Et drab i Københavns Havn fanger vicepolitikommissær Sarah Lunds opmærksomhed netop som hun har planer om at søge nyt job efter 25 års tjeneste.

Efterforskeren Sarah Lund står overfor endnu en kompliceret sag, da datteren af en velhavende forretningsmand kidnappes. Sagen bliver politisk, og sporene leder til en anden sag, hvor højtstående embedsmænd muligvis har misbrugt deres magt til at dække over en forbrydelse.

Efter Vicestatsadvokatens dramatiske død står det klart, at Emilie Zeuthens kidnapper er en mand, som ikke skyer nogen midler for at inddrive sin gæld. Men hvilken gæld? Lund og Borch prøver at få samarbejdet til at glide, og Lund opsøger Mark, for at forsone sig med ham. Familien Zeuthen har svært ved at acceptere, at Emilie er væk, og presser politiet til at handle ved at stille alle midler til rådighed. Statsminister Kampers stab forsøger at holde ham fri af kidnapningsaffæren, men de får nogle ubehagelige informationer, som gør det svært at fokusere på valgkampen.

Endnu et mislykket udvekslingsforsøg stiller Borch og Lund i et dilemma - skal de adlyde Gerningsmanden, eller skal de handle på trods af hans direktiver - og dermed risikere at sætte Emilie Zeuthens liv yderligere i fare? Med Retsmedicinerens død, tyder flere ting nu på, at der er en sammenhæng mellem en gammel drabssag og Emilie Zeuthens skæbne. Robert Zeuthen er klar til at betale den ultimative pris for at få sin datter tilbage i live, og på trods af politiets advarsler, gennemtrumfer han sin vilje. Statsministerens politiske liv bliver kædet mere og mere sammen med en uopklaret politisag, og Justitsministeren og PET kan ikke skabe klarhed. Oppositionsleder Ussing benytter enhver lejlighed til at beskylde Kamper for medansvar for Emilie Zeuthens forsvinden.

Gerningsmanden bliver ved at tale om en gæld, som han vil have indfriet - og hvis Sarah Lund skal redde Emilies liv, så skal hun finde ud af, hvilken gæld, han taler om, og hvordan den skal betales. Gerningsmanden har denne gang bedt om Robert Zeuthen i bytte for Emilie - udvekslingen er i gang. Robert Zeuthen er nu på vej, sammen med Lund, for at ofre sit liv for sin datter, og Maja følger dramaet fra Politigården, hvor Brix prøver at få styr på situationen. Justitsministeren viser sig ikke at have rent mel i posen, og det samme gælder Anders Ussing. Deres mulige forbindelse til den gamle drabssag, giver Kamper grund til alvorlige overvejelser, og han træffer en dramatisk beslutning, til stor frustration for både Stoffer og Karen.

Borch har fået Lund tilbage på sporet i sagen om Emilie, og de leder nu sammen med Asbjørn efter livstegn. De følger i Gerningsmandens spor, der tydeligvis er taget til Jylland og leder efter noget, men hvad? De gør et uhyggeligt fund, og udsætter sig selv for livsfare. Samtidig får Lund og Borch et dilemma. Presset på Brix vokser på Politigården, og ledelsen stiller spørgsmål ved hans dømmekraft. Robert og Maja har svært ved at tro, at deres datter er død, men de forsøger begge at tackle den lammende sorg, der har ramt dem. Forberedelserne til begravelsen går i gang. Statsminister Kamper tøver med sin beslutning, da han forstår, at der er opstået tvivl om Emilies skæbne, men Finansministeren er ikke let at overbevise. Ussing viser sig at have en hemmelighed, som giver Kamper ny tro på, at han kan genvinde tillid i partiet.

Gerningsmanden er taget ind på Christiansborg for at undersøge oplysninger fra notesbogen - hvem den tilhører og hvem der kører i den? Borch og Lund forsøger at stoppe ham, men endnu en gang undslipper han, og fortsætter sin jagt på indehaveren af den sorte bil. Statsministeren og hans bil bliver involveret i jagten, og Stoffer har undladt at fortælle sin bror om nogle alvorlige hændelser i Jylland for et par år siden. Det bringer Statsministeren og hans nærmeste i politiets fokus. Karen har også en hemmelighed, som kan være fatal for regeringen. I et forsøg på at få klarhed over situationen, forløber Borch sig overfor Statsministeren, og bliver sat af sagen med øjeblikkelig virkning. Borchs og Lunds affære i Jylland begynder at have konsekvenser. Lund arbejder videre på egen hånd, og opsøger en central skikkelse hos Zeeland. Robert Zeuthen kommer under hårdt pres fra Zeelands bestyrelse, men han intensiverer jagten på hans datter. Maja vælger side, og tager en stor beslutning. Pludselig dukker et vidne op...

Lund bliver holdt tilbage af Gerningsmanden, mens han forsøger at få sit offer i tale, og han skyer ingen midler. Gerningsmanden får et ansigt - og vil han nu lede politiet og familien Zeuthen frem til Emilie? Politiet kommer under et stramt tidspres. Og så sker der en glædelig begivenhed i Lunds familie. Statsministeren forsøger at rydde op i sin kreds af folk for at finde frem til, hvad der skete med hans søn. Kamper opsøger Sally, der kendte hans søn, og hun kan berette om flere foruroligende hændelser i Benjamins sidste dage. Justitsministeren kan berette, at regeringen har klaret frisag i alle anklager ang. den gamle sag. Karen bliver forvist fra staben, fordi der er tvivl om hendes loyalitet. Robert og Maja er påvirket af mistanken mod en højt betroet medarbejder, der har flere mulige indicer imod sig, men Zeelands bestyrelse presser på for at bevise mandens uskyld. De får et glimt af Gerningsmanden - ham der holder deres datters skæbne i sine hænder, og Robert overvejer et drastisk skridt.

Gerningsmanden vil føre Politiet til Emilie, og de er nu på vej i helikopter mod et ukendt sted. Gerningsmanden vil ikke sige, hvor Emilie er - han vil kun vise det. Der er stort tidspres på rejseselskabet, for at kunne nå frem til Emilie. Undervejs sker der mange uforudsete ting, der vanskeliggør at nå frem i tide. Borch og Lund lægger planer for tiden, efter denne sag er opklaret. Robert følger efter politiet sammen med Niels Rheinhardt - de vil være til stede, når Emilie bliver fundet. Tidspres og nervøsitet får Robert til at overreagere, og udsætte sig selv og de andre for farer. Maja følger sagens gang fra København, og gør et opsigtsvækkende fund. Det er valgdag, og Statsministeren har alt at vinde, så længe Emilies skæbne er uafklaret. Sagen om hans søn tager fokus fra hans indsats, og han begiver sig ud til et hemmeligt sted, hvor han finder en afgørende ting. Han får vished om hans skæbne - og alligevel er der noget, der ikke stemmer. Uklarhederne peger tilbage i hans egne rækker. Alle afventer nu...