Iruka, vedendo Naruto che viene festeggiato dagli abitanti del villaggio, riporta alla mente il momento in cui divenne l'istruttore della sua classe di reclute. Durante il suo primo anno all'accademia, Naruto fallisce ogni prova che il maestro gli propone e si dimostra molto geloso di Sakura ed invidioso delle lodi degli altri studenti nei confronti di Sasuke. Finite le lezioni, Naruto apprende che l'intero Clan Uchiha è stato sterminato e che Sasuke è l'unico sopravvissuto.

Naruto spaventa i suoi compagni impersonando un demone volpe e viene ripreso da Iruka, coinvolto emotivamente dall'attacco della Volpe a Nove Code nel quale i suoi genitori persero la vita. Il giorno successivo, Naruto non si presenta a lezione ed Iruka chiede consiglio a Kakashi, il quale, dopo avergli ricordato il momento in cui decise di diventare un istruttore, lo sprona a tentare di comprendere il ragazzo. Quando i compagni decidono di vendicarsi dello scherzo subìto mettendo Naruto in una situazione di pericolo, Shikamaru informa Iruka che si dirige immediatamente alla ricerca del ragazzo.

Naruto, esplorando le colline nere alla ricerca di un oggetto da riportare, trova un kunai con delle informazioni e viene attaccato da tre ninja del Villaggio della Cascata. Accorre, in suo aiuto, Iruka che protegge il ragazzo sino all'arrivo di Kakashi. Di ritorno al villaggio, Iruka spiega a Naruto cos'è la volontà del Fuoco e, in quel momento, il ragazzo decide che, un giorno, diventerà il più forte Hokage mai esistito per dimostrare a tutti il suo valore. Mentre Sasuke e la Squadra Falco si apprestano a partire verso Konoha, Tobi ordina a Kisame di catturare l'Ottocode. Nel frattempo, al Villaggio della Foglia, Shikaku riceve la notizia che è stato convocato un consiglio d'emergenza.

Durante il consiglio dei vertici del villaggio, i presenti vengono informati che Tsunade è in coma a seguito degli sforzi compiuti per difendere gli abitanti e che, quindi, è necessario sostituirla. Dopo una prima candidatura di Kakashi, il Signore Feudale decide di eleggere Danzo Sesto Hokage. Nel frattempo, Kakashi ricorda il momento in cui gli venne assegnata la guida del Team 7 e le iniziali riserve che il Jonin aveva nei confronti dei suoi componenti.

Mentre la ricostruzione del villaggio ha inizio, Naruto e Sakura incontrano Inari e Tazuna che sono venuti a dare una mano. Il gruppo ricorda il loro secondo scontro con gli uomini di Gato, i quali, dopo essere stati sconfitti la prima volta dal Team 7, tentarono nuovamente di prendere il controllo del Paese delle Onde. In quell'occasione, Inari dimostrò grande coraggio, facendo da esca e salvando un gruppo di ragazzini tenuti in ostaggio, e Naruto, Sasuke e gli abitanti del paese consegnarono alle autorità i tirapiedi di Gato una volta per tutte.

Naruto e Sakura ricordano un'altra missione del Team 7. Mentre stanno riportando indietro uno struzzo smarrito, i membri della squadra assistono ad un combattimento fra due spadaccini per una questione di vendetta. Quando l'uomo che cerca di vendicarsi fallisce, Naruto decide di dargli lezioni. Nonostante egli si dimostri incapace di portare a termine correttamente le missioni, prova di essere molto forte e spiega di non essere riuscito a vincere la faida poiché aveva intuito qualcosa di strano nel suo avversario. Quando i due si scontrano nuovamente, quest'ultimo rivela di essersi scambiato col fratello gemello e che entrambi sono innocenti. Alcuni malviventi tentano, allora, di attaccare i due uomini, ma l'intero Team 7 li mette in fuga. Al Villaggio della Foglia, Inari e Tazuna chiedono di Sasuke e Naruto afferma che un giorno il Team 7 tornerà insieme.

Gaara ricorda una missione che ha svolto assieme al Team 7 poco dopo l'attacco di Orochimaru al Villaggio della Foglia. La missione, concepita per rafforzare il legame tra la Sabbia e la Foglia, viene interrotta da alcuni ninja mandati dai capi del Villaggio della Sabbia per eliminare Gaara, ritenuto troppo pericoloso. I compagni della sua squadra ed i membri del Team 7 salvano Gaara ed insieme portano a termine la missione. Gaara si rende conto che, da quel momento in poi, egli riuscì ad instaurare dei legami con i suoi conterranei ed i loro alleati che gli hanno permesso di diventare la persona che è oggi.

Sakura ricorda di quando Naruto sembrava avere contratto un pericoloso virus che rischiava di contaminare l'intero villaggio. Allo scopo di contenere l'epidemia, Tsunade fece evacuare tutta la popolazione nelle caverne e mandò una squadra di ninja a catturare Naruto. Anche Shizune, Choji, Tenten, Kiba e Shino tentarono di catturare Naruto, ma senza alcun risultato. Quando il ragazzo si rifugiò nella stanza dove era ricoverato Sasuke, quest'ultimo lo consegnò a Tsunade che si rese conto che egli non era mai stato infetto e che si trattava di un errore.

Mentre si recano al laboratorio di innovazione delle armi ninja di Konoha, Tenten e Neji ricordano una missione durante la quale, assieme a Naruto, sono andati al centro per fare scorta di armi. Tenten, capitano della squadra, chiede al responsabile del laboratorio di mostrarle le nuove armi in sviluppo, ma nessuna di queste impressiona la ragazza. Dopo che il team ha esplorato il magazzino segreto, dove vengono custodite le armi migliori, il laboratorio viene attaccato da due ninja. Grazie ad un prototipo di arma, denominata Jidanda, Tenten riesce a sconfiggere i due ninja.

An ostrich tells a story of when Naruto, Rock Lee, and Shino, all led by Kotetsu, entered the Leaf Village's animal district in an effort to find and subdue him. However, he and the other animals proved that they weren't willing to go down without a fight.

Back before Rock Lee had his surgery, Naruto, after donning the suit given to him by Guy, set out on a mission with Sakura and Ino to obtain a special flower which was a necessary ingredient for Lee's medicine. When Naruto picked one of the flowers, however, he had to face a strange technique that had taken on the form of Gaara.

During the two-and-a-half-year time period in which Naruto was training under Jiraiya, the latter decided that it was time for Naruto to learn how to repel genjutsu. During this training session, the two traveled to a village which Jiraiya had previously been associated with, but they discovered that something dark was amidst.

After having discovered that the village was under the control of rebels from the Hidden Rain Village, led by Hanzo, Naruto and Jiraiya decided to take action to help save the women and children taken hostage and free the village from the Rain's tyrannical control.

In the past, Naruto and Sakura joined Sasuke on a mission to collect the paw print of Nekomata, a large and powerful two-tailed ninja cat that ruled over all of the ninja cats.

Naruto, two jonin and an elder known as "the Eternal Genin" set off to a mission to patrol the border of the Land of Fire following Orochimaru's attack. After some days with no incidents, a group of enemy ninjas cross the borders. The Eternal Genin proves to be a brave ninja and remembering the lessons he learned with the 2nd and 3rd hokages, sees the similarities between Naruto and his father.

A female spy, Hanare, from the Hidden Lock Village (Land of Key) is caught by ANBU pretending to be a musician. She is interrogated. However, the interrogation proves unsuccessful. Slowly, her past is revealed and so is her relationship with Kakashi. Team 7 spy on the two as they go around town, under the impression that the two are dating. After The Lock Village keeps a Leaf Village ninja hostage, they exchange Hanare for the ninja. It is then revealed that Hanare has a special ability, causing a large chase to occur. In the end, Kakashi lets Hanare free. The musician seen at the beginning entertaining Konoha ninja reminds Kakashi of Hanare which prompts the flashback.

Konohamaru's team asks Neji to talk about Naruto's heroism. Instead, Neji tells them about an incident during the Chunin exams three years prior. While Orochimaru attacked Konoha, two rogue ninja take advantage of the commotion and kidnap Hinata. Neji, Tenten, Kiba, and Akamaru rush out to save her. They're in trouble until Hiashi shows up and saves them, telling Neji that he's the beloved memory of Hiashi's younger brother. Neji realizes Naruto's speech about destiny was right; he isn't just a slave to the clan name. Konohamaru's team complains that Naruto wasn't in the story at all, and Neji cryptically answers that Naruto was the most important part.

Naruto thinks back to the time when he encountered the soul of a man named Kisuke. Kisuke didn't recall anything about who he was, but a visit to the Leaf Village's hospital revealed something startling. Meanwhile, higher-ups of the Fire Country met to decide on a new security system for the Leaf Village put together by a ninja named Sabiru. Who exactly were Kisuke and Sabiru, and what connection did the two have?

Shikamaru remembers the time when Teams 7 and 10 joined together to flush out a band of bandits who were terrorizing a nearby village and had kidnapped the headman's granddaughter. With no assistance available from Kakashi or Asuma, Shikamaru was forced to lead the team of genin to the bandits' fort and come up with a plan to rescue the headman's granddaughter.

Sasuke has a flashback while traveling to Konoha with his team, Taka. He once saved a girl named Naho not knowing that she's a relative of the Feudal Lord. Meanwhile, Naruto and Sakura are sent on a mission to accompany Naho and act as her bodyguards while Kakashi and Sasuke are sent to discover the reason why internationally wanted bandits have entered their border. Kakashi and Sasuke later find out that the bandits intend to abduct Naho. Naruto and Sakura are defeated by the bandits and are taken hostage. Sasuke finds them first and proceeds to defeat the leader and mercilessly punches him because of his jealousy for Naruto's growing power. A cut to the present reveals Naruto contemplating on his promise to have Sasuke return to the village.