전생의식을 목전에 둔 오로치마루는 사스케를 자신이 차지하기 위해서 꾸민 일들에 대해서 뒤돌아본다. 그리고 완벽하게 준비를 마치고 사스케의 몸을 차지할 생각에 흥분한다. 한편 츠나데는 삼미를 감시하던 암부들의 연락이 끊겼다는 이야기에 부대를 보내고 감시하던 암부들이 모두 사라졌다는 이야기에 아카츠키의 소행이 아닐까 의심한다. 카부토가 오로치마루의 약을 가지러 자시를 비운 사이에 사스케는 오로치마루를 공격하며 당신은 자신보다 약하니 몸을 내어줄 필요가 없다고 한다. 이에 오로치마루는 뱀의 모습으로 변하여 사스케를 공격한다.

어린 시절 부모를 잃은 소년 오로치마루는 부모의 묘에서 백사의 허물을 발견하고 호카게에게서 백사는 재생과 행운의 상징이라는 말을 듣게 된다. 그리고 많은 사람들의 죽음을 지켜보면서 죽음에 대해서 생각하며 오래 살 수 있는 방법을 모색하다 육체활성술을 연구하게 된다. 그러다 금지된 술법에 손을 대고 불로불사의 술법을 연구하다 3대 호카게에게 들켜 마을을 떠나게 된다. 마을을 떠나 아카츠키로 활동하던 중에 이타치를 만나 이타치의 동력에 매료되어 이타치의 몸을 빼앗으려 하지만 우치하의 사륜안 때문에 실패한다. 약을 가져오던 카부토는 거대 백사의 허물을 보고 놀라고 이타치는 카부토에게 전생의식을 보여준다. 오로치마루가 전생의식을 하려 사스케를 자신이 만든 이공간으로 불러들이지만 사스케는 오히려 그 이공간을 파괴하고 오로치마루를 흡수해버린다.

드디어 남아지트에 도착한 스이게츠와 사스케, 하지만 뜻밖에도 허술한 경비와 조용한 분위기다. 두 사람 앞에 나타난 카린, 사스케는 오로치마루를 죽였다는 이야기를 하고 자신과 함께 가자고 하지만 카린은 완강히 거부한다. 사스케의 말에 따라 스이게츠가 갇혀있던 수감자들을 풀어주러 간 사이 카린은 완전히 태도를 바꿔서 사스케를 유혹하며 스이게츠를 떼어놓고 둘이만 함께 가자고 말한다. 차크라를 감지하는 능력을 가진 카린은 예전에 사스케와 탈출한 실험체들을 잡는 작전에 나섰다가 사스케의 차크라에 반하고 말았던 것. 카린은 결국 툴툴거리면서도 사스케를 따라나선다.

드디어 남아지트에 도착한 스이게츠와 사스케, 하지만 뜻밖에도 허술한 경비와 조용한 분위기다. 두 사람 앞에 나타난 카린, 사스케는 오로치마루를 죽였다는 이야기를 하고 자신과 함께 가자고 하지만 카린은 완강히 거부한다. 사스케의 말에 따라 스이게츠가 갇혀있던 수감자들을 풀어주러 간 사이 카린은 완전히 태도를 바꿔서 사스케를 유혹하며 스이게츠를 떼어놓고 둘이만 함께 가자고 말한다. 차크라를 감지하는 능력을 가진 카린은 예전에 사스케와 탈출한 실험체들을 잡는 작전에 나섰다가 사스케의 차크라에 반하고 말았던 것. 카린은 결국 툴툴거리면서도 사스케를 따라나선다.

카린까지 합류하여 쥬고를 데리러 북아지트로 향하는 세 사람, 카린은 북아지트는 끔찍한 실험체들이 모여있는 곳이라며 위험성을 경고한다. 그리고 쥬고는 주인의 오리지널로 자신이 가진 충동을 평소에 억누르고 있지만 이성을 잃으면 얼굴도 성격도 끔찍한 살인마로 변하게 된다는 것도 알려준다. 북아지트에 도착한 세 사람, 하지만 북아지트는 폭동이 일어나서 정신없는 상태다. 카린은 스이게츠를 따돌리려 엉뚱한 곳을 알려주고 사스케와 둘이서 쥬고가 있는 곳으로 향한다. 쥬고는 문이 열리자마자 사스케를 죽이려고 들고 사스케는 주인으로 막으며 싸울 생각은 없다며 할 얘기가 있다고 한다. 한편 나루토와 사쿠라는 츠나데에게 불려가서 츠나데와 지라이야에게 사스케가 오로치마루를 죽였다는 소식을 듣고 기뻐하지만 사스케가 마을에 돌아오지 않을 거라는 말에 충격을 받는다.

사스케는 쥬고에게 내보내주겠다고 하지만 쥬고는 그 녀석이 없이는 나갈 수 없다고 한다. 얌전한 평소와 달리 폭주하면 사람을 닥치는대로 죽이는 쥬고는 일부러 사람을 멀리하고 살았지만 키미마로를 만나고 자신이 막아주겠다는 말에 키미마로를 따라나선 후 서로를 의지하며 친하게 지냈던 것. 쥬고는 사스케와 밖으로 나가서 싸움을 벌이고 카린은 왜 쥬고가 제 발로 오로치마루에게 갔냐는 스이게츠의 말에 억누를 수 없는 살인충동 때문에 갱생하러 들어갔을 거라고 말한다.

제 3차 닌자대전 당시 호카게는 적의 지원이 이루어지고 있는 칸나비 다리를 파괴하는 것이 관건이라고 생각하여 4대 호카게 미나토와 어린 시절의 카카시 그리고 우치하 일족의 오비토와 의료닌자 린의 4인 소대를 보내기로 한다. 임무를 명령받고 나가는 날 카카시는 뛰어난 실력을 바탕으로 상급닌자가 되고 린에게는 의료팩 미나토에게는 특제 표창을 선물받지만 딱딱하게 규칙만 내세우는 카카시가 못마땅한 오비토는 애써 모른척한다. 미나토는 상급닌자가 된 카카시는 새로운 팀으로 함께 움직이고 자신은 따로 활동하게 된다고 말한다. 국경지역으로 가는 중 카카시는 치도리를 선보이지만 미완성으로 허점이 보인다며 미나토는 술법을 금지시킨다. 미나토와 헤어진 세 명을 발견한 적이 정보를 캐내기 위해 린을 데려가고 카카시는 규칙을 내세우며 구하러 가자는 오비토의 말을 거절한다. 규칙을 어기고 임무를 포기하고 동료를 구했다가 모함을 받고 죽은 아버지 때문에 상처를 입은 카카시는 규칙을 어길 수가 없었던 것. 하지만 오비토는 규칙을 지키지 않는 닌자는 쓰레기지만 동료를 모른척하는 것은 그보다 더한 쓰레기라며 혼자 린을 찾아나선다.

혼자 전선으로 온 미나토는 금빛 섬광이라는 이름에 걸맞는 눈부신 실력으로 적을 제압한다. 오비토는 린을 찾아나서지만 적에게 들켜 위기에 처하고 뒤늦게 찾아온 카카시 덕에 목숨을 구하지만 대신 카카시는 왼쪽 눈을 잃는다. 하지만 의지를 불태우던 오비토는 마침내 사륜안을 개안하고 그 덕에 보이지 않는 적을 해치우는데 성공하고 린이 잡혀있는 동굴로 간다. 하지만 만만치 않는 상태 캇코는 동굴을 무너뜨리고 오비토는 동료를 구하려다 바위에 깔리고 만다. 안타까워하는 카카시에게 오비토는 자신의 사륜안을 주겠다고 하고 린을 부탁하고 린은 오비토의 왼쪽 눈을 카카시에게 이식한다. 사륜안을 갖게 된 카카시는 수많은 바위닌자들에게 둘러싸여 위기의 순간에 처하자 린을 보내고 목숨을 걸고 싸운다. 위기의 순간에 달려온 미나토 덕에 목숨을 구한 카카시와 린, 그 후 카카시는 사륜안의 카카시로 널리 이름을 떨치는 영웅이 된다.

이타치와 키사메는 페인으로부터 오로치마루의 죽음과 그것이 사스케의 짓이며 사스케가 동료들을 모아 이동중이라는 얘기를 듣는다. 한편 사스케는 스이게츠 등과 함께 우치하 일족이 이용하던 무기상에게 가서 무기를 조달한다. 지라이야는 오랜만에 만난 나루토와 라면을 먹으며 회포를 풀고 카카시등은 사스케를 데려오기 위해 이타치를 찾아야한다며 기존의 7조에 시노 히나타 야마토 키바를 더한 팀을 짜서 사스케를 데려오기 위해 이타치를 찾아 비를 맞으며 마을을 나선다. 한편 데이다라는 사스케와 구미를 자신의 손으로 잡겠다며 토비를 데리고 길을 나선다.

사스케와 이타치를 찾아나선 나루토 일행, 카카시는 냄새를 추적할 닌자견을 붙여주고 사스케와 이타치를 찾기 위한 작전을 지시한다. 한편 사스케 일행도 뿔뿔이 흩어져서 이타치를 찾기 위해 나선다. 스이게츠는 카쿠즈의 장부담당을 찾아내서 정보를 캐내고 쥬고는 동물들에게 정보를 부탁한다. 사스케와 떨어지지 않으려던 카린을 마을을 둘러보고 그러던 중 사쿠라가 함께 있던 닌자견이 사스케의 냄새를 맡지만 결국 놓치고 만다. 한편 나루토와 야마토 앞에는 카부토가 나타난다. 오로치마루가 죽은 뒤 정체성의 혼란에 빠져있다 나루토처럼 극복해보겠다며 오로치마루의 시체 일부를 몸에 심은 카부토는 자신을 일깨워줘서 고맙다며 나루토에게 아카츠키에 대한 수집한 정보를 주고 간다. 한편 나루토와 사스케를 노리던 데이다라는 사스케를를 발견하고 토비를 데리고 신나게 날아가서 사스케와 마주한다.

드디어 마주한 데이다라, 사스케는 이타치의 소재를 물으며 얘기하면 살려서 보내주겠다고 한다. 사스케의 사륜안을 본 데이다라는 먼저 C1원으로 공격을 하지만 사스케는 빠른 속도로 피하고 움직이는 폭발물의 공격도 바꿔치기술로 피한다. 이에 데이다라는 C2를 사용한 공격을 시작한다. C2드래곤을 타고 공중에서 공격하며 토비에게 땅속에 지뢰설치를 맡기는 것. 사스케의 공격거리까지 파악하고 공격권을 피해 날며 공격하는 데이다라, 사스케는 주인을 발동하고 한쪽 날개까지 방어에 쓰며 고전하고 데이다라는 승리를 확신한다. 하지만 사스케는 칼을 땅에 꽂아서 발판으로 이용하여 날아올라 데이다라를 공격한다. 위기의 순간에서 가까스로 목숨을 건진 데이다라는 이타치를 처음 만났을 당시를 떠올린다. 아카츠키에 들어갈 마음에 없었던 데이다라는 이타치의 환술에 걸려 패배하고 말았던 것, 분노한 데이다라는 이타치를 처리하기 위한 비장의 카드였던 C4카루라를 쓰기로 한다.

사스케를 해치우기 위해 C4카루라를 쓰는 데이다라, 거대한 데이다라 모양의 폭발물이 움직이기 시작하고 불발되는가 싶더니 사스케의 몸은 스스르 사라지고 만다. 데이다라는 승리를 확신하지만 사스케가 나타나 가슴을 찌른다. 공기중에 눈에 보이지 않는 초소형폭탄을 살포해 이를 들이마신 생물체를 몸속에서부터 파괴하는 카루라, 하지만 사륜안을 가진 사스케의 눈에는 폭탄이 보였고 일부러 죽은 척했던 것. 하지만 사스케가 찌른 데이다라의 몸은 가짜로 데이다라는 사스케의 몸을 C4로 감싸고 뛰어내리고 폭탄은 큰 폭발을 일으킨다. 하지만 토둔을 쓰는 데이다라의 술법이 자신의 뇌둔앞에 무력해진다는 것을 알고 있었던 사스케는 치도리를 자신의 몸에 써서 폭탄을 없앤다. 엉망이 된 몸으로 마주한 두 사람, 사스케는 데이다라가 부르짖는 예술은 안중에도 없다며 이타치의 행방을 묻고 자신과 자신의 예술을 인정하지 않는 사스케 이타치 형제에 분노한 데이다라는 자신의 몸을 폭탄으로 만들어 자폭한다.

스이게츠는 두루마리로 만다를 소환하고 만다에게 환술을 걸어 시공간인술로 빠져나온 사스케를 만난다. 만다는 카루라 때문에 죽고 사스케도 쓰러진다. 아카츠키에 데이다라의 자폭사실과 사스케 토비가 죽었다는 얘기가 전해지지만 이타치는 사스케가 죽지 않았다고 한다. 한편 폭발현장에 온 나루토 일행은 사스케와 데이다라의 싸움이 있었다는 것과 데이다라가 죽고 사스케가 시공간인술로 몸을 피한 사실을 알게 된다. 그리고 키바가 후각을 이용해 사스케의 냄새를 찾아서 달려간다. 한편 페인과 코난 앞에 나타난 의문의 사나이는 사스케의 눈이 이타치 이상이 될 거라며 목적을 달성할 얼마 남지 않았다고 선언한다. 그는 토비로 위장하고 있던 우치하 마다라였다.

지라이야는 아카츠키의 리더가 있는 곳을 알았다며 츠나데와 한잔 하자며 함께 밖으로 나간다. 한편 카린은 나루토 일행의 차크라를 느끼고 다시 급히 길을 나선다. 카린은 개를 이용해서 추적중이라는 것을 눈치채고 새들에게 사스케의 냄새가 묻은 옷을 나눠준다. 키바가 냄새가 흩어진다고 하자 카카시는 사스케 곁에 탐지능력이 있는 자가 수를 쓴 것이라는 것을 알고 냄새를 계속 뒤쫓는다. 흩어져서 냄새를 뒤쫓던 나루토는 이타치와 마주치고 이타치는 얘기를 하러 온 것뿐이라며 나루토에게 왜 사스케에게 집착하냐고 묻고 나루토는 너보다 자신이 더 사스케를 형제로 생각한다고 대답한다. 지라이야는 비마을에 아카츠키의 리더가 있다며 폐쇄적이고 내란으로 양분된 마을의 한쪽 리더가 아카츠키의 리더인 것 같다며 혼자 들어가서 조사해보겠다고 말한다. 너무 위험한 일이라 걱정하면서도 츠나데는 차마 말리지 못 하고 두 사람은 나루토의 아버지 4대 호카게와 어머니에 대해서 얘기하며 옛생각에 잠긴다

지라이야 오로치마루 츠나데의 어린 시절, 지라이야는 실력도 늘지 않고 번번히 혼만 나고 3대 호카게는 지라이야에게 소환술을 보여주고 지라이야는 자신도 소환수를 갖기 위해 수행에 열을 올리고 묘목산으로 들어가게 된다. 그곳에서 가마분타와 만나고 자신을 기다리던 후카사쿠와 만나게 된다. 예언을 내리는 왕두꺼비선인의 말에 따라 지라이야는 수행을 하며 에언을 기다리고 마침내 청년이 되어 왕두꺼비선인의 예언을 듣는다. 왕두꺼비선인은 지라이야에게 제자를 두게 될 것이라며 그 제자는 닌자세상의 변혁을 이끌 아이로 그 변혁은 안정 파괴 둘 중 하나로 지라이야는 그 변혁자를 이끌 사람으로 큰 선택을 할 때가 올 것이라고 말한다. 지라이야는 왕두꺼비선인의 에언대로 세상을 돌아다니며 세상을 돌아다니며 책을 쓰며 여러 사람들을 만나게 된다. 그러던 중 3차닌자대전이 시작되고 츠나데 오로치마루와 함께 전장을 누비며 전설의 세닌자로 불리게 된다.

여행에서 돌아와 닌자 3차대전에 참전한 지라이야는 츠나데 오로치마루와 함께 나뭇잎마을 전설의 세 닌자로 불리며 혁혁한 공을 세운다. 그러던 중 비마을에서 야히코 코난 나가토 전쟁고아 세명을 만나고 지라이야는 그들이 자립할 때까지 함께 생활하게 된다. 나가토에게서 신화 속 이야기로만 생각했던 윤회안을 보고 그가 예언속의 변혁자라 생각한 지라이야는 3년간 아이들에게 인술을 가르치고 떠난다. 다시 전쟁에 참가한 지라이야는 아이들의 죽었다는 소식을 듣고 슬퍼하고 4대 호카게 미나토의 공으로 마침내 긴 전쟁은 막을 내린다. 그리고 아이를 가진 미나토는 지라이야의 처녀작 ‘근성닌자전’에 나오는 주인공의 이름 ‘나루토’를 따서 자신의 아이 이름으로 삼겠다고 한다.

비닌자마을에 잠입한 지라이야는 마을 여기저기를 돌아다니며 정보를 캔다. 비마을 사람들은 모두 페인을 존경하며 예전 비마을 우두머리였던 한조의 얘기라면 질색을 한다. 비를 맞으면 누가 어디서 무엇을 하는지 금방 알아차린다는 말에 지라이야는 개구리로 작은 술집을 만들고 말단 닌자 두 사람을 술집으로 유인한다. 술집으로 유인한 두 닌자를 잡은 지라이야는 정보를 캐내기 위해 간지럼으로 고문하고 개구리로 변한 동료를 본 비닌자는 페인에 대한 정보를 털어놓는다. 페인은 얼굴도 알려지지 않았으며 존재 자체도 확실하지 않은 존재로 혼자 몸으로 한조를 해치운 실력자라고 한다. 한편 침입자의 존재를 눈치챈 페인은 코난에게 침입자를 찾아줄 것을 부탁하고 침입자를 찾아 나선다

지라이야는 나루토의 팔괘봉인에 맞는 열쇠를 갖고 있는 케로토라를 불러내서 도장을 찍고 자기에게 무슨 일이 생기면 나루토의 몸에 들어가라고 말하고 미나토가 나루토의 몸에 구미의 음의 차크라를 봉인한 것은 무슨 이유가 있을 거라며 구미의 출현은 천재지변이 아니라 누군가 소환해낸 것이라며 초대 호카게와의 싸움에서 죽었다고 알려진 우치하 일족의 창시자 우치하 마다라를 거론한다. 그리고 페인을 직접 만나기 위해 비닌자의 모습을 하고 나가지만 이를 지켜본 코난은 페인에게 침입자의 정체가 지라이야란 것을 알리고 지라이야와 싸움을 벌인다. 뒤이어 쫓아온 페인, 지라이야는 페인이 나가토란 사실을 눈치채고 페인은 자신은 인간에서 신이 되었다며 봉인한 미수를 이용해서 엄청난 병기를 만들어서 전쟁을 끝낼 것이라며 자신은 세상을 성장시키기 위해 아픔을 가르쳐줄 거라며 궤변을 늘어놓는다.

선술을 쓰며 공격하는 지라이야, 하지만 세명의 상대는 보지도 않고 공격을 피하고 모든 술법을 흡수하는등 공격이 통하지 않는다. 후카사쿠는 세명이 눈을 함께 공유해서 공격을 피한다는 것을 눈치채고 지라이야는 일단 자리를 피한다. 그리고 세명이 영상을 공유하는 이상 따로 따로 공격해야한다고 결정하고 각자 다른 술법을 쓰는 셋의 시선을 뺏고 환술로 잡아서 모두 숨통을 끊어놓는다. 하지만 페인을 처치했다고 생각하고 빠져나가는 지라이야를 기습하는 페인, 그리고 조금 전에 죽였던 세 명의 페인까지 다시 살아나 여섯 명의 사람이 나타나 페인육도 등장이라며 페인은 자신들 6명을 모두 일컫는 말이라고 한다. 그리고 지라이야는 그들 중 한명을 보고 놀라는데...

지라이야는 페인 육도라는 여섯 명 중 야히코의 얼굴을 보고 놀란다. 이미 죽었다는 야히코가 윤회안을 하고 나타난 것. 지라이야는 다시 정체가 뭐냐고 묻지만 상대는 자신들은 페인으로 신이라고 대답할뿐. 결계로 한명을 끌여들여 해치운 지라이야는 그 자가 젊은 시절 여행중에 마주친 후마일족의 남자라는 것을 알고 깜짝 놀란다. 그리고 페인의 정체를 알 수 있는 기회는 지금뿐이고 선택을 해야할 때라며 후카사쿠와 시마의 만류에도 불구 다시 싸움에 나선다. 시마에게 시체를 나뭇잎에 전해줄 것들 부탁하고 밖으로 나간 지라이야는 페인 육도의 얼굴이 전부 만난 적이 있는 자라는 것을 확인하고 페인의 정체를 알아내지만 목이 다쳐 정체를 알리지도 못 하고 정신을 잃는다. 죽음의 순간, 자신의 삶을 돌아보며 슬퍼하던 지라이야는 미나토와 쿠시나 그리고 나루토를 떠올리고 나루토가 예언의 아이라고 확신하고 후카사쿠의 등에 암호로 메시지를 남기고 숨을 거둔다.

사스케는 마침내 이타치와 마주치고 이타치는 사스케에게 우치하의 이타치에 혼자서 찾아오란 말을 남긴다. 아지트로 향하던 사스케 일행은 나루토의 그림자분신과 마주치고 사스케를 찾은 나루토 일행은 사스케를 뒤쫓는다. 사스케 일행 앞에 나타난 키사메가 이타치의 명령이라며 사스케 혼자 가야한다고 말하자 사스케는 일행을 남겨두고 혼자서 이타치와의 약속장소로 향하고 스이게츠와 키사메는 대도로 요란한 싸움을 벌인다. 한편 나루토 일행 앞에 나타난 토비는 사스케를 쫓아가려는 나루토일행을 막아서고 포메이션 B로 돌파하려 하지만 실패하자 나루토는 마음이 급해진다.

이타치와 싸우기 위해 찾아가는 사스케, 그런 사스케는 어린 시절의 일들을 떠올린다. 뛰어난 실력에 늘 자신에게 다정했던 형, 하지만 이타치는 암부의 일을 하면서 우치하 일족과 갈등하게 된다. 그리고 자신의 그릇을 알아보기 위해서라며 우치하 일족을 몰살시킨 우치하는 사스케에게 만화경 사륜안과 일족에 대한 비밀을 알려주고 떠났었다. 가장 친한 친구를 죽이면 우치하 일족에서 만화경 사륜안을 쓰는 사람은 셋이 될 것이라고. 사스케는 이타치의 가슴에 칼을 꽂고 이타치 외에 만화경 사륜안을 쓰는 자가 누구냐고 밝히라고 말한다. 이타치는 나뭇잎마을 창시자 중 하나로 처음으로 만화경 사륜안을 개안한 우치하 마다라의 이름을 댄다.

이타치는 마다라가 살아있다고 말하며 우치하 마다라와 만화경 사륜안에 대해서 얘기를 시작한다. 만화경 사륜안은 구미를 제어할 수 있는 동력이지만 개안하면 결국 실명하게 되는 동력. 우치하 일족의 창설자의 마다라에게는 남동생이 있었다. 서로 경쟁하며 실력을 키우던 두 사람은 각자 소중한 친구를 죽이고 만화경 사륜안을 개안하여 우치하 일족을 이끌며 마다라는 일족의 리더가 된다. 하지만 실명을 하게 되자 절망한 마다라는 동생의 두 눈을 뺏게 되고 그 후 마다라의 눈은 결코 빛을 잃지 않으며 새로운 동력까지 가지게 된다. 그 힘을 바탕으로 센쥬일족의 리더인 초대 호카게와 함께 새로운 조직을 창설한 마다라는 마을 방침을 두고 초대 호카게에 대립하다 패배한 뒤 아카츠키를 조직하여 숨어 있었던 것. 이타치는 사스케의 눈을 빼앗아 마다라를 넘어서 우치하 일족의 정점에 이르겠다는 야망을 토해내며 만화경이 없는 사스케는 자신에게 이길 수 없노라 선언한다. 사스케는 용감히 싸우지만 이타치에게 잡히고 이타치는 사스케의 눈을 빼앗으려 한다.

츠쿠요미를 쓴 이타치는 만화경 사륜안을 가진 자신에게 사스케는 절대 이길 수 없다며 환술 속에서 사스케의 한쪽 눈을 빼앗고 다른 눈까지 빼앗으려 한다. 하지만 꼼짝도 못 할 거라고 예상했던 사스케는 다시 일어난다. 이타치의 츠쿠요미를 깨트린 것. 그리고 환상을 현실을 만들 거라는 사스케의 말에 이타치는 그 말을 되돌려주겠다고 말한다. 츠쿠요미가 깨어져 환술전을 포기하고 싸움을 벌이는 두 사람, 이타치가 사스케에게 밀리는듯하는 순간 이타치는 흑염 아마테라스로 공격한다. 눈에 보이는 모든 것을 불태워버리는 아마테라스, 결국 사스케도 쓰러지고 모든 것이 끝나고 이타치가 사스케의 눈을 빼앗으려 달아나는 순간 사스케가 사라진다. 오로치마루 식의 바꿔치기술을 써서 빠져나간 것. 이타치도 지치고 사스케는 차크라를 거의 다 써버린 상태, 하지만 자신만만하게 이타치를 죽이겠노라 선언한다.

죽는 모습을 재현해주겠다며 이타치를 공격하려는 사스케, 그리고 하늘에 구름이 몰려온다. 자신의 차크라가 아닌 대기중의 차크라를 이용하는 술법으로 일부러 화둔을 하늘로 쏘아올리고 이타치가 아마테라스를 쓰기를 기다려 대기를 급격히 따뜻하게 만들어 뇌운을 발생시켜 낙뢰를 이타치게 떨어트리는 것. 하지만 이타치는 스사노오를 발동시켜 이를 막아낸다. 그리고 차크라가 바닥난 사스케의 몸에서 억눌려 있던 오로치마루가 틈을 타서 튀어나오지만 이타치가 휘두른 봉인의 검 토츠카의 검에 찔려서 쓰러진다. 이타치는 사스케의 모든 공격을 야타의 거울로 막아내며 사스케에게 다가가지만 눈을 빼앗으려는 순간 짧은 한마디를 남기고 쓰러져서 숨을 거두고 만다.

나루토 일행은 토비를 공격하지만 토비는 계속 공격을 절묘하게 피하며 나루토 일행의 발을 묶는다. 완벽한 타이밍에도 공격을 피해내는 토비에 대해서 의문을 가지는 나루토 일행, 시노가 기괴충으로 공격하지만 토비는 흔적도 없이 사라졌다가 다시 나타난다. 마침내 나루토 일행은 토비 즉 마다라가 자신의 몸을 자유자재로 없앨 수 있는 능력을 가졌다는 것을 알게 된다. 그리고 토비 앞에 나타난 제츠가 사스케가 이타치를 죽였다는 사실을 알리고 둘은 사라진다. 나루토일행이 급하게 사스케와 이타치의 싸움장소로 찾아가지만 이미 제츠와 마다라가 둘을 옮긴 상태, 나루토는 다시 눈앞에서 사스케를 놓치고 안타까워한다. 큰 부상을 입고 아카츠키의 동쪽 아지트에서 눈을 뜬 사스케, 하지만 마다라의 사륜안을 보고 아마테라스가 발동되고 마다라는 자신의 정체를 밝히고 이타치가 사스케를 지키기 위해서 자신의 동력을 사스케에게 넣었다고 말한다.

마다라는 자신이 진실이 어둠에 묻히기를 바란 이타치가 마다라가 그 사실을 사스케에게 알릴까 아마테라스를 걸어둔 것이라고 한다. 또한 이타치가 우치하일족을 몰살한 것은 나뭇잎의 명령이었다며 나뭇잎마을 창설 초기의 이야기를 한다. 전국시대 우치하 일족과 센쥬 일족은 라이벌 사이었다. 마다라는 우치하 일족을 위해 동생이 스스로 내어준 눈 덕에 영원한 빛을 얻게 되었고 그 힘을 바탕으로 훗날 초대 호카게가 되는 센쥬의 리더 하시라마와 힘을 겨루고 경쟁한다. 싸움이 길어지자 센쥬는 휴전을 제안하고 반대하던 마다라는 결국 휴전을 원하는 일족의 뜻에 따르고 불의 나라와 협정을 맺어 한 나라에 한 닌자마을의 시스템이 생겨나며 평화가 찾아온다. 하지만 초대 호카게 자리를 둘러싼 싸움에서 패한 마다라는 우치하 일족이 주도권 경쟁에서 밀릴 것을 걱정하여 싸움을 시작하려 하지만 일족에게 버림받고 마을을 떠난다. 다시 돌아와 하시라마와 싸움을 벌이지만 지고 죽은 것으로 알려진다. 2대 호카게는 마다라와 같은 반역자가 나오지 않도록 경무부대를 우치하 일족에게 맡기지만 우치하는 점점 권력에서 밀려나고 16년 전 구미의 습격으로 의심을 산 우치하일족은 차별을 당하게 되자 쿠데타를 일으키려 한다. 그리고 나뭇잎은 이타치에게 우치하를 감시하는 스파이역할을 맡긴다.

이타치가 일족을 배신하고 2중스파이로 활동했다는 마다라 말을 믿을 수 없는 사스케, 하지만 마다라는 참혹한 전쟁을 겪은 이타치가 평화주의자였다고 한다. 그리고 마을은 이타치에게 평화를 위해서 우치하 일족을 몰살할 것을 명령하고 이타치는 우치하일족의 쿠데타로 벌어질 수 있는 전쟁을 염려해 그 임무를 맡았던 것. 그리고 나뭇잎마을과 우치하를 노리던 마다라를 찾아와서 일족에 대한 복수를 도와줄테니 마을에 손을 대지 말라고 조건을 제시한다. 하지만 차마 사스케를 죽이지 못 한 이타치는 사스케가 강해질 수 있도록 일부러 자신에 대한 복수를 목표로 가지게 만들고 3대 호카게에게 사스케를 부탁하고 떠난다. 그리고 마을을 떠나 아카츠키에 들어가서 아카츠키를 감시하며 후에 사스케 손에 배신자로 죽어 사스케를 마을의 영웅으로 만들려 한 것. 사스케는 죽기 전 어릴 때 다정했던 형의 모습으로 웃으며 용서해라는 말을 하던 이타치를 떠올리고 나뭇잎마을을 부수리라 결심한다.

나루토 일행은 희미하게 남아있는 사스케의 냄새를 열심히 뒤쫓아보지만 결국 사스케의 냄새는 비와 함께 사라지고 또 다시 사스케를 놓치고 만다. 일족을 죽이던 날 밤 이타치가 흘린 눈물을 떠올리며 마다라의 말을 사실로 받아들인 사스케는 최강의 병기라 할 수 있는 미수를 주겠다는 말에 아카츠키와 손을 잡기로 하고 토비로 위장했던 자신의 정체를 드러낸 마다라는 사스케에게 팔미를 처치하라고 한다. 요게츠일족의 정보로 팔미를 찾아간 사스케일행, 늘 랩을 하며 덩치도 좋고 실력도 뛰어난 팔미 킬러비는 사스케 일행과 싸움을 시작한다. 스이게츠의 대도에도 끄덕하지 않고 쥬고까지 쓰러트린 킬러비의 실력에 모두 놀라고 마침내 사스케가 나선다.

랩을 쓰는 팔미 킬러비와 싸움을 시작한 사스케 일행, 하지만 싸우던 중에 랩을 적는등 황당한 팔미는 실력도 엄청나서 사스케 일행은 힘에 딸린다. 칼을 8개나 다루는 팔미에 사스케는 치도리로 검을 만들어서 대항하지만 궁지에 몰리고 사스케가 뇌둔을 칼에 흘려 겨우 치명상을 피하지만 크게 다치고 카린 덕에 몸을 회복한다. 사스케 일행은 셋이서 한꺼번에 덤비지만 팔미는 몸을 피한다. 하지만 카린 덕에 있는 곳을 들키고 킬러비는 싸움을 시작한다. 사륜안으로 환술을 건 사스케, 하지만 팔미 덕에 환술을 깬 킬러비는 사스케를 공격해 목과 가슴부분을 날려버리고 쥬고는 자신이 어린아이의 몸이 되면서까지 몸과 차크라를 사스케에게 내어주고 스이게츠는 혼자 남아 팔미를 상대하려 한다. 자신을 희생하는 동료들의 모습에 사스케는 아마테라스를 발동해서 팔미를 제어하지만 카린 몸에도 화염이 옮겨붙고 만다. 쥬고는 포기하고 가자고 하지만 사스케는 만화경사륜안으로 화염을 끄고 팔미를 생포해서 데려간다. 한편 멀리서 이를 본 번개마을 닌자들은 라이카게의 동생 팔미가 잡혀가는 모습에 라이카게에 보고하러 달려간다.