Naruto hat es tatsächlich geschafft, Kakuzu zu besiegen. Er ist erschöpft, aber glücklich, doch als er und das Team wieder in Konoha ankommen, macht Tsunade eine seltsame Entdeckung: Sie lässt die Leiche von Kakuzu untersuchen und stellt fest, dass sämtliche Chakrazellen Schädigungen haben. Die sind auf das neue Jutsu von Naruto zurückzuführen.

Tsunade erhält die Nachricht, dass ein ANBU vermutlich das Versteck von Orochimaru entdeckt hat. Er konnte ihr noch kurz vor seinem Tod eine Karte mit einer ungefähren Ortsangabe schicken und so entschließt Tsunade sich, ein Such-Team zusammenzustellen, das das Versteck lokalisieren soll. Da sich dort vermutlich auch Sasuke aufhält, will Kakashi diese Mission vor Naruto geheimhalten …

Naruto ist mit Jiraiya wieder auf Reisen, in der Hoffnung, dass der mit ihm trainiert, aber zum Einen scheint es so zu laufen, wie früher, nämlich dass Jiraiya sich nur für hübsche Mädchen interessiert, und zum Anderen ist Narutos Arm immer noch nicht verheilt, was ein intensives Training verhindert.

Während Orochimaru weiter seine finsteren Pläne verfolgt, versucht Jiraiya Naruto beizubringen, dass er mit seinem vertrauten Geist praktisch „synchron" sein muss, indem er dessen Gefühle nachvollzieht und so mit ihm im Gleichklang ist. Jiraiya ruft die Kröte Gamariki herbei, die Naruto mit der „Liebespeitsche" zum Training bringen will, doch die Beiden haben sich nur in der Wolle.

Naruto trainiert unter Anleitung von Jiraiya mit Gamatatsu den Gleichklang, den er mit seinem vertrauten Geist haben sollte. Das geht schon damit los, dass er die Bewegungen von Gamatatsu synchron ausführen sollte und um das zu üben, singen die Beiden ein Lied, was Naruto ziemlich nervt, aber wenn es der Sache dient …

Guren ist sauer, weil sie von Orochimaru den Auftrag erhält „Babysitter" für Yukimaru zu spielen. Sie soll den Kleinen an den See bringen, um dort den nächsten Schritt für Orochimarus Reinkarnation einzuleiten. Naruto hat inzwischen herausgefunden, dass weder Gamakichi noch Gamatatsu das „Wasserversteck" beherrschen …

Naruto versucht immer noch, ein Kombinationsjutsu hinzubekommen, indem er sein Wind-Chakra mit Gamatatsus Wasser mischen will. Der Knackpunkt ist allerdings, dass sie dafür synchron agieren müssen und mit der Synchronität hapert es. Wenn Gamatatsu Wasser spuckt, ist Naruto mit seiner Chakra-Zugabe unkonzentriert oder andersherum.

Naruto versucht nach wie vor, gemeinsam mit Gamatatsu, sein neues Jutsu drauf zu bekommen, aber sie kriegen die Synchronität nicht hin, die dafür nötig wäre. Dennoch darf er zusammen mit Sakura und Yamato auf die Mission gehen, Kakashi und Co. zu unterstützen. Die wiederum haben endlich die Spur von Rinji und seinen Leuten aufgenommen und stehen ihnen nun im Kampf gegenüber.

Tsunade lässt das Insekt, das Kakashi ihr per Boten geschickt hat, im Labor untersuchen. Es ist in einen Kristall eingeschlossen und ihre schlimmsten Befürchtungen scheinen sich zu bewahrheiten. Sie hat immer mal wieder Gerüchte gehört, dass es jemanden gibt, der ein Nin-Jutsu beherrscht, mit dem er alles in seiner Umgebung in Kristall verwandeln kann.

Naruto ist es gelungen, die Kristallbarriere zu zerstören und so können er, Yamato und Sakura nun Kakashi und Co zu Hilfe kommen. Guren hat Hinata in ein Kristallgefängnis gesperrt und die Freunde befürchten, dass Hinata bei der geringsten Erschütterung genauso zersplittert, wie der Kristall. Doch was sollen sie tun?

Deidara und Tobi, zwei von Akatsuki, sind unterwegs, um den Bijuu-Geist Sanbi, den Dreischwänzigen zu finden. Tobi scheint einen ziemlichen Knall zu haben, womit er Deidara auf die Nerven geht. Dem Bijuu-Geist sind Guren und Gozu schon um Längen näher, denn mit Hilfe der außergewöhnlichen Fähigkeiten von Yukimaru wollen sie ihn hervorrufen.

Guren hat den Kampf gegen die Riesenschildkröte, die der Dreischwänzige Bijuu-Geist ist, verloren und ist von der großen Welle an Land gespült worden. Gozu macht sich auf die Suche nach ihr und auch Naruto, der das Geschehen aus einiger Entfernung beobachtet hat, scheint von dem mächtigen Chakra des Bijuu-Geistes etwas abbekommen zu haben.

Lee, Ino, Shizune und TenTen werden als weitere Verstärkung rausgeschickt, denn nachdem nun klar ist, dass es auf dem See den Dreischwänzigen gibt, den Orochimaru offenbar für sich versiegeln will, muss Tsunade reagieren. Derweil macht Naruto sich auf eigene Faust auf die Suche nach Yukimaru und trifft auch prompt auf Guren, die er auffordert, ihm den Jungen zu übergeben.

Lee ist enttäuscht, dass er nicht dem Team zugeteilt wurde, das gegen Guren, die Frau mit dem Kristallversteck, antreten soll, aber Kiba bestätigt ihm, dass ihre Untergebenen auch extrem starke Gegner seien. Während Shizune und die Mädchen die Versiegelungsbarriere aufbauen, geraten Lee, Kiba, TenTen und Yamato in den Hinterhalt von Gurens Schergen.

Kakashi steht Guren im Kampf gegenüber und er hätte durchaus Chancen, ihn zu gewinnen, wenn Gozu sich nicht einschalten würde, der eine dichte Mauer aus Schlamm bilden kann, die undurchdringlich ist. Guren gelingt die Flucht. Derweil haben Kiba und Co. den Kampf gegen Kigiri gewonnen und nun den Auftrag, das Versiegelungsteam zu unterstützen.

Shizune, Ino, Hinata und Sakura versuchen nach wie vor, die Versiegelungsbarriere aufrecht zu erhalten, denn der Sanbi befindet sich inzwischen fast genau darunter. Es muss ihnen nur noch gelingen, im richtigen Moment die Versiegelung hinzubekommen, dann wäre es geschafft. Zu ihrer Unterstützung sind TenTen und Lee als Wachen vor Ort.

Guren ist es gelungen, die Versiegelungsbarriere zu zerstören, so dass die Konoha-Ninjas den Sanbi nicht versiegeln konnten. Rinji findet heraus, dass Yukimaru nur dann seine Kräfte voll entfaltet, wenn er sich Sorgen um Guren macht, weil er sehr an ihr hängt. Also verletzt Kabuto Guren, so dass sie erstmal nicht fliehen kann …

Die Versiegelung des Dreischwänzigen hat nicht geklappt und er hat sich aufgebäumt und das verschluckt, was in der Nähe war, nämlich Naruto und Guren. Doch das wissen Kakashi und Co zur Zeit noch nicht und so organisiert Kakashi sofort ein Such-Team. Während das ausschwärmt, kümmern sich Sakura und Ino um den bewusstlosen Yukimaru.

Kakashi und Co erfahren von Yukimaru, dass Naruto und Guren sich im Bauch des Sanbi aufhalten, und da sein Glückskristall heil ist, geht er davon aus, dass es den Beiden gut geht. Das sehen Naruto und Guren derzeit nicht so, weil der Sanbi in seinem Inneren ein ganzes Heer kleiner Sanbis trägt, das es offenbar auf die Eindringlinge abgesehen hat …

Guys und Kakashis Team ist es gemeinsam gelungen, die Siegel und damit die Barriere vor der Höhle zu beseitigen, doch Guys Team ist dabei in eine Falle getappt: Jedes entfernte Siegel wird zu einem Doppelgänger desjenigen, der es entfernt hat. Der sieht gleich aus und hat auch die gleiche Stärke.

Das Versiegelungsteam ist wieder aktiv und versucht ein weiteres Mal, den Dreischwänzigen unter Kontrolle zu bringen. Da Shizune und Co. von dem ersten Anlauf ziemlich erschöpft sind, hat Tsunade ihnen Katsuyu, ihren vertrauten Geist geschickt. Die Schnecke überträgt ihr Chakra auf das Team, denn diesmal muss die Versiegelung klappen.

Nurari, Kiho und Kigiri holen zu einem letzten Schlag aus, indem sie sich zusammentun und als ein großes Monster gegen Shino und Co antreten. Naruto und Guren treffen auf Rinji, doch es stellt sich heraus, dass es sich in Wahrheit um Kabuto handelt, als er seine Maske abnimmt.

Yukimaru ist bei dem Kampf mit dem Sanbi schwer verletzt worden. Nun gibt es niemanden mehr, der den Dreischwänzigen kontrollieren könnte, denn Shizune glaubt nicht, dass Yukimaru je wieder seine alten Kräfte zurück erlangen wird. Katsuyu wird nach Konoha geschickt, um Tsunade über die aktuelle Situation zu informieren und Tsunade entscheidet, dass die Mission erst einmal abgebrochen wird.