In the aftermath of the destruction of the Leaf Village, Iruka thinks back to the time when the Third Hokage first gave him the task of being Naruto's homeroom teacher at the Academy, since no one else would take him in.

Iruka struggles to deal with his hate for the Nine-Tailed Fox inside Naruto as he tries to connect with Naruto after seeing him shunned by his peers.

After discovering a kunai knife with a secret message on it, Naruto winds up being pursued by three kunoichi from the Hidden Waterfall Village. Iruka mangaes to find him, but when the situation grows worse, Kakashi appears to save them both.

Kakashi has a flashback back when he was assigned to be the sensei of Team 7. In a bid to know his students, Naruto, Sasuke & Sakura, better, Kakashi spies on them and to see how they would all get along as a group. Angered by Sakura's talk about calling Naruto a brat and that he has no family to tell him right or wrong, Sasuke tells Sakura she is annoying. Realizing Sakura's sadness, Naruto goes to battle Sasuke, but gets defeated. It then goes back to the present and Kakashi claims that it is up to him to stop Sasuke.

As the ninja of the Hidden Leaf Village work on repairing their village in the aftermath of Pain's invasion, Naruto and Sakura come across a familiar face among the carpenters: Inari and Tazuna have arrived to help out. Inari recalls what happened after Gato's death and how Naruto and Sasuke came to his rescue.

In a flashback of Naruto and Sakura's, Team 7 is on a mission to take an ostrich called Mr. Ostrich to his home. They arrive at a village where they see a swordsman named Tsukado who has a vendetta to carry on a man named Katazu who killed his distant relative Shikazo. Tsukado fails to defeat him so Naruto decides to teach him unusual revenge lessons. Katazu has then took his brother's identity and attracted Shikazo's pursuers while Kageki and his family went into hiding. Tsukado decides not to kill him and ends their years of fighting though Kanabun wants them to keep fighting. The swordsmen, Team 7 and Mr. Ostrich chase the Kanabun Gang out of town.

After hearing the news about Akatsuki's attack on the Hidden Leaf Village, Gaara worries about Naruto's well-being. He remembers a time in the past where Team 7 was assigned to help him out with a problem, and how nobody, especially Naruto, was eager to trust him. Yet, when his life was put in danger by people he had wronged, Naruto was the first to come to his rescue.

Sakura reflects upon a time when she was infected with a strange disease by Naruto. In order to find a cure, an order was issued for Naruto to be quarantined at all costs before he could infect anybody else.

While she and Neji prepare to visit an old man who makes ninja weapons, Tenten remembers the first time she visited him alongside Naruto and Neji. Utilizing a strange new weapon she had never seen before, Tenten fought against two ninja who had stolen two of the man's powerful weapons.

An ostrich tells a story of when Naruto, Rock Lee, and Shino, all led by Kotetsu, entered the Leaf Village's animal district in an effort to find and subdue him. However, he and the other animals proved that they weren't willing to go down without a fight.

Leeho zranění je vážné, ale mladý ninja není ochoten přijmout myšlenku, že by se měl vzdát svého snu být tím nejlepším. Naruto se spolu s Ino a Sakurou vydává na speciální misi, aby získal léčivou bylinu do jeho medicíny. Místo jejího výskytu je považováno za strašidelné a plné duchů. Květina se brání proti sběru a pěkně jim zavaří. U místní bylinkářky dostanou pořádný náklad léčivky.

Jiraiya si vzal Naruta pod svá ochranná křídla a věnuje se jeho výcviku. Přivolá si na pomoc žábu Gamariki, která se trochu vymyká obvyklému vzhledu. Má pomoct při tréninku uvolnění z iluze. Naruto zažívá nepříjemnou iluzi. Zvrhlý poustevník musí přejít k jiným způsobům výcviku. Cesta je zavede do kdysi mírumilovné vesnice, která je nyní ovládána zlovolnými ninji a Jiraiya se rozhodne její obyvatele osvobodit.

Vesnici ovládá práva ruka Hanza Salamadra, který ovládá krále lastur. Vyhrožuje, že zabije pochytané vesničany za neposlušnost volných obyvatel vesnice. Naruto se pustí bezhlavě do boje, ale obří škeble je se svým pánem silná. Spolu s poustevníkem je chycen do silného genjutsu. Kulička pálivého pepře jim pomůže se uvolnit z iluze. Blonďatý ninja použije obří Rasengan a přemůže ohromného tvora.

Tým 7 dostane za úkol získat otisk tlamy Nekomaty. V Sasukem to probouzí staré vzpomínky a bere tuhle misi vážně. Itachi svému bráškovi vymyslel hru se sbíráním tlapek mrštných a rychlých koček. Kočičí babča jim prozradí, že mise bude obtížná a nebezpečná. Uchiha musí překousnout i nasazení čelenky s oušky, aby rozuměli řeči koček. Dostat se až k velkému šéfovi zahrnuje mnoho překážet, ale otisk bude jejich.

Naruto je přiřazen k týmu ninjů z Listové a mají společně chránit severní hranici. Součástí skupinky je stařík, který je kupodivu stále geninem. Hlídkují, kladou pasti a číhají na případného nepřítele. Po dlouhém čekání ninjové zaútočí a skupinku napadnou. Listová musí být varována a postupně jednotliví členové zůstávají pozadu, aby nepřátele zdrželi. Geninové nesmí být obětováni a jouninové jdou první do boje.

Listová vesnice zajala zvláštní kunoichi, která měla podle ANBU zjišťovat informace o zemi Ohně. Ibiki si ji vezme do parády, ale žena neřekne ani slovo. Ani Inoichi na nic nepřijde. Pouze v ní dlí malá vzpomínka na Kakashiho jako dítě. Hatake ji dostane na starost a má pomocí Sharinganu nahlédnout do její duše. Žena tajně získala citlivé informace u výslechu, ale nakonec je vymazala ze své paměti a utekla.

Neji je zastaven mladými geniny vedenými Konohamarem a vyprávím jim příběh o tom, jak chtěla Zvučná a Písečná zlikvidovat Listovou. Je to jeho vlastní pohled na vývoj událostí. On sám společně s Tenten a Kibou šli zachránit Hinatu, která byla unesena pro svůj Byakugan. Ninjové, tehdy ještě mladí, neměli dost síly, aby porazili dospělé bojovníky. Naštěstí jim dojde na pomoc samotný Hiashi – hlava klanu Hyuuga.

Naruto při cestě u vody strhne lístek s podivným nápisem. Probudí tak ducha, který se objeví u něj doma. Zprvu je zmatený, ale Naruto mu vnukne nápad, že má zřejmě nesplněný závazek, když nedošel pokoje. Navíc kromě mladíka ducha nikdo nevidí. V nemocnici najdou jeho tělo v kómatu. Duch si časem vzpomene, že byl zapečetěn, když vyšetřoval vniknutí špehů do vesnice. Naruto mu pomůže viníka usvědčit.

Týmy mistrů Asumy a Kakashiho mají za úkol najít unesenou vnučku někde v útrobách podzemního úkrytu banditů. Průvodce jim dělá bývalý bandita, je to však informátor zločinců a všechno za tepla vysype. Geninové ho jdou zachránit a Shikamaru se nechá vyměnit za informátora, ale všechno má předem promyšlené do nejmenších podrobností. Postupně se naplňuje jeho plán a malá holčička je zachráněna.

Naruto a Sakura mají dělat osobní stráž malé věčně nespokojené a namyšlené holčičce, která je příbuznou Feudálního pána. Problém je hned v začátku, kdy dívka neustále požaduje na svou ochranu Sasukeho. Nezbyde nic jiného než použít techniku Henge a proměnit se v Uchihu. I přes veškerou snahu odolat jsou chyceni a přijde je zachránit opravdový Sasuke. Jeho Raikiri nadělá pořádnou paseku a dívka ho už neopěvuje.