Quelques instants après là où la saison cinq s'est arrêtée, Aria, Emily, Hanna, Spencer et Mona sont piégées à l'extérieur de la maison de poupées de Charles, avec nulle part où aller, et devant affronter la colère de leur bourreau. Juste quand les Menteuses pensaient que Charles ne pouvait pas faire pire, ses jeux prennent une tournure encore plus démente et plus sombre. Pendant que les filles se battent pour survivre, le puzzle de l'histoire de Charles commence à s'assembler.

Pendant ce temps, Ezra, Caleb et Toby continuent la lutte pour retrouver les filles, que ce soit avec ou sans l'aide du département de police de Rosewood. Radley ferme ses portes.

Ezra, Toby et Caleb ont trouvé une piste sur l'endroit où les Liars sont retenues prisonnières, avec l'aide d'Alison ils partent à leur recherche et trouve le bunker. Malgré le fait qu'Aria, Emily, Hanna et Spencer soient sorties de la maison de poupées de Charles, ce qui leur est arrivé durant leur captivité a des effets secondaires. Avec leurs familles à leur côté, les Liars sont désormais de retour à Rosewood. Elles essayent de guérir de cette cruelle expérience, sans grand succès. Même avec leur possible harceleur, Andrew, mis en garde-à-vue, Aria, Emily, Hanna et Spencer ont peur de ne pas encore être en sécurité.

Pendant ce temps, Alison doit faire face à ses précédentes arrogances ainsi qu'à sa notoriété à Rosewood.

Les filles sont toujours marquées par leur captivité. Aria essaie d'en savoir plus sur Andrew. Alison apprend que son père lui a menti en affirmant qu'il n'existait pas de Charles DiLaurentis dans leur famille, il a omis de préciser qu'il existait un Charlie. Alison et Jason l'interroge après lui avoir montrer la photo.

Mona fait son retour à Rosewood ainsi que Lesli. Spencer croise Dean, son ancien coach qui l'aidait lorsqu'elle était en abus de drogue. Alison échange un premier baiser avec Lorenzo. Mona essaie de cacher que Lesli était internée à Radley en même temps qu'elle et qu'elle a dû faire la rencontre de Charles là-bas. Elle était dans la même chambre que Bethany Young.

Avec tous les indices laissant penser que Leslie est le tortionnaire sous le sweat à capuche, les filles sont en mission afin de trouver des preuves concrètes avant d'apporter leurs découvertes à la police. Mais, alors que l'enquête des filles s'intensifie, les menaces de A s'aggravent. Pendant ce temps, une amie d'Emily lui fait une offre surprenante, et Spencer subit des pressions de la part de sa famille pour prendre une importante décision.

Les émotions sont mitigées chez les DiLaurentis lorsque Charles décide de rentrer chez lui pour fêter son anniversaire. M. DiLaurentis veut quitter la ville de Rosewood rapidement pour cacher Alison et Jason de leur frère, alors que Jason voit ça comme une opportunité de vérifier si tous les souvenirs d'enfance qu'il a de "Charlie" sont réels. Les filles sont tout autant divisées : alors que Spencer et Hanna voient ça comme la meilleure chance qu'elles ont de capturer Charles, Emily et Aria veulent rester le plus loin possible de toute cette histoire.

Pendant ce temps, Mona veut mettre de la distance entre elle et Mike, cède et l'embrasse.

Jason se rend au rendez-vous de Charles et espère pouvoir le convaincre de se rendre à la police et de rattraper le temps perdu. Mais il est devancé par la police et les filles, qui tentent de capturer "A". Charles s'enfuit, et croit que Jason l'a trahi. "A" laisse un enregistrement de Jason, Alison et lui lorsqu'ils étaient enfants, accompagné d'un message "I just wAnted trust you" ("je voulais juste te croire").

Hanna se méfie de l'origine de sa bourse, car l'argent provient indirectement de la mère d'Alison.

"A" reçoit en cadeau d'anniversaire un tableau de lui, Jason et Alison d'une personne anonyme qui dit être son ami et un allié.

Aria, qui a la possibilité de voir son travail être exposé dans une galerie, sera en quelque sorte "enfermée" par sa mère pour sa sécurité. Hanna sera quant à elle déterminée à rendre l'argent qu'elle a reçu pour son université. Le bal de promo sera également compromis puisque l'administration de l'école pensera à ne pas laisser nos héroïnes y aller à cause du danger que cela peut représenter pour elles et les autres élèves ! Pendant ce temps-là, plus Alison en apprend sur son frère, plus il est difficile pour elle de croire que le petit garçon blond qu'elle voit sur les photos puisse être un dangereux personnage.

Alors que les filles verront cela comme un nouveau choc humiliant pour leur vie lycéenne, leurs mères feront de leur mieux pour tirer le meilleur de cette mauvaise situation en organisant un bal de promo maison, dans la grange de Spencer. D’abord réticentes, les Liars finiront par accepter et feront de leur mieux pour apprécier cette soirée. Mais s’il y a bien quelqu'un qui ne manque jamais les grandes occasions, c’est bien Charles, qui a prévu d’autres plans pour faire de cette nuit un moment qu’elles n’oublieront jamais. Qu’est-ce que Charles va encore manigancer ? Pendant ce temps, Veronica, Pam, Ashley et Ella profiteront de ce moment pour discuter de tout ce qui est arrivé à leurs filles. Alison finit par rencontrer Charles.

Les Liars se retrouvent coincées dans une salle futuriste connectée à une chambre de Radley dans laquelle Alison est prise en otage par A. Quand A se retourne, il nous est révélé que Cece Drake s'avère être Charles Dilaurentis alias Charlotte, le grand frère abandonné jeune à Radley. On apprend que Red Coat et Black Widow sont une seule et même personne : Sara Harvey. Mona a tué Bethany en pensant que c'était Alison et Cece a frappé Ali pensant que c'était Bethany pour se venger de cette dernière qui l'avait accusé d'avoir poussé Marion Cavanaugh à sa place. Cece raconte tout depuis le début à Alison : comment elle est devenue A, pourquoi elle s'est vengée des filles. Cece a volé le jeu de Mona quand celle-ci a été internée à Radley, Cece y était encore à ce moment-là.

À la fin, Cece décide de se rendre et se fera donc interner.

Trois mois plus tard, on retrouve les filles devant chez Alison pour se dire au revoir avant qu'elles partent à la fac. Alison est la seule qui décide de rester à Rosewood afin de s'occuper, avec Jason, de leur grande sœur internée et afin de lui donner la famille qu'elle n'a jamais eu.

Cinq ans après, Alison est devenue prof et s'appelle désormais Mme Rollins. Les filles arrivent et lui disent que la nouvelle menace est ici et qu'il faut partir maintenant.

Après des années de tourmente et de nombreuses révélations choquantes, les Liars ont enfin découvert la véritable identité de «A». Aujourd'hui, cinq ans plus tard, les filles ont chacune poursuivi leurs propres chemins et ont commencé à ajuster à une vie sans «A». Déchiré entre leurs vieilles habitudes et leur nouvelle vie, les événements obligent les Liars d'unir leurs forces une fois de plus, que les relations sont mises à l'épreuve et les secrets sont révélés. Ayant mûri au cours des quelques dernières années, ce ne sont pas les mêmes filles qui ont quitté Rosewood. Alison leur demande à nouveau de mentir devant le juge disant qu'elles n'ont plus peur de Charlotte, pour pouvoir la faire sortir de son hôpital psychiatrique où elle est "retenue" depuis 5 ans. Les filles reviennent donc à Rosewood juste pour ceci mais un événement tragique va les forcer à y rester plus longtemps...

Les Liars sont suspectées pour le meurtre de Charlotte et le doute se porte sur Aria qui a quitté la chambre d’hôtel vers 3h du matin et qui est revenue 30 minutes après l’heure à laquelle Charlotte est morte. Les Liars confrontent Aria sur son comportement suspect, et on comprend que Ezra pourrait être le tueur. En effet, les deux ex se sont vus ce soir-là, et Aria est persuadée qu’Ezra n’est pas rentré chez lui comme il le lui a dit sachant qu’ils ont vu Charlotte se balader seule en pleine nuit.

La panique saisie les Liars lorsque les enquêtes de la police se tournent vers Radley. pour sauver le travail de sa mère, Hanna invente un alibi avec l'aide de son vieil ami de lycée, Lucas, mais quand l'interrogation commence, elle commence à se rendre compte que la police est beaucoup plus intelligente qu'elle ne pensait. Aria croit que le nouveau livre d'Ezra a le potentiel pour devenir un nouveau best-seller et envoie les deux premiers chapitres à son patron sans dire que c'est Ezra qui en est l'auteur. Quand elle obtient une réponse positive, elle décide de commencer à écrire le reste du livre d'Ezra et de le faire passer comme le sien. Spencer révèle à Hanna qu'elle a des sentiments pour Caleb, apparemment non dérangée par ces nouvelles, Hanna l'encourage de découvrir s'il en est de même pour Caleb. Pam découvre la vérité sur les études d'Emily et, blessée, elle dit à Emily qu'elle n'aurait jamais dû traverser une épreuve aussi difficile dans sa vie sans lui en avoir parlé. Hanna voit Emily prendre des médicaments et, après le lui avoir demandé, Emily raconte toute la vérité, révélant ainsi qu'elle est fauchée et qu'elle doit vendre ses ovules pour de l'argent. Plus tard, il est révélé que durant la nuit à Radley (dans l'épisode 10), après qu'Emily ai donné un coup de poing à Sara, Sara avait essayé de se relever en mettant malencontreusement ses mains sur un bloc électrique, blessant sévèrement ses mains. En attendant, Melissa et Spencer aident leur maman avec sa campagne politique, mais quand Melissa reçoit un message parlant d'une vidéo de sécurité, elle commence à craindre qu'il s'agit de la vidéo qu'elle avait envoyé à Spencer parlant ce qui est arrivé à Bethany Young. Elle craint donc que cette vidéo puisse être arrivée entre de mauvaises mains. Comme Spencer sait que la vidéo est en fait la séquence de sécurité de Radley, les filles réclament des réponses au près d'Ezra. Mais, furieux, il refuse de parler. Spencer rentre à la maison et Caleb la console révélant enfin ses sentiments à cette dernière qu'il s'empresse d'embrasser.

Les Liars reçoivent un nouvel sms : « vous savez qui l'a fait et je vais vous faire parler », mais le traditionnel "-A" à la fin est ici remplacé par un emoji diable.

Alors que la police commence à s'interroger sur Hanna à propos de la mystérieuse séquence vidéo de Radley, elle choisit d'avouer la vérité à ses proches dans l'espoir qu'ils la soutiennent. Aria continue de chercher des réponses avec l'aide d'Emily pour savoir si Ezra est aussi coupable qu'il n'y parait. Spencer, elle, travaille avec Caleb et ensemble ils espèrent traquer la nouvelle menace. En attendant, il y a de la jalousie entre Spencer et Toby lorsque leurs nouveaux partenaires apparaissent tandis que leurs vieux sentiments refont surface.

Pour enfin prouver que Sara Harvey se cache réellement derrière les nouveaux messages de menaces, l'équipe Spencer et Aria se réunit pour trouver une preuve accusant Sara avant qu'elles n'aillent prévenir la police. Caleb organise un plan avec Hanna pour tenter de contre attaquer le nouvel harceleur en utilisant les vidéos de sécurité. En attendant, Aria obtient des nouvelles inattendues de sa famille et Alison console Emily qui vit des moments difficiles.

Alors que de nouvelles découvertes sont faites dans l'enquête sur le meurtre de Charlotte, la vérité à propos des vies personnelles des filles commence à faire surface. Spencer est inquiète quand elle apprend que sa mère garde un secret. Aria avoue à Liam à quel point elle est impliquée dans le livre d'Ezra. Alison admet qu'elle et Elliot sont plus que de simples amis. Mona révèle envers qui elle est réellement loyale. Caleb, Spencer et Hanna doivent faire face aux complications engendrées par les nouvelles relations. Pendant ce temps, Emily et Hanna reçoivent toutes les deux des menaces choquantes qui élèvent la gravité de la situation.

Alors que les relations amoureuses vont de l'avant, les filles enquêtent sur un nouveau suspect dans l'affaire du meurtre. Maintenant qu'Ezra est de retour à Rosewood, Aria doit lui avouer la vérité à propos de son implication dans son second livre. Spencer et Caleb s'occupent d'une fuite dans les médias qui affecte la campagne. Hanna fait le point sur sa vie après avoir subi un incident au travail. Emily est persécutée par le harceleur alors qu'elle continue de chercher Sara. Pendant ce temps, deux amoureux s'unissent enfin avec l'aide d'une personne spéciale. Alison demande a Aria de la marier à Elliot.

Après que le harceleur ait presque tuée Emily, les filles commencent à prendre les menaces encore plus sérieusement et elles tentent de se taire à propos de la situation pour éviter que quelqu'un d'autre ne soit blessé. Caleb doit faire face aux conséquences d'avoir porté le chapeau pour la fuite concernant Yvonne. Spencer essaye de le réconforter, ainsi que de lui faire admettre la vérité. Emily part en mission pour retrouver la personne qui s'en est pris à elle. Aria et Ezra avancent sur le roman. Pendant ce temps, Hanna évite de faire face à sa vie personnelle.

Après qu'Alison ait été confrontée à un danger mystérieux et soudain, les filles décident de prendre les choses en mains pour contre-attaquer. Hanna et Caleb travaillent ensemble pour mettre au point un plan pour se retrouver face à face avec le harceleur. Emily et Spencer s'allient pour enquêter et découvrir si Mona a un lien avec le meurtre. Aria et Ezra continuent à travailler sur le livre, mais il se pourrait que ça soit plus difficile que prévu. Pendant ce temps, Alison rencontre un visiteur inattendu.

Dans une tentative désespérée de découvrir la vraie identité d'Uber "A", les filles mettront Hanna en danger en l'utilisant comme appât. Avec le harceleur les menaçant de tous les tuer s'ils ne dévoilent pas qui est le meurtrier de Charlotte avant l'élection, les filles et leurs amis, au bout du rouleau, doivent contre-attaquer de façon audacieuse. Alors que Spencer et Toby travaillent ensemble pour arrêter Sara Harvey, Yvonne se demande envers qui Toby a de vrais sentiments. Ezra termine le dernier chapitre de son livre, enfin prêt à dire adieu à Nicole. Aria le réconforte durant ces moments pleins d'émotion, et de vieux sentiments refont surface. Tandis que Caleb travaille intensément sur son plan pour protéger Hanna, ils se demandent ce qui aurait pu arriver. Pendant ce temps, Alison fait l'expérience de visions très étranges et elle commence à remettre en question sa santé mentale. Emily garde un œil sur elle pour s'assurer qu'elle va bien.