アリア、エミリー、ハンナ、スペンサーの4人は、山荘の火事をきっかけに、”A”の新しい手口を必死になって暴こうとする。だがその答を知るために、今では同じようにターゲットとなったモナに頼るしか方法がなかった。

ディローレンティス夫人の存在が、ローズウッドの住民を不安にさせる。特にハンナが夫人から譲り受けたオウムは、アリソンの最後の日を再現するかのようなに真似をする。そのオウムの真似は、皆に不安を与える。”A”に対して何も打つ手だてがないことに疲れ果てたアリアは、自己防衛手段を学ぶ決心をし、セクシーなインストラクターに興味をもつ。

ハンナは母親が危険な秘密を抱えていることを心配し、どんなことをしても母親を守ろうと決心する。それが原因で、ホルブルック刑事と会っても居心地が悪い。アリソンのものから手がかりを見つけた4人は、気味の悪い仮面職人に行きつく。

ホルブルック刑事の相棒、タナー警部補が町にやってきて、4人を厳しく取り調べ、ワイルデンの死との関連性をつかもうとする。”A”に操られ、両親の不当な監視下に置かれたエミリーはパニックを起こす。

スペンサーとエミリーは近くの大学を訪れる計画を立てるが、2人のキャンパスでの課題は、大きく異なっている。スペンサーはアリソンとこの学校とのつながりを見つけ出すことに集中し、反対にエミリーは卒業後の計画を考えると怖くてたまらない。そして、”A”の辛らつな攻撃に遭ったアリアと弟のマイクは、両親にとって何が最良かを話し合うが、意見が噛み合わない。

母親を守ろうとしたことで、警察との関係が悪くなるハンナ。見つけるべきではなかったものを見つけてしまったハンナは、両親と警察に何とか説明しようと試みる。モナはスペンサーの秘密をほかの3人に漏らし、彼女たちの気持ちを傷つけてしまう。エミリーはハンナを助けようとするが、”A”に有利になっただけだった。

ケイレブとトビーは”A”について、そして山小屋での火事の夜に何があったのかを調査するためにチームを組む。そして“赤いコート”の新しい正体を示す新しい情報を得る。ハンナは今まで何事もなかったような振る舞いをしようとする。そんな彼女を友人たちはどうやって助けたらいいのかわからない。

ハンナは有罪判決から母親を救う計画を必死で考え出す。そして助けることのできる唯一の人物、モナのもとへ向かう。ケイレブは、思いがけない方法でモナの忠誠心を確かめ、ハンナにモナが信用できないことを納得させようとする。スペンサーは、ワイルデンの死ともう一つの死が結びつく新しい証拠を調べるため、昔よく訪れた場所へ戻る。

ペイジは誕生日のサプライズパーティでエミリーを驚かすが、もっと驚くようなゲストを招いていた。ジェンナとシャナである。だが、そのパーティに最大の衝撃をもたらしたのは”A”の行動だった。モナの献身的な行動が、ハンナと母親にとって久しぶりのいいニュースをもたらすが、それがモナを危険な道に追い込んでしまう。

今でもモーテル住まいのエミリーは、ディローレンティス夫人からアリソンの部屋を使ってくれと言われて驚くが、ほかの3人にアリソンの母親の提案を受けるようにせがまれ、さらに困惑する。ハンナは、母親の最近の幸運が悪い方向に向かっていることを知り、感情を爆発させる。エズラは息子に関する重大な事実をマギーに突きつけ、激しい精神的打撃を受ける。

“A”が思ったよりも近くに隠れていることを示す新しい証拠が見つかったあと、4人は最近浮かび上がってきた容疑者についての調査に力を注ぐことにする。ハンナは、殺人の容疑者の娘という新たな汚名のせいで、身も心もボロボロになる。

衝撃的な夏の終わり。”A”からの興味深い謎かけによって、4人はレイベンズウッドに向かう。そこで彼女たちは数人の懐かしい人物を見かける。そして手品ショーの間に、エミリーが姿を消し、3人はエミリーが”A”のトリックに引っかかったのかどうかを急いで確かめようとする。そして3人は、”A”についての衝撃的な発見をする。

ハロウィーン特別エピソード。”A”の新しい隠れ家にあった、アリソンが生きているかもしれないという手がかりを受けて、アリア、エミリー、ハンナ、スペンサーはエドワード朝時代のドレスに身を包み、 不気味な墓地でのパーティに参加した。

アリソンは生きていると考えたア4人は、以前よりもっと疑問が増えてしまう。断片をつなぎ合わせながら、ハンナは、今実際にアリソンの墓に埋められている遺体が誰かわかれば、必要な答えに近づけるかもしれないと思いつく。ところが調査している間も、エミリーはアリソンが生きていることをどう受け止めればいいのかわからない。

アリソンの日記を持っていることを、アリア、エミリー、スペンサーに打ち明けたハンナ。4人はこれで多くの疑問が明らかになると期待する。ところがその日記に書かれたストーリーは、真実を覆い隠すために暗号化されていた。4人は、どのストーリーが自分たちのことなのかを突き止めねばならない。

シャナが、アリソンからのメッセージがあるとエミリーに伝える。だが、エミリーと残りの3人は、シャナについて知っていることを全部合わせたとしても、彼女を信じることができるのか？さらにシャナは、アリソンがエミリーに会いたがっているとエミリーだけに言う。これも”A”の計画の一部なのか？それともエミリーは本当にアリソンのお気に入りなのか？

ハンナは新たに、アリソンの墓に誰の遺体があるのかを解き明かすための手助けとなる犯罪小説に興味を抱く。ハンナが捜査をおこなっている間、スペンサーはアリソンの日記に書かれたストーリーの解読に多くの時間を費やし、アリソンが会っていた謎の男の正体を暴こうとする。必死で追いつめるハンナとスペンサーの調査は”A”へと真っ直ぐに続く道なのか？

スペンサーが見つけた“ボードショーツ”について、可能性のある新事実が出てくる。彼女はこれまで以上に、ほかの3人に自分の理論を証明しようと決意を固める。特にそれが、4人のうちの1人に衝撃的な影響を与えるかもしれないからだ。だが、夜な夜な薬の力で眠気をごまかし徹夜するスペンサーの奇妙な行動にハンナが気づき始める。

スペンサーは、エズラについてわかったことをアリアに告げようと決心するが、エミリーとハンナは友人にもたらす影響を心配する。ところが、先にエズラが最近のスペンサーの薬物依存に対する不安と疑念をアリアに話したことで、スペンサーの計画は台無しになる。

エミリー、ハンナ、スペンサーは、エズラについての衝撃的な情報を聞き、打ちのめされた友人アリアを見て心配する。何が真実で、誰を信頼していいかわからなくなったアリアは、これが真実であってほしくないと思いながらも、答えを探し求める。

エミリーは、エズラとモナについての答えを求めて、探偵のように調査を開始する。2人と対峙したあと、エミリーはその悲痛な状況を何とか理解しようとする。一方、アリソン事件の新しい手がかりについて、ホルブルック刑事とタナー警部補に迫られたハンナは、新しい調査を開始する。

4人にとって辛い時期である。スペンサーは“失った夏”の記憶にショックを受け、アリアは今でも壊れてしまった心から立ち直れず、エミリーはペイジの裏切りと格闘し、ハンナは思い出の中に真実を探ろうとするが失敗する。

数年間、アリソンの4人の親友たちは、彼女が失踪した夜をめぐる疑問と謎を解き明かそうとしてきた。そしてついにアリソンと顔を突き合わせ、あの9月の夜に、本当に彼女に起こったことを知る時がやってくる。