Membre d'une dynastie de policiers new-yorkais, Jamie Reagan vient tout juste d'être diplômé de l'école de police. Alors qu'il fête l'événement avec sa famille, l'enlèvement d'une fillette de 9 ans est signalé. L'affaire est confiée au frère aîné de Jamie, Danny, lieutenant aux méthodes parfois expéditives. Leur père, Frank, chef de la police de New York, prend le dossier très au sérieux et convoque la presse.

La police new-yorkaise doit faire face à une bande de jeunes racketteurs qui sévit dans le métro. Leur dernière attaque, émaillée de violences, a provoqué une véritable panique parmi les voyageurs. En arrivant sur les lieux, Danny découvre le corps de l'un des agresseurs. D'après les témoignages, il aurait été tué par l'un des passagers. La soeur de la victime se présente au commissariat et donne des informations importantes à Danny.

L'opinion publique est en émoi à la suite de trois agressions consécutives survenues sur un campus. La troisième s'est soldée par un viol et la victime, grièvement blessée, est admise à l'hôpital. Le principal suspect est Sébastian Calso, le fils du consul-adjoint d'Argentine aux Etats-Unis. Mais il bénéficie d'une immunité diplomatique qui complique la tâche des enquêteurs. Frank remet en question sa relation avec Kelly.

Toutes les équipes sont mobilisées afin de retrouver un homme soupçonné d'avoir tué une femme officier de police. Celle-ci a été abattue au cours d'un braquage qui s'est produit chez un diamantaire. Danny prend cette affaire très à coeur car elle lui rappelle la mort de son frère. Jackie, son équipière, tente de le calmer. De son côté, Henry décide de faire jouer ses vieilles relations pour faire avancer l'enquête.

La police doit neutraliser une voiture piégée qui se déplace dans la ville et qui menace d'exploser à tout moment. Les enquêteurs savent seulement qu'il s'agit d'un 4x4 et organisent des contrôles dans tout Manhattan. Après avoir eu la certitude que la cible des terroristes est un parc de la ville, Danny tente de prévenir Linda qui se trouve au zoo avec les enfants. De son côté, Jamie accompagne son grand-père à un match.

Trois adolescents meurent d'une overdose au cours d'une soirée après avoir consommé une nouvelle drogue. Soignée à l'hôpital, une jeune femme s'en sort miraculeusement. Danny l'interroge sur les différentes personnes présentes à la fête. Elle lui révèle que celle qui organisait la soirée lui en voulait de sortir avec son ex-petit ami. Avec Jackie, le lieutenant se rend dans l'établissement où tous les jeunes sont scolarisés.

Erin œuvre pour faire arrêter un chef de gang, en tentant de convaincre son frère de témoigner contre lui. Pendant ce temps, Danny se montre sévère avec Jamie afin de le protéger. Mais le jeune homme supporte mal son comportement. Leur père tente d'apaiser leurs querelles sans prendre partie. Par ailleurs, il reçoit la visite du procureur qui lui annonce qu'il compte se présenter au poste de maire.

Après un rendez-vous avec des agents fédéraux à Chinatown, Jamie est témoin d'un crime et intervient. Malheureusement, la poursuite se termine par la mort d'un des suspects et la fuite du second. Jamie fait alors l'objet d'une enquête interne et doit expliquer pourquoi il a agi alors qu'il n'était pas en service. Danny prend en charge l'enquête et met tout en œuvre pour la résoudre afin de blanchir son frère.

La ville est en émoi depuis l'annonce de la libération de trois dangereux criminels à la suite d'une erreur commise par un laboratoire d'expertise de la police de New York. Frank et Jackie surveillent l'un d'eux, Dick Reed, un violeur récidiviste qui bénéficie d'une certaine aura auprès de nombreux déséquilibrés. De son côté, Erin tente de convaincre la seule femme qui avait réussi à échapper à Reed de témoigner contre lui.

Danny et sa coéquipière enquêtent sur le meurtre du portier d'une boîte de nuit, abattu en pleine rue. La patronne du club, Sabrina, n'est pas indifférente au charme de Danny et ne rate aucune occasion pour le séduire. Très vite, Linda se met à soupçonner le mari de Sabrina. Jamie recherche l'ancienne coéquipière de Joe, Lydia Gonsalves, pour l'interroger sur les circonstances de la mort de son frère.

Danny et Jackie enquêtent sur le meurtre d'une prostituée, retrouvée noyée dans l'East River. Danny se sent particulièrement concerné par l'affaire car la victime l'a appelé quelques heures seulement avant sa mort, disant craindre pour sa vie. Parallèlement, la découverte du corps d'un enfant donne l'occasion de rouvrir une vieille enquête non élucidée dont Frank s'était chargé quelques années auparavant.

Danny enquête dans le milieu de la mafia russe après le meurtre du fils d'un gangster survenu lors de sa fête de fiançailles. Erin est, quant à elle, chargée par son patron, le procureur du district, d'une affaire de corruption politique très médiatisée. Beaucoup lui reprochent de se laisser instrumentaliser par Rossellini en acceptant de traiter à sa place ce dossier dans lequel l'adjoint au maire est impliqué.

Danny est chargé d'enquêter sur l'agression d'un agent secret d'origine pakistanaise infiltré au sein d'une cellule terroriste. L'identité de la victime et son statut particulier n'étant connue que de Frank, Danny doit être discret sur son enquête et mentir à son entourage. Jackie ne tarde pas à avoir des soupçons. Jamie s'intéresse à une jeune femme fragile qui pense que quelqu'un s'introduit régulièrement chez elle.

La fille d'un richissime homme d'affaires est enlevée en pleine rue, en revenant du lycée. Rapidement, une rançon est demandée. Danny et Jackie sont sur l'affaire et enquêtent dans l'entourage de la jeune femme. Ils doivent en outre gérer la peur des parents, qui sont divorcés. La relation d'Erin avec son patron prend une tournure inattendue alors que Nicky leur organise un dîner surprise pour la Saint-Valentin.

Frank a été la cible, en pleine rue, d'un tireur inconnu. L'équipe se lance dans une chasse à l'homme à travers la ville. Alors que l'adjoint de Frank pense à l'oeuvre d'un cartel mexicain qui s'attaque à des personnalités, l'enquête de Danny indique qu'il pourrait s'agir d'un ancien patron du crime ayant des griefs envers Frank. Il faut agir vite car une cérémonie en hommage à Joe, et à laquelle Frank veut assister, approche...

Une jeune fille non identifiée est retrouvée morte dans une ruelle alors qu'un bal de débutantes battait son plein, non loin de là. Tout en interrogeant les différentes personnes qui participaient à l'événement, la police découvre que la victime avait eu très recemment une altercation avec une prostituée dans le hall d'un hôtel. Parallèlement, Danny et Erin ont une violente dispute à propos de Nicky.

Un sans-abri a été frappé à mort dans une ruelle à l'arrière d'une boîte de nuit. La victime est rapidement identifiée : il s'agit d'un ancien marine ayant servi plusieurs fois en Afghanistan. Danny, qui prend l'affaire très à coeur, parvient à trouver les auteurs du crime dont l'un est le fils d'un riche homme d'affaires. Il doit trouver des preuves solides pour inquiéter le jeune homme, qui bénéficie d'appuis solides.

Alors qu'il rentre chez lui, Danny est témoin du meurtre d'un jeune homme par Salazar, un baron de la drogue connu pour sa violence. Alors que Danny s'apprête à témoigner contre lui, sa femme Linda se fait enlever par des hommes aux ordres de Salazar. Tout le clan Reagan se mobilise dans la plus grande discrétion pour tenter de retrouver la jeune femme. Pendant ce temps, Henry veille sur les enfants.

Un riche touriste, de passage à New York avec son épouse, est la cible de tirs devant un restaurant. Le lendemain, il décède à l'hôpital. Danny et Jackie doivent vite trouver l'assassin car la presse s'est déjà emparée de l'affaire. Les premiers témoins les mènent vers un jeune Haïtien, chauffeur de taxi, au passé un peu trouble. De son côté Jamie a trouvé un moyen pour en savoir plus sur l'ancienne équipière de Joe.

Un couple âgé, vivant près du domicile des Reagan, a été assassiné à coups de couteau. Sous le choc, Danny s'entretient avec deux des trois enfants des défunts, qui vivent non loin de là. Le troisième, Ronnie, un homme instable vivant encore chez ses parents, est introuvable. Il devient très vite le suspect idéal. Jamie comprend qu'on essaie de l'intimider lorsque son arme de service disparaît et que son véhicule est saboté.

Danny et Jackie enquêtent sur une saisie de drogue et d'argent qui les mènent sur la piste de policiers corrompus. Parallèlement, Jamie révèle aux hommes du clan les informations qu'il détient sur Joe et l'enquête qu'il menait sur les Templiers bleus. Frank prend cette affaire très à coeur et décide de garder cette nouvelle confidentielle. Il organise donc depuis son domicile une enquête pour traquer les assassins de son fils.