Momentos después de donde se quedó la quinta temporada, Aria, Emily, Hanna, Spencer y Mona están atrapadas en el exterior de la casa de muñecas de Charles, con ningún sitio al que ir y debiendo ahora lidiar con un torturador enfadado. Justo cuando las 'liars' pensaban que Charles no podía empeorar, sus juegos dan un giro más demente y oscuro. Mientras las chicas luchan por sobrevivir, las piezas del puzzle de la historia de Charles comienzan a juntarse. Mientras tanto, Ezra, Caleb y Toby continúan luchando para encontrar a las chicas con o sin la ayuda del Departamento de Policía de Rosewood.

Las chicas pueden haber salido de la casa de muñecas, pero lo que les sucedió durante su tiempo de cautiverio tiene efectos duraderos. Con sus seres queridos observándolas preocupados, las mentirosas estan en casa y tratando de recuperarse, sin mucho éxito. Incluso con el presunto torturador Andrew en custodia, Aria, Emily, Hanna y Spencer temen que están lejos de estar seguras.

Las vidas de las chicas se han puesto patas arriba por su cautiverio y cada una de ellas está en busca de respuestas para dar sentido a su terrible experiencia. Aria se centra en Andrew al tratar de averiguar quién es este chico realmente, mientras que Emily intenta conectar con un nuevo amigo. Al estilo de Spencer, ella está en una misión para obtener respuestas acerca de Charles de Ali y Jason. Hanna quiere llevar a los cuatro amigas de nuevo juntos para que puedan dejar atrás lo que pasó en la casa de muñecas. Mientras tanto, Alison ya no es la abeja reina/chica mala que una vez fue - pero ¿quién es ahora? Un nuevo amigo intenta ayudarla a encontrar el coraje de comenzar de nuevo y encontrar la "nueva" Alison.

Después de mentir a Alison y Jason sobre Charles, Kenneth viene limpio sobre la conexión de la familia para el niño. Mientras que él no va a dar muchos detalles sobre Charles, el dice suficiente para dar a las PLL una idea de dónde buscar las piezas que faltan. Con Radley ahora cerrada y los archivos enviados a triturar, las chicas deben actuar con rapidez antes de que todos los rastros del pasado de Charles desaparecen. Mientras tanto, la naturaleza protectora de Caleb comienza a pellizcar a Hanna y Spencer busca un remedio para sus problemas de sueño.

Mona vuelve a Rosewood en un estado muy frágil, ella debe responder a la policía por fingir su muerte. Asuntos empeoran cuando se enfrenta a la hermana de Lesli acerca de la participación involuntaria de Lesli en el plan de Mona. Hanna está decidida a ayudar a Mona,no sólo para tranquilizarla que está a salvo de Alison, sino también para tratar de reparar la amistad de Mona con Lesli. Emily trata de ayudar a Sara con su vida en el hogar con animándola a explorar la posibilidad de la emancipación. Spencer, por otra parte, encuentra la ayuda de alguien de su pasado. Mientras tanto,Alison crece más cerca de Lorenzo mientras busca apoyo fuera de su familia.

Es tiempo de fiesta en Rosewood High School, a excepción de Alison, Aria, Emily, Hanna y Spencer que han sido prohibidas debido a las preocupaciones de "seguridad". Mientras las chicas ven esto como el golpe humillante al final a su carrera de secundaria, las madres de las niñas tratan de hacer lo mejor de una mala situación, ofreciendo un baile en casa en el granero de Spencer. Al principio reticente, los chicas están de acuerdo y tratan de hacer lo mejor de una mala situación. Pero Charles tiene otros planes en la tienda para hacer de esto una noche que nunca olvidarán. Mientras tanto, Verónica, Pam, Ashley y Ella utilizan baile de la noche para tocar la base de todo lo que ha ocurrido a sus hijas.

Hay emociones encontradas en la casa DiLaurentis cuando Charles anuncia que está volviendo a casa para su cumpleaños. el Sr. DiLaurentis quiere salir rápidamente de la ciudad para ocultar a Ali y Jason de su hermano, mientras que Jason ve esto como una oportunidad para finalmente validar todos los recuerdos de la infancia que tiene de "Charlie". Las chicas estan divididas con Spencer y Hanna viendo esto como la mejor oportunidad que tienen para capturar a Charles, mientras que Emily y Aria quieren quedarse tan lejos de él como sea posible.

Después de su último encuentro con Charles, las tensiones están en su punto más alto con los chicas y el pueblo de Rosewood. El gran momento de Aria de ver su obra se muestra en una galería de arte está en peligro así como ella está decidida a mantenerla a salvo en casa. Hanna sigue siendo incomodidad con el dinero de la beca inesperada y está decidida a darle la espalda, incluso si eso significa arruinar sus posibilidades de ir a la escuela de su elección. Y por si fuera poco, el rito de la escuela secundaria normal del pasaje a las chicas están deseando está en peligro, Rosewood está considerando no dejar que los chicas asistan baile de graduación debido a cuestiones de seguridad. Mientras tanto, a medida que Alison aprende más sobre su hermano más difícil le resulta conectarlo con un asesino desquiciado al chico joven de pelo rubio que ella ve en las fotos y en sus memorias.

¿Quién mató a la madre de Toby? ¿Quién golpeó a Ali con la piedra en la cabeza la noche que ella desapareció? ¿Quién es "Red Coat? ¿Quien mató a Bethany? ¿Quién es "Black Widow? ¿Por qué "A" ha estado acosando a las "liars" todo este tiempo? Tras años de tortura, Alison, Aria, Emily, Hanna y Spencer finalmente estarán cara a cara con su torturador y conocerán la historia de cómo y por qué Charles se convirtio en "A".

Durante la 6B tendremos un salto de tiempo de 5 años donde las Liars ya tienen sus vidas encaminadas, pero deberán volver a Rosewood a pedido de Ali para la audiencia de Charlotte Dilaurentis, también conocida con -A. 

Las chicas se ven obligados a permanecer en Rosewood. Mientras tanto, Emily sigue mintiendo sobre su vida en California y Alison mantiene una estrecha vigilancia sobre sus amigos.

Aria, Spencer, Hanna y Emily asisten con su mejor disfraz a la celebración de una fiesta en un tren fantasma, aunque lo que allí sucede está muy lejos de la diversión que planeaban.

Con la Policia de Rosewood respirando en el cuello de Hanna sobre la grabación de seguridad Radley, ella opta a confesar la verdad a las personas más cercanas a ella con la esperanza de que puedan ayudar. Aria continúa la búsqueda de respuestas, con la ayuda de Emily, de si Ezra es tan culpable como parece. Spencer trabaja junto con Caleb para localizar a la nueva amenaza. Mientras tanto, hay incomodidad por todos lados cuando nuevos intereses amorosos aparecen y resurgen viejos.

Para probar que Sara Harvey está detrás de las amenazas, Team Sparia se reúne para encontrar evidencia de la participación de Sara antes de ir a la policía. Caleb realiza un plan con Hanna para luchar contra el nuevo acosador mediante el uso de los vídeo de seguridad. Mientras tanto, Aria recibe una noticia inesperada de su familia, y Ali consuela a Emily.

Mientras que hay nuevos descubrimientos en la investigación del asesinato de Charlotte, la verdad comienza a aparecer sobre las vidas personales de las protagonistas.

El amor está en el aire en Rosewood, mientras una relación romántica avanza, las Liars investigan a un nuevo sospechoso en el caso del asesinato. Con Ezra devuelta en Rosewood, Aria debe decirle la verdad.

Después de que el acosador casi mate a Emily, las ‘liars’ comienzan a tomarse las amenazas más en serio y tratan de mantener sus bocas cerradas para prevenir más daños. Caleb debe lidiar con los daños colaterales de haberse inculpado de la filtración sobre Yvonne; Spencer trata de consolarlo y conseguir que él cuente la verdad. Emily se embarca en una misión para localizar a la persona que va tras ella. Aria y Ezra avanzan con la novela. Mientras tanto, Hanna evita lidiar con su vida personal.

Después de que Alison se enfrente con un repentino y misterioso peligro, las ‘liars’ deciden tomar las riendas para un contraataque. Hanna y Caleb trabajan juntos para desarrollar un plan para enfrentarse al acosador. Emily y Spencer hacen equipo para investigar si Mona tiene alguna implicación en el asesinato. Aria y Ezra continúan trabajando en el libro aunque podría ser más difícil de lo que previeron. Mientras tanto, Ali se encuentra con un visitante inesperado

Con el acosador amenazando con matarlas a todas si no revelan la identidad del asesino de Charlotte para las elecciones, las ‘liars’ y compañía, desesperados, deben contraatacar audazmente. Mientras Spencer y Toby trabajan juntos para atrapar a Sara Harvey, Yvonne se pregunta dónde residen los verdaderos sentimientos de Toby. Ezra acaba el último capítulo de su libro, preparado finalmente para decir adiós a Nicole; Aria lo consuela durante este emocional momento y viejos sentimientos salen a la superficie. Mientras Caleb trabaja atentamente en su plan para proteger a Hanna, ellos reflexionan sobre lo que podría haber sido. Mientras tanto, Alison experimenta extrañas visiones y comienza a cuestionarse su cordura; Emily la vigila para asegurarse de que ella está bien.