大蛇丸在剧烈的痛苦当中等待着转生时刻的到来，而佐助在离开木叶村，经过了三年时光的此刻，他会答应将自己的肉体提供给大蛇丸转生吗？一场鹰与大蛇的激烈对决即将展开……

大蛇丸将佐助引至他体内的异空间里，准备进行转生仪式，而打算将调合好的药拿给大蛇丸服用的兜，错过了他们俩的激战，只见地上一条白色巨蛇的尸体以及站在一旁的佐助……

打败大蛇丸的佐助，首先先释放了被关在水槽里的男人水月，他打算再去找北方根据地的重吾以及和南方根据地的香燐组成一个小队，不过水月却说要先拿到桃地再不斩这位大前辈的刀他才愿意加入……

在拿到再不斩的斩首大刀之后，佐助与水月起身前往南方根据地寻找香燐，佐助会积极想要拉拢香燐是因为在数年前第一次与她碰面时，就见识到了香燐与众不同的特殊能力……

佐助为了去找下一个伙伴重吾，便与水月和香燐一起出发前往北方根据地。北方根据地是相当可怕的人体实验场，而身为实验源头的重吾，其体内拥有大蛇丸施行咒印术所用的酵素，根据地里其他的实验体全都是咒印术下所产生的失败品……

当佐助来到重吾的面前提出要他加入自己小队的要求时，重吾却抵死不肯离开根据地，还因为内心突然涌现的杀人冲动而与佐助陷入激战，在激战当中，重吾的脑海里浮现了那位唯一能理解他内心的怀念身影……

数十年前，忍者大陆的五大国面临统治的失衡，席卷整个大陆的第三次忍界大战因而爆发。隶属当年尚未成为第四代火影的波风凑小队的卡卡西，与凑老师和身为宇智波一族的带土，以及医疗忍者小凛一同前往神无毗桥执行任务。对于卡卡西常挂在嘴边的忍者规定，带土听在心中总是不太开心，但其实卡卡西会拘泥于规定是有原因的，带土在听了老师的解释后，决定要试着去努力了解卡卡西的内心。而晋身为上忍的卡卡西在此次任务中担任卡卡西小队的队长，他们三人将与老师分头执行任务……

在与老师分开后，小凛不幸被埋伏的敌人掳走了，但卡卡西却认为继续执行任务比营救小凛更来得重要，带土因为无法接受卡卡西的理由，决定脱队独自前去敌人阵地救出小凛。正当他一时大意，被埋伏的敌人攻击之际，卡卡西突然现身救了带土……

“晓”的首领召唤回晓组织的各个成员，并告知大蛇丸已死的消息，而打倒大蛇丸的佐助正在积极吸收小队成员，未来将会以晓为下一个攻击目标，另一方面，接获此情报的木叶也开始暗中进行准备……

木叶与晓双方都派出了人手针对佐助新组成的小队“蛇”展开搜索行动，同时间，“蛇”的成员们为了搜集鼬的情报也开始行动了。在三方人马各自的行动下，紧张的气氛渐趋高涨，而出现在眼前的人，竟都是出乎自己意料之外的人物……

眼见引爆黏土的攻击迟迟没有见效，地达罗决定将原本要用来对付鼬的超小型毫微炸弹C4金翅鸟拿出来对付佐助，C4金翅鸟若是被吸入体内，炸弹就会在体内各处进行小规模的爆炸破坏体内细胞进而毁掉生物本身，佐助是否避得掉这波攻击呢？

佐助虽然利用写轮眼躲过了C4金翅鸟的攻击，却也因为消耗过多的查克拉而筋疲力竭，而同样也毫无余力的地达罗决定将自己化成人体炸弹，利用自爆一举毁掉无力避开攻击的佐助，而在爆炸发生的同时，香燐也感觉不到佐助的查克拉了……

在地达罗自爆的瞬间，佐助虽然立刻躲进万蛇的体内并利用时空间忍术转移到另一个空间，但还是因为受到爆风的影响而受了重伤，香燐等人便将佐助带往附近的旅馆让他好好休养，而木叶的忍者们则在牙的带领下，追着佐助的味道往旅馆接近当中……

时间回溯到第二代火影统治的时代。才刚成为下忍的少年自来也、大蛇丸、纲手一起组成三人小组，并由猿飞蒜山负责带队。自来也因为向往猿飞老师所施展的通灵之术，便有样学样也跟着比划起来，没想到却因此踏入蛤蟆的世界……

在爆发了第三次忍界大战后，自来也以木叶忍者之姿和纲手、大蛇丸联手参与战斗任务，并在这次的战斗后得到了“木叶三忍”的名号。而归途中，自来也因故收了三位战争孤儿为徒弟，而这三位徒弟在日后却引起了相当大的波澜……

自来也利用蛤蟆成功潜入雨忍者村后，随即开始搜集村里内战的情报，对于村人避谈昔日首领山椒鱼半藏的话题和景仰新首领培因的态度来看，自来也认为事有蹊跷，便决定抓两名雨忍者村的下忍来打探有关培因的情报……

为了与培因战斗，自来也从体内请出掌管鸣人八卦封印钥匙的蛤蟆健，并伪装成下忍的外貌再次展开侦察行动。而早就发现自来也行踪的培因先派出小南击袭。双方交战过后，自来也才发现原来小南和培因都是昔日的徒弟……

为了打倒昔日亲手调教出来的徒弟，自来也抱着某种觉悟展开了攻击，他先运用通灵之术召唤出蛤蟆健来对抗同样也使用通灵之术的培因，而培因因为拥有传说中的轮回眼，自来也决定发动仙人模式……

自来也完成仙人模式后，便与三名培因陷入混战之中，虽然力量提升了，但忍术在轮回眼的监视下仍然无法发挥任何效用，就连体术也一直遭到阻碍迟迟无法打破眼前的僵局……

自来也虽然想出了一个对付培因的方法，却也因此牺牲了左手，而培因的数量也增加为六名，其中一人过去曾是自来也的徒弟之一弥彦，然而弥彦同样也拥有轮回眼这件事让自来也感到困惑……

为了追踪鼬的下落，佐助打算到每一个晓的根据地去做地毯式的寻找。而这次来到了某个晓的根据地后，佐助让蛇的伙伴们留在外头，独自一个人进入根据地内，而佐助也终于见到鼬了……

佐助与鼬终于再度重逢了，两人一见面立即进入一场攸关生死的兄弟对决，在旁人眼里看来，两人似乎都是静止不动的，但实际上，双方都正在利用宇智波一族特有的瞳力在进行殊死战……

在双方利用写轮眼展开激烈的幻术对战告一段落后，鼬开始诉说有关于最强的瞳术——万花筒写轮眼的秘密，为了追求站在巅峰的力量，鼬不惜走上与佐助宿命的对决之路……

虽然没有万花筒写轮眼的瞳力，但佐助仍旧尽力破解了鼬的“月读”，并趁机展开反击，只可惜鼬马上使出更强大的绝招“天照”，不烧尽就绝不熄灭的黑火，让佐助仅存的查克拉也几乎用尽了……

佐助终于等到鼬使出“天照”，他迅速利用雷遁聚积雷云，使出了鼬绝对闪躲不掉的“麒麟”，鼬虽然无法闪避，但他利用“须佐能乎”阻挡了攻势，而大蛇丸的查克拉也趁机从佐助体内窜出，鼬就是在等待这一刻……

鸣人一行人因为“鸢”（“阿飞”）的阻挠而无法前进，面对木叶忍者们的攻击，“鸢”却总是能够安然躲过，卡卡西便叫志乃利用寄坏虫发动攻击去试探“鸢”的底细，正当双方你来我往之际，晓成员之一的绝突然出现，并告知了鼬被佐助打败的事……

当佐助在激战完而筋疲力竭倒下后，斑将他带入洞穴之内替他疗伤，佐助苏醒后，斑便将自己的真实身份表明，并开始向佐助诉说他所不知道的“鼬的真相”，而那个真相却重击了佐助的心……

原来鼬并不是佐助一直以来所想的那种人，灭族的事情其实是木叶高层所赋予他的极密任务，而鼬对佐助所做的种种，包含最后的生死之战，一切都在鼬的掌握之中。佐助因此而下了一个决定，那就是毁灭木叶村……

鸣人一行人终于赶到鼬与佐助战斗的现场，大家虽然拼命搜寻线索，却还是无法得知佐助的去向，而佐助的“蛇”小队在更名为“鹰”之后，便决定与晓联手合作，而首要任务就是先去捕捉八尾……

佐助一行人在雷之国的云雷峡找到了八尾杀人蜂的踪迹，而八尾虽然老是唱着古怪的饶舌歌曲，但却让佐助他们陷入苦战，佐助甚至还一度受到濒临死亡的重伤，而想尽早解决敌人的八尾，也终于显露出尾兽的原貌……