Le mari de l'une des meilleures amies d'Erin a été retrouvé mort dans sa voiture. Tout porte à croire qu'il s'agit d'une exécution. Le maire, dont la victime était un proche collaborateur, prend très à cœur la résolution de cette enquête et demande à Frank d'étouffer certains détails qui pourraient provoquer un scandale. Jackie découvre que la victime avait une maîtresse. De son côté, Jamie commence sa première mission d'infiltration.

Alors qu'il patrouille la nuit avec Jackie, Danny tire sur un suspect armé et le blesse sérieusement. En s'approchant du corps, il réalise qu'il s'agit d'un policier. L'homme se trouve entre la vie et la mort à l'hôpital tandis que Danny est interrogé par un inspecteur des affaires internes. Frank ordonne alors que son fils soit réaffecté en attendant que l'affaire soit résolue. Jackie fait son possible pour l'innocenter.

La police intervient sur un braquage de banque qui a mal tourné et où plusieurs personnes sont retenues en otages. Avant que la situation ne dégénère, Frank est alerté et repère parmi les malfaiteurs un homme qu'il a bien connu. Il s'agit d'un ancien collègue dont la vie a basculé quand sa fille est tombée gravement malade. De son côté, Jamie fait équipe avec Luisa Sosa qu'il a bien connue à l'Académie.

Danny et Jackie enquêtent sur l'agression de trois adolescents dans un parc. Deux ont été tués et la troisième est dans un état grave. De son côté, Erin informe son père qu'un homme qu'il avait arrêté dix-huit ans plus tôt dans une affaire de viol clame toujours son innocence et demande la révision de son procès. Des test ADN sont effectués et confirment sa version des faits, ce qui fragilise Frank.

Danny est pris par une enquête très complexe sur une tentative d'arnaque à l'assurance qui a mal tourné. Dans le même temps, il veut montrer à sa femme Linda qu'il accorde de l'importance à leur relation en l'emmenant en week-end romantique. De son côté, Jamie est recontacté par un homme lié à la mafia, qu'il rencontra lors d'une mission d'infiltration. Il demande alors à son père de le conseiller.

Le sergent Renzulli et Jamie sont envoyés sur une scène de braquage. Sur place, ils découvrent que c'est un lieu de culte et leur présence provoque une émeute. L'affaire est rapidement médiatisée. Elle prend un tour politique, notamment à cause du révérend responsable de l'église qui semble vouloir attiser le feu. Frank Reagan en personne est obligé d'intervenir pour tenter de désamorcer la situation.

Jackie enquête sous couverture sur un tueur en série qui s'en prend à des prostituées de luxe et qui demeure insaisissable. Pour le coincer, elle se fait passer pour une escort girl et se rend dans les hôtels, lieux de prédilection de l'assassin. Frank lui prête main-forte dans cette mission à haut risque. Erin fait la rencontre d'un homme dans une galerie d'art, où elle a emmené sa fille et qui semble partager ses goûts.

Renzulli et Jamie assistent impuissants à la chute d'une jeune femme du haut d'un immeuble. La victime est une étudiante en droit. Tout porte à croire qu'elle s'est suicidée. Danny et Jackie prennent l'enquête en main. Erin découvre que Jacob fait l'objet d'une surveillance policière parce qu'il pourrait être impliqué dans des vols d'objets d'art. Alors qu'il prépare le repas de Thanksgiving, Henry a une crise cardiaque.

Un ex-tueur de la Mafia est prêt à donner des informations sur des crimes en échange d'une certaine clémence pour son fils, impliqué dans des affaires de vol. Danny est chargé de l'escorter à travers la ville afin qu'il indique les endroits où il a abandonné des corps. Inquiet, Frank demande à Sam Croft de l'accompagner. Jamie reprend sa mission sous couverture auprès de Noble Sanfino qui devient vite dangereuse.

Frank doit intervenir sur une affaire délicate impliquant un officier de police qui aurait malmené un suspect. Les preuves contre lui sont accablantes. De son côté, Danny et Jackie enquêtent sur le meurtre à bout portant d'un représentant syndical, survenu alors qu'il sortait d'un restaurant avec sa femme. La victime était l'un des informateurs d'Erin dans une opération visant à mettre au jour les manœuvres frauduleuses de promoteurs véreux.

Un homme a été abattu dans un restaurant, mais les circonstances de sa mort restent floues. Un témoin affirme avoir vu un policier quitter les lieux juste après les coups de feu. De plus, le propriétaire de l'établissement a disparu. Dans le même temps, Garrett explique à Frank la volonté du maire d'organiser une campagne de recrutement pour les services de police. Jamie trouve un second emploi pour arrondir ses fins de mois.

En rentrant chez lui avec sa femme Linda et ses deux fils après avoir passé une soirée en famille, Danny percute un homme avec sa voiture. Il lui porte secours, mais un individu armé surgit et tire. Linda et les enfants sont bouleversés d'avoir assisté à cette scène. De son côté, Frank déprime et décide de consulter un psychologue à qui il confie son désarroi à propos de l'un de ses anciens coéquipiers, malade depuis le 11 septembre.

Une femme très riche, atteinte de sclérose en plaques, décède d'une crise cardiaque dans sa salle de bains. Danny et Jackie enquêtent sur cette affaire délicate. La fille de la victime prétend en effet qu'il s'agit en réalité d'un crime commis par son propre beau-père. Frank se voit demander par l'archevêque McGovern de soutenir la candidature à la canonisation d'un prêtre activiste qu'il a bien connu.

Fernando Ortiz et sa famille sont cambriolés et agressés à leur domicile par deux malfrats. Peu de temps après, l'un des malfaiteurs est abattu par balle en pleine rue. Danny et Jackie sont chargés de l'enquête. Interpellé, Ortiz ne tarde pas à avouer le meurtre. Mais son témoignage ne convainc pas les inspecteurs. Parallèlement, Nicky passe une journée pleine d'intérêt avec sa mère dans le cadre d'un stage.

Danny et Jackie sont chargés de suivre deux collègues qui travaillent sous couverture pour piéger un baron de la drogue. Mais leur filature tourne mal et les policiers infiltrés se font tirer dessus. L'un d'eux, Gates, ami de Danny, est tué. Bouleversé, ce dernier met tout en œuvre pour retrouver l'auteur du meurtre. De son côté, Jackie s'enferme dans un sentiment de culpabilité qui la ronge.

Alors que Frank se trouve en compagnie d'une de ses amies journaliste à la télévision, celle-ci est agressée par un inconnu devant l'hôtel où elle séjourne. Le chef de la police demande aussitôt à Danny d'enquêter sur les raisons de cette agression. De son côté, Jamie est replongé de manière inattendue dans son enquête sous couverture lorsqu'il apprend par Bianca que Johnny Tesla a été tué. Très vite, le jeune inspecteur se retrouve en danger.

Erin dirige des poursuites contre Ann Delamar, soupçonnée d'avoir poignardé son mari, un milliardaire plus âgé qu'elle. L'affaire se complique quand l'avocat de l'accusée est abattu à la sortie du tribunal, juste après s'être entretenu avec Erin. Danny et Jackie se sont chargés de l'enquête. Très vite, la tension monte entre le frère et la sœur dans cette affaire. De son côté, Frank est victime d'une fraude bancaire.

Soutenue par des responsables religieux, la mairie lance un programme exceptionnel de rachat d'armes à feu afin de réduire leur nombre dans la ville de New York. Frank a du mal à s'associer à cette opération très médiatique. Parallèlement, Danny et Jackie enquêtent sur une série de cambriolages dont été victimes des pharmaciens. Un portrait robot peut rapidement être dressé grâce à un témoin.

Un témoin capital permettant à Erin d'inculper un trafiquant d'armes responsable d'un meurtre est assassiné en pleine rue. La jeune femme avait construit réquisitoire sur lui, et doit donc revoir tout son dossier. Mais le témoignage d'une jeune femme relance l'enquête. Erin demande à Danny et Jackie d'assurer sa surveillance. Dans le même temps, Frank est tourmenté par une annonce que le maire vient de lui faire.

Alors qu'il accompagne sa co-équipière aux urgences, Danny assiste à la mort d'un jeune homme qui venait se faire soigner après s'être battu. La victime était un investisseur financier mais participait le soir à des combats clandestins. Parallèlement, Jamie apprend par son père que Phil Sanfino a donné l'ordre de l'éliminer. Le jeune inspecteur est donc consigné au domicile de Frank jusqu'à ce que le danger soit écarté.

Alors que chacun se prépare pour la fête des mères, Frank apprend qu'une menace terroriste pèse sur New York. Si elle réussissait, cette attaque bactériologique exposerait la population à un virus mortel. Alors que le maire veut immédiatement organiser une conférence de presse, le chef de la police préconise quant à lui d'opter pour la plus grande discrétion. Ignorant tout du danger, Danny et Jackie enquêtent sur un voleur qui s'attaque aux vieilles dames.