Ein Tiefseelabor der UdSSR wurde von wandernden Walen schwer beschädigt. Bei den Bergungsarbeiten verschlingt ein Wal eine Taucherglocke mit Admiral Nelson und der russischen Wissenschaftlerin Katya an Bord. Die Seaview startet zu einer dramatischen Rettungsaktion.

Eine Agentin spritzt Admiral Nelson unbemerkt eine radioaktive Lösung, die explodiert, sobald er in die Nähe von Atomanlagen kommt. So wird er zur wandelnden Zeitbombe. Ausgerechnet jetzt erhält Nelson den Auftrag, ein Labor für Nuklearforschung zu untersuchen.

Gegen Ende des Zweiten Weltkriegs wurde das amerikanische U-Boot Tetra versenkt. 28 Jahre später taucht eine Flaschenpost mit einem Notruf auf. Einige Besatzungsmitglieger haben den Untergang in einer Höhle überlebt. Die Seaview soll die Männer retten

Der skrupellose Wissenschaftler Ulrich stellt in einem geheimen Labor in den Schweizer Alpen Cyborgs her. Er entführt Admiral Nelson und ersetzt ihn gegen einen seiner Cyborgs. So will er mit Hilfe der Seaview die Herrschaft über die Welt an sich reißen.

Böse Überraschung für Captain Crane: Seine Freundin Alicia entpuppt sich als Agentin. Da wird ein Anschlag auf Alicia verübt. Bevor sie stirbt, singt sie Crane eine Melodie vor, die eine geheime Botschaft enthält. Nun sind Polizei und Geheimdienste hinter Crane her.

Der Politiker George Penfield soll Verteidigungsminister werden. Gemeinsam mit Captain Crane unternimmt er eine Probefahrt mit der Seaview. Unterdessen erscheint ein Agent der Spionageabwehr bei Admiral Nelson und behauptet, Penfield sei ein Agent der Sowjets.

Admiral Nelson hat einen neuartigen Unterwasser-Schutzbunker entworfen. Als Captain Crane und der US-Präsident den Bunker besichtigen, geraten die Computersysteme außer Kontrolle. Crane und der Präsident geraten in Lebensgefahr. Nelson vermutet Sabotage.

Der Meeresforscher Dr. Sterling hat eine Spalte im Meeresboden entdeckt, durch die er den Erdkern erforschen will. Seine Assistentin Cara überredet Admiral Nelson, Sterling dabei zu helfen. Auf dem Weg zum Tiefseelabor begegnen der Seaview riesige Meerestiere.

Der Physiker Everett Lang hat im Auftrag der Chinesen eine Protonenbombe konstruiert. Nun will er den tödlichen Sprengsatz gemeinsam mit Admiral Nelson aus dem Meer bergen und entschärfen. Aber Lang wechselt erneut die Seiten: Er droht, die Bombe detonieren zu lassen.

Von seinem Versteck im Dschungel aus zerstört der Wissenschaftler Halden Raumsonden der Vereinigten Staaten. Damit will er die Regierung erpressen. Admiral Nelson erhält den Auftrag, Halden mit seinem Flug-U-Boot aufzuspüren und zu stoppen.

Spielzeugfabrikant Kaber ist der Anführer eines Spionagerings. Mit Hilfe eines Spezialgerätes verwandelt er Wissenschaftler in Puppen, um sie so außer Landes zu schmuggeln. Als Kaber den berühmten Forscher Dr. Liscomb entführt, greift Admiral Nelson ein.

Unbemannte, vollautomatische U-Boote, sogenannte Drohnen, verselbstständigen sich plötzlich und greifen die Ostküste der USA an. Admiral Nelson soll herausfinden, wer dahintersteckt. Bald kommt er Admiral Halder auf die Spur, der Anführer einer Terrorgruppe ist.

Durch die Raumsonde Saturn gelangt ein außerirdischer Organismus an Bord der Seaview. Die Crewmitglieder verhalten sich zunehmend merkwürdig. Allmählich ergreift es von der ganzen Mannschaft Besitz. Nur Admiral Nelson und Chief Sharkey gelingt die Flucht.

Admiral Nelson und Chief Sharkey werden Zeuge, wie eine neue Vulkaninsel aus dem Meer taucht. Kurz darauf bricht der Vulkan aus. Das Flug-U-Boot der beiden stürzt ab. Inzwischen wird die Seaview von einem Dinosaurier angegriffen.

Kapitän Tomas Ruiz raubt mit seinem U-Boot Atomraketen aus einem Unterwassersilo. So will er sein kleines Land zu einer Atommacht machen. Admiral Nelson entdeckt auf einer Kontrollfahrt mit der Seaview einen der Silos. Sofort nimmt Nelson die Verfolgung auf.

Die Seaview nimmt zwei Schiffbrüchige auf. Doch bei den Männern handelt es sich um flüchtige Schwerverbrecher. Sie versuchen, die Seaview unter ihre Kontrolle zu bringen. Dabei wird das Schiff beschädigt. Es sinkt auf den Meeresgrund.

Die Seaview nimmt einen Schiffbrüchigen auf. Er stellt sich als Kapitän Krüger vor und behauptet, sein Schiff sei von einem Geister-U-Boot gerammt worden. Captain Crane hält ihn für einen Verrückten. Doch dann geschehen seltsame Dinge auf der Seaview.

Die Seaview befindet sich auf Exkursion in die Antarktis. Nelson und Crane stellen entsetzt fest, dass der Himmel dort ein einziges Flammenmeer ist. Das Eis des Südpols droht zu schmelzen. Nelson fasst einen gefährlichen Plan, um die Flammen zu löschen.

Der Wissenschaftler Dr. Ames bittet Admiral Nelson um Hilfe: Ames will von seinem gesunkenen Forschungsschiff eine geheimnisvolle chemische Substanz bergen. Als sich die Seaview dem Wrack nähert, entdeckt Nelson einen riesigen Schiffsfriedhof.

Admiral Nelson hat den Auftrag, das Bett für einen schiffbaren Kanal zu sprengen. Bei den Arbeiten verschluckt ein Wal den hochexplosiven Sprengsatz. Die „schwimmende Bombe“ bedroht nun das Schiff des US-Präsidenten, das sich in der Nähe befindet.

Nelson und Crane haben den Auftrag, die letzten Sicherheitskontrollen an einem Verteidigungssystem vorzunehmen. Das Oberkommando der Alliierten hat als technischen Berater Captain Brent auf die Seaview geschickt. Brent hat nur ein Ziel: das Projekt zu sabotieren.

An Bord der Seaview sind acht berühmte Wissenschaftler zu Gast. Einer nach dem anderen fällt einem geheimnisvollen Attentäter zum Opfer. Admiral Nelson und Captain Crane wollen dem Killer eine Falle stellen.

Captain Gantt testet einen neuartigen Treibstoff mit einem U-Boot. Dabei verunglückt das U-Boot und ein Teil der Besatzung wird getötet. Crane und Nelson machen Gantt verantwortlich. Doch der behauptet, eine riesige Wasserspinne hätte die Katastrophe verursacht.

Dr. Borgman ist Biologe – und geht über Leichen. Er will eine Kreatur erschaffen und mit ihnen die Weltherrschaft erringen. Crane und Admiral Park sollen Borgman bei seinen wissenschaftlichen Experimenten unterstützen. Zunächst ahnt niemand, woran der Biologe arbeitet. Crane bekommt einen Verdacht. Nun droht ihm Borgman mit der Zerstörung von Parks Gehirn, das er schon unter Kontrolle hat.

Der Wissenschaftler Paul Ward hat den Androiden Omir erschaffen. Der Android entwickelt bald ein Eigenleben und strebt nach der Weltherrschaft. Bis Captain Crane ihm auf die Schliche kommt, ist es fast zu spät.

Der Geist der Südseeschönheit Lani warnt Admiral Nelson vor der Rückkehr Kapitän Kruegers. Das Phantom des Kapitäns geistert seit dem Ersten Weltkrieg über die Weltmeere. Kurz darauf erscheint Krueger tatsächlich und ergreift von Crane Besitz.