Alors que le second anniversaire de la disparition d'Alison approche, Aria, Emily, Hanna et Spencer sont renvoyées dans la tourmente après une nuit choquante.

Cinq mois ont passé depuis qu'Aria, Emily, Hanna et Spencer ont découvert que Mona était "A" et que Maya était morte. La terreur étant apparemment terminée avec un meurtrier présumé derrière les barreaux, la ville de Rosewood se remet lentement de ses blessures et essaie de retourner à la normalité. Chacune des quatre filles ont passé leur été de différentes façons. Aria a pris des cours de photographie, Spencer a pris des cours à l'université d'Hollis, Hanna a pris des cours de cuisine avec Caleb et Emily a construit des maisons à Haiti.

Mais ce qui semble normal pour chaque fille ne l'est pas forcément pour toutes. Tandis que toutes les quatre se sont à peine remises de ce qui est arrivé. Avec le stress post-traumatique, la colère et l'acquisition de plus de secrets, les quatre Liars ne vont pas aussi bien qu'on pourrait le croire. Maintenant de nouveau réunies et avec le second anniversaire de la disparition d'Alison, les filles se retrouvent de nouveau sur la défensive quand un événement choquant frappe Rosewood.

Un nouveau joueur (ou joueuse) "A" est en ville et cette personne est déterminée à montrer aux Liars qu'il/elle est sérieux(se). Après avoir reçu un rappel terrible que "A" commande encore, Aria, Emily, Hanna et Spencer tentent de monter rapidement un plan pour gérer cette ancienne/nouvelle menace et le jeu habituel qui a grimpé d'un cran. Spencer et Hanna continuent de jouer avec le feu tandis qu'elles cherchent des réponses. Dans le même temps, les indiscrétions passées d'Aria servent au jeu de "A".

Parallèlement, Emily, qui est encore très fragile, essaie de se concentrer à l'école mais elle pourrait facilement dérailler quand elle se souvient d'une pièce cruciale de "cette nuit là".

La mère de Spencer prenant Garrett comme client, Spencer est certaine qu'il y a une raison qui la pousse à accepter l'affaire. Quand elle commence à poser des questions, elle n'apprend pas grand-chose des raisons de sa mère mais tombe sur un secret des Hastings encore plus grand.

Emily apprend une nouvelle surprenante concernant son examen d'Anglais et craint les conséquences.

Parallèlement, Aria accepte d'être l'accompagnatrice de Jenna pour la garder à l'œil et Hanna essaie de tendre la main à Lucas.

La fête d'anniversaire extravagante de Jenna semble être trop belle pour être vraie et Aria, Emily, Hanna et Spencer pensent qu'il y a autre chose, surtout quand il s'avère que Garrett peut sortir de prison pour rendre visite à sa mère malade le soir même. Le timing ne peut pas être une simple coïncidence. Les Menteuses sont convaincues que tout est lié à "A". Emily a une vision de l'intérieur en travaillant pour la soirée, Aria travaille la foule en tant que fêtarde et Spencer se rend à l'hôpital. Alors qu'est-ce qui pourrait mal tourner ? La réponse est... tout.

Parallèlement, le chagrin d'Hanna la conduit à une découverte choquante.

Après avoir reçu un indice majeur de Garrett, Hanna et Spencer mettent en place leurs missions séparées. Hanna voit une opportunité parfaite d'attraper "A" ou tout du moins de voir qui aide Garrett. Mais son plan parfait commence à s'effondrer, ce qui laisse Hanna frustrée et désespérée. Spencer essaie de découvrir la signification de l'indice et demande l'aide de Jason dans sa recherche.

Parallèlement, Emily a un nouveau flashback de "cette nuit" qui la conduit à un suspect surprenant et Aria commence à se poser des questions sur l'afflux soudain de liquidités (le moins d'argent) d'Ezra.

Avec de nouvelles preuves sur le meurtre d'Alison, Hanna craint que "A" essaie de la piéger après une visite du Détective Wilden. Aux prises avec la paranoïa, Aria décide de se tourner vers Mona pour obtenir des réponses si elle espère aider Hanna. Mais est-ce qu'Aria est prête à affronter son ancien bourreau et surtout, est-ce que Mona est prête à donner à Aria les réponses que les Menteuses attendent désespérément ?

Parallèlement, une personne du passé d'Ali et Jason arrive à Rosewood et pique l'intérêt des filles. Ella a son 1er rendez-vous, et Toby ment pour couvrir Spencer.

Emily apprend qu'à un moment de la soirée, elle était avec Paige et qu'elle l'a embrassée. Spencer avec l'aide de Caleb arrive à pirater le site de Maya. Hanna apprend que Mona va partir de Radley et va aller à New York dans un autre sanctuaire. Elle va parler au personnel du sanctuaire pour faire en sorte que Mona reste à Radley. Aria rencontre la mère de Ezra. Elle apprend que le nom de famille d'Ezra n'est pas Fitz mais Fitzgeral, et que sa mère est moins amical qu'il n'y paraît.

Avec l'aide de Caleb, Spencer essaie toujours d'entrer sur le site de Maya pendant que Aria rencontre des difficultés dans sa relation avec Ezra après avoir découvert un terrible secret sur sa vie. De son côté, Emily file le parfait amour avec Paige et Hanna reçoit un message de -A concernant Caleb. Spencer et Aria se rendent à une fête où elles pourraient bien avoir des indices sur cette nuit-là...

En regardant les photos du site de Maya, Hanna et Emily se rendent compte que Maya était à la cabane des Kahn le jour de sa mort. Elles décident donc de s'y rendre et trouvent un indice. Spencer quant à elle soupçonne Noel de mentir et il lui envoie une vidéo de surveillance qui pourrait tout remettre en cause...

Alors que Spencer apprend l'histoire de la rencontre sordide entre Paige et Alison, Emily n'est pas prête à écouter ses mises en garde. Spencer ne supporte pas qu'Emily se rapproche de Paige et considère cette dernière comme une ennemie potentielle, ayant appris l'animosité que Paige avait envers Alison, juste avant sa disparition. Mais Spencer va-t-elle aller trop loin en essayant de prouver à Emily qui est réellement Paige? Pendant ce temps, Aria veut aider Ezra à régler son passé pour améliorer leur relation mais tombe finalement sur des dénouements qu'elle n'attendait pas.

Tandis que le procès de Garrett pour le meurtre de Maya commence, la ville de Rosewood devient un spectacle médiatique. Opposée à ses amies concernant Paige, Emily ne sait pas vers qui se tourner quand l'attention des médias devient trop grande pour elle. "A" voit en cela une opportunité parfaite et tire avantage de la situation. Elle envoie Aria, Emily, Hanna et Spencer sur la voie d'une trêve possible. Mais est-ce que l'offre de paix de "A" est réelle ou s'agit-il d'un piège pour une fin bien plus sombre ? Comme le montre la fin de cet épisode, on découvre enfin qui fait partie de la Team -A.

Alors que le train d'Halloween est en route, les quatre amies vont être temporairement séparées. Spencer mènera une enquête auprès de Garrett sur la fameuse nuit. Hanna, elle, apprendra que ses efforts pour cacher son couple à A n'auront servi à rien. Emily aura le droit à un peu d’intimité avec Paige... Ou pas puisque cette dernière devra venir en aide à l'une des quatre amies lors d'une agression de la part de A. Mais où est passée Aria ? Que fait-elle ? Avec qui est-elle ? C'est ce que Spencer, Emily, Hanna, Caleb et Toby cherchent à savoir... Et où est passé Garrett ? On verra aussi que Mona n'a aucun mal à s'échapper de son asile et à y revenir ni vue ni connue.

La fin de l'épisode sera une pure surprise pour les passagers ! Suspens au rendez-vous !

Mona est de retour au lycée, malgré les nombreuses moqueries des autres élèves. Aria, Hanna, Spencer et Emily tombent sur le journal intime d'Alison qui pourrait révéler bien des choses. Toby continue d'attendrir Spencer qui ne se doute de rien. Quant à Byron, le père d'Aria,il suscite à la fin de l'épisode une intrigue car Garett apprend à Spencer que la dernière fois qu'il a vu Alison c'était avec Byron.

Grâce à Meredith, Aria comprend que son père lui cache des choses à propos de la disparition d'Ali. En effet, lors de cette fameuse nuit, après avoir fait boire Ella, il retrouva Meredith et par la suite, rendit visite à Alison. À ce stade, il semblerait que Byron soit la dernière personne à avoir vu Alison vivante. Aria commence alors à avoir de plus en plus peur de son père. Celui-ci n'a d'ailleurs pas hésité à fouiller dans les affaires de sa fille pour trouver la feuille du journal intime d'Alison. Ce papier était la preuve qu'Alison faisait chanter le père d'Aria. Un parfait mobile pour un meurtre...

Pendant ce temps, Mona continue d'essayer de se faire passer pour une gentille victime auprès des autres. Elle brigue le poste de délégué des intellos et n'hésite pas à se présenter face à Spencer. Celle-ci, bien décidée à obtenir le poste, étudie à fond son sujet et n'hésite pas à utiliser les faiblesses de son adversaire. Mais à la fin, c'est Mona qui finit par remporter la bataille. Ayant appris que Mona faisait chanter Lucas, Hanna fera alors part à Mona de son intention de ne plus jamais la revoir. Elle lui fait bien comprendre qu'elle ne croit pas qu'elle ait changé et lui dit qu'elle est toujours aussi manipulatrice qu'avant son internement.

Pour leur anniversaire, Spencer va organiser une surprise à Toby qui sera plus surprenante pour cette dernière que pour lui. Aria comprendra pourquoi le remède de Meredith ne fait pas effet. Caleb et Paige vont tous les deux avoir des soupçons sur A et s’inquiéteront pour les filles. Et Hanna se fera piéger par 'A'.

Spencer devient bizarre et va sur une mauvaise pente. Aria lui demande de la rejoindre au parc; mais en la rejoignant elle croise Ezra et lui dévoile le secret que lui cache Aria en pensant que c'est pour ça qu'ils ont rompu. Pendant ce temps, Hanna apprend que Paige et Caleb complotent ensemble; du coup elle suit Paige dans un bar qui se révèle être un bar lesbien. Elle voit Paige avec une autre fille qu'Emily. Emily découvre que Ali était enceinte lorsqu'elle a été assassinée. Spencer explique à Aria qu'elles méritent peut-être ce qui leur arrive et que 'A' a peut-être raison de les torturer. À la fin de l'épisode, on voit Spencer avec un détective et elle lui donne la clé de Toby et une photo de lui.

Jason annonce que les restes d’Alison vont être de nouveau enterré afin que ses amies puissent lui faire ses derniers adieux. Spencer refuse de se rendre à l'enterrement. Le détective qu’elle a embauché a trouvé à quoi correspond la clé qu’elle lui a confié mais il lui demande plus d’argent. Aria squatte l'appartement d'Ezra mais Wesley, son frère débarque. Emily reçoit une carte postale ecrite en français de A qui lui confie savoir qu’elle “est la coupable du meurtre“ de Lyndon. Emily accepte de se faire hypnotiser par le Dr Sullivan, elle se voit clairement en train de tuer Alison. Caleb se rend avec Hanna dans la maison où il a grandi pour récupérer quelques affaires en présence de son oncle. Emily se souvient de A qui déterre la tombe d’Alison et d’avoir vu une blonde avec un manteau rouge la nuit du meurtre.

Toujours secouée par sa rupture, Spencer reste dans sa spirale très négative, elle déverse sa colère sur Mona en l'agressant. Hanna tente de réconcilier Caleb et son père qui s'était fait passer pour son oncle. Aria se rapproche de plus en plus de Wesley qui va même jusqu'à l'embrasser. Pendant ce temps, Emily et Jason tentent de comprendre ce qui s'est passé pendant les vacances d'Ali à Cape May mais les choses ne vont pas se passer comme prévu...

Le détective Wilden ne cesse de menacer Hanna. Ezra est de retour en ville. Spencer trouve du réconfort auprès de Wren, et vont même jusqu'à s'embrasser. Mais ce n’est pas du goût de tout le monde visiblement, puisque lorsque Spencer décide de se détendre dans son hammam, la porte se bloque et la température grimpe dangereusement mais elle est sauvée par Aria. C'est à ce moment-là qu'elle décide de révéler à ses amies la vérité sur Toby. On apprend aussi que c'est Mélissa qui a pris la photo avec Cece, Wilden et Ali sur le bateau. Wilden s'en prend aussi à Ashley qui dans un accès de colère fonce sur le détective avec sa voiture et le renverse ! Quand elle revient plus tard sur les lieux, le corps a tout simplement disparu…

Spencer se décide à dire aux trois filles que Toby aide Mona. Aria doit surveiller Malcolm qui est à Rosewood car Maggie veut y emménager, mais il se blesse en sautant sur le lit, elle se sent donc terriblement mal. Spencer reçoit des fleurs et pense que Mona veut s'en prendre à Emily. Emily quant à elle décide de chercher Toby et fait la connaissance d'un collègue à lui assez bizarre qui connait son nom. Elle reçoit ensuite un message de Toby lui demandant de venir le voir à un point de rendez vous, elle y va mais ne le voit pas. Elle retrouve finalement un mini cercueil et un faire part de décès au nom de Toby. Spencer a suivi Mona pour être sur qu'elle ne s'en prendra pas à Emily mais découvre un corps avec le tatouage de Toby sur le côté mais le cadavre porte un casque. Spencer court après Mona mais n'arrive pas à la rattraper, elle finit par devenir folle et se fait interner dans un hôpital psychiatrique. Hanna a trouvé la voiture de Wilden dans son garage avec la vidéo de sa mère le renversant. Elle décide donc avec l'aide d'Aria de la faire couler dans le lac. La mère de Hanna ne pense pas que Wilden soit mort car elle pense l'avoir vu dans la rue.

Spencer est internée à Radley loin de ses amies après avoir découvert le corps selon elle de Toby dans les bois. Aria, Emily et Hanna s'inquiètent à propos de Spencer, d'autant plus que la famille Hastings elle-même ne sait pas où se trouve la jeune fille. Les trois amies de Spencer sont inquiètes à l'idée que A puisse être derrière cette disparition. Par ailleurs, Aria remet en question sa relation avec Ezra, Wilden est de retour et Emily fait la connaissance d'une championne olympique. Spencer est retrouvée et apprend qu'on doit lui faire des tests pour savoir si elle est folle. Durant son séjour, elle rencontre un infirmier appelé "E-Lamb", pseudo qu'utilisait Toby quand il était A. Elle lui demande alors si elle connaissait Mona et par ailleurs Toby. Il lui apprend qu'à une époque des badges ont été volés pour pouvoir venir a Radley et qu'elle loge dans la chambre où Mona était.

À la fin de l'épisode, on apprend que Spencer doit rester. Elle décide de parler de ce qui s'est passé lors d'une séance de groupe avec le docteur mais ce qu'elle raconte est implicite et on découvre que pour elle, elle parle en fait à Aria, Hanna et Emily.

Les filles rendent visite à Spencer pour lui dire que les policiers ont trouvé un corps, mais qu'il n'est pas de Toby. Spencer est toujours convaincue qu'il s'agit bel et bien du corps de Toby. Hanna pense que Jamie a échangé la cloche de l'église pour un autre de moindre valeur. La mère de Spencer rend visite à sa fille et lui rappelle un souvenir d'Ali. Aria, Emily et Hanna se faufilent dans la morgue pour prendre une photo du corps retrouvé. Eddie révèle qu'il a des suspicions sur Wren. Aria doit aller chercher Malcolm mais son professeur de Karaté dit que « Aria Montgomery » a déjà récupéré l'enfant. Aria conclut alors que « A » a emmené le fils d'Ezra. Spencer retrouve Ali qui lui révèle qu'une fille l'a blessée à la lèvre. Aria essaie de rompre avec Ezra. Wren dit à Spencer que Cece venait souvent voir Mona. Hanna reçoit un message de "A", révélant que "A" était responsable du remplacement de la cloche de l'église. Emily dit aux filles qu'un nouveau corps a été retrouvé dans les bois. Pendant ce temps, Spencer à Radley sort un chandail à capuchon noir et deux billets de carnaval. Ensuite, il est révélé que Spencer a accepté l'offre de Mona pour rejoindre la Team A. Dans la scène finale, un infirmier pousse un corps dans la morgue avec un tatouage identique à celui de Toby.

Spencer revient chez elle après le séjour à Radley. Hanna qui garde Malcolm tente de lui faire dire qui était « Alison » dans l'épisode précédent puis il dit que c'est Spencer. Emily tombe sur une conversation entre Jenna, Shana et Melissa qui complotent quelque chose ensemble. Aria rompt avec Ezra afin qu'il accepte le poste d'enseignant suppléant au lycée de Rosewood. Spencer trouve Toby et il apprend que Spencer a rejoint la Team A. Quand les amies de Spencer se rendent compte qu'elle a enlevé Malcolm, elles en déduisent qu'elle fait partie de la Team A et ont besoin de comprendre si elle le fait pour les aider ou pas. Spencer et Toby se réconcilient une fois qu'ils s'avouent que leur implication dans la Team A n'était rien d'autre qu'une ruse pour protéger leurs amis. À la compétition de natation d'Emily, Spencer voit entrer la fille au manteau rouge dans l'école. Elle la suit jusqu'aux toilettes et finalement elle retrouve Hanna en compagnie d'Aria et Emily qui l'ont trompée pour savoir si elle savait qui est la fille au manteau rouge ou non. Spencer révèle à ses amies ses engagements avec Mona et que Toby est vivant. Spencer met également en garde ses amies sur le fait que la soirée du Vendredi n'est qu'un leurre mais qu'elles ont une longueur d'avance sur "A". À la soirée, avec l'aide de Toby, les filles piègent Mona à l'intérieur de la maison. En attendant, Spencer et Toby laissant les filles dans la maison vont essayer de découvrir qui est la fille au manteau rouge, ce qu'à ce jour personne ne sait y compris les membres de la Team A. Tandis que les filles sont coincées dans la maison, quelqu'un met le feu à la maison. Mona révèle aux filles qu'elle ne sait pas l'identité de la fille au manteau rouge et qu'elle avait prévu de le découvrir ce soir. Spencer poursuit la fille au manteau rouge mais perd sa trace. En voyant la maison en train de brûler, Spencer se précipite vers la maison. Toby est assommé par quelqu'un qui dépose le briquet à côté de sa main pour l'accuser. La fille au manteau rouge sauve les filles y compris Mona de la maison en feu. Mona raconte aux filles qu'elle a vu la fille au manteau rouge et que celle-ci est Alison. Hanna et Spencer confirment cela. Sur le chemin du retour à Rosewood, les filles voient la voiture de Wilden qui a été jetée dans le lac par Hanna. À l'intérieur de la voiture, la vidéo de la nuit où Ashley a renversé Wilden avec sa voiture. Pour la première fois, nous voyons dans la vidéo que Jenna et Shana ont retiré le corps de Wilden sur le lieu du crime. Les filles et Mona reçoivent chacune un message de "A", qui dit « Vous êtes a moi maintenant. Bisous. » puis les filles ouvrent le coffre de la voiture et elles découvrent avec effroi quelque chose. La scène finale de la saison montre quelqu'un tendre la main à quelqu'un d'autre pour l'extirper hors de la terre.