帮助朝鲜原子能研究所所长金明国博士亡命的赵明浩接到亨俊的报告，得知亡命计划被暴露后担忧情报被泄露。随后召开紧急会议，商讨新的亡命计划。秘密和曹明浩见面的勇冠召集特殊要员，但是计划再次被失败。三年后，勇冠再次接到明浩的联络。成为NTS新任局长的勇冠为了完成特殊任务，重新选拔了要员。

　　正宇看到在意大利的任务搭档是惠仁后大吃一惊。在豪华的宅邸举行的派对上，身穿华丽礼服的惠仁走进宅邸。正宇轻松打倒在屋顶上监视的警卫人员，成功在派对现场和惠仁会合。惠仁慢慢接近目标，正当作战计划即将成功时，被对方警卫员察觉，对方开始追击惠仁和正宇。

　　曾是恋人关系的正宇和载熙重逢，履行任务中载熙陷入危机，正宇不顾性命去救她。勇冠重新把政宇叫到NTS，派他和前朝鲜情报要员基秀去阿尔及利亚完成特殊任务。正宇在机场看到基秀后大吃一惊，到达阿尔及利亚后，正宇在基秀的帮助下找到国际恐怖组织的根据地。

　　总统的女儿遭到绑架，正宇和基秀在追赶绑匪的途中受伤，载熙听到正宇受伤的消息后立刻前往意大利。随后勇冠等NTS要员们陆续抵达意大利，完成国情院特殊任务的要员也和他们同行，正宇看到对方后大吃一惊。

　　孙赫等DIS要员们开始投入拯救秀英的作战当中，正宇和载熙、基秀也来到秀英被监禁的地方，不料因基秀的失误，和绑架犯展开激烈的枪战。绑架犯们把秀英当成人质逃跑。正当孙赫、正宇、载熙、基秀瞄准枪对峙的时候，一个绑架犯突然向秀英开枪，这时响起了枪声。

　　正在偷取NTS机密信息的惠仁被人发现，她急忙整理后离开。NTS要员从惠仁查看的资料中发现关于金明国博士的新的保护作战计划文件被打开后急忙拿起电话，这时惠仁突然出现在他背后。

　　以为金明国博士死去的孙赫知道了他被NTS转移到日本的事情，他下令打听金明国的位置。权勇冠局长指示载熙监视孙赫，强化威胁NTS组织的外部势力。正在调查金明国博士下落的惠仁被调查室要员叫去，重新接受关于‘雅典娜’组织的调查，惠仁再次陷入了危机。

　　正在追赶绑架金明国的绑架犯的正宇掉进陷阱。NTS的调查越来越接近孙赫的根据地，惠仁得知后欲告诉孙赫危机情况。NTS要员们向金明国绑架的地方出动，这时俊浩知道了真的金明国博士所在的位置。

　　正宇看着在自己面前接受拷问的惠仁惊呆。绑架犯们以惠仁做人质，要求正宇拿来新型原子反应堆的核心设备SNC。左右为难的正宇为了救惠仁决定偷SNC。正宇接近保管SNC的保险柜，开始解开装置，正当正宇即将打开保险柜的瞬间，举着枪的要员们在背后包围了他。

　　丢失SNC的孙赫和惠仁遣送到美国。权勇冠局长下令载熙调查孙赫，对偷了SNC的正宇下了停职处分。对金明国博士的死仍有怀疑的正宇独自调查在日本的事件，发现金明国死前拿出来的东西是解开事件的重要线索。

　　正当孙赫向正宇开枪的瞬间，惠仁突然出现。露出不安表情的惠仁告诉正宇不要再见面，正宇无法理解突然改变的惠仁。美国CIA怀疑孙赫的身份，下达抓捕令，孙赫被CIA和NTS同时追捕。

　　正在调查孙赫照片的政宇发现照片中的少女就是惠仁后大吃一惊，政宇告诉惠仁不会隐瞒这个事情，惠仁听后痛苦不已。惠仁突然失踪，政宇四处寻找她的下落，这时接到意外的电话。

　　孙赫趁正宇不在带走了惠仁。惠仁下定决心要离开雅典娜，孙赫努力去说服她。 正宇在韩正毕的暗杀现场发现了手上拿着枪的惠仁，感到自己被惠仁欺骗，勇冠指示正宇一定要抓到惠仁。载熙因父亲的死而悲伤，正宇在一旁难过地望着她。哲英给基秀下达让所有人吃惊的秘密任务。

　　孙赫试图袭击总统车辆，与来阻止他的正宇在大桥上相遇。正宇举抢射向孙赫，孙赫突然从桥上跳了下去。决定脱离雅典娜的惠仁被载熙逮捕。雅典娜组织正在计划一场大阴谋。

　　浑身装上炸药的Andy占领了NTS，孙赫威胁NTS放了惠仁。愤怒的勇冠与孙赫对峙，惠仁为了阻止更多人牺牲，主动出现在孙赫面前。受勇冠的指示执行特殊任务的正宇接到载熙的电话后跑到NTS。Andy带着惠仁离开NTS，为了阻挡追击，让载熙穿上装上炸弹的背心。

　　正宇和基秀看到成哲的死悲痛不已。对雅典娜的恐怖袭击感到愤怒的勇冠发誓要除去雅典娜，并指示惠仁来帮助调查。惠仁想起死去的成哲和成为敌人的孙赫，陷入矛盾和自责。孙赫看着向自己举枪的惠仁，更加失去理智。

　　NTS突袭雅典娜的隐身处，但孙赫已经撤离。NTS发现了雅典娜正在计划的恐怖袭击的线索。因炸弹袭击差点陷入危机的载熙想起往事感到恐惧，俊浩难过地望着她。孙赫的作战计划接连失败，雅典娜总部开始怀疑他的指挥能力，于是派毕立前往韩国。对毕立的出现感到不安的孙赫听到雅典娜要除掉惠仁的事情后大吃一惊。

　　雅典娜的下一个恐怖袭击目标不明确，正宇拼命追赶孙赫。基秀来找正宇，表示为了成哲，他也想参与除掉孙赫的计划当中。NTS要员们接到孙赫在庆州出现的消息，随即全部出动，这时孙赫来NTS宿舍找惠仁。

　　载熙被雅典娜组织成员射中要害，奄奄一息时，载熙告诉正宇核武器的位置，嘱托他一定要顺利完成任务。俊浩跑到现场努力去救载熙，但载熙却告别了人世。惠仁和基秀看着死去的载熙震惊。正宇拼命追赶核武器位置，最终他终于成功阻止了发射，但是大意的他却让孙赫跑掉。孙赫因愤怒失去理智，他准备要做最后的反击。