モナが”A”だったことについて、そしてエミリーの友達マヤの死について、アリア、エミリー、ハンナ、スペンサーの4人が真相を知り、ひと夏が過ぎたところから物語が始まる。アリソンの失踪から2度目の記念日を迎えようとしていたローズウッドを衝撃的な出来事が揺り動かしたとき、4人は今再び一緒に集い、また自分たちが守りを固めなくてはならないことを知る。

“A”からの新しいメッセージが届き、4人は苛立つ。この新しいゲームのプレイヤーは、少女たちに関心があることを見せつける決意のようだ。スペンサーとハンナは答えを探しながら、いつものように危険なことに手を出そうとするが、アリアの軽率な過去のひとつが”A”のゲームの餌食となる。

母親ヴェロニカ・ヘイスティングスが依頼人としてギャレットを引き受けた裏には、何らかの理由があるとスペンサーは確信する。スペンサーは疑いをもち始めるが、母親がなぜその事件を引き受けたのか、その理由についてはあまり多くのことがわからないまま、もっと大きなヘイスティングス家の秘密を見つけてしまう。

少女たちが抱える秘密の中で、いくつかはほかの誰かと共有できるが、それ以外の秘密は、どんな犠牲を払ってでも隠し通しておくべきである。秘密を明らかにしようと決心したとき、「真実が時に人を傷つける」ことを踏まえていなくてはならない。

ジェンナの贅沢な誕生日パーティは出来過ぎた話に思える。4人は何かほかの目的があるのではないかと疑う。エミリーがパーティに携わる内部の視点で観察し、アリアはパーティの客としてゲストたちに目を配り、スペンサーは病院を張り込むが、何か悪いことが起こるのか？

ギャレットから大きな手掛かりを得たハンナとスペンサーは、それぞれのミッションに取り掛かる。。一方エミリーは、“あの夜”の別の出来事を思い出し、意外な容疑者へと導かれていく。そしてアリアは、突然金回りが良くなったエズラに疑問を抱き始める。

アリソンの殺人事件に新しい証拠が持ち上がり、ワイルデン刑事の訪問を受けたハンナは、”A”が自分を陥れようとしているのかもしれないと恐れる。被害妄想が広がり、アリアはハンナを助けてくれるつもりがあるかどうか、モナに会って聞く必要があると考える。

エミリーはマヤを失った悲しみに苦しむだけでなく、“あの夜”誰かが自分に薬を飲ませたこと、そしてそれがペイジにどんな影響を与えているかを知って苦しんでいた。ペイジの機嫌を取り持ち、薬の容器のことを説明しようとしたエミリーは、“あの夜”自分がしたことをもっとよく思い出すことになる。

スペンサーとアリアは、スペンサーの大学生活の助けになることを期待して、ノエル・カーンとエリック・カーン兄弟のパーティに出席する。その狙いは、アリアとスペンサーが、白熱するきわどいゲーム“真実か挑戦か”でジェンナからいくつかの答えを引き出すチャンスだと考えたからだった。

ノエル・カーンと彼の家族が所有するキャビンが、“あの夜”とマヤの失踪に何か関わりがあったことを知り、少女たちはそのときの断片をまとめようとする。ハンナとエミリーは、マヤとサイトをつなぐ手掛かりを探してカーン一家のキャビンに向かい、スペンサーはノエルについて自分で調べることにする。

エミリーとペイジの関係は今も難しい状況だが、エミリーは物事が正しい方向に向かっているように感じていた。だから、スペンサーがアリソンとペイジの過去を物語る忌まわしい物語を彼女に伝えたとき、エミリーは忠告を聞き入れる準備ができていなかった。

マヤの殺人に関するギャレットの裁判が始まり、ローズウッドの町にマスコミが押し寄せる。ペイジのことで友人との関係が悪化したエミリーは、メディアの過大な注目が自分に向けられても、どこに逃げたらいいのかわからない。”A”はそれを完ぺきなチャンスととらえ、その状況を利用し、4人に一時的な休戦を申し出る。

ネイトとの衝撃的な出来事も過去となった今、楽しいハロウィーンを過ごすことを、4人は楽しみにしている。だが、一度ローズウッドのゴーストトレインに乗車した彼女たちは、子供っぽいハロウィーンの風物詩以上のことに遭遇する。

ラドリー病院はモナに健康証明書を発行し、少女たちの不安に反して、モナがローズウッド高校に戻ってくる。彼女たちをいじめていた人物が、今彼女たちの生活に戻ってきた。だが、アリア、エミリー、ハンナ、スペンサーは、この“新しい”モナを違う視点で見ていた。

学校のマラソンでショックな出来事が起こったのち、アリア、エミリー、スペンサーは、モナが昔のように罠をたくらんでいると確信するようになる。まだ昔の友人に希望をもっているハンナは、半信半疑だ。少女たちは真実だと信じていることをどうやって証明できるのか？

アリアが風邪で外れ、ハンナとエミリーは自分たちだけで新しい手掛かりを追いかけることにする。驚いたことに、父親がいない間、メレディスがアリアの世話を申し出てきた。だが、アリアを健康に戻すためのメレディスの看護には、隠された動機があるように見え、ハンナとエミリーはアリアを救うことに集中しようとする。

アリソンの遺体が家族のもとに戻ってきた今、ディローレンティス家はアリソンをきちんと埋葬する準備に入る。そして4人は再び友人に別れを告げる機会を得るのだった。だが、アリソンの失踪以来続いてきたことを考えると、少女たちは追悼式に行くべきかどうかを悩む。

心の問題に関して、人はそれぞれ異なる反応を示す。今でも別れに押しつぶされそうなスペンサーは、心を沈み込ませたまま、自分の怒りと傷ついた気持ちをモナにぶつける始末。一方、ケイレブは父親と話しをしても、心を閉ざし痛みを隠してしまう。

最近の出来事に振り回されたことで、ワイルデン刑事についての新しい情報を手に入れたアリア、エミリー、ハンナは、ワイルデンの過去を探り出そうとする。シャナとシシーに目を向けた彼女たちの探偵業も板についてきたように見える。だが彼女たちを止めようとするワイルデン刑事の執拗な追跡が迫り、探り出す時間が足りない。

スペンサーは確信したことを話す決心をするが、エミリーは彼女が話したことを受け入れられずにいる。エミリーはスペンサーの忠告を聞き入れるのか。それとも自分で答えを見つけるために”A”が計画した道に向かっていくのか。一方ハンナは、アシュリーがひき逃げ事故に巻き込まれたあと、母親の手助けに没頭している。

アリア、エミリー、ハンナは、姿を消したスペンサーの居所を探り出そうとする。彼女たちには最近スペンサーが彼女らしくないことはわかっていたが、失踪するほどまでに思いつめていたのだろうか。もしくは”A”が彼女に何かしたのか。彼女たちは、最悪の結末にならないことを願いながら、その答えを求めて必死に捜索する。

“A”がゲームを続ける中、リスクはどんどん高まり、4人は難しい立場へと追い込まれていく。エズラの新しい家族の状況に絶え間なく悩まされるアリアは、エズラとの関係を真剣に考え始める。ジェイミーの暗い過去が再び付きまとい始め、ハンナはケイレブの家族の劇的な状況に巻き込まれる。

怒り心頭に発した彼女たちはゲームを終わらせようとする。スペンサーは家に戻り、体裁を取り繕っているが、たった1日前に彼女のもろさを目の当たりにしたアリア、ハンナ、エミリーは、この友人が完全に復帰したとは確信できずにいる。だが、衝撃的な新事実が明らかとなり、不幸にも、彼女たちにはスペンサーの健康を気遣う時間が取れない。