할아버지가 돌아가시고 톤베이라는 하인과 자신의 목숨을 구해준 방랑자 우타카타와 사는 소녀 호타루, 그들의 요새에 금지된 술법을 노리고 도적단이 몰려온다. 호타루의 할아버지 츠치구모 일족의 엔노교자는 마을 하나를 날려버릴만큼 무서운 술법을 갖고 있었고 3대 호카게와 밀약을 맺어 그 술법을 금지된 술법으로 하고 어려운 일이 닥치면 도와주기로 했다. 호타루가 위험하다는 말에 나루토 야마토 사이 사쿠라는 요새로 향한다. 위험을 느낀 톤베이는 호타루와 우타카타를 츠치구모 일족의 숨은 산골마을로 도망보내고 남아서 도적단과 싸우다 쓰러지고 나루토 일행이 이를 발견한다. 치료를 위해 사쿠라는 남고 나루토 일행은 다시 호타루를 찾아 떠난다. 호타루는 우타카타에게 스승이 되어달라며 수행을 도와달라 말하지만 우타카타는 스승이라는 말에 거부반응을 보이며 단호히 거절하고 쫓아온 나루토 일행과 만나자 떠나버린다.

호타루에게 나뭇잎의 호위가 붙었다는 사실을 알게 된 도적단과 두목은 호타루가 마을에 도착해 호위가 돌아간 후를 노리기로 한다. 한편 호타루는 호위는 필요없다며 돌아가라고 말하고 야마토가 기지를 발휘해 나루토가 함께 동행할 허락을 맡는다. 그리고 호타루는 우타카타의 이야기를 한다. 위험에 처한 호타루를 구하고 쓰러진 우타카타를 요새로 데려온 호타루는 우타카타에게 제자로 삼아달라고 매달리고 우타카타는 호타루를 떼어낼 심산으로 이것저것 시키지만 호타루는 열심히 따라하며 실력을 쌓아갔던 것. 한편 혼자 떠난 우타카타는 호타루를 쫓는 도적단 4인과 싸우지만 네 사람의 합체인술에 당한다. 마침내 마을에 도착한 호타루와 나루토 일행, 하지만 마을에서는 아무도 보이지 않는다. 나루토가 불이 났다고 거짓말을 해서야 겨우 나온 마을 사람들은 호타루를 보는 시선이 너무나 차갑고 호타루를 두고 돌아서면서도 마음에 걸렸던 나루토는 혼자 마을로 돌아간다.

마을의 책임자는 호타루를 데려가지만 그 곳에는 이미 아카보시 도적단 일행이 기다리고 있었다. 호타루 때문에 피해를 입을까 두려워해서 호타루를 넘겼던 것. 호타루는 속임수를 써서 숲으로 달아나지만 도적단과 마주치고 필사적으로 저항하지만 잡히고 만다. 그 때 죽은 줄 알았던 우타카타가 나타나 호타루를 구해서 달아난다. 한편 나루토와 뒤따라온 야마토와 사이는 호타루가 위험하다는 사실을 알고 급하게 호타루를 찾아나서고 야마토는 츠치구모 일족이 보호할 힘이 없다면 밀약의 뜻에 따라 자신들이 호타루를 지켜야한다고 말한다. 구하려던 게 아니라며 끝까지 호타루에게 진심을 보이지 않는 우타카타, 하지만 호타루는 금지된 술법으로 첫 스승이었던 할아버지의 뜻을 이어 일족을 부흥시킬 거라며 자신의 몸에 있는 무언가를 우타카타에게 보여준다. 놀라는 우타카타 앞에 안개마을의 탈주닌자인 우타카타를 뒤쫓던 추적닌자들이 나타나 호타루를 인질로 잡아 우타카타를 구속하려 하지만 나루토가 나타나 두 사람을 구한다.

야마토는 호타루를 잡은 자들의 가면을 보고 뭔가를 눈치챈다. 하지만 호타루를 붙잡은 암부들은 호타루를 놓아주려 하지 않고 암부들의 절우술 때문에 공격도 원만하게 이뤄지지 않는다. 사실 이 암부들은 안개마을의 암부로 수배중인 탈주닌자 우타카타를 잡으러 온 것. 서로 팽팽하게 대치하는 가운데 안개마을 암부대장 츠루기가 나타나고 야마토는 호타루가 안전해질 때까지 우타카타와 동행하고 그 후에는 손을 떼기로 약속한다. 츠루기는 우타카타에게 마을로 돌아가자고 하지만 스승이 자신을 죽이려 하다 죽었다고 믿고 있으며 그 탓에 스승을 죽였다는 누명을 쓴 우타카타는 이를 거절한다. 요새로 향하는 나루토 일행, 하지만 싸움 도중에 다친 호타루는 쓰러지고 이 일로 호타루의 등을 본 나루토는 츠치구모일족의 금지된 술법이 호타루의 몸에 새겨져있는 것을 알고 경악한다.

요새로 돌아온 나루토 일행, 나루토는 톤베이에게 왜 말리지 않았냐고 비난하고 호타루는 자신이 원한 일이라고 말한다. 대전에서 금지된 술법으로 큰 활약을 했던 츠치구모 일족, 하지만 그 때문에 많은 이들이 죽음을 잃고 대전이 끝난 후 호타루의 할아버지 엔노교자와 마을 사람들로 갈라지게 된다. 그리고 호타루는 스승이기도 한 할아버지의 뜻을 이어받기 위해 스스로 술법을 자기 몸에 심은 것. 톤베이는 금지된 술법은 몸에서 나오면 힘을 잃는다며 빼내는 방법이 있다고 얘기하지만 호타루는 맹렬히 반대한다. 호타루는 할아버지의 제자의 아들인 시라나미가 있다면 술법을 쓸 수 있을 거라며 아쉬워하고 이에 나루토는 자기가 찾아주겠다고 나선다. 열심히 찾아다닌 나루토 앞에 시라나미를 아는 노인이 나타나 나루토는 시라나미를 찾아간다. 한편 우타카타는 제자를 해치려는 스승이 어딨냐는 톤베이의 말에 츠루기가 한 말을 떠올리며 다시 찾아나서고 이를 보고 우타카타에게 가려던 츠루기와 암부들은 갑자기 나타난 소환수에게 목숨을 잃는다.

나루토가 시라나미를 찾았다고 생각한 순간 매복하고 있던 아카보시일행이 나루토를 공격한다. 한편 우타카타를 찾아나선 호타루 앞에 노인으로 변장한 시라나미가 나타나 금지된 술법을 없애는 것에 반대하며 아버지가 죽고 마을을 떠나며 반드시 마을로 돌아오겠다 맹세했다며 일족의 부흥을 위해 함께 힘쓰자며 호타루를 유혹한다. 결국 호타루는 이를 허락하고 비둘기에게 우타카타에 편지를 보내지만 시라나미는 본색을 드러내고 호타루를 쓰러트린다. 우연히 시라나미가 보낸 새에 쫓기는 비둘기를 본 우타카타는 호타루의 편지를 읽고 섭섭해한다. 그리고 차크라를 빼앗는 결계에서도 저항하는 나루토와 아카보시 일행의 이야기를 듣고 상황을 파악한 우타카타는 나루토를 구해서 발자국을 따라 츠치구모 일족의 마을로 향한다. 한편 호타루는 츠치구모 일족의 마을에 도착하여 시라나미가 금지된 술법을 위해 자기 아버지까지 죽이고 자신을 노린다는 사실에 경악한다. 마을로 들어간 나루토는 함정에 빠져 술법에 걸려 조종을 당하는 마을 사람들과 아카보시일행의 공격을 받고 뒤늦게 나타난 야마토 일행에게 뒷일을 맡기고 우타카타와 호타루를 찾아간다.

시라나미는 호타루의 몸에 숨겨진 금지된 술법을 발동시키기 위해서 자연에너지를 끌어모은다. 우타카타는 흘러가는 차크라의 흐름을 느끼고 그 곳에 호타루가 있을 거라며 급히 발길을 옮겨 호타루를 찾아낸다. 금지된 술법을 발동시켜 세계를 차지하겠다는 시라나미는 자신을 비난하는 두 사람에게 우타카타도 자신과 마찬가지 아니냐며 비웃는다. 그리고 호타루는 자신의 도구로서 살아가게 될 것이라고 말한다. 글자속박술에 걸린 나루토와 우타카타는 시라나미를 막지 못 하고 야마토 일행도 마을 사람들을 방패막이로 내세운 아카보시 일당을 상대하느라 애를 먹는다. 엄청난 차크라를 발산하여 벗어난 나루토와 우타카타, 하지만 글자속박술에 걸린 호타루는 시라나미에게서 벗어나지 못 하고 나루토와 우타카타를 공격한다.