Rex kann nicht fassen, dass er in der Zukunft gelandet sein soll! Direktor White ist nicht mehr Chef von Providence, stattdessen hat nun Direktor Black die Führung übernommen. Auch im Umgang mit den Evos hat sich einiges geändert. Rex ist überrascht, dass sie sich auf einmal so ruhig verhalten… Doch schon bald erfährt er die ganze Wahrheit: Sie werden mittels Gehirnwäsche gefügig gemacht!

Rex ist auf dem Weg zu Dr. Holiday ins neue Hauptquartier, als er zufällig auf ein paar Motorradfahrer trifft, die ein Rennen veranstalten. Da sie ihn für einen Teilnehmer halten, feuert einer von ihnen sogar eine Rakete auf ihn. Sofort ist das Interesse des Jungen geweckt! Doch Rex hätte sich besser aus dem gefährlichen Spiel herausgehalten, denn von nun an schwebt er in höchster Lebensgefahr…

Noah hat einen Job bei einem Fernsehstudio ergattert und führt seinen Freund Rex stolz herum. Doch es dauert nicht lange, da zieht Noah dadurch den Zorn der Studiochefin auf sich. Rex möchte aber noch nicht nach Hause gehen, vor allem, als er erfährt, dass seine Lieblingsserie dort gedreht wird. Als er auch noch auf seine Lieblingsschauspielerin Isabella trifft, ist sein Tag nahezu perfekt…

Dr. Holiday ist in Ägypten, wo sie mit Hilfe eines Führers eine recht ungewöhnliche Grabkammer untersuchen möchte. Der Legende nach wurde die Kammer nicht errichtet, um Grabräuber fernzuhalten, sondern um etwas darin einzusperren! Rex, Bobo und Six machen sich auf den Weg nach Ägypten, um der Sache nachzugehen. Doch da sind sie nicht die Einzigen: Auch Black und Robo Bobo sind angereist…

Als Rex und Six gegen einen pflanzenähnlichen Evo kämpfen, wird Rex’ Schutzbrille schmutzig. Um sich weiter um die Pflanze kümmern zu können, gibt er seine Brille kurzerhand einem Mädchen. Bald darauf taucht Black auf und es kommt zur Katastrophe: Im Kampf bricht die Pflanze in die zwei Teile und die Sporen verbreiten sich in der ganzen Stadt! Zu allem Übel ist auch noch Rex’ Brille verschwunden!

Eigentlich wollten Rex und Beverly nur auf ein Rockkonzert gehen, doch lange dauert es nicht, da sind die zwei bereits in einen Kampf mit einem Evo verwickelt, der sich mit dem neuen Stil der Band nicht ganz einverstanden zeigt. Nachdem die Bandmanagerin Rex in Aktion gesehen hat, unterbreitet sie ihm das Angebot, die Band zu begleiten und als Bodyguard zu arbeiten. Natürlich sagt Rex sofort zu!

Als Rex mit einer Torte im Gesicht aufwacht, ist ihm sofort klar, wem er das zu verdanken hat: Noah! Rex sinnt auf Rache, doch egal, wie sehr er sich auch bemüht, es will ihm einfach nicht gelingen, den Spieß umzudrehen! Also nimmt er schließlich Bobos Hilfsangebot an, der bereits einen haarsträubenden Plan ausgearbeitet hat, wie man sich an Noah rächen könnte. Doch wird das den beiden gelingen?

Direktor White informiert Rex und die anderen, dass sie bei New Providence einbrechen müssen! Nach Auswertung seiner Überwachungsaufnahmen ist er zu dem Schluss gekommen, dass die Geheimorganisation das Nanite-Projekt wieder aufgenommen hat. Wer nach dem Einbruch welche Aufgaben übernehmen soll, hat er längst festgelegt. Doch lange dauert es nicht, da wird die Gruppe von Captain Calan erwischt!

Rex und Noah sind gerade unterwegs, als sie plötzlich einen schräg aussehenden Mann namens Feekins erspähen, der von einer Truppe Providence-Agenten schikaniert wird. Rex will dem Mann helfen, erkennt aber bald, dass er ein Evo sein muss, der leider überhaupt nicht auf Rex reagiert. Obwohl Dr. Holiday umgehend herbeigerufen wird, kommt sie zu spät: Die beiden Jungs und der Evo sind verschwunden!

Der Geheimorganisation Providence gelingt es, Rex’ Freunde in den Straßen von Hongkong gefangen zu nehmen. Einzig Circe kann entkommen und so erzählt sie Rex die traurige Geschichte. Direktor White bittet Circe, diese Mission zu übernehmen, da sie auf dem Gebiet einen Heimvorteil hat. Kaum ist es Rex gelungen, mit dem neuen Anführer Biowulf zu sprechen, taucht auch schon Black auf.

Als ein riesiger Strudel am New Yorker Himmel auftaucht, schwebt die Stadt in großer Gefahr. Der Sturm hat so viel Kraft, dass er sogar Hochhäuser zum Einsturz bringt! Schnell macht sich Rex auf den Weg, um den Vorfall genauer zu untersuchen. Wie gut, dass Rex dieses Mal Unterstützung erhält: Überraschend taucht der Superheld Ben Tennyson auf, um gemeinsam mit Rex die Erde zu retten!

Als ein riesiger Strudel am New Yorker Himmel auftaucht, schwebt die Stadt in großer Gefahr. Der Sturm hat so viel Kraft, dass er sogar Hochhäuser zum Einsturz bringt! Schnell macht sich Rex auf den Weg, um den Vorfall genauer zu untersuchen. Wie gut, dass Rex dieses Mal Unterstützung erhält: Überraschend taucht der Superheld Ben Tennyson auf, um gemeinsam mit Rex die Erde zu retten!

Wieder zurück in Hongkong nehmen einige Agenten von Providence weiterhin Evos gefangen und halten sie unter Kontrolle. Rex kann dieses grausame Verhalten nicht mehr ertragen und möchte seine alten Freunde Tuck, Skwydd und Cricket besuchen, die ihn bereits erwarten. Doch noch bevor Rex gemeinsam mit Bobo auftaucht, werden die drei Freunde von Quarry erwischt und in sein neues Versteck gebracht!

Van Kleiss ist im Alten Ägypten gefangen und versucht, wieder in seine eigentliche Zeit zurückzugelangen. Doch seine Maschine funktioniert nicht einwandfrei und so landet er etwa 2000 Jahre zu früh bei den alten Römern. Sofort wird er von Soldaten abgeführt und in die Arena zu den Gladiatoren gebracht! Dr. Holiday entdeckt indes, dass Van Kleiss in die Vergangenheit gereist sein muss.

Einem Feind von Rex alter Gang gelingt es, sich so gekonnt als Circe zu verkleiden, dass selbst Rex dem Hochstapler auf dem Leim geht. Da er glaubt, ‚Circe‘ sei von den Agenten gejagt worden, nimmt er den Betrüger sogar noch mit in das neue Hauptquartier der Geheimorganisation. Wie gut, dass die anderen nicht so leichtgläubig sind und den Schwindel nach einiger Zeit durchschauen.

Rex ist völlig überrascht, als er erfährt, dass er und sein Bruder eine Farm in Argentinien geerbt haben sollen. Während Caesar kein weiteres Interesse zeigt und erst seine Arbeit zu Ende bringen möchte, machen sich Rex, Noah, Claire und Annie auf den Weg nach Südamerika. Vor Ort treffen sie bald auf einen zornigen Evo namens Chiquito! Doch das ist nur eines von vielen Problemen auf der Farm…

Rex unternimmt erneut einen Versuch, mit der Nanite-Welt zu kommunizieren. Auch wenn er die Verbindung mit der Maschine irgendwann verliert, ist er fest davon überzeugt, dass eine tiefgreifende Veränderung in der Nanite-Welt bevorsteht. Caesar eröffnet dem erstaunten Meechum, dass Rylander nicht ‚völlig‘ gestorben ist. Indes versucht Direktor White, seinem Team die aktuelle Situation zu erklären.

Als es im Gefängnis zu einem Aufstand kommt, können Rex’ gefährlichste Feinde in die Freiheit entkommen. Nachdem es Rex, Agent Six und Bobo Haha gelungen ist, die Situation im Gefängnis wieder unter Kontrolle zu bringen, hören sie draußen eine Explosion! Bald ist sicher, dass Black Hunter Cain und NoFace bei ihrer Flucht geholfen hat. Doch warum hat sie das getan?

Eigentlich wollte Rex im neuen Hauptquartier nur kurz duschen, da stehen plötzlich zwei Agenten von Providence vor ihm und wollen gegen ihn kämpfen. Jetzt ist es Black also doch gelungen, die Basis zu unterwandern! Auch Bobo und Dr. Holiday sind bereits in eine Falle getappt! Rex glaubt zunächst, dass sie Black erneut in die Schranken weisen können, doch da erfährt er die ganze Wahrheit über sie.