Wanneer een aanhanger van de burgemeester dood wordt gevonden, wil de burgemeester dat Frank het naar buiten brengt als een willekeurige daad van geweld. Ondertussen gaat Jamie door met zijn eerste undercoveropdracht in een bar waar hij banden heeft met een verdachte criminele baas.

Wanneer Danny een speciale opdracht krijgt na een incident waarbij een agent, die zichzelf niet identificeerde, wordt neergeschoten, wordt hij geconfronteerd met onderzoekers van Interne Zaken. Zij kijken op die dag naar zijn gemoedstoestand voor verdere implicaties.

Drie mannen proberen een bank te beroven en Danny ontdekt dat één van de overvallers een voormalige agent is. Jamie werkt samen met Luisa Sosa, zijn nieuwe partner.

Erin moet een oude verkrachtingszaak van achttien jaar geleden heropenen waarin Frank de arresterende agent was. Danny en Jackie hebben te maken met de moord op drie tieners waarvoor geen motief lijkt te bestaan.

Zelfs als hij midden in een zaak zit, probeert Danny met Linda een romantisch weekend te plannen. Jamie's geheime opdracht betreft een misdaadfamilie.

Jamie en Renzulli gewond zijn geraakt door een team van de kerkbeveiliging dat weigerde hen een religieus centrum binnen te laten gaan in antwoord op een oproep van 911. Frank komt hierdoor in een lastige situatie terecht.

Jackie gaat undercover als een escort wanneer zij en Danny een seriemoordenaar opsporen die prostituees in hotelkamers vermoordt. Ondertussen ontmoet Erin een potentiële huwelijkskandidaat in een kunstgalerie die haar interesses deelt.

Henry's hartaanval op de vooravond van Thanksgiving laat het gezin nadenken over een toekomst zonder hem. Terwijl Danny en Jackie een zelfmoord onderzoeken die misschien niet is wat het lijkt, zijn Frank en de burgemeester het niet eens over een bedreiging voor de stad.

Danny vergezelt een gevaarlijke ex-gangster die hem helpt bij het vinden van lichamen in een onopgeloste zaak in ruil voor clementie voor zijn zoon na een autodiefstal. Ondertussen werkt Jamie undercover in oplichterspraktijken, op zoek naar een geheim over de Sanfino-familie.

Wanneer de informant van Erin wordt vermoord, verwijt ze zichzelf en werkt ze samen met Danny om te ontdekken wie de informant heeft vermoord.

Danny en Jackie onderzoeken een plaats delict in een restaurant, waar een getuige beweert dat een geüniformeerde officier het tafereel is ontvlucht nadat de schoten zijn afgevuurd.

Op weg naar huis met zijn gezin, raakt Danny een man met zijn auto die op de vlucht is voor een schutter, en zijn gezin raakt verstrikt in het kruisvuur. Frank heeft schuldgevoelens voor zijn vriend met wie hij samenwerkte op Ground Zero tijdens 9/11.

Wanneer een rijke vrouw sterft aan een hartaanval, beweert haar excentrieke dochter dat ze een bericht van God heeft ontvangen, die haar vertelde dat haar stiefvader haar heeft vermoord. Ondertussen wil de aartsbisschop Frank's steun voor de heiligverklaring van een plaatselijke priester, maar een terughoudende Frank wil eerst een gerucht onderzoeken over de priester die te ver ging toen hij protesteerde tegen de oorlog in Vietnam.

Wanneer het gezin van een man voor hun wordt beroofd en mishandeld en de aanvaller wordt neergeschoten en gedood, moeten de Reagans zich afvragen hoe ver ze willen gaan om hun familie te beschermen. Als een student tijdens een betoging wordt gearresteerd, worstelt Frank met haar straf vanwege haar identiteit.

Danny en Jackie onderzoeken de moord op een vriend van de Reagans die een undercover-detective was. Danny's familie begint zich zorgen te maken, omdat de aanhoudende zoektocht zijn ​​emotionele tol eist.

Wanneer Franks goede vriendin, een spraakmakende verslaggeefster, bijna wordt aangevallen terwijl zij in de stad een verhaal onderzoekt, proberen Danny en Jackie de potentiële aanvaller op te sporen. Ondertussen komt de undercoverzaak van Jamie op scherp.

Als Erin een vrouw vervolgt die ervan beschuldigd wordt haar man te hebben vermoord, wordt de advocaat van de verdachte vermoord en wordt Danny aan het onderzoek toegewezen. Wanneer Danny moet getuigen, wordt de band tussen broer en zus op de proef gesteld.

Danny wordt in een moeilijke positie gebracht wanneer een pistool in verband met een overval bij NYPD wordt aangetroffen. Hij moet kiezen tussen de verdachte te arresteren of te laten gaan.

Danny veroorzaakt onrust binnen de afdeling wanneer hij een reeds gesloten zaak onderzoekt, de zelfmoord van een brandweerman, op aandringen van de 12-jarige zoon van de man. Ondertussen redt Jamie een baby uit een brandend gebouw, maar maakt zich zorgen dat zijn undercoverwerk in gevaar komt als hij als held in de pers wordt afgebeeld.

Danny en Jackie onderzoeken de verdachte moord op een grote investeerder, die gewond is geraakt tijdens een gevecht, maar geen sporen achterliet. Ondertussen plaatst Frank Jamie onder huisarrest, terwijl de familie Sanfino 'Jimmy Reardon' probeert uit te schakelen.

Frank moet er alles aan doen om een ​​biologische wapenaanval op New York City te stoppen, terwijl hij het geheim moet blijven houden voor zijn familie tijdens hun meest sentimentele vrije dag, Moederdag. Ondertussen komt een al lang bestaand conflict tussen Danny en Jamie ter sprake.