Quay cuồng trong đau đớn, Orochimaru chuẩn bị chuyển sang một cơ thể vật chủ mới. Trong khi đó, Sasuke cảm thấy đã đến lúc phải đối chất với thầy mình.

Orochimaru biến thành bạch xà rồi tấn công Sasuke. Khi Kabuto trở lại, đón chào anh là một cảnh tượng đáng kinh ngạc.

Sasuke giải thoát Suigetsu khỏi bể nước và đề nghị hợp sức. Tuy nhiên, Suigetsu có một điều kiện.

Khi đến nơi ẩn náu phía nam để chiêu mộ Karin, Sasuke và Suigetsu phát hiện ra cô có một sức mạnh bí ẩn đối với các tù nhân.

Nhóm của Sasuke chuẩn bị cho cuộc gặp với Jugo – một ninja có xu hướng giết người bộc phát đang sở hữu enzyme cần thiết để tạo ra ấn chú của Orochimaru.

Không chịu rời nơi ẩn náu, Jugo chiến đấu với Sasuke và Suigetsu. Nhưng rồi một ảo ảnh quen thuộc khiến anh ta dừng tay để cân nhắc.

Nhiều năm trước, trong Đại chiến thế giới ninja lần thứ ba, căng thẳng dâng cao giữa chàng trai Kakashi và đồng đội Obito trong một nhiệm vụ vào lãnh thổ của kẻ thù.

Ngó lơ mệnh lệnh của Kakashi, Obito lên đường giải cứu Rin nhưng nhanh chóng rơi vào nguy hiểm.

Khi tin tức về cái chết của Orochimaru được lan truyền, thủ lĩnh của tổ chức Akatsuki cảnh báo Itachi rằng Sasuke có thể sẽ truy lùng anh ta.

Trong khi dùng chó săn của Kakashi để theo dấu Itachi, Naruto và bạn bè tình cờ gặp một nhân vật không ngờ tới. Cùng lúc đó, Sasuke cũng sắp nhận được bất ngờ riêng.

Mắc kẹt trong trận chiến khốc liệt, Sasuke và Deidara đẩy nhau đến giới hạn và dùng đến những biện pháp ngày một khắc nghiệt hơn.

Trong tuyệt vọng, Deidara tung ra đòn tấn công mạnh nhất bằng loại vũ khí đặc biệt mà anh ta tạo ra nhằm kết liễu Itachi.

Sau khi chứng kiến vụ nổ lớn, các đồng đội của Sasuke gấp rút tìm cậu. Trong khi đó, Naruto và bạn bè bám theo mùi của Sasuke.

Cảm nhận được sự hiện diện của đám chó săn ninja, Karin nảy ra kế hoạch cầm chân ninja làng Lá để Sasuke có thể tập trung vào trận chiến sắp diễn ra.

Trong triều đại của Hokage Đệ Nhị, chàng trai Jiraiya vô tình dịch chuyển đến núi Myoboku rồi khám phá ra số phận của mình.

Sau khi chiến thắng cuộc chiến, Jiraiya vô tình gặp ba đứa trẻ đang đói lả rồi đồng ý giúp đỡ chúng. Nhưng sau đó, ông biết được một điều đáng kinh ngạc.

Ẩn mình trong một con cóc, Jiraiya lạc bước vào làng Mưa và phát hiện ra một thủ lĩnh mới hùng mạnh đã tiếp quản nơi này.

Jiraiya biến hình thành một trong những ninja cấp thấp mà ông bắt được, nhưng rồi bị phục kích và sớm đối mặt với hai nhân vật trong quá khứ của mình.

Triệu hồi cóc khổng lồ Gamaken, Jiraiya chiến đấu với Pain và một loạt quái thú trong khi cố gắng bước vào Hiền nhân cảnh giới.

Giờ đây, khi đối mặt với ba Pain, Jiraiya nản lòng cố kéo dài thời gian khi hai hiền nhân vĩ đại, Fukasaku và Shima, vạch ra kế hoạch tấn công.

Bị thương và khó thắng nổi, Jiraiya nhận ra một lời tiên tri đang diễn ra và liều mạng để khám phá bí mật đằng sau sức mạnh của Pain.

Sau khi bám theo dấu vết của Itachi, cuối cùng Sasuke cũng đối mặt với anh mình. Nhưng có điều gì đó không ổn.

Khi trận chiến định mệnh giữa hai anh em bắt đầu, Sasuke buộc Itachi phải trả lời câu hỏi bấy lâu nay của mình.

Khi Itachi hé lộ bí mật đằng sau Mangekyo Sharingan hùng mạnh, cuộc chiến giữa hai anh em đạt đến một bước ngoặt.

Khi Sasuke đầy phẫn nộ phản đòn người anh đang bị thương của mình, Itachi chuẩn bị tung ra đòn tấn công rực lửa.

Ở cao trào của trận chiến, Sasuke và Itachi đều sắp cạn chakra. Thế nhưng, mỗi người đều đang chuẩn bị cho một điều ngạc nhiên cuối cùng.

Khi Naruto và bạn bè cố gắng chống lại sức mạnh kỳ lạ của Tobi, Zetsu đến để thông báo rằng trận chiến giữa Sasuke và Itachi đã kết thúc.

Tại nơi ẩn náu của tổ chức Akatsuki, Madara cho Sasuke biết một tin động trời về anh trai mình và bắt đầu hé lộ quá khứ phức tạp giữa hai gia tộc.

Khi Madara hé lộ bí mật đằng sau vụ thảm sát gia tộc Uchiha, cuối cùng Sasuke đã nhận ra ý định thực sự của anh trai mình.

Đội của Naruto rút lui sau khi không tìm thấy dấu vết của Sasuke. Trong khi đó, Sasuke đang ráo riết chuẩn bị để tấn công một mục tiêu mới.

Trong nhiệm vụ săn lùng những vĩ thú có đuôi còn lại, Sasuke đối đầu với Killer Bee nhưng lại vướng vào rắc rối.