapina viene portata nel programma di riciclaggio del dipartimento di polizia. Danny deve decidere se arrestare il sospettato o se seguire la regola non scritta del "non chiedere".

Danny decide di indagare su un vecchio caso attirando l'attenzione di tutti nel dipartimento. Il caso tratta del suicidio di un vigile del fuoco, ma il figlio della vittima è sicuro che si tratti di omicidio. Jamie salva un bambino da un palazzo in fiamme ma le cose potrebbero mettersi male per la sua copertura per via di tutta la pubblicità che sta avendo dai media.

In seguito a un attentato alla vita di un testimone sotto protezione, Danny e Jackie si rendono conto che c'è una talpa all'interno del dipartimento. Erin si ritrova con la possibilità di lavorare con Frank grazie a una nuova offerta di lavoro.

La morte di un uomo d'affari dalle abitudini stravaganti risulta sospetta agli occhi di Danny e Jackie che pensano ci sia qualcosa sotto. Jamie intanto si ritrova agli arresti domiciliari.

Frank è in gara contro il tempo per fermare un attacco biologico a New York e al tempo stesso deve mantenere il segreto sull'intera faccenda. Nel frattempo un conflitto di vecchia data tra Danny e Jamie raggiunge il punto critico.