Le Neptune suit des signaux qui ressemblent à des ondes cérébrales humaines. Un plongeur sort pour vérifier la source et se fait attaquer. Le Capitaine Crane et Kowalski sortent et ramènent le scientifique blessé. Il veut ramener à bord une masse qu'il a découverte. Une fois à bord, elle commence à prendre le dessus sur l'équipage. Nelson et l'équipage doivent trouver comment s'en débarrasser...

Sur une île des mers du sud, deux scientifiques enquêtent sur un volcan actif. L'un d'eux est attaqué par un loup et avant de mourir, il griffe l'autre scientifique. Le sous-marin volant est envoyé pour récupérer les scientifiques. Lorsque le pilote atterrit, il trouve un loup-garou et se fait tuer. Le scientifique reprends son aspect normal et entre à bord du Neptune. Plus tard, il attaque l'équipage et l'Amiral se fait griffer lors de l'attaque. La mission consiste à sauver l'Amiral avant qu'il ne devienne un loup-garou...

Tandis que le Sénateur William Dennis appelle le Neptune, d'étranges hallucinations se produisent. Kowalski voit un monstre sur le vaisseau et lui tire dessus. Le monstre est en fait Patterson. L'Amiral Nelson et l'équipage doivent trouver un moyen de stopper ces hallucinations avant que...

L'Amiral Nelson, le Chef Sharkey et un géologue se trouve dans le cloche de plongée lorsqu'une puissante onde de choc heurte le Neptune et la cloche est balayée et envoyée vers une île volcanique. Tandis que Chip et Crane recherchent la cloche de plongée disparue, un dinosaure attaque la cloche et Nelson l'effraie avec un tir de laser. L'Amiral Nelson et le géologue partent en exploration tandis que Sharkey tente de rejoindre le Neptune...

Tandis que le Neptune suit un objet qui a plongé dans l'eau, ils trouvent un homme dans l'eau avec seulement un sac avec lui. A l'intérieur du sac se trouvent 6 jouets. On laisse les jouets hors du sac et...

Tandis que le Neptune se dirige rapidement pour rencontrer la flotte des Etats-Unis à temps, les moteurs atteignent des niveaux critiques. Nelson demande à Patterson de tenter de refroidir la pile manuellement. Lorsqu'il entre dans la chambre du réacteur, il n'est pas seul et est assommé. La pile explose et il est exposé à des niveaux de radiation mortels. Le vaisseau est endommagé par l'explosion et Patterson est emmené à l'infirmerie. Pendant ce temps, l'astucieux Nelson arrive et ordonne à Crane d'activer les missiles nucléaires...

Nelson et l'équipage du Neptune s'activent pour sauver un plongeur des profondeurs piégé à bord d'un sous-marin nucléaire qui s'est écrasé. Le plongeur est en fait Stan, le frère de Kowalski. Près du sous-marin, Crane risque sa vie pour sauver l'homme inconscient et le ramener sur le Neptune. Juste au moment où ils montent à bord du navire, deux missiles explosent près de celui-ci et l'endommagent. Il sombre sur le fond de l'océan. Nelson tente de rejoindre la surface à bord du sous-marin volant...

Nelson et le Neptune naviguent vers l'atoll de Murro, une île au large du Maroc. Ils recherchent un monstre dont Bainbridge Wells clame connaître l'existence...

Nelson monte à bord du Neptune et ne trouve personne. Il appelle sur l'intercom mais personne ne répond. L'écoutille est scellée et ne peut être ouverte alors il parcours le navire et trouve Sharkey dans les quartiers de l'équipage. Sharkey lui dit que Nelson a fait évacuer l'équipage entier et lui a demandé d'attendre son arrivée. Nelson ne se rappelle pas de ces ordres, mais il sait simplement qu'il doit trouver une arme au plus vite. Pendant ce temps-là, l'ombre d'une personne se glisse à l'intérieur du navire. C'est le Capitaine Crane et il a ordonné de rechercher et de tuer Nelson...

Tandis que le Neptune recherche d'étranges météorites, ceux-ci changent de course et se dirigent tout droit sur le navire. Plusieurs des objets heurtent et pénètrent dans le navire. Sharkey en ramène un dans la chambre de contrôle. Alors que l'Amiral l'examine, le dessus s'ouvre et un gaz s'en échappe asphyxiant tout le monde. Le Capitaine Crane se réveille et ravive les autres afin de commencer la recherche d'autres objets identiques. Nelson emmène le premier au laboratoire et tente de l'ouvrir. Lorsqu'il est exposé aux rayons X, le cylindre tire un arc électrique au travers de la pièce. L'objet est ouvert et Nelson pense que le cylindre est en fait un petit vaisseau spatial...

Kowalski et le Chef Sharkey entendent d'étranges sons provenant du navire à plusieurs reprises. Sharkey raconte au Capitaine Crane ce qu'il a entendu mais ce dernier n'a pas d'explication. Il est intéressé par l'affaire car il a eu plusieurs rapports identiques venant de différents membres de l'équipage. Tandis qu'il discute avec M. Morton Kowalski annonce que le radar aperçoit un navire à la surface qui ne répond pas aux appels radio. Lorsque le Capitaine regarde via le périscope, il n'en croit pas ses yeux. C'est un vaisseau âgé de 200 ans. Il demande à M. Morton de vérifier puis ordonne de faire surface pour entrer en contact avec le navire...

Alors que le Neptune est en route pour un laboratoire sous-marin dirigé par le Docteur John Wilson, Nelson l'appel pour faire savoir qu'ils arriveront sous peu. John Wilson sait que son frère est à bord du Neptune, ils sont en communication constante car ce sont deux jumeaux identiques. John Wilson dit à Nelson que tout va bien et qu'il a hâte de les accueillir. Après que Nelson quitte la pièce, Ben Wilson le contact et lui ordonne de terminer l'expérience maintenant. John Wilson est le plus faible des jumeaux et il exécute les ordres de son frère. L'expérience se passe mal et le laboratoire est salement endommagé...

Dans la salle de contrôle du Neptune, un expert civil en explosif (Doc Bradley) et le Chef Sharkey se retrouvent. Ce sont de vieux amis d'enfance. Kowalski annonce un contact sonar. Il s'agit d'un sous-marin. Normalement, aucun trafic maritime n'est signalé dans cette zone. Le Neptune se tient sur ses gardes alors que le sous-marin non identifié lance une fusée et détruit un cargo qui transporte une bombe qu'ils était sensé récupérer. La bombe n'explose pas et elle est repérée sur le fond de l'océan. Alors que le Neptune se dirige vers la bombe, le sous-marin non identifié s'y dirige également. Crane et Kowalski quitte le Neptune à bord du sous-marin volant pour attirer l'attention de l'autre sous-marin pendant que le Neptune opère. L'autre sous-marin (Vulcan) tire sur le sous-marin volant qui s'enfonce au fond de l'océan...

Tandis que Nelson est sorti avec le sous-marin volant, le Capitaine Crane et le Neptune partent enquêter sur une étrange forme de vie présente sur le fond de l'océan. Crane et Kowalski nagent à sa rencontre lorsqu'elle les attaque. Elle frappe Crane dans un éclair lorsqu'ils sont trop près de la chose. Kowalski nage vers des rochers pour se cacher. Alors qu'il aperçoit le corps de Crane tomber sur le fond de l'océan, le Neptune tente de leur venir en aide mais la créature stoppe le sous-marin...

Alors que le Neptune croise au fond de l'océan, Kowalski rapporte un contact sonar qui pourrait être un sous-marin coulé. Alors qu'ils s'approchent du navire, celui-ci est dissimulé par la mousse et la rouille mais il semble que ce soit un bâtiment de surface. Patterson annonce que l'hydrophone à repéré des battements de cœur, et que quelqu'un doit être vivant. A ce moment là, l'alarme de proximité de mines retentit et Crane ordonne au sous-marin de faire marche arrière mais trop tard. Pendant que l'on répare le sous-marin, Crane et Kowalski enfilent leurs combinaisons pour enquêter...

Le Professeur Bergstrom est entré en contact avec une voix provenant d'outre espace qu'il pense être amicale. Lorsque lui et son associé activent le rayon laser pour le contact, il détruit la cabane dans l'arctique dans laquelle ils travaillent. Juste avant d'être détruit, son associé envoie un message de détresse que le Neptune intercepte. Celui-ci se dirige immédiatement sur la zone, mais lorsqu'ils arrivent, l'endroit est détruit et le seul survivant est le Professeur Bergstrom. Ils remarquent d'étranges blocs de glace et en ramène un à bord du Neptune. Alors que Nelson et Crane discutent avec bergstrom dans la vigie, un signal d'incendie est déclenché à bord...

Tandis que le Neptune est en mission de routine, Patterson alerte Crane que l'hydrophone a détecté un étrange son. Crane ordonne au sous-marin de plonger afin d'enquêter. Pendant que Nelson et Crane discutent, Chip les interrompe pour annoncer quelque chose d'étrange sur le radar. Il semble que ce soit une lourde turbulence qui endommage les contrôle de gouvernail des navires. Un coup se produit sur l'extérieur du navire. Ils ouvrent les écoutilles de crash et voient une créature humaine apparemment fossilisé...

Le Neptune est en mission de routine de dénombrement des phoques lorsque Sharkey emmène un message top-secret à l'Amiral Nelson. Crane se trouve dans la baie d'observation lorsqu'il pense apercevoir une sirène. Il dit à l'Amiral qu'il veut enquêter mais Nelson ne veut rien savoir. Crane décide d'enquêter seul sur la sirène et part à Terre pour rechercher des indices par lui-même. Il parvient à la retrouver, la capture et la ramène à bord du Neptune dans un grand sac. L'Amiral Nelson ordonne à Morton d'avoir le compte-rendu de Crane dès sa montée à bord. Nelson demande pourquoi il n'a pas eu le rendu-compte mais Morton dit qu'il l'a demandé à Crane mais que celui-ci ne l'a pas écouté et est parti directement au laboratoire...

Crane et Nelson sont en mission secrète pour récupérer une momie vieille de 3000 ans et la ramener à bord du Neptune. Ils doivent la transporter dans un pays du moyen-orient à une certaine date. Tandis que Nelson et Crane chargent la momie dans le sous-marin volant, le cercueil s'ouvre et Crane tombe dedans. Nelson le réveille et le ramène sur le Neptune. Crane part à l'infirmerie et le médecin lui demande de prendre un peu de repos. Morton prend la place provisoire de Capitaine. Tout semble aller pour le mieux jusqu'à ce que la momie quitte son cercueil...

Le Neptune a été assigné pour transporter les contrôles de lancement d'un quatrième engin spatial (les trois premiers ayant été détruits), pensant qu'un sabotage ne puisse pas se produire en mer. Pour mettre toutes les chances de son coté, l'équipage du Neptune à été démobilisé, laissant un effectif minimum de cinq personnes. Dans la salle de commandes, Crane s'aperçoit que le sonar a repéré quelque chose d'étrange qui semble absorber les signaux électronique du Neptune. La chose approche rapidement et Crane ordonne de faire marche arrière tandis que la chose entoure le navire. L'équipage est inconscient et une ombre entre dans le navire et prend Morton...

Le Neptune tente de trouver un mystérieux laboratoire des mers alors que Crane annonce qu'un sous-marin les suit. Le sous-marin s'approche et entre en collision avec le Neptune. Celui-ci est gravement endommagé et l'équipage combat les flammes. L'eau envahit le navire. Le Neptune est incapable de faire surface et sombre lentement. Crane a remarqué le laboratoire marin près de l'autre sous-marin et Kowalski, Patterson et lui partent enquêter...

Nelson et Sharkey prennent le sous-marin volant pour enquêter sur une île inconnue des cartes tandis que le Neptune est occupé à récupérer des spécimen marins. Morton rapporte avoir récupéré quelque chose de grand à bord. Il s'agit d'un immense œuf qui est entreposé dans la chambre des missiles. Cette nuit-là, l'œuf éclos et une créature amphibie en sort et tue le garde à la porte. Elle attaque ensuite Kowalski et commence à rôder dans le navire...

Le Neptune est à quai et embarque des hommes de cire pour Washington. Ils sont entreposés dans la chambre des missiles. Tout le monde a embarqué excepté Crane. Nelson ordonne à Morton de naviguer dès que Crane sera monté à bord. Pendant ce temps, Kowalski et Sharkey vérifient les boites et trouvent l'une d'entre elle ouverte et vide. L'homme de cire est appuyé contre un mur. Ils le remettent dans sa boite et quitte la pièce. L'homme de cire s'échappe à nouveau et commence à se déplacer dans le navire. Lorsque Crane monte à bord du Neptune, il demande à Morton pourquoi aucun garde n'est en poste à l'extérieur mais n'obtient aucune réponse. Il remarque qu'il est comme recouvert de cire ainsi que tous les autres hommes...

Nelson pense que les catastrophes naturelles qui se produisent tout autour de la Terre ont un lien avec l'immense nuage au-dessus du Pacifique. Crane prend le sous-marin volant pour l'inspecter et le filmer. Crane appelle l'Amiral et dit qu'il est pris dans le nuage et que le sous-marin est endommagé puis perd connaissance. Tandis qu'il est inconscient, un alien monte à bord du sous-marin volant et observe. Pendant ce temps, Nelson ordonne au Neptune d'entrer dans le nuage mais il ne le peut pas car il semble qu'il s'agisse d'un champ de force...

Nelson, Crane et un scientifique recherchent une grotte au-dessous de la mer qui est hautement radioactive à cause d'un élément spécial qui pourrait être l'ultime arme pour celui qui le détient. Après l'avoir trouvé, Nelson fait exploser l'entrée du tunnel piégeant Crane et le scientifique à l'intérieur. Il retourne ensuite sur le Neptune et dit à Morton que les autres sont morts. Dans sa cabine, Nelson envoie un message à une puissance ennemie pour livrer le Zycron. Mais pendant qu'ils parlent, Sparks reçoit un signal et Morton et Kowalski repère la transmission qui les mène à la cabine de l'Amiral...