Raskaan kesän jälkeen koulu on jälleen alkamassa. A eli Mona on mielisairaalassa, ja tytöt uskovat vaikeuksien olevan taaksejäänyttä elämää. Kosteiden illanistujaisten jälkeen alkaa kuitenkin taas tapahtua. A:ta ei noin vain hiljennetä.

Hanna käy edelleen katatonisessa tilassa olevan Monan luona. Garrett kiusaa Spenceriä tiedonmuruilla. Tytöt miettivät, miten saisivat Jennan kiikkiin huijauksesta.

Spencer vaatii saada tietää, miksi Veronica on ryhtynyt Garrettin puolustusasianajajaksi, ja törmää järkyttävään salaisuuteen asiaa selvittäessään. Jenna pyytää Ariaa säestäjäkseen, ja Hanna tapaa sairaalassa muuttuneen Monan.

Caleb ei pidä siitä, että Hanna käy Monan luona sairaalassa. Emily tapaa Mayan serkun, josta ei tätä ennen tiennyt mitään, ja Spencer tahtoo tietää totuuden Melissasta.

Aria, Emily, Hanna ja Spencer uskovat, että näkökykynsä paljastaneen Jennan syntymäpäiväbileet ovat A:lle otollinen tilaisuus iskeä - ja toisaalta heille otollinen tilaisuus saada A kiinni.

Uusi johtolanka on viedä tytöt väärille poluille. Emily muistaa taas uuden asian kohtalokkaasta illasta, ja ilmaantuu uusi, yllättävä epäilty. Ezran rahakätkö mietityttää Ariaa.

Etsivä Wilden painostaa Hannaa, joka vaatii selitystä Monalta. Mona vaikuttaa olevan täysin muissa maailmoissa, mutta onko hänellä enemmän järkeä kuin kukaan tajuaakaan? Ihminen Alisonin ja Jasonin menneisyydestä saapuu kaupunkiin.

Emily yrittää selittää Paigelle, miksi taskumatissa oli tyrmäystippoja ja kuulee samalla lisää yöstä, josta ei muista mitään. Spencer pyytää Calebilta apua Mayan nettisivulle murtautumisessa, ja Aria tapaa Ezran vanhemmat.

Tytöt kohtaavat jälleen mystisen silmäleiman lähtiessään arvoituksellisiin juhliin. Caleb huijaa Hannaa saadakseen totuuden selville, ja Aria kuulee paljastuksia Ezrasta.

Aria, Emily, Hanna ja Spencer saavat johtolangan Mayan mahdollisesta olinpaikasta ennen murhaa. Emilyn ja Naten suhde mutkistuu, eikä Aria ole vieläkään toipunut Ezran äidin tapaamisesta.

Paigen menneisyydestä paljastuu pelottavia asioita. Voisiko hän olla A? Muut tytöt yrittävät varoittaa Emilyä, joka ei tahdo uskoa asiaa todeksi. Aria yrittää auttaa Ezraa tekemään tiliä menneisyyden kanssa.

Halloween-jaksossa ollaan junassa, jossa tapahtuu kummia. Sekä Aria että Spencer ovat päästä hengestään, ja joku muu kuolee oikeasti. Alin kohtalosta saadaan taas lisää tietoa.

Mona on palannut sairaalasta kouluun, mutta muut suhtautuvat häneen yhä epäillen. Uusi talonmies on tuttu aivan muusta ympäristöstä. Tytöt totuttelevat myös uuteen historianopettajaan.

Hupparityyppejä jahdataan taas, ja tällä kertaa ainakin yksi jopa tunnistetaan. Mona ja Spencer ovat kilpasilla, ja Spencerhän tunnetaan huonona häviäjänä. Aria ei pysty luottamaan isäänsä.

Meredith hoitaa sairasta Ariaa, mutta hoito ei tunnu auttavan. Pahaa-aavistamaton Spencer päättää yllättää Tobyn seurustelun vuosipäivänä mutta joutuukin itse kokemaan ikävän yllätyksen. Hannan työhaastattelu ei suju toivotulla tavalla.

Tytöt sotkeutuvat omiin salaisuuksiinsa, ja asiat pahenevat entisestään. Spencer kärvistelee Toby-tuskassa, ja Hanna pitää silmällä Paigea. Emily kuulee, mikä saattoi olla Alin suurin salaisuus juuri ennen katoamista.

Alisonille järjestetään toisia hautajaisia, mutta tytöt eivät osaa päättää, mennäkö muistotilaisuuteen vai ei. Emily käy tohtori Sullivanin puheilla selvittämässä omituisia uniaan.

Ero Tobysta on ottanut Spencerillä koville, ja hän purkaa turhautumisensa Monaan. Aria viettää aikaa Wesin kanssa. Emily ja Jason tekevät yhteisiä tutkimuksia, ja Hanna selvittelee menestyksekkäästi Calebin isäasioita.

Aria, Emily ja Hanna ovat saaneet uutta tietoa etsivä Wildenistä ja penkovat tämän menneisyyttä vielä lisää. Spencer löytää tukijan mutta joutuu myös pahaan pulaan. Punatakkinen tyttö ilmestyy taas näkyviin.

Spencer on viimein valmis kertomaan salaisuutensa, mutta Emily ei usko kuulemaansa. Hanna auttaa äitiään onnettomuuden peittelyssä. Ezra palaa kaupunkiin mukanaan yllätys.

Aria, Emily ja Hanna yrittävät etsiä Spenceriä, joka viruu nimettömänä parantolassa eikä ehkä edes tahdo löytyä. Spencer tapaa hoitajan, jonka nimi kuulostaa tutulta.

A:n panokset kovenevat. Hanna joutuu keskelle Calebin perhesotkua, Aria miettii mitä tehdä Ezran suhteen, ja Spencer tutkii, mitä Mona oikein parantolassa teki.

Tytöt yrittävät saada A:n pelin viimein päätökseen. He laativat yksityiskohtaisen juonen A:n ja punatakkisen tytön pään menoksi. Paraskin suunnitelma saattaa kuitenkin mennä pieleen jo yhden virheliikkeen vuoksi.