Team Kakashi returns to the Hidden Leaf Village after completing their mission. As Naruto thinks back to the talk he had with Itachi, he's summoned by Tsunade, where he discovers shocking news regarding Jiraiya.

Shikamaru tries to decipher the dying message Jiraiya left before his death but cannot figure out what it says. Shikamaru asks for Naruto's help, thinking he might know the code. Can the saddened Naruto decipher Jiraiya's dying message?

The code Jiraiya left behind is finally deciphered, but what exactly does it mean? Meanwhile, Naruto continues his training.

After reading Jiraiya's first book, Naruto becomes more determined than ever to complete his training. Elsewhere, the angered Raikage plans to call all of the kage together for a meeting.

Naruto succeeds in mastering his Sage Mode, taking it farther than even Jiraiya could. Things aren't looking so great for Konoha, however, as Pain prepares to make his move.

The Akatsuki Leader, Pain, begins his invasion of the Hidden Leaf Village. The Leaf ninja assemble to protect Naruto's whereabouts, but when Pain targets Iruka, Kakashi must face off against him.

Kakashi bouje s Painem, přídá se k němu Chouji se svým tátou a pár dalších ninjů. Vše vypadá celkem dobře, ale najednou se objeví druhý Pain. V nemocnici je velký shon, Sakura má spoustu práce a Tsunade prostřednictvím Katsuyu pomáhá vesničanům. Boj je prohrán, Kakashi se setkává se svým otcem. Chouji oznamuje Hokage, jaké má nepřítel schopnosti.

Danzou se chce stát Hokagem, ukrývá se v podzemí. Naruto se snaží dosáhnout Sennnin módu, zatím co Inoichi a pár dalších se pokouší zjistit informace o Peinovi. Shizune si přijde pro informace, ale mezitím se strhne boj mezi nimi a Peinem, který přivolává různé obludy. Ibiki a Anbu s ním bojují a Inoichi se společně s Ino, Shizune a jedním členem Anbu přesouvají do dešifrovací místnosti.

Udon, Moegi a Konohamaru mají za úkol pomáhat při evakuaci vesničanů. Konohamaru narazí na jednoho z Peinů a ten si ho všimne. Mistr Ebisu chce odlákat pozornost, aby mohl chlapec utéct, je však chycen. Konohamaru ho osvobodí a podaří se mu použít Rasengan, čímž Peina zastaví. Naruto přijde na způsob, jak sbírat energii za běhu.

Lee, Neji, Tenten a Gai se vrací z mise. Kiba s matkou bojují s jedním z Peinů, klan Aburame včetně Shina stojí proti Konan. Peinovi se podaří chytit Shizune a dozví se, že Naruto je na hoře Myouboku. Peinové se stáhnou a Nagato použije smrtící vlnu, Konoha je v troskách. Nešťasná Sakura volá Naruta a ten přichází zpět, aby zbavil vesnici nepřítele.

Vesnice je zničená. Tsunade se pořádně naštve a chce Peina, který je za tu spoušť kolem zodpovědný, zničit. Díky Katsuyu se nikou nestalo nic vážného. Hokage je odnesena do bezpečí a Naruto se chystá ozkoušet své nové techniky na Peinovi.

Naruto successfully begins taking out Pain's bodies one after another, but when his Sage Mode reaches its limit, Pain attempts to take control of the battle. Is the moment of Pain's victory at hand, or does Naruto have a plan?

Pain's God Realm finally enters the battle. As Naruto's toad allies fall one by one, the situation begins to look grim. Can Naruto defeat Pain?

As Pain tells Naruto about why he does what he does, Hinata appears on the scene and confesses her feelings to Naruto. In order to save him, she attacks Pain... Things are about to get messy and Naruto is about to go over the edge!

Naruto's rage pushes him to unleash six of the Kyubi's tails against Pain. In order to combat this menace, Pain is forced to rely upon his most powerful technique to stop Naruto. Will Pain succeed in defeating Naruto, or will the most unexpected of allies appear to calm Naruto down?

The Fourth Hokage appears in Naruto's mind and prevents him from foolishly setting the Kyubi free. Will this confrontation between father and son give Naruto the confidence he needs to stop Pain once and for all?

Naruto confronts Nagato and tells him that he'll give him the answer to the question Pain asked him earlier after he hears about what made Nagato turn to his evil ways. What is Naruto's answer, and what conclusion will Nagato reach?

Naruto piluje své Kuchyiose, ale zatím to nevypadá, že by ho brzy zvládnul. Jirayova slova o odkazu Čtvrtého Hokageho, Narutova vzoru, a závěrečném kole Chuuninské zkoušky Naruta motivují, a tak začíná pátrat po někom, kdo by mu dokázal říci, co to vlastně je. Vysvětlení od mistra Gaie zaslechne i Chouji, který doufá, že by to mohlo pomoci Shikamarovi. A tak začíná soupeření mezi týmy 7 a 10.

Oba týmy musí řešit hádanky, díky kterým se posunou blíže k cíli, nebo jejich cesta nadobro skončí. Jako kdyby už tak neměli dost starostí, objevují se ninjové z Deštné, kteří nepostoupili v Chuuninské zkoušce dál a touží se alespoň trochu pomstít. Co všechno naše hrdiny čeká a co je ve skutečnosti odkazem Čtvrtého?

Naruto zjišťuje, že Nagatovy rodiče omylem zabili ninjové z Listové. Po jejich smrti hodně cestoval a potkal Konan a Yahika, kteří se stali jeho přáteli. Společně se rozhodli najít Sannniny z Listové, aby se stali jejich učni a zesílili.

Nagato, Konan a Yahiko našli Sanniny a mezi nimi i Jiraiyu, který se o ně začal starat. Yahiko málem zemře a Jiraiya při tom objeví Nagatův Rinnegan. Začíná je učit ninjutsu a po nějaké době je opustí. Yahiko a ostaní založí Akatsuki, aby si vydobyli mír bez použití síly. Organizaci objeví Hanzo, toužící po moci, a zláká je falešným slibem. Unese Konan a donutí Yahika spáchat sebevraždu. Nagato se poté rozhodne vést Akatsuki místo svého přítele.

Naruto svému protivníkovi porozumí, ale stejně mu nemůže odpustit. Řekne mu ale, že Jiraiya věřil v to, že právě on najde mír, a proto ho nezabije. Začíná Nagata přesvědčovat slovy z první Jiraiyovi knihy, jejíž hlavní hrdina je někdo jménem Naruto. Nagato nakonec uvěří a použije na Listovou techniku znovuzrození.

Všichni ve vesnici, co zemřeli při Nagatově útoku, ožívají a už tuší, že se to stalo díky Narutovi. Stává se hrdinou vesnice, ale Nagato po použití techniky umírá. Konan odchází od Akatsuki a bere s sebou těla Nagata a Yahika, poslední sféry Peina, aby se nikdo nedostal k Rinneganu. Naruto se vrací do vesnice a zažívá velké překvapení, když ho všichni vítají jako největšího hrdinu Konohy.