Aria keert terug naar de stad waaruit ze een jaar is weggeweest. Hanna, die enorm populair is, heeft zo haar eigen manieren om zichzelf te geven wat ze wil. Spencer, die door haar constante drang om goed te presteren erg alleen is, heeft gevoelens voor de vriend van haar zus. Emily, een atlete die haar plek in deze wereld zoekt, voelt zich aangetrokken tot haar nieuwe buurmeisje. Deze vier meiden zijn met elkaar verbonden door het verleden. En dat verleden dreigt hun in te gaan halen, wanneer ze afzonderlijk van elkaar berichten ontvangen.

Met de terugkeer van Jenna op Rosewood, worden de meisjes geconfronteerd met een pijnlijk verleden. Er worden vragen gesteld over Alisons dood.

Oude en nieuwe relaties worden onder de loep genomen als de meisjes proberen om een eerbetoon aan Alison te brengen.

De meisjes blokkeren alle smsjes en e-mails van onbekenden om contact met "A" te vermijden, maar hun problemen zijn nog lang niet voorbij. "A" vindt manieren via cadeautjes en vreemde bezoekjes om hen te teisteren. Hanna ontmoet haar vader na een tijdje en komt erachter dat hij een verloofde heeft. Aria probeert te vertellen aan haar moeder dat haar vader vreemdging voordat ze naar IJsland gingen. Emily is nog steeds verward over Toby en haar kus met Maya. Spencers essay (die ze van Melissa had gekopieerd), wordt opgenomen in een wedstrijd, en ze is nog steeds verward over Wren. Spencer arriveert thuis samen met Hanna en ze zien dat "A" in haar huis is geweest en een boodschap op de spiegel heeft achtergelaten.

Aria vergeet haar telefoon in Ezra's appartement, en nadat hij een bericht van "A" leest besluit hij het uit te maken met haar in plaats van risico te nemen. Emily verbergt haar vriendschap met Toby omdat de meiden hem niet vertrouwen, wat hem kwetst. Hanna neemt een baantje bij de tandartskliniek en ziet Jenna met dezelfde lippenstift als op haar spiegel. Aria's gezin lijdt intussen onder het uitkomen van Byrons affaire.

Emily accepteert het aanbod van Toby om naar het schoolbal te gaan, terwijl Hanna vermoedt dat ze liever met Maya gaat. Spencer gaat naar het schoolbal met Alex, maar zal alles gaan zoals ze wil? Hanna gaat met Sean mee naar een bijeenkomst van "Ware liefde wacht", en ontmoet Lucas. Aria heeft het moeilijk door haar breuk met Ezra en de spanning tussen haar ouders. Spencer vraagt Hanna om Jenna's psychotherapeutische rapport uit de kliniek te stelen, waardoor iets onverwachts gebeurt.

Aria's broer Mike heeft het moeilijk na de scheiding van zijn ouders en vecht op school. Emily gaat daten met Maya. Het is weer aan tussen Sean en Hanna, maar Hanna toont meer interesse voor Lucas. "A" stuurt een bericht dat de meiden laat denken dat Toby dood is. Spencer en Alex kunnen het steeds beter met elkaar vinden. Sara Shepard, schrijver van de Pretty Little Liars boekenserie heeft een gastrol als substituutleraar op Rosewood High School.

Er komen nieuwe aanwijzingen over de nacht dat Alison verdween doordat Spencer praat met Jason, Alisons broer. Aria gaat daten met Noel Kahn en Emily en Maya groeien dichter naar elkaar toe. Als gevolg van financiële problemen van de familie Marin, wordt Hanna's creditcard geweigerd dus ze besluit om oude kleren via e-Bay te verkopen met behulp van Lucas. Iedereen bereidt zich voor op de herdenkingsdienst van Alison, wat voor nogal wat stress zorgt. Alisons broer Jason maakt het ze er niet makkelijker op. De paniek slaat toe bij de Pretty Little Liars als ze erachter komen dat Jenna ook een toespraak houdt op de herdenkingsdienst, deze blijkt gelukkig alleen maar positief te zijn. Diezelfde nacht brengt iemand een bezoek aan de aan herdenkingsplek voor Alison en vernietigt die.

Terwijl iedereen zich voorbereidt voor de toets op Rosewood High breekt er een zware storm uit die ervoor zorgt dat iedereen op school moet blijven tot de storm is gaan liggen. Tijdens het verblijf komen er een aantal dingen aan het licht; Emily onthult een geheim wanneer ze ervan verdacht wordt Alison vermoord te hebben, en net wanneer het goed gaat tussen Aria en Noel komt Ezra terug. Op het einde van de aflevering wil Lucas iets vertellen aan Hanna. Zijn schoenen zijn vuil en modderig, wat suggereert dat hij bij Alisons herdenkingsplek was.

Volgens de FBI heeft Toby Alison vermoord. Toby wil zijn kant van het verhaal vertellen aan Emily, maar ze ontwijkt hem. Emily's vader is terug, maar Emily's moeder krijgt post van "A": de foto waarop Emily en Maya aan het zoenen zijn. Aria voelt zich verdeeld tussen Noel en Ezra. Hanna is als enige niet uitgenodigd op het feestje van Mona. Spencer kan niet meer tegen de ruzie met Melissa en vraagt of ze er geen punt achter kunnen zetten. Wanneer Ezra zijn gevoelens voor Aria uit in de auto vlak bij Mona's feest, valt ze weer voor hem en ze zoenen. Hanna ziet ze, en ziet ook iemand iets op de achterruit van de auto schrijven. Nu weet ze wie "A" is, maar voordat ze het kan vertellen aan de anderen wordt ze overreden door een auto.

Hanna's moeder heeft veel geld van een klant geleend zonder dat deze het weet. Hanna vertelt in het ziekenhuis aan haar vriendinnen dat Noel Kahn "A" is, omdat hij "Ik zie jullie" schreef op Ezra's auto. Toch twijfelen de Liars of "A" en Ali's moordenaar wel dezelfde persoon zijn. Intussen zijn Melissa en Ian in het geheim getrouwd, en A heeft letterlijk zijn sporen achter gelaten op het gips van Hanna; "Sorry dat ik mijn zelfbeheersing verloor. -A". Emily komt uit de kast naar haar ouders, maar haar moeder heeft het daar erg moeilijk mee.

Hanna komt erachter wat haar moeder heeft gedaan. Mona geeft een surpriseparty bij Hanna thuis en "A" weet op de één of andere manier Ashley's gestolen geld mee te nemen. Noel chanteert Ezra met zijn relatie met Aria en probeert zo hogere cijfers te krijgen. Jenna vertelt aan Toby dat zij de politie had gebeld om hem dicht bij haar te houden. Maya komt eten bij Emily thuis, maar haar moeder worstelt nog steeds met de situatie. Lucas was degene die de herdenkingsplek van Alison heeft vernield.

De laptop van Spencer is verdwenen en de meisjes verdenken Ian. Op school wordt een dansmarathon gehouden. Aria is jaloers als het lijkt dat Ezra en Simone, haat oude oppas, een klik hebben. "A" laat Hanna een spelletje spelen met Lucas om het geld terug te krijgen, wat zijn hart breekt. Emily schakelt de hulp van de nieuwe bad boy op school in (Caleb Rivers), om naar Maya te kunnen bellen. Ze krijgt haar niet te spreken en gaat twijfelen aan Maya's toewijding aan haar. Aria's ouders praten weer met elkaar en dansen zelfs op het evenement. Wanneer Spencer haar laptop terugvindt is het filmpje gewist. Er staat nu een foto op van Alison met een vreemde schaduw achter zich, de nacht dat ze verdween.

Aria en Ezra gaan naar een museum buiten Rosewood zodat ze ongestoord samen kunnen zijn. Aria's moeder gaat daar ook naartoe (een val die Hanna moest opzetten van "A" om het geld terug te krijgen) en wordt afgezet door Aria's vader. In de auto zoenen ze. Hanna's moeder heeft een uitzonderlijke afspraak met de eigenares van het "geleende" geld maar die blijkt dood te zijn gegaan aan een hartaanval. Caleb heeft de auto van Aria's moeder gesaboteerd gemaakt om Hanna te helpen haar fout ongedaan te maken, maar hij wil van haar geen geld aannemen. De schaduw op Alisons foto blijkt Spencer te zijn.

Aria komt te weten waarom haar moeder naar het museum ging en haar had kunnen betrappen met Ezra. Spencer wil Toby bijles geven, maar hij geeft het Franse boek al snel terug met een mysterieuze boodschap. Hanna en Aria betrappen Aria's ouders in de schoolbibliotheek. Later komen ze erachter dat Caleb van de school zijn huis heeft gemaakt. Hanna en Caleb groeien dichter naar elkaar toe. Emily wint de zwemwedstrijd en Paige verontschuldigt zich.

Een erfgenaam van Mevr. Potter daagt op om het kluisje leeg te maken. Hanna en haar moeder maken zich zorgen en Hanna komt erachter dat de man niet is wie hij zegt te zijn. Spencer geeft Toby een lift nadat hij hoort dat hij vrij is en de enkelband af mag. Met zijn hulp heeft Spencer de braille ontcijferd. Aria's vader is jaloers omdat hij denkt dat Ezra en zijn vrouw een date gaan hebben en vindt het moeilijk beleefd te blijven tegen Ezra. Emily's moeder komt voor haar op tegen de vader van Paige en Paige kust Emily op de parkeerplaats. Caleb leeft voorlopig in de kelder van Hanna's huis.

Hanna kruipt bij Caleb in de douche om te voorkomen dat Caleb ontdekt wordt. Emily gaat praten met Toby. Aria is nogal familiair met Ezra op een toneelbespreking en Ezra gaat naar een café met Aria's vader om dingen te sussen. Na een toneeloefening vindt Spencer een bebloede golftrofee tussen haar spullen. De meisjes brengen het dit keer direct naar de politie, maar die weten achteraf te vertellen dat het vals is en dat het bloed van een rat komt. Via flashbacks wordt er een ongeluk tijdens een collegefeestje getoond.

Garrett, de vroegere buurjongen van Emily, werkt nu bij de politie. De spotlights staan op de Pretty Little Liars en de politie heeft heel wat vragen; vooral aan Spencer die Ian van de moord op Ali beschuldigt. Spencer komt erachter dat Jenna kamer 214 heeft in het motel waar ze Toby heeft afgezet. Toby en Spencer glippen de kamer binnen om te kijken wat er in de zak zat die Ian aan Jenna gaf. Paige haalt Emily over om karaoke te zingen. Hanna's moeder gooit Caleb eruit maar vraagt hem even later zelf om terug te komen en in de logeerkamer te slapen. Aria vertelt Ezra over de avond dat Jenna blind werd. Toby en Spencer zoenen, en Hanna en Caleb hebben seks.

Paige zit in de knoop met zichzelf en gaat uit met Sean; wat Emily ook verwart. Caleb blijkt contact te hebben met Jenna; hij spioneert voor haar en Hanna gooit hem uit huis. Later op school slaat ze Jenna in het gezicht. Aria's ouders ruziën over Aria's mysterieuze vriendje. Spencers huis wordt doorzocht omdat ze samen is met Toby. Spencers moeder heeft ervoor gezorgd dat de huiszoeking ongedaan wordt gemaakt, omdat ze gelooft in haar onschuld. Paige accepteert dat ze lesbisch is.

Emily wil niet langer Paige's geheimpje zijn en zegt hun nieuwe date af. Caleb probeert Hanna te bereiken met een brief, maar Mona zorgt ervoor dat ze hem niet krijgt. Caleb vertrekt naar Arizona. Emily vindt de mysterieuze sleutel waar Jenna naar op zoek was in glazen sneeuwbol die ze van Alison heeft gekregen. Spencer mag van haar moeder niet met Toby omgaan, maar ze doet het toch nadat iemand haar heeft opgesloten in het spookhuis en Ian haar redt. Aria komt te weten dat Ezra verloofd is geweest met ene Jackie Molina. Juist nadat Aria het appartement van Ezra verlaat komt agent Garett aanbellen en confronteert Ezra ermee dat het erop lijkt dat hij een relatie met Aria heeft. De sleutel die Emily vond leidt naar een opslagruimte waar ze een usb-stick vinden. Er staan allemaal stalker filmpjes op van Alison, Emily, Aria, Spencer en Hanna. Iemand heeft hen bespioneerd.

Mona's bedrog komt uit en Hanna wil weten waar Caleb is. De meisjes maken anoniem een afspraak met Ian over de filmpjes, maar de man met het geld blijkt niet Ian te zijn. Emily's vader vraagt zijn gezin naar Texas te verhuizen. Jackie (de ex van Ezra) daagt plotseling op. Jenna blijkt gechanteerd te zijn door Alison en heeft een relatie met Garrett. Spencer en Melissa worden in de auto aangereden; de zwangere Melissa moet naar het ziekenhuis en als Spencer naar de kerk gaat om Melissa's telefoon te zoeken wordt ze door Ian aangevallen. Ze worstelen op de trappen in de kerktoren, totdat een in zwart gehuld persoon Spencer helpt en Ian over de balustrade valt. Hij hangt met een touw om zijn nek in de toren. Wanneer de politie arriveert is Ian echter spoorloos verdwenen en Spencers verhaal wordt in twijfel getrokken. De Liars ontvangen een sms: "Het stopt niet totdat ik het zeg. Slaap lekker nu het nog kan, bitches. -A"