La scientifique Russe Katya Markhova, son assistant et les membres du Neptune travaillent ensemble pour récupérer les restes d'un laboratoire sous-marin. Le laboratoire fût construit pour parer le manque de nourriture causée par l'explosion de la population. Tandis que l'assistant de Katya est dans la cloche de plongée, un groupe de baleine en migration s'approchent de la cloche. Elle est attaquée par une des baleines, et l'assistant est tué. Katya insiste pour poursuivre la mission à sa place dès que la bathysphère sera réparée...

L'agent secret Oriental Li Tung demande l'aide de l'espion Russe Litchka afin de provoquer une guerre entre les Etats-Unis et la Russie permettant ainsi à son pays de devenir la première puissance du monde. L'Amiral Nelson a été appelé à l'Intelligence Navale par l'Amiral Johnson pour être informé d'une usine secrète maintenue par les Russes près de la Mer Noire...

L'Amiral Nelson a reçu une bouteille qui contient un message récent provenant du Lieutenant Ryan, qui est supposé avoir péri à bord du sous-marin USS Tetra, quelque part dans le Pacifique 28 ans auparavant. Cinq des hommes à bord du sous-marin, incluant un Lieutenant de la marine Japonaise, ont survécu dans leur grotte sous-marine. Les membres du Neptune s'élance immédiatement au secours des survivants...

Alors qu'il reçoit le prix Nobel de Biologie, l'Amiral Nelson est félicité par le célèbre Docteur Tabor Ulrich et invité à visiter son laboratoire Suisse d'International Bionics, où les étonnants Cyborgs d'Ulrich, des répliques électroniques supérieures aux êtres humains, sont créés.

Le Capitaine Crane est pourchassé à Venise par des agents ennemis, qui veulent récupérer un dispositif de décodage qu'il transporte, et par la police qui pense que Crane est le tueur d'un agent. L'Amiral Nelson recherche Crane...

Une nuit, l'Amiral Nelson est stoppé hors de son bungalow à l'institut Nelson par un homme nommé Cabrillo qui prétend être un agent de l'Intelligence Navale. Il implore Nelson d'empêcher George W. Penfield de devenir Secrétaire à la Défense, et donne à Nelson un livre en lui demandant de rencontrer la personne qui possède le même livre...

Le Capitaine Crane du Neptune conduit le Président des Etats-Unis et une partie des Officiels du Pentagone pour l'inspection d'un nouvel abri sous-marin, une unité supposée invulnérable conçue par l'Amiral Nelson et construit par le Général retraité Hobson Grosvenor de la firme Dynamics. Alors que Nelson et Hobson surveillent les émissions depuis le sous-marin, ils perdent soudainement le contrôle du shelter...

Dans une laboratoire sous-marin distant, le Docteur Anthony Sterling et son assistant, Cara Sloane, ont fait une éblouissante découverte. Sterling envoi Cara voir son vieil ami et collègue, Nelson, pour demander l'aide du Neptune. Pendant que Cara est sur le Neptune, Sterling prévient Nelson par radio qu'il vient de découvrir une fissure dans les fonds sous-marins qui permet d'atteindre le centre de la Terre...

La capsule spatiale Arcturus 3, transportant deux astronautes, est détruite lors de sa rentrée en atmosphère par un champ de force mystérieux mis en place par une puissance ennemie. Alors que le secret Arcturus 4 termine son orbite, le Capitaine Crane a pour mission de piloter le sous-marin volant dans les eaux hostile de l'Asie du sud pour découvrir la source du champ de force mortel. Sharkey et Kowalski font partie de l'expédition...

Randall Liscomb, un scientifique des Etats-Unis qui détient le secret de la plus importante arme de dissuasion jamais développée est kidnappé par des agents ennemis, dirigés par Henderson, et emmenés à la Kaber Toys Company. Le leader de l'espionnage, Kaber, sous couvert d'une entreprise d'import-export de jouets envoie des secrets volés et des hommes vers son pays. Il a poussé Liscomb dans sa chambre de conversion, qui le transforme en mannequin vivant en le paralysant et en le revêtant d'une couche de cire, le faisant ainsi passer pour un jouet...

Crane et Riley, en mission de routine de vérification d'un vaste réseau de Drone sous-marin de défense, découvre qu'un lanceur de missile s'est auto-activé et à lancé un projectile vers la ville de New York. L'Amiral Nelson alerte Washington et ordonne au Neptune de prendre en chasse le missile. Heureusement, le missile s'écrase dans une foret. Le Telltale, un dispositif à bord du drone qui enregistre tous les signaux de commande, doit être retrouvé afin de déterminer qui ou quoi à déclenché le tir de l'arme...

Un corps étranger est détecté sur une sonde automatique provenant de Saturne lors de sa phase d'entrée dans l'atmosphère. On ordonne au Neptune de prendre toutes les précautions nécessaires pour récupérer la capsule en mer. Alors que le Capitaine Crane mène un groupe de plongeurs pour récupérer l'engin, ils découvrent qu'il est entouré d'une chose gluante aux maintes tentacules. Les plongeurs font fuir la créature grâce à des lampes à acétylène. Ils attachent la capsule et celle-ci est amenée dans la chambre des missiles du Neptune pour y être décontaminée...

Alors que l'Amiral Nelson et le Chef Sharkey sont les témoins de la naissance d'une île depuis leur sous-marin volant, une explosion volcanique atteint leur vaisseau dans le ciel. Le Neptune ressent l'onde de choc et perd le contact radio et sonar avec le sous-marin volant, réalisant qu'il a dû s'écraser. Nelson et Sharkey, qui sont parvenus à s'éjecter au dernier moment prennent place sur l'île pour étudier un étrange brouillard tandis qu'ils attendent la venue d'une équipe de sauvetage du Neptune. Tandis que le Neptune fait route vers l'île, un énorme brontosaure rugit des profondeurs et heurte le navire...

On découvre qu'une puissance ennemie vole des missiles de défense nucléaire placés secrètement sur le fond des océans. Le Secrétaire d'Etat ordonne à Nelson de rechercher le coupable, envoyant le Destroyer U.S. Macklin à son aide. Nelson et Crane s'envolent dans le sous-marin volant et aperçoivent rapidement un sous-marin renégat inconnu. Soudain, des missiles provenant du sous-marin atteignent le sous-marin volant, et alors que Crane s'éjecte, Nelson est forcé de s'écraser en mer. Nelson est récupéré par le Macklin, mais Crane est capturé par le sous-marin ennemi, où le Capitaine Ruiz lui explique qu'ayant déjà volé trois missiles, il ne lui en faut plus qu'un pour que son pays devienne une puissance nucléaire reconnue...

Alors que l'Amiral Nelson et Sharkey sont submergé dans la cloche de plongée près des Bahamas pour préparer l'implantation de nouveaux mécanismes de guidage de missiles, deux prisonniers échappés, Dobbs et Hawkins, sont retrouvés sur un bateau qui a chaviré tout près. Crane ordonne à la cloche de plongée de récupérer les deux hommes. La cloche revient de justesse sur le Neptune, échappant de peu à l'empoignade d'une créature gluante géante qu'ils n'avaient pas vu.

De retour d'une mission de surveillance de routine dans le Pacifique, le Neptune découvre l'épave d'un ancien sous-marin Allemand de la première guerre mondiale, l'U-444. Soudain, celui-ci bouge et prend position devant le Neptune qui voit ses piles atomiques mystérieusement s'éteindre. Ensuite, dans un flot de bulles, l'ancien sous-marin disparaît et la puissance du Neptune revient. Nelson et Crane sont davantage interpellés lorsqu'ils apprennent que l'U-444 fût coulé en 1916 dans l'Atlantique Nord, plus de 30.000 miles plus loin. Faisant surface, ils repèrent un homme accroché à de mystérieux débris...

Alors qu'ils patrouillent sous l'Antarctique, le Neptune reçoit soudain des tonnes de glace provenant d'au-dessus d'eux. Faisant surface, Nelson, Crane, et l'équipage sont surpris de voir que le ciel est littéralement en feu. Nelson contacte par radio le Commander McHenry, qui explique que la ceinture de radiation de l'hémisphère Sud tout entier brûle. Nelson prend immédiatement les commandes du sous-marin volant pour Washington où il explique à McHenry et à deux représentants des Nations-Unies, August Weber, un Suisse, et Eric Carleton, un Anglais, que leur seule chance est de faire exploser un missile nucléaire dans l'atmosphère pour disperser les gaz hors du champ magnétique de la Terre...

Le prix Nobel Ames et sa jolie secrétaire, Karyl, sont les seuls survivants d'un désastre dans lequel un navire de recherche fût coulé par un mutant chargé d'électricité. Racontant à Nelson que le navire fût coulé par une soudaine rafale, Ames mène le Neptune sur les lieux du désastre pour retrouver des données de recherche vitales. Il explique à Nelson, que dans son étude du plancton, il a découvert une substance qui redonne et préserve la jeunesse. Alors que le Neptune approche du navire coulé, le sonar s'affole...

Le Docteur Alex Holden, un biochimiste de pointe, est le seul survivant de son navire de recherche écrasé par une baleine géante qu'il tentait de capturer. Alors qu'il s'apprêtait à poser une puissante charge nucléaire au fond de l'océan, le Neptune récupère Holden. Lorsque Holden apprends que le Neptune va faire exploser un canal dans le fond de l'océan avec un explosif nucléaire, le Président menant la cérémonie depuis un porte-avion proche, il devient fou de rage à l'idée de perdre sa baleine sans pouvoir récupérer ses tissus essentiels pour ses recherches...

Alors que le Neptune effectue une mission de routine sur le réseau des 275 missiles de défense intercontinentaux, l'un d'eux explose mystérieusement, tuant les trois plongeurs inspectant l'engin. Le Capitaine Brent, un expert étranger à bord du Neptune, qui ressemble étrangement à un pirate du 16ème siècle, qui a sombré avec son navire et son trésor, fait le rapprochement entre le désastre et le vaisseau Espagnol que l'un des plongeur dit avoir vu. Après être entrés en communication avec le commandant de la 11ème flotte, l'Amiral Howard, Nelson et Crane ordonnent au mini sous-marin et aux équipes de plongeurs de stopper leurs travaux pour faire des recherches approfondies de la zone.

La bombe d'un saboteur endommage sévèrement le Neptune. Ceci fait partie d'un complot ennemie pour obliger le sous-marin à rentrer faire des réparations de 30 jours, jusqu'à ce qu'un "Navire de la Paix" lève l'ancre pour le milieu du Pacifique pour la signature du traité de paix des sept puissances. Le plan est que, ce jour-là, le Neptune devra avoir recours à des essais en mer avec un équipage minimum composé uniquement de quelques techniciens à la place des 125 membres d'équipage habituel. Pendant les essais, ils sera abordé et utilisé pour torpiller le "Navire de la Paix".

Alors que le Capitaine Gantt pousse son sous-marin nucléaire à la vitesse dangereuse de 75 noeuds afin de tester un nouveau carburant surpuissant qu'il a développé, son officier exécutant, Balter, le prévient que la coque risque exploser. Soudain, une toile géante apparaît devant eux, et le sous-marin s'enfonce dedans. Avant que Gantt et d'autres survivants soient sauvés, à l'exception de Balter, Gantt aperçoit une créature géante ressemblant à une araignée qui surgit des profondeurs. Lorsque la marine débute son enquête, Nelson et le Neptune doivent retrouver les restes des quatre cylindres de carburant dans le sous-marin de Gantt...

Ayant développé un processus par lequel, après l'injection d'un fluide pinéal humain dans un poisson, celui-ci se transforme en une chose mi-homme, mi-poisson de 6 pieds, le Docteur Sten Borgman, et son assistant, Hansjurg, sont aidés par le Neptune pour compléter les expériences dans l'océan. En l'absence de l'Amiral Nelson, l'homme responsable de la mise en prison de Borgman quelques années auparavant pour avoir conduit des expériences fatales sur des humains, l'Amiral Park, est choisi pour superviser l'opération...

Peter Omir et Paul Ward conduisent les opérations internationales de forage du sol marin pour le compte de la Mahole, tandis que le Neptune fournit la puissance nucléaire pour les foreuses ultra-puissantes de haute technologie. Lorsque Ralph Vendon, un représentant du Congrès Scientifique Internationnal, visite l'appareil de forage et découvre qu'Omir cache sa découverte d'un élément inconnu, le Subterranium 116, qui peut produire une énergie pure sans limite, Omir l'enferme dans une chambre et charge deux S-116, le faisant disparaître dans une brillante explosion d'énergie pure...

Après avoir inhumé en mer le corps du Capitaine Krueger qui tenta d'harasser l'équipage du Neptune en se faisant passer pour le fantôme du Capitaine du vaisseau de la première guerre mondiale Allemand, l'Amiral Nelson retourne à son laboratoire tandis que la Capitaine Crane dirige le Neptune vers Pearl Harbor. Nelson reçoit la visite d'une nouvelle apparition. Cependant, Lani, une superbe polynésienne, prévient que Krueger reviendra une fois de plus réclamer le corps de Crane...