Un gigantesque raz-de-marée détruira une grande partie du monde civilisé, mais l'amiral Harriman Nelson a un plan pour l'arrêter : Le Neptune déclenchera une explosion nucléaire au moment et à l'endroit précis où il se produira. Des forces maléfiques cherchent à détruire Nelson avant qu'il ne mette son plan à exécution -- dans le chaos qui suit le raz-de-marée, elles espèrent prendre le contrôle du monde ! Le premier skipper du Neptune est tué et c'est Lee Crane de la marine américaine qui vient à sa rescousse.

Alors qu'il enquête sur la disparition de navires de recherche dans la mer Égée, le Neptune est endommagé par une bombe. Le capitaine Crane débarque et se fait passer pour un plongeur qui cherche du travail. Il rencontre un ancien plongeur, devenu muet à la suite d'un tragique accident, qui prétend avoir vu une "ville sous la mer". Crane se fait engager par le "méchant", mais sa couverture est vite compromise. Il est fait prisonnier et perd presque la vie.

Après la perte du Polidor, le navire jumeau du Neptune, lors d'une plongée profonde expérimentale, le Neptune poursuit les tests. A l'insu de l'équipage déjà stressé, l'un des psychologues en visite à bord est un agent ennemi qui a libéré dans le système d'air un gaz qui provoque la peur. Alors que le Neptune plonge dans les profondeurs, une panique dangereuse commence à se répandre.

Crane et plusieurs membres de l'équipage sont drogués jusqu'à l'inconscience sur un yacht déserté. Se réveillant dans une prison sud-américaine, les hommes sont emmenés dans la cour, un par heure, et exécutés. Tous mourront si Crane ne rompt pas son serment et n'avoue pas ce qu'il ne peut pas faire. La mission de sauvetage de Nelson réussira-t-elle ? Le pays en question survivra-t-il aux machinations de l'homme malfaisant qui veut prendre le pouvoir ?

Un mari et sa femme, membres d'une équipe de recherche en Antarctique, sont tués par une expérience sur le plancton devenu sauvage. Le Neptune arrive pour enquêter et prélever des échantillons de plancton. Bientôt, le sous-marin risque de succomber à cette horrible croissance gluante. Nelson, Crane et l'équipage sont confrontés à un autre problème : l'un des trois scientifiques à bord du sous-marin est un agent ennemi.

Un vaisseau spatial extraterrestre atterrit dans l'océan et le Neptune est envoyé pour enquêter. Bien qu'il soit impuissant à proximité du vaisseau, les extraterrestres semblent amicaux, et Nelson parvient à ouvrir des négociations. Les autorités militaires ont cependant d'autres idées, et le Neptune peut être autant en danger à cause de l'interférence humaine que des extraterrestres.

Un monstre marin tue trois villageois dans un fjord norvégien ; cependant, un homme survit. Le Neptune arrive pour enquêter. Nelson et Crane se heurtent à l'hostilité des habitants et découvrent que le survivant est mort. Nelson fait de son mieux pour s'assurer que le "monstre marin" ne détruise pas le Neptune .

Un satellite soviétique s'est écrasé en mer et son réacteur nucléaire doit être désarmé avant qu'il ne provoque une catastrophe. Deux scientifiques soviétiques montent à bord du Neptune pour effectuer le travail - mais l'un d'eux est un imposteur.

Endommagé par l'explosion d'un ancien champ de mines, le Neptune plonge au fond de l'océan. En danger, à court d'oxygène, confronté à un incendie et à une inondation, l'équipage ne peut rien faire d'autre qu'attendre les secours. Mais les secours arriveront-ils à temps ?

Une arme mystérieuse est en train de détruire des U2 américains. La mission du Neptune est de trouver l'arme et de la détruire. Le capitaine Crane s'infiltre. Un artiste de night-club, qui est aussi un résistant, vient au secours de Crane. Le Capitaine est rapidement capturé et sévèrement battu. Pendant ce temps, sur le Neptune, le major Amadi demande l'asile. Pour prouver la sincérité de ses intentions, il promet de conduire le sous-marin à la puissante arme magnétique responsable de l'élimination de ces U2. Nelson soupçonne qu'il veut conduire le Neptune vers une tombe aquatique.

Nelson et Crane s'infiltrent et risquent leur vie pour ramener un transfuge communiste aux États-Unis. Mais l'homme est blessé lors de la tentative, et son amant est laissé derrière. Il ne parlera pas à l'agent qui l'attend sur le Neptune (en fait un agent double) tant qu'il n'aura pas retrouvé son Anna. Mais même Anna n'est pas ce qu'elle semble être.

Dans la Floride ravagée par le blizzard, Nelson contacte un météorologue qui pourrait l'aider à expliquer les conditions météorologiques étranges. Mais cette nuit-là, le scientifique est enlevé et "programmé" pour tuer Nelson. Lorsque sa première tentative échoue, il monte à bord du Neptune qui navigue pour enquêter sur la source du problème, et poursuit ses efforts.

Un vieil ami de Nelson vient à bord du Neptune pour poursuivre ses recherches sur la baleine géante qui a détruit son navire, l'a paralysé et a tué son fils. Ses véritables motivations, cependant, ont plus à voir avec la vengeance qu'avec la science, et Crane s'inquiète de voir l'amiral pris dans l'obsession de son ami.

Lorsque le roi d'une petite nation amie est assassiné, le Neptune est chargé de ramener le jeune prince héritier chez lui pour qu'il assume son trône. Ni Nelson (qui est expulsé de sa propre cabine) ni Crane n'ont l'habitude de s'occuper d'enfants. L'aide arrive sous la forme d'un mystérieux vieil homme jouant de la flûte qui se lie d'amitié avec le garçon après qu'il ait été récupéré en mer.

Blessé lors d'une chute, le président des États-Unis a désespérément besoin d'être opéré - et l'opération doit être gardée secrète. Naturellement, le Neptune est choisi comme le meilleur endroit pour l'opération. Un agent ennemi, prenant la place du médecin qui aurait utilisé un dispositif radiologique sur le Président, tentera de tuer le commandant en chef avec un rayon mortel. Sera-t-il découvert à temps pour sauver le Président ?

L'amiral Nelson est kidnappé d'un avion en plein vol et détenu sur une île isolée par des nazis qui projettent de conquérir le monde.

Après que le sous-marin expérimental de Nelson ait été attaqué par une méduse géante, la tension monte à bord du Neptune alors que Nelson montre des signes de dépression mentale.

Lorsqu'un lancement massif de missiles par une puissance étrangère met les États-Unis en alerte nucléaire, le Neptune se lance dans une manœuvre de sécurité, mais le lancement est-il vraiment ce qu'il semble être, et cela signifie-t-il vraiment que c'est le jour du jugement dernier ?

Un tremblement de terre sous-marin exhale des centaines d'étranges capsules métalliques, et une puissante créature humanoïde qui pourrait détruire l'humanité est ramenée à la vie après des millions d'années en animation suspendue.

Au retour d'une mission dans l'espace lointain, un robot est amené à bord du Neptune, mais l'équipage découvre rapidement que le robot a été mystérieusement reprogrammé pour faire des ravages.

Un amateur d'art fou prend le contrôle du Neptune et projette de pirater la Joconde de Léonard de Vinci depuis un navire français à destination de l'Exposition universelle.

Un super-ordinateur nouvellement installé est testé sur le Neptune... mais l'ennemi a d'autres plans.

Crane subit un lavage de cerveau par des agents ennemis, et sa nouvelle mission est de désactiver certains missiles sous-marins stratégiques et d'assassiner l'amiral Nelson !

Une étrange expérience visant à accélérer l'évolution tourne horriblement mal, et un énorme monstre protoplasme menace la vie de tout l'équipage.

L'équipage du Neptune est appelé à enquêter sur un laboratoire sous-marin où des scientifiques transforment chirurgicalement des humains en amphibiens.

Nelson est bloqué à bord d'un radeau de sauvetage avec l'ex-premier ministre d'une puissance étrangère hostile qui transporte des informations vitales sur un complot visant à détruire le monde libre.

L'équipage est rejoint par le capitaine Adams, seul survivant d'un lancement de missile malheureux, à la recherche de la mystérieuse force responsable de la catastrophe.

Nelson et Crane entendent parler de la destruction du sous-marin Angler. Lorsqu'ils lisent le journal de bord du capitaine et entendent les enregistrements faits dans la salle de contrôle, Nelson et Crane sont perplexes sur l'amitié du capitaine Williams et de l'officier Richardson. Il semble qu'après avoir quitté une île mystérieuse, les deux hommes soient devenus des ennemis mortels.

Le Neptune se rend en Écosse via un conduit souterrain secret pour enquêter sur le mystère du légendaire monstre du Loch Ness.

Nelson et Crane sont consternés lorsqu'un scientifique égoïste, à la recherche de publicité, se voit confier le commandement du Neptune pour tester un nouveau système de pression qui permettra au sous-marin d'atteindre des profondeurs inexplorées.

La soeur de Nelson est enlevée par des agents ennemis qui exigent des informations top-secrètes en guise de rançon. Mais Nelson trahira-t-il son pays pour protéger la seule famille qu'il possède ?