마을로 돌아온 나루토는 이타치가 사스케가 마을을 공격하면 어떻게 할 너냐고 물었던 얘기와 이타치가 자신을 죽이지 않고 오히려 힘을 빌려준 사실에 대해서 골똘히 생각한다. 한편 이타치의 죽음으로 복수심에 불타는 사스케는 나뭇잎마을을 혼자서 다 쓸어버리겠다고 마다라에게 공언하고 팔미를 잡아 마다라에게 넘기며 상처를 치료하고 나뭇잎으로 가겠다고 한다. 한편 나루토를 찾아온 후카사쿠는 나루토에게 비마을에 잠입했다가 페인의 손에 쓰러진 지라이야의 죽음을 알리고 사람들에게 자신의 등에 새겨진 지라이야의 메시지를 보여준다. 큰 충격을 받은 나루토는 왜 지라이야에게 그렇게 무모한 짓을 시켰냐고 츠나데를 비난하고 지라이야와의 옛 추억을 되새기며 슬픔에 휩싸인다.

낙심한 나루토는 방을 떠나고 후카사쿠는 페인 육도 중 한명의 시체와 산채로 잡아온 비마을 닌자를 내놓는다. 츠나데는 검시를 지시하고 후카사쿠는 묘목산으로 돌아간다. 지라이야의 죽음에 충격을 받은 나루토는 너무나 슬퍼하고 라면을 사준다는 이루카의 말도 거절한다. 츠나데는 시카마루에게 암호 해독업무를 맡긴다. 한밤중에 나온 나루토는 이루카를 만나고 이루카는 나루토에게 지라이야가 얼마나 나루토를 아끼고 자랑스러워했는지를 말해주면 위로해준다. 암호해독부에서 지라이야가 남긴 암호가 나뭇잎의 암호가 아니며 암호를 풀려면 이 암호에 사용된 열쇠를 알아야하며 그 열쇠는 지라이야를 잘 아는 사람이라야 알 수 있을 거라는 말에 시카마루는 카카시 츠나데를 거쳐 나루토를 만나러 간다. 침울한 나루토를 데리고 쿠레나이를 만나러 간 시카마루는 나루토에게 더 이상 어린아이로 있을 수 없지 않냐며 이제 자신들이 받는 게 아니라 주는 입장이 되어야한다고 말한다.

시즈네는 검시를 시작하고 이비키는 비마을 닌자 심문에 들어가고 지라이야가 남긴 암호를 해독하기 위해 총력을 기울인다. 시카마루는 나루토에게 암호를 보여주고 나루토는 숫자 가운데 글자가 하나 있는 것이 이상하다고 말한다. 모두 9라고 생각했지만 지라이야의 글씨체를 아는 나루토는 9가 이나라 글자라고 말한다. 드디어 열쇠를 찾아낸 것, 지라이야 암호의 열쇠는 러브러브 파라다이스였다. 책을 통해 밝혀낸 암호 내용은 ‘진짜는 없었다’ 하지만 직접 싸운 후카사쿠도 의미를 알지 못 하고 검시와 심문도 시간이 걸린다는 말에 나루토는 애가 탄다. 이 때 후카사쿠가 묘목산으로 가서 선술수행을 할 것을 제안하고 나루토는 지라이야의 복수를 하겠다는 일념에 묘목산으로 따라나선다. 후카사쿠는 선술은 내부의 신체에너지 정신에너지를 사용하는 인술과 달리 바깥의 자연에너지를 이용한다고 설명하고 가마키치는 자연과 일체과 되려면 죽어야한다는 말로 나루토를 놀라게 한다.

죽어야한다는 말에 놀란 나루토, 이에 후카사쿠는 실제로 죽는 것은 아니라며 설명을 시작한다. 자연에너지를 끌어들이려면 자연과 일체가 되어야하는데 그러려면 움직이지 않아야한다는 것, 하지만 어려운 수행으로 시간이 많이 걸린다는 말에 나루토는 조급해하고 후카사쿠는 두꺼비기름을 이용한 빠른 방법을 소개한다. 두꺼비기름을 몸에 발라 그것으로 자연에너지를 끌어들이는 것, 하지만 그 방법을 쓸 때 자연에너지가 너무 들어가면 개구리로 변해버라는 것. 가마키치의 죽는다는 말은 인간으로서 죽을 수도 있다는 말이었던 것. 나루토는 후카사쿠의 도움을 얻어 수행에 들어가지만 자꾸 자연에너지를 많이 빨아들여 혼이 난다. 하지만 노력을 통해 두꺼비기름을 써서 자연에너지를 컨트롤하는 방법을 익히고 후카사쿠는 나루토에게 지라이야의 처녀작인 ‘근성닌자전’을 주고 이를 읽던 나루토는 지라이야와의 추억을 생각하며 눈물을 흘린다. 한편 페인은 구미를 잡으러 나뭇잎으로 떠나고 사스케가 잡아온 팔미를 봉인하던 아카츠키는 팔미가 속임수를 써서 다리 하나만 자르고 도망갔다는 사실을 알게 된다.

나루토는 후카사쿠와 선술 수행에 열심이지만 생각처럼 쉽게 되지 않고 후카사쿠는 그런 나루토를 데리고 바위에 올라가 석판에 앉아 움직이지 않으며 자연과 조화가 되는 법을 가르친다. 어려워하던 나루토도 지라이야가 같은 수행을 했다는 말에 마음을 다잡고 수행에 집중한다. 후카사쿠도 놀랄만큼 수행에 열심인 나루토는 큰 향상을 보이고 후카사쿠에게 개구리대련까지 배운다. 한편 킬러 비를 잡고 돌아온 사스케일행, 사스케는 미수가 없이도 괜찮다며 자신있어한다. 한편 사스케일행을 뒤쫓은 제이는 위치를 확인하고 연락을 하려 하지만 들켜서 목숨을 잃고 만다. 동생의 납치 소식에 화가 난 라이카게는 상대가 나뭇잎 마을 출신이란 말에 더욱 화가 나고 다섯 카게 수뢰회담을 준비하라고 명령한다. 설상가상 제이로부터 소식이 끊어지고 라이카게는 킬러 비를 구하기 위해 쿨한 사무이에 지나치게 생각이 많고 복잡한 오모이와 단순한 카루이로 이루어진 사무이소대를 소집한다.

더없이 평화로운 나뭇잎마을의 한 때에 페인이 코난과 함께 나타난다. 사쿠라는 시카마루 시호와 함께 암호 ‘진짜는 없었다’의 의미를 풀기 위해 머리를 짜내고 시즈네는 시체에 박혀있던 막대기의 분석에 들어간다. 그리고 정보부에서는 이노이치가 비마을 닌자의 머릿속을 들여다보기 위해 애쓰지만 방어벽이 있어서 뚫고 들어가기가 쉽지 않다. 한편 묘목산의 나루토는 선술수행에 박차를 가하고 어느 정도 진전이 있자 후카사쿠는 선술의 리스크에 대해 알려준다. 움직이지 않아야 쓸 수 있는 선인모드의 경우 동료가 많아야 쓸 수 있다는 것, 또 실망하는 나루토에게 자신과 융합을 하면 문제가 해결된다고 알려준다. 페인은 양동과 탐색으로 팀을 나눠 작전을 개시하고 마을을 공격한다. 시즈네는 막대기가 고주파 차크라를 받아들이는 수신기라는 결론에 도달하고 이노이치도 마침내 닌자의 머릿속에 근접한다. 하지만 마을은 페인의 공격으로 아수라장이 되고 보고를 받은 츠나데는 아카츠키가 공격해온 것을 알고 비상경보를 발령하고 나루토를 호출할 것을 명령한다.

공격을 받은 마을은 대혼란에 빠지고 묘목산의 나루토는 빠른 속도로 선술을 익힌다. 한편 츠나데가 나루토를 데려오려 한다는 것을 안 단조는 호무라와 코하루를 부추기고 두 사람은 츠나데를 막으려 하지만 초대 호카게가 두 사람에게 마을을 믿고 맡긴 것처럼 이제 당신들 차례라는 츠나데의 말에 조용히 물러난다. 사쿠라는 부상자들이 넘쳐나는 병원에서 진두지휘에 나서고 시즈네는 페인 몸에 박힌 막대기가 차크라를 받아들이는 수신기라며 페인의 비밀과 관련이 있을 거라고 보고하고 츠나데는 정보부와 만나서 함께 페인의 비밀을 밝히라고 지시하고 연락개구리에게 나루토를 부르고 정보를 알리라고 지시한다. 하지만 단조는 연락개구리를 죽여서 이를 막는다. 츠나데는 카츠유를 소환해서 다친 사람들의 치료에 나서고 카카시는 나루토의 소재를 묻다 이루카를 죽이려는 페인을 가로막고 나선다.

파괴된 마을을 보고 안타까워하는 츠나데, 한편 단조는 자신의 심복들을 이끌고 지하로 숨어서 일이 끝난 후 호카게 자리를 차지할 야심에 불탄다. 이노이치는 비마을 닌자의 머릿속을 훑어보며 류스이와 유다치가 탑으로 시체를 가져가는 모습을 보고 시즈네가 찾아와 검은 막대기를 보여주며 차크라 수신기라고 말한다. 이 때 축생도 페인이 들어오고 이노이치는 비마을 닌자 머릿속에서 시체였던 여자가 페인의 모습으로 움직이는 것에 놀란다. 한편 나루토는 후카사쿠와 융합을 시도하지만 구미가 거부하는 바람에 융합이 불가능하자 분노한다. 이노이치와 시즈네는 페인의 정체를 밝히기 위해 다른 곳으로 옮기고 이비키가 축생도페인을 잡아 고문하지만 시체 같은 축생도 페인은 고통조차 느끼지 않는다. 시즈네와 이노이티는 시체였던 여자가 페인으로 나타난 점 한명 당 한 계통 술법밖에 못 쓰는 페인이건만 소환술을 쓰는 페인이 이미 죽었는데 소환술을 쓰는 다른 페인이 나타난 점에 집중하여 페인의 정체를 밝히려 애쓴다.

파괴되는 마을을 보며 안타까워하던 코노하마루는 함께 마을을 구하자고 하지만 사람들을 피난시키는 중요한 임무가 있다는 우돈과 모에기의 말에 사람들을 찾아 나선다. 한 노파를 찾아 피난시킨 코노하마루는 페인을 발견하고 페인이 알 수 없는 술법을 써서 중급닌자 둘을 손쉽게 해치우는 것을 보고 도망치려 하지만 들킬뻔한다. 위기의 순간 에비스가 나타나 페인의 시선을 끌며 코노하마루를 도망치게 하려 하지만 코노하마루는 쓰러진 에비스를 보고 나루토와의 추억을 생각하며 용기 있게 나타난다. 한편 어차피 안 되는 일이라며 말리는 후카사쿠의 말에도 불구하고 나루토는 후카사쿠 등의 메시지는 절대 포기하지 말라는 지라이야가 자신에게 보낸 메시지라며 절대 포기할 수 없다고 말한다. 그리고 움직이지 않아야하는 선술에서 움직이며 에너지를 찾으라니 오른쪽을 보면서 왼쪽을 보라는 것과 마찬가지 아니냐는 후카사쿠의 말에 힌트를 얻는다. 잡은 사람의 머릿속을 읽어보는 능력을 가진 페인에게 잡힌 코노하마루는 나루토가 가르쳐준 나선환으로 페인에게 한방 먹인다.

키바는 엄마와 함께 검시실로 들어온 페인을 공격하고 다이나믹 마킹으로 냄새를 묻혀 뒤를 쫓는다. 시노가족은 코난과 마주쳐 전투를 벌이지만 코난은 종이분신에 기폭찰을 써서 응수한다. 천도페인은 츠나데를 찾아가고 츠나데는 그가 야히코라는 것을 알아본다. 천도페인은 곧 전쟁이 벌어질 것이며 자신들이 전쟁을 컨트롤할 것이고 살려줄 수도 있다며 나루토를 내놓으라고 요구한다. 시즈네와 이노이치는 여러 가지 정보를 종합해서 여섯명 중 본체는 없으며 어딘가에서 본체가 뒤에 숨어서 육도 페인을 조종하고 있을 것이라는 결론을 내리지만 머릿속을 훑어보는 페인이 나타나 시즈네의 머리에서 나루토가 묘목산에 있음을 알아내고 시즈네는 목숨을 잃는다. 천도페인은 아픔을 알라는 말을 남기고 모든 페인이 동시에 사라지더니 코난의 만류에도 새로운 술법을 펼치려 한다. 한편 연락책인 코스케가 당한 것을 안 후카사쿠는 나뭇잎마을 근처에 간 시마에게 자신들을 소환할 것을 부탁하고 시마는 나뭇잎마을에 일이 벌어진 것을 눈치챈다. 마침내 신라천정을 펼치는 페인, 나뭇잎마을은 폐허가 되고 만다.

페인의 신라천정 때문에 마을은 폐허가 되고 만다. 츠나데가 자신의 모든 차크라를 카츠유에게 보낸 덕에 사람들은 목숨은 있지만 츠나데는 힘을 잃고 만다. 나루토와 후카사쿠는 엉망이 되어버린 마을의 모습에 놀라고 만다. 분노한 츠나데는 절대 용서할 수 없다며 페인을 향해 달려가지만 선인모드로 무장한 나루토가 나타나 자신이 처리하겠다며 마을 사람들은 가세하지 말라 이른다. 그리고 카카시의 차크라가 느껴지지 않는 것을 안 나루토는 카카시가 마을에 없냐는 말에 츠나데가 대답하지 않자 카카시의 죽음을 직감한다. 츠나데는 안전한 곳으로 몸을 피하고 나루토는 카츠유를 통해 페인의 정보를 들으며 가마분타 가마켄 등과 함께 페인과 전투를 벌인다. 나루토의 나선환에 후카사쿠와 시마의 개구리울음까지 가세해 싸움은 격렬해지고 나루토는 풍둔 나선수리검을 쓸 준비에 들어간다.

페인은 자신도 지라이야의 제자였음을 밝히며 나루토에게 너의 죽음이 평화로 이어진다고 하지만 나루토는 나선수리검으로 큰 타격을 입히고 시카마루는 카츠유로부터 나루토가 혼자 싸우고 있으며 나서지 말라고 했다는 소리에 화가 난다. 두꺼비들은 소환수를 맞아 싸우느라 힘겹고 후카사쿠는 시야가 연결된 페인의 고리를 끊어야한다며 묘책을 내어놓는다. 모래바람을 일으켜 시야를 가린 다음 가마분타의 입속으로 나루토와 축생도페인을 빨아들여 그 안에서 축생도페인을 처치한 것. 하지만 나루토의 선인모드가 풀려버리고 만다. 시마는 융합을 하자고 하지만 후카사쿠로부터 구미 때문에 융합을 할 수 없다는 말을 듣는다. 하지만 나루토는 이미 묘목산에 분신을 만들어두고 분신들이 선술차크라를 모으고 있었던 것. 역소환한 분신 덕에 나루토는 다시 선인모드로 들어간다. 그러나 죽은 이도 살려내는 페인 때문에 해치운 페인도 되살아나고 모든 술법을 흡수하는 페인과 물건을 마음대로 튕겨내는 페인 때문에 고전한다. 나루토는 기지를 발휘해 인술을 흡수하는 페인에게는 변신술만을 흡수하게 만들고 공격하고 연기 속에 숨긴 분신을 써서 두 명의 페인을 해치운다. 하지만 천도페인이 신라천정을 펼치고 두꺼비들은 크게 다친다.

사람들이 나루토가 혼자 페인과 싸우고 있다는 사실에 놀란다. 달려나가려던 히나타는 나가봐야 나루토에 방해만 될 거란 말에 좌절한다. 후카사쿠와 시마는 환술을 쓰기 위해 준비에 들어가고 5초의 간격을 노리려던 나루토는 술법을 흡수하는 페인에게 잡혀 힘을 빠져나가지만 그것을 역이용해 자신을 잡은 페인이 선술차크라를 너무 빨아들여 개구리바위로 만들어버린다. 남은 페인은 천도 한명, 환술을 쓰려던 후카사쿠는 페인의 기술에 당해 숨을 거두고 만다. 그리고 시카마루 일행은 페인의 수수께끼를 풀어야한다며 얘기하다 이노아빠가 비마을닌자 머릿속에서 본 내용을 떠올려 페인을 조종하는 본체가 마을 가까이 가장 높은 곳에 있을 거라는 것을 알아낸다. 페인은 나루토를 잡아 손에 검은 봉을 꽂아 꼼짝 못 하게 만들고 자신은 평화와 정의를 구현하는 것이 목적이라며 미수병기를 만들 것이라고 한다. 끝없이 이어지는 증오의 연쇄속에서 잠시의 평화를 만들어내는 것, 그것이 자신의 바램이라고 말한다.

페인을 조종하는 나가토는 힘겨운 싸움으로 많이 쇠약해진 상태지만 포기하지 않고 나루토는 지라이야는 진심으로 사람들이 서로 이해할 수 있을 거라 믿었다고 항변한다. 히나타는 어린 시절 나루토와의 추억을 떠올린다. 약하고 겁많고 재능도 부족한 자신과 달리 늘 맞서 싸웠던 나루토를 동네 소년들과의 갈등이 생겼을 때 나서서 도와준 나루토를, 그리고 중급닌자시험에서 네지와의 대결에서 힘과 용기를 주었던 나루토를. 그리고 과감히 나서서 페인과 맞서지만 페인에게는 역부족, 쇠약해진 나가토가 기침을 하는 사이 공격을 한번 성공시키지만 페인의 공격에 당해 큰 타격을 받는다. 하지만 쓰러져서도 다시 일어나서 나루토를 구하려는 히나타, 어째서 죽을 걸 알면서 그 정도 힘으로 자신에게 맞서냐는 페인의 물음에 히나타는 한번 내뱉은 말은 반드시 지키는 것이 자신의 닌자의 길이라고 대답하고 결국 페인의 일격에 쓰러지고 만다. 페인은 자신의 부모도 딱 이런 식으로 자기 눈앞에서 나뭇잎 닌자들 손에 죽임을 당했다며 말하고 분노에 휩싸인 나루토는 구미화하기 시작한다.

히나타가 쓰러지는 것을 본 나루토는 분노하고 그 큰 분노 때문에 구미화하기 시작한다. 나루토는 구미화를 막기 위한 봉인으로 걸고 있던 목걸이마저 부셔버리고 급격하게 구미화한다. 페인은 그런 나루토에 맞서 싸우지만 구미의 힘 때문에 쉽지가 않다. 어느덧 나루토의 몸에 구미의 꼬리가 6개가 나오고 마을 밖에서 임무 수행중이던 야마토는 이 사실을 알고 급히 마을로 향한다. 나가토는 엄청난 힘으로 지폭천성을 펼쳐서 나루토가 있는 땅까지 포함해서 커다란 달을 만들어 하늘에 띄워 나루토를 격리시킨다. 한편 히나타마저 잃고 괴로워하며 해답을 알려달라는 나루토에게 구미는 괴로운 것을 없앶주겠다며 유혹하고 나루토는 구미의 꾀임에 넘어가 구미를 봉인시킨 부적을 떼려고 한다. 그 순간 나루토의 손을 잡고 말리는 한 사람, 그것은 바로 4대 호카게, 미나토였다.

여덟 번째 꼬리까지 나오면 나루토의 의식세계에 나타나도록 봉인식을 해두었던 4대 호카게가 나타나 나루토에게 아버지란 사실을 밝힌다. 구미를 봉인당한 탓에 사람들의 미움을 받았던 나루토가 울며 하소연하고 미나토는 내 아들이라면 구미를 다룰 수 있을 거란 말과 함께 페인은 조종당하는 것이며 16년 전 구미로 마을을 습격한 흑막이 있다며 그 정체는 아카츠키의 가면 쓴 남자라고 한다. 평화와 정의에 대한 해답을 모르겠다는 나루토에게 나루토라면 찾을 수 있을 거라며 봉인식을 다시 해준다. 구미에서 벗어난 지폭천성에서도 빠져나와 나루토는 페인에게 본체에게 데려다달라고 하고 페인이 거절하자 선인모드를 이용해 본체의 위치를 알아내고 자신의 모든 힘을 쏟아부어 페인과 맞서 싸우며 해답도 갖지 못 한 주에 뭘 할 수 있냐며 포기하라는 페인의 말에 자신이 포기하는 것을 포기하라는 말과 함께 마지막 나선환을 던진다.

나루토는 혼신을 다한 나선환으로 마지막 페인을 쓰러트리고 선인모드를 이용한 역탐지로 본체의 위치를 찾아 카츠유의 만류에도 혼자 찾아나선다. 다행히 히나타는 목숨을 구하고 가이가 리와 함께 따라나서려 하지만 카츠유가 말린다. 본체를 찾아나서던 나루토는 시카쿠 이노이치 일행과 마주치고 이노이치의 만류에도 불구하고 혼자 본체를 찾아간다. 마침내 본체인 나가토를 찾아낸 나루토 나가토는 나루토의 몸에 차크라를 수신하는 검은 막대기를 박아넣지만 나루토는 피하지 않는다. 그리고 자신의 여전히 나가토를 용서하지 못 하고 밉다고 말하고 지라이야가 말한 사람이 진심으로 이해하는 세상을 만들기 위해 증오를 없애는 해답을 맡긴다고 했던 얘기를 하고 나가토는 진심으로 이해하는 세상은 있을 수 없다며 지라이야의 헛소리일뿐이라고 응수한다. 나루토는 지라이야의 제자인 두 사람이 왜 이렇게 되었는지 모르겠다며 다른 아카츠키처럼 단지 살육을 즐기는 놈들이 아니란 건 알겠지만 두 사람에 대해 알 수가 없으니 두 사람의 이야기를 듣고 결정을 내리겠다고 하고 나가토는 자신들의 아픔을 얘기해주겠다고 한다.

본선을 앞두고 사스케는 카카시와 수행에 들어가고 나루토는 지라이야에게 소환술을 배운다. 하지만 뜻대로 잘 되지 않고 잠에 빠지다 지라이야가 한 4대 호카게의 유산이라면 본선 통과도 할 수 있을 거라 생각했다는 말을 듣지만 그 유산이 4대의 아들인 자신이라는 것은 모른다. 코노하마루에게 초조해하는 거냐며 지라이야에게 술법을 배운 게 아니냔 말에 나루토는 지라이야가 한 유산 얘기가 생각나 3대 호카게 이루카 앙코에게 물어보지만 모두 모른다고만 한다. 그러다 우연히 만난 가이에게서 굉장한 비기일 거라는 말과 함께 4대 호카게의 유산에 대한 팜플렛을 발견하고 호네가미하라로 향한다. 이 말을 엿들은 쵸지가 10조를 데려오고 사쿠라까지 따라나서 5명은 호네가미가하라로 향하고 그 곳에서 선인으로 변신한 가이를 만난다. 모두 가이란 걸 알아보지만 나루토 혼자 정말 선인으로 믿고 가이는 아이들에게 이 연습장을 4대 호카게보다 빠른 기록으로 통과하면 4대 호카게의 유산을 주겠다며 통과에 필요한 비법서를 주고 간다. 첫 번째 관문에서 거대거미를 만난 아이들 하지만 시카마루가 비법서에 나온 시의 첫구절로 힌트를 얻어 무사 통과한다. 하지만 아이들에게는 아직도 많은 관문이 남았고 나루토의 말실수로 비기를 탐내는 비마을 닌자들까지 아이들을 뒤쫓는다.

서로 먼저 통과하겠다며 티격태격대는 7조와 10조, 두 번째 관문인 동굴에서는 수면가스가 나오지만 시카마루가 ‘들국화를 바쳐라’라는 싯구절을 풀이해 무사히 통과한다. 그리고 다음 구절은 ‘극히 신속하게 의지를 보여라’ 무슨 뜻인지 알기도 전에 나루토 때문에 배를 타고 강으로 접어든 아이들, 아이들 앞에는 폭포가 기다리고 있다. 이번에도 시카마루의 기지로 위기를 모면하고 관문을 통과한다. 드디어 마지막 최종관문, 이노와 쵸지는 시카마루를 위해서 사쿠라와 나루토를 잡고 시카마루 혼자 보내려고 하지만 시카마루는 이를 허락하지 않는다. 함께 큰 신전으로 들어간 아이들 앞에는 수도 없이 많은 두루마리가 있고 어느 게 진짜일지 고민하던 중, 비마을 닌자들이 원한의 비로 나루토 일행을 공격하지만 때마침 술법의 완성도를 시험해보고자 하던 사스케가 닌자들을 쓰러트린다. 아직도 신전 안에 있는 나루토 일행, 나루토는 바보라고 놀리는 앵무새 때문에 화가 나고 시카마루는 ‘증오를 거쳐서 다가온 자에게 길은 열리지 않는다’는 마지막 구절을 풀이해 나루토가 웃으면서 앵무새에게 다가가게 하고 마침내 비밀의 방이 열린다. 그리고 다시 선인으로 변장한 가이가 나타나 비법서의 표시된 몇글자만 읽어보게 하고 그 답은 ‘닌자의 비법에 지름길은 없다’ 나루토를 제외한 아이들은 실망했다가도 관문을 통해 깨우친 것을 떠올리며 뿌듯해하고 혼자 아무 것도 모르는 나루토만 또 엉뚱한 소리를 한다.

페인은 나루토에게 자신의 아픔을 얘기해주기로 한다. 비마을에 살던 나가토, 어느날 밤 음식을 찾으러 집에 들어온 나뭇잎닌자들은 피하려던 나가토 가족을 적으로 오인하고 부모님을 죽이고 만 것. 큰 아픔을 겪은 나가토는 혼자 집을 나서고 떠돌이개와 함께 떠돌다 굶어 죽으려던 찰나 코난에게 구해져 야히코와 만나게 된다. 전쟁고아로 도둑질을 하며 악착같이 살아가던 두 사람과 함께 나름 행복하게 지내지만 한조와 전설의 세 닌자의 싸움에 휘말려 떠돌이개가 죽고 절망하던 야히코는 이런 세상이라면 자신이 세상의 신이 되겠다는 말을 뱉고 그 때 야히코의 꿈은 나가토의 꿈이 된다. 야히코는 강해져야한다며 전설의 세 닌자의 제자가 되기 위해 길을 떠나자는 야히코, 세 사람은 전설의 세 닌자를 찾아 떠나고 전쟁터에서 온갖 위험을 겪으며 힘든 길을 가던 아이들은 마침내 전설의 세 닌자와 만나게 된다.

마침내 전설의 세 닌자와 만난 나가토 일행, 지라이야는 아이들을 돌봐주기로 하고 처음에는 마음을 열지 못 하던 나가토도 마음을 열게 된다. 그러던 중 위험에 처한 야히코를 구하기 위해 윤회안의 힘으로 닌자를 죽인 나가토는 괴로워하고 지라이야는 그런 나가토를 달래준다. 3년 뒤 지라이야가 떠나고 페인을 리더로 세력을 키워가던 이들 앞에 한조가 접근해 전쟁중인 나뭇잎 바위 모래와 평화협정을 얻어내자고 하고 이를 받아들이지만 이것은 이들에게 비마을을 빼앗길까 두려워한 한조의 함정. 한조는 단조와 손을 잡고 코난을 인질로 잡고 나가토에게 페인을 죽이라고 한다. 야히코는 코난을 구하기 위해 스스로 나가토의 칼에 몸을 던지고 코난과 함께 살아가라고 말하고 죽는다. 절망한 나가토는 윤회안의 힘을 쓰고 페인의 뒤를 이어 리더가 되어 조직을 이끌게 된다.

야히코의 죽음 이후 동료들의 죽음까지, 나가토는 인간은 살아있는 그 자체만으로 남을 상처준다며 인간이 있는 한 미움과 증오도 존재하면 이 저주받은 세상에 진정한 평화따윈 없다고 말한다. 나루토는 너희들을 용서할 수 없지만 자신은 지라이야가 믿었던 것을 믿어보겠다고 말한다. 그리고 이에 반발하는 나가토에게 자신이 저주를 풀고 평화를 찾아내고 말겠다고 대답한다. 이 말에 놀란 나가토, 그것은 나가토가 예전에 지라이야에게 했던 말로 지라이야가 그 말에 영감을 받아 첫작품 근성닌자전을 쓰며 실었던 글, 그리고 그 글의 주인공 이름은 바로 나루토였다. 나가토는 나루토에게 어떻게 네 자신이 변하지 않을 거라 믿을 수 있냐고 하고 나루토는 자신도 아픔이 있었다며 그래도 자신이 포기하면 스승의 유품에 흠을 내는 거라며 소설의 속편은 앞으로 살아가는 자신의 삶이라고 하며 자신이 세상을 평화롭게 만들고 비마을도 평화롭게 만들 거라며 믿어달라고 한다. 나가토는 나루토의 말에 마음을 바꾸고 코난의 만류에도 불구하고 윤회천생술을 쓴다.

나가토는 자신이 할 수 있는 최소한의 속죄라며 마지막 힘을 짜내어 마을 사람들을 살려내고 나루토에게 뒷일을 부탁한다. 아버지 사쿠모를 만나서 예전에는 분하고 힘들었지만 지금은 아버지를 이해하며 자랑스럽다는 말을 건넨 카카시도 다시 살아난다. 코난은 나루토에게 자신에게는 야히코와 나가토가 전부였다며 아카츠키를 나올 것이며 두 사람의 꿈이 너에게 맡겨졌다면 자신도 비마을도 나루토를 믿고 두 사람의 꿈을 쫓아가겠다며 두 사람의 시신을 가지고 떠난다. 힘든 몸으로 마을로 향해가던 나루토 앞에 카카시가 나타나 나루토를 업고 마을로 향하고 마을에서는 모든 사람들이 달려나와 기쁘게 나루토를 반긴다. 구미가 봉인되어 있다는 이유로 사람들에게 냉대를 받던 나루토, 하지만 어떤 상황에서도 포기하지 않고 변함없는 닌자의 길을 보여주며 그 동안 열심히 노력하며 쌓아온 일들을 보고 사람들도 나루토를 인정하고 있었던 것. 이루카는 4대 호카게가 마을 사람들이 나루토를 영웅으로 봐주기를 바라며 숨을 거두었다고 했던 말을 떠올리며 지금 자신의 눈앞에 영웅이 있다고 한다.