페인전으로, 바위산으로 변해버린 나뭇잎 마을. 다시 회복시키기 위해, 이루카는 아카데미 주변을 정리하려다, 교문 앞 나무에 걸려 있는 그네가 그대로 인 것을 알게 된다. 아카데미 시절, 말썽꾸러기 나루토가 자주 타고 놀던 그네였다. 이루카는 그 시절을 되새겨 본다. 당시 새내기 교사였던 이루카는 호카게 히루젠이 떠맡긴 문제아 나루토 때문에 애를 먹었다. 부모님이 구미호에게 살해 당한 과거를 가진 이루카지만, 그 미움을 억누른 채, 어디까지나 한 학생으로서 거리를 두고 나루토에게 다가가려고 하지만……

사사건건 우등생 사스케에게 대들어, 반대로 반에서 놀림감으로 하루하루를 보내고 있는 나루토. 그러나 이루카는 자신의 부모님을 앗아간 16년 전의 구미호 습격 사건의 후유증으로, 나루토에게 교사로서 대하는 것이 잘 되지 않았다. 철없는 장난에도 충고가 잘 되지 않았고, 마침내 나루토는 더 이상 아카데미에 가지 않겠다고 선언하고, 학교에 오지 않게 된다. 이루카는 자신감을 잃고, 삼대 호카게에게 담임을 제외시켜 달라고 부탁하지만… 히루젠은 그런 이루카를 차갑게 밀쳐낸다.

나뭇잎마을 숲에서는 어젯밤, 침입하려고 했던 다른 나라 닌자와의 전투가 있었다. 아직 숲이 위험한 상태인 것을 모르고, 나루토는 반 친구들과 친해지기 위해, 닌자의 시체에서 전리품을 빼앗으려고 숲으로 들어갔다. 이루카는 바로 뒤쫓아가, 데리고 나오려고 했지만, 나루토는 매몰차게 거절한다. 이루카는 나루토가 품고 있는 고독을 보고, 놀라는데… 그 때, 동료의 밀서를 찾고 있는 적, 닌자들이 나루토와 이루카를 공격한다…!

페인전 직후, 불의 나라의 수뇌전에서는 수뇌 앞에 의견 순대로 단조, 시카쿠, 등의 중역이 모여, 나뭇잎 마을의 부흥을 위한 회의를 열었다. 단조는 쓰러진 츠나데를 대신하여 새로운 호카게를 선출해야 한다고 제안하지만…. 한편, 나뭇잎 마을에서는, 카카시와 나루토가 츠나데의 병문안을 갔다. 나루토는 의식이 돌아오지 않은 츠나데를 바라본다. 그런 나루토의 모습을 본 카카시는 제7반 결성 직전에 일어났던 일들을 떠올린다.

닌자들은 마을의 부흥작업을 위해 분담하여 일을 시작한다. 야마토의 목둔둔갑술(木遁忍術)로 공터에 건물을 짓지만, 재생하기까지는 아직 멀게만 느껴졌다. 그런 중, 나루토와 사쿠라는 그리운 인물을 만나게 된다. 그는 파도의 나라에서 만났던 목수, 타즈나와 이나리였다. 둘은 다른 친한 목수들과 함께, 나뭇잎 마을의 부흥을 위해서, 찾아왔다고 했다. 재회를 기뻐하는 나루토 무리들은 파도의 나라의 임무 직후에 일어났던 사건을 떠올린다.

이나리, 타츠나와 오랜만에 다시 만나 기쁨을 나누는 나루토와 사쿠라. 두 사람은 물의 나라 임무 직후에 말려든 사건을 회상한다. 약 3년전, ‘도망친 타조를 잡아 데리고 온다’라는 D급 임무를 마친 제7반이 들린 역참마을에는, 츠카토라는 남자가 원통하게 죽은 친척의 원수를 갚기 위해 범인(카타즈)에게 복수하려고 하고 있었다…

나뭇잎궤멸의 정보는 모래마을에도 닿았다. 모래마을에 유사한 일이 일어날 경우를 대비해, 혼자 묵묵히 괴뢰를 준비한 칸쿠로. 거기로 가아라와 테마리가 찾아 왔다. 동맹국인 나뭇잎마을의 참상을 걱정하는 칸쿠로와 테마리에게, “그 마을은 우즈마키 나루토가 있어” 라고 중얼거리는 가아라. 그의 뇌리에, 나뭇잎 마을 붕괴 후에, 나루토 일행들이 나뭇잎 마을의 제 7반과 함께 갔던 그 임무에서 생긴 일이 되살아난다…

츠나데의 간병을 하고 있는 사쿠라에게 방문한 나루토. 싸우고 난 뒤지만, 지친 모습이라고는 조금도 볼 수 없는 나루토의 밝은 모습에, 사쿠라는 옛날 마을에서 일어났던 난동의 순간을 떠올린다. 3년 전, 사쿠라가 갑자기 고열로 쓰러진 적이 있었다. 그 증상은 어느 마을에서 발생했던 “닌자의 차크라를 열로 바꿔 버리는 알 수 없는 바이러스”에 있는 증상과 흡사했고, 사쿠라와 마지막으로 접촉했던 나루토에게는 그 마을을 방문했던 기록이 있었다….

마을의 부흥을 위해, 필요한 닌자 무기를 마련하기 위해 ‘나뭇잎닌자도구연구소?분실’을 향하는 텐텐과 네지. 그 둘은 마을과 떨어 진 곳에 마련되어 있는 그 시설을 향하면서, 이전에 연구소를 방문했을 때 일어났던 사건을 되새긴다. 당시, 부상 치료를 위해 임무에 참여하지 않은 리를 대신해 나루토를 포함하여 3명이 한 팀이 된 텐텐과 네지, 나루토는 연구소를 향하다가, 평소와 분위기가 다른 닌자 무기 연구자 이오와 그 조수 쇼세키가 맞이하는데….

어느 숲 속, 난리 법석 떠는 아기 타조들 앞에 품격 있는 날개를 가진 타조가 앉아 있다. 그 타조의 이름은 콘돌. 콘돌은 예전에 나루토 일행 제7반이 포획했던 타조다. 그러나 도망가기를 무수히 반복하고, 거듭 된 수업을 통해, 콘돌은 이제 인간의 언어를 사용할 수 있는 닌자 타조로 성장한다. 흥미진진해 하는 아기 타조들을 앞에 두고, 콘돌은 나루토와 반복됐던 투쟁의 역사를 이야기 하기 시작한다….

중급 닌자 시험 가아라전에서 당한 상처가 아물지 않아, 록리가 입원생활을 할 수 밖에 없던 무렵. 뜻밖의 일로, 나루토는 리를 위해, 가이가 작성한 특제 청춘 드링크를 다 마셔 버린다. 당황한 가이에게 드링크의 추가 작성을 의뢰하지만, 그 때문에 필요한 약인 ‘죠후쿠초(徐福草)’ 재고는 떨어져 버렸다. 다음 임무 수행지가 죠후쿠초의 생식지라임을 안 나루토는, 리를 위해, 죠후쿠초의 입수를 결심하지만….

마을을 빠져 나간 사스케를 데려오기 위해, 아카츠키로부터 몸을 지킬 술법을 익히기 위해, 지라이야와 함께 수업 여행을 떠나는 나루토. 사륜안(写輪眼)의 특기인 환술에 대항할 술책을 터득하려고 생각한 지라이야는, 예전에 신세를 졌던 마을에 나루토를 데리고 가게 되었다. 마을을 둘러 싸고 있는 숲에는 특수한 자기장이 있어, 뇌 속의 차크라에 영향을 주어 사람들을 환술과 비슷한 상황에 빠지게 한다. 도착한 지라이야는 안면이 있는 소년 타니시와 재회하게 되는데….

비 마을의 수괴 한조의 오른팔인 닌자 칸다치로 인해 인질을 놓치고, 완전히 지배 아래에 놓여지게 되었다. 마을을 구하려고 나서는 나루토와 지라이야지만, 비닌자의 보복을 두려워 하는 타니시가 나루토 일행의 정체를 알아 채고, 작전을 엉망으로 만들어 버린다. 광분하여, 인질을 공수의 제물로 바치려 하는 비닌자들. 힘을 합쳐, 마을 사람들을 구하려는 나루토와 지라이야이지만, 칸다치의 공수・왕소라고둥의 능력에 내몰리게 된다.

고양이과의 발바닥 스탬프를 수집한 책 ’육구대전(肉球大全)’을 완성하기 위해, 사스케 일행 제7반의 최후의 한 장을 가져 오도록 의뢰한 무기 상인 네코 바아. D랭크 임무를 위해, 카카시를 제외한 7반의 임무를 수행하려 하지만, 그 최후의 타깃은 고양이계의 뒤를 이은 초대물 고양이・ 네코마타였다. 난공불락(難攻不落)의 요새에게 도움을 받고, 많은 닌자 고양이들을 거느리는 네코마타의 근거지에 잠입하기 위해, 나루토 일행이 찾은 비책이라는 것은? 그리고 그 임무에는 충격적인 비밀이 숨겨져 있었다….

때는 나뭇잎 마을이 붕괴되었을 직후 무렵. 호시탐탐 마을을 노리는 다른 나라의 닌자들의 견제로, 나루토는 상급 닌자 하야마 군에 참가하여 북쪽 국경 순찰을 하게 된다. 그러나 군에는, 닌자에게는 보이지 않는 철냄비를 매고 있는 노인이 있다. 이름은 코스케. 만년 하급 닌자의 별명을 가진 코스케는 오십년을 하급 닌자로서 일하고 있었다. 야영을 계속 하면서 경계를 하는 나루토 일행들이지만, 습격을 가하는 적의 규격은, 예상을 훨씬 뛰어 넘었다.

임무를 마치고 돌아오는 나루토 일행 제7반은, 암부에 끌려가는 아름다운 여인은 목격한다. 이름은 하나레. 여자 예인으로 분장하고 나뭇잎의 정보를 찾으려고 하는 쿠노이치라고 한다. 하나레의 임무 내용과 배후로 있는 마을을 조사하려고, 재빠르게 정보부의 면면에 의해, 하나레의 심문이 시작되었지만, 완강한 하나레는 절대 입을 열려고 하지 않는다. 이노이치가 직접 하나레의 뇌 속을 정탐하는데, 거기에는 왠일인지 어릴 적의 카카시의 모습이 비춰지고 있었다….

중급닌자 시험 본선이 한창일 무렵, 나루토에게 패배한 네지는 의무실에서 상처를 치료하고 있었다. 걱정된 텐텐이 병문안을 간 그 때- 구렁이로부터 나뭇잎 마을이 붕괴되는 사건이 일어났다. 마을이 혼란에 빠지자, 객석에서 달려오는 네지와 텐텐은 상처 투성이로 쓰러진 휴우가의 장로를 발견한다. 장로는 시합관전으로 왔던 구름 마을의 닌자 두명에게 의해 히나타가 납치 되었다는 것을 말하고, 네지에게 백안의 탈환을 명한다. 텐텐과 키바와 아카마루가 임무에 가담하고, 기본 소대에서의 A랭크 임무가 시작 된다.

수련을 마치고 돌아오는 길, 바위에 붙어 있는 기묘한 부적를 발견한 나루토. 깊이 생각하지 않고, 떼어내어 돌아간다. 그날 밤, 나루토가 자는 머리맡에 남자 유령이 나타나. 깜짝 놀랐지만, 유령 쪽도 자신이 귀신이 된 것에 놀란 모양이다. 유령은 기억상실이었다. 부적에 남겨 있는 문자에서 유령의 이름이 “키스케”라는 것은 알았지만…. 한편 그 즈음, 나뭇잎 마을에서는 새로운 경비망을 실현하고자, 중대한 회의가 열리고 있었다.

오랫동안 도적단의 피해로 고통 받아 온 마을에 파견가게 된 제7반과 제10반의 여러가지 장면들. 절벽에 있어 타고난 요새로 동화된 도적의 아지트를 공격하기 위해, 상급 닌자 카카시와 아스마는 잠입 경로를 확보하러 떠난다. 남은 하급 닌자들만 남았지만- 그들 눈 앞에서 도적단의 배반자 토우후우가 적에게 붙잡혀 있었다. 피할 수도 없는 상태에 긴장한 하급 닌자들. 지장(知将)으로 불리는 바지가 거느리는 수십명의 도적과 인질, 견고한 요새를 앞에 두고 ‘책사(策士)’ 시카마루가 쓴 방법은….

"나루토의 경이로운 성장에 초조함을 느끼는 사스케. 이타치를 당해 낼 수 없는 무능함에 안절부절 하며, 나루토와의 대립은 깊어져 갔다. 이대로는 임무에 지장을 초래할 수 있다는 츠나데의 판단으로, 사스케와 나루토에게 각자 임무를 주고, 냉각 기간을 가지도록 하고….

나루토와 사쿠라는 수뇌 집안의 딸 나호를 마을까지 데려다 주는 임무를 맡았지만, 왠일인지 나호는 호위를 사스케에게 부탁하고 싶다고 떼를 쓴다. 한편, 불의 나라 국경안으로 잠입한 닌자를 정찰하러 나선 사스케와 카카시는, 말도 안되는 사실과 맞닥뜨리고 만다.