Le sergent Daniel «Mac» McAllister organise le transfert du terroriste Omair Idrisi mais l'épouse de celui-ci met au point une embuscade pour le libérer. Cette attaque laisse Mac pour seul survivant. Suite à ça, le colonel Adeena Donovan recrute McAllister pour reformer la Section 20 afin de retrouver Idrisi. L'une de leurs premières missions est de libérer le sergent Samuel Wyatt des prisons Libyennes...

La Section 20 apprend l'identité du trafiquant d'armes auprès de Khaleed : Morgan Ives. Les membres de l'équipe sont envoyés dans une ville où ils trouvent l'hélicoptère d'Ives abattu après que le marché a été conclu avec Idrissi. Bien qu'Ives ait survécu, l'équipe se retrouve entourée d'insurgés, avec d'autres en chemin et le sauvetage est retardé par une tempête de sable. Ils achètent un véhicule, mais Ives est abattu pendant l'évasion...

Afin de découvrir l'intention de Lowry, McAllister et Wyatt infiltrent le groupe dirigé par Rosa Varga et son frère Josef, en participant à des combats d'arts martiaux mixtes. La Section 20 découvre bientôt que Lowry est après Ilya Zaryn avec l'aide de Magyar Ultra. Pendant ce temps, Donovan et Reynolds trouvent la planque de Lowry, mais elle est abandonnée, avec seulement des photos d'anciens agents de la Section 20. A un moment donné au cours de la mission, Rosa soupçonne McAllister et Wyatt d'être sous couverture...

Le reste de l'équipe suit McAllister et Zaryn jusqu'à un camp d'entraînement à la campagne. Ils sauvent McAllister de la pendaison et récupèrent Zaryn. Lorsque leur transport tombe en panne après avoir échappé à la première vague d'ennemis, Josef brouille toute communication. Croyant que son frère est de plus en plus instable, Rosa veut dire à la Section 20 tout ce qu'elle sait sur Lowry en échange de sa sécurité...

L'équipe appréhende le comptable de Lowry d'après les renseignements de Rosa, puis obtient l'accès à ses comptes et les bloque. Le caporal Will Jensen constate que Lowry est roulé par Milos Berisovich, un patron de la mafia biélorusse. Lowry rend visite à son beau-père à Hambourg pour plus d'argent, mais elle est forcée de rentrer les mains vides. La section 20 remonte la trace du laboratoire de méthamphétamine de Berisovich...

La Section 20 suit Maya, une musulmane locale radicalisée, jusqu'à l'aéroport. Quand elle tente de libérer le gaz Novichok dans l'air, Reynolds lui tire dessus. Cependant le gaz qui s'est échappé n'était pas dangereux, car Milos Borisovich ne veut pas d'une attaque commise dans son pays. Plus tard, Yuri retrouve l'équipe et tente de tuer Reynolds...

Après avoir appris qu'Idrisi est vivant, Lowry recherche Johannes Krieger, PDG de la compagnie militaire privée Octagon en Allemagne. Il ne lui donne que le nom de Rachel Sheridan, une agent qui a rapport avec certains «black sites». Pour devancer Lowry, la Section 20 sollicite l'aide de sa fille Lila Hall, qui refuse de coopérer...

Pendant que Reynolds et Novin trouvent la dépouille de Rachel, McAllister et Wyatt se faufilent dans le «black site». Idrisi est libéré par un médecin qui travaille avec Lowry. Quand la CIA découvre l'intrigue, ils verrouillent les installations et capturent Wyatt pendant qu'Idrisi ouvre les cellules appartenant à d'autres terroristes. Après avoir capturé McAllister, Idrisi tente de l'utiliser pour obtenir sa liberté...

Donovan a reçu l'ordre d'un officiel corrompu à Whitehall de tuer le reste de son équipe pour couvrir ses traces. Pendant ce temps, l'équipe est pourchassée et piégée par un groupe de mercenaires travaillant pour Ives, qui confisque Idrisi pour mettre la main sur Atlas, un dossier contenant des secrets du gouvernement britannique...

Scott et Stonebridge opèrent en tant qu'agents indépendants, et travaillent à empêcher Idrisi d'acquérir Atlas. Mais Idrisi a des alliés dans les forces spéciales russes intéressées par l'Atlas. Les hommes de la Section 20 arrivent à l'emplacement requis sur l'île d'Avet. Les Russes sont là également et la Section 20 tombe dans une embuscade...