A Scott le envían al desierto keniata para asegurarse de que se transfiere a Keemal, un funcionario libio que busca asilo, a los responsables de la embajada británica. Pero en su lugar, Scott acaba en medio de una trama de secuestro que le lleva a él y tres rehenes a una devastada Mogadiscio, y las garras de un despiadado señor de la guerra local llamado Huseyin Waabri. Mientras sus amigos arriesgan su vida y miembros en África, Stonebridge está de vuelta en Reino Unido formando a las incorporaciones de la Sección 20, un trabajo que da un giro peligroso cuando un soldado inestable llamado Jake Hanson, cuyo hermano estuvo a las órdenes de Stonebridge, se viene abajo.

Sorprendido al descubrir que una rehén de Waabri llamada Rachel Dalton es de hecho una funcionaria de la inteligencia militar de alto rango, Scott, acompañado ahora por Stonebridge y Richmond, evita una masacre hostil en Mogadiscio a manos de Waabri y su atractiva socia, Asmara, que esperan iniciar una nueva vida vendiendo cuatro armas nucleares a un comprador misterioso en Sudáfrica. Cuando el equipo regresa a Londres, la Sección 20 nombra a un nuevo líder para sustituir al coronel Grant, y Stonebridge se reconcilia con Kerry, aunque por poco tiempo.

Un conmocionado Stonebridge se une a Scott en Nigeria para localizar a Axmali, un clérigo musulmán radical que ahora está al mando, pero se ven entorpecidos por la sospecha de un ataque aéreo de la CIA y la hostilidad local. El camino se vuelve a complicar de nuevo en Niamey, donde un mensajero llamado Othmani, armas en mano, se abre camino en Argelia. Scott y Stonebridge se asocian con Markunda, el seductor líder de una tribu nómada tuareg, para dar con Othmani, del que la Sección 20 averigua, tiene lazos de sangre con El Soldat, un líder de Al Qaeda. Pero una emboscada en el desierto acaba comprometiendo toda la misión... una vez más.

Escondido con Markunda y un herido Othmani en una granja remota de Argelia, Scott y Stonebridge se preparan para un asalto inevitable de las fuerzas de El Soldat, que busca hacerse con las armas y su medio hermano. En la base de la Sección 20, Sinclair le pregunta a Dalton acerca de su relación con Othmani. El mayor llama a su vez a Othmani para cuestionar su lealtad a ciegas a un canalla falso. Cuando cae la tarde, se inicia un fuego sangriento, pero la victoria (y las armas nucleares) acaban en manos inesperadas.

Siguiendo el rastro de las armas perdidas, la Sección 20 se traslada a Ciudad del Cabo, donde los esbirros de Knox esperan obligar a un experto nuclear expatriado, Peter Evans, a cooperar secuestrando a su hija y el hijo de esta. Buscando salir del atolladero cuando Evans es custodiado por Stonebridge y Dalton, Scott intenta acudir a un informador de Knox: el antiguo colega de Delta Force, Curtis Roe. Una trampa en un estadio de fútbol se transforma en una persecución alocada por Ciudad del Cabo, y Stonebridge acaba dando un rodeo por una cara conocida.

Con Evans reclutado para trabajar para Knox, Stonebridge ve una oportunidad para localizar las instalaciones conectando con la idealista hija de Knox, Ava. Scott intenta convencer a un asesino del Mossad para que obedezca a su conciencia y desaparezca, mientras que Hanson se vale de sus habilidades especiales en un nuevo trabajo. Cuando Scott, Richmond y Baxter desbaratan un plan para desviar las armas, la respuesta de la policía es intentar clausurar la Sección 20.

Cuando Walter Lutulu, líder del partido para un Zimbabue democrático, es liberado de la cárcel. Scott y Stonebridge localizan a la hija del activista Lutulu, Lilian, en un intento por acercarse a su enemigo, Knox. En su lugar, la oficina de la Sección 20 es invadida por Dreyer, con consecuencias mortíferas. Mientras, la lealtad de Lutulu se tambalea cuando se entera de los verdaderos motivos de su liberador.

Cuando Stonebridge intenta proteger al asesino de un mafioso enojado, Scott, que intenta convencer a Lilian de las intenciones de Knox, se defiende de un ataque de Hanson. Cuando Stonebridge es secuestrado por Matlock, la Sección 20 se ve obligada a organizar un intercambio de prisioneros. Animado por Knox para liderar a su equipo, Lilian suelta un bombazo en la conferencia de prensa que deja a Knox echando humo, y a la Sección 20 a las puertas de las armas.

Final de temporada. Scott interroga a Bryant sobre su papel en el plan de Knox y acude a ella para que le ayude, pero el pasado oscuro de Scott podría influir en su decisión. Stonebridge intenta centrarse en la misión, pero se ve consumido por los pensamientos de venganza. La policía de Sudáfrica se une a la Sección 20 para encontrar las armas antes de que pueda llevar a cabo su plan.