“人形の家”で罠にかかったアリア、エミリー、ハンナ、スペンサー、そしてモナ。恐ろしいチャールズに監禁され、逃げ場も見当たらない。何とかして逃げようとする彼女たちに激怒したチャールズのゲームがエスカレートし、さらに暗く、陰湿になっていく。

“人形の家”から解放されたライアーズたちだが、監禁されていたときに起こったことに大きな影響を受けている。彼女たちを愛し心配する人たちに見守られながら、家に戻った彼女たちは心の傷を癒そうとするが、あまりうまくいかない。容疑者のアンドリューが拘留中であったとしても、アリア、エミリー、ハンナ、スペンサーは不安でたまらない。

監禁によって自分たちの生活をひっくり返されてしまった少女たちは、それぞれがあの辛い経験の意味を理解しようと答えを模索する。アリアはアンドリューがどんな人間なのかを知ろうとし、エミリーは新しい友人と気持ちを通わせようとする。スペンサーは懸命にアリソンとジェイソンからチャールズのことを聞き出そうする。

チャールズのことでアリソンとジェイソンに嘘をついたケネス・ディローレンティスだが、この青年とディローレンティス家とのつながりについて、一部始終を打ち明ける。チャールズの過去についてはあまり多くを語ろうとしないケネスだが、少女たちはラドリー精神病院について十分な情報を得る。

モナがローズウッドに帰ってくるが、精神状態はよくない。それに警察に自分の死を偽装した理由を答えなくてはならない。さらに悪いことに、自分の計画へのレスリーの関与についても問い詰められる。ハンナは、アリソンから攻撃される心配がないことを告げてモナを安心させるだけでなく、レスリーとモナの友情を修復するために、彼女を助ける決心をする。

フードをかぶって拷問したのはレスリーだとあらゆる痕跡が指している。ライアーズたちは警察に自分たちの発見を提出する前に、具体的な証拠を得ようと動き出す。だが、調査の手を強めると、“A”からの脅迫がエスカレートする。一方、エミリーは友人のひとりから驚きの申し出を受け、スペンサーは重要な決定をするよう家族からプレッシャーを受ける。

チャールズが自分の誕生日に帰郷することがわかり、ディローレンティス家に複雑な思いが走る。ディローレンティス氏はアリソンとジェイソンを兄弟から隠すため、急いで町から離れたい。スペンサーとハンナはチャールズを捕まえる絶好のチャンスだと考える。一方、モナはマイクに心を閉ざし、ハンナは嬉しくないサプライズを受け取る。

最近のチャールズとのもめ事で、ライアーズたちとローズウッドの町の緊張感は高まったまま。アリアにとって自分の作品がアートギャラリーに展示される大切な瞬間も、エラが安全を考えて家から出さないと決めたために、危機に瀕す。ハンナはいまだに予期せぬ奨学金に不安を感じ、たとえ自分が選んだ学校に行くチャンスを失うことになっても奨学金を返す決心をする。

アリソン、アリア、エミリー、ハンナ、スペンサーを除いて、ローズウッド高校はプロム一色に染まっている。“安全上の問題”から参加を禁止されたライアーズたちは、高校生活最後の屈辱的な敗北と受け取る。彼女たちの母親は最悪な状況を何とかしようと、スペンサーの家の納屋でプロムを開こうと提案する。最初は渋々だったライアーズたちは・・・。

トビーの母親を殺したのは誰？アリソンが行方不明になった夜に石で彼女の頭を殴ったのは誰？なぜ"A"はいつもライアーズたちをターゲットにしてきたのか？何年にもわたる苦しみと終わりなき疑問の果てに、アリソン、アリア、エミリー、ハンナ、スペンサーはついに自分たちを苦しめてきた人間と顔を突き合わせ、チャールズが"A"になった理由と方法を知る。

数多くのショッキングな新事実に苦しめられた数年間が過ぎ、ライアーズたちはようやく"A"の本当の正体を暴くことができた。それから5年後、どうやら、新しい顔、新しい秘密、そして新しいウソが現れる時がきたようだ。ライアーズたちは、ローズウッドを去った時の自分とは違っている。それぞれが自分の道を追い求め、"A"のいない生活に慣れてきた。だが、すべてが始まった場所に連れ戻されるような出来事が起こったなら、彼女たちはいったいどうするのか？人間関係が再び試され、新しい秘密が明らかにされる時、昔の習慣と新しい生活の狭間で悩みながら、ライアーズたちはこの街に留まり、力を合わせていかなくてはならない。

ライアーズたちがローズウッドに足止めされている間に、新しい謎についての疑問が浮上する。落ち着きなく、早々とボストンに戻るアリアに疑惑の目が注がれるが、アリアは本当にこの謎にかかわっているのか？なじみ深い環境に戻ることになったスペンサー、エミリー、ハンナだが、この謎を“昔のやり方”で解決するのは気が進まない。一方、エミリーはカリフォルニアでの生活について嘘をつき続けている。そんな友人たちをアリソンが注意深く見守っている。(

ラドリー精神病院に捜査の目が向けられ、ライアーズたちに衝撃が走る。アリア、エミリー、ハンナ、スペンサーはまたしてもローズウッド警察とのなじみ深い関係に戻って行く。そして答えを探す彼女たちの行動が、周囲の愛する人たちに影響を及ぼし始める。母親の仕事が危機に瀕し、ハンナは高校時代の友人ルーカスの助けを借り、ライアーズ全員を救える可能性のあるアリバイを考え出そうとする。一方、エミリーは過去5年間の一部始終を告白し、アリアは自分の上司とともにエズラの2作目の本を何とかしようと奔走する。

ローズウッド警察にラドリー精神病院の防犯映像のことでしつこく聞かれたハンナは、助けを求めて、自分の近しい人たちに真実を告白しようとする。アリアはエミリーの助けを借り、エズラが本当に罪を犯したのかどうか、答えを探し続ける。スペンサーはケイレブとともに新しい脅迫の証拠を追跡する。一方、新しい恋と古い恋が表面化し、あたりに気まずい雰囲気が立ち込める。

サラ・ハーベイが新しい脅威にかかわっていると確信したライアーズたちは、警察に行く前に、力を合わせてサラの関与を示す証拠を見つけようとする。ケイレブはハンナと一緒に、監視カメラの映像を利用して新しいストーカーに応戦するための計画をまとめる。一方、アリアは家族から思いがけない知らせを受け取り、アリソンは大変なときにエミリーを慰め元気づける。

シャーロットの殺人事件の調査が進展し、個人的な生活が浮き彫りになっていくライアーズたち。スペンサーは母親の秘密を知りたい。アリアは自分がエズラの本に深くかかわっていることをリアムに告白する。アリソンは自分とエリオットが友達以上であることを認める。さらに、モナが忠誠を誓う相手とは？ケイレブ、スペンサー、ハンナは新しい複雑な関係を解決できるのか？一方で、エミリーとハンナに衝撃が走り、その脅威が深刻さを増していく。

エミリーがストーカーに殺されかけたあと、ライアーズたちはもっと真剣に脅威を受け止め、これ以上の被害を食い止めるために、口を固く閉ざそうとする。ケイレブはイボンヌに関する情報漏えいの責任を取ったことによる二次被害に対処しなくてはならない。スペンサーはケイレブを慰め、彼に真実を話すよう促す。エミリーは自分を追う人間を見つけ出そうとし、アリアとエズラは小説に取り組み始める。一方、ハンナは自分の生活を直視できない。

アリソンが突然得体の知れない危険に見舞われたのち、終わることのない嫌がらせに我慢の限界を超えたライアーズたちは、自分たちで反撃に出ることを決心する。ハンナとケイレブは嫌がらせをする人物と直接対決するための計画を立て、エミリーとスペンサーは、モナが殺人事件に関与しているかどうか調べようとする。アリアとエズラは小説に取り組み続けているが、どうやら予想以上に険しい道のりになりそうだ。一方、アリソンを思いがけない人物が訪ねてくる。

シャーロットを殺した犯人を選挙までに明らかにしなければ全員を殺すとストーカーに脅され、ライアーズと仲間たちは途方に暮れる。だが、それでも彼らは果敢に立ち向かわなければならない。スペンサーとトビーはサラ・ハービーを捕まえるために協力し合う。イボンヌは、トビーが本当は誰を愛しているのか疑問に思う。エズラは小説の最終章を書き終え、ようやくニコルと訣別する心の準備ができる。アリアは辛さで感情が高ぶる彼を慰めるうちに、昔の気持ちが溢れだす。ケイレブがハンナを守る計画に必死にとりかかっているとき、ふたりは過去を振り返り反省する。一方、生還したアリソンは奇妙な幻覚を見るようになり、自身の正気を疑い始める。エミリーはアリソンの無事を確かめるために監視を続ける。