Naruto fait un drôle de cauchemar où il voit un temple se faire détruire par un monstre sanguinaire.

L'entraînement de Naruto va enfin commencer, Kakashi semble avoir une idée pour que Naruto évolue rapidement.

L'entraînement de Naruto continue : celui-ci fait des progrès et arrive à couper une feuille d'arbre.

Quatre bandits ont enlevé la dépouille de Kitane, un des douze ninjas gardiens qui protégeait le roi Féodal.

L'équipe Kakashi part en mission au Temple du Feu afin de trouver qui sont les pilleurs de tombe. Naruto rencontre un garçon nommé Sora, au passé apparemment sombre, qui manipule très bien le fūton.

L'équipe Kakashi et deux membres du Temple du Feu poursuivent les pilleurs des quatre tombes. Ils tombent dans un piège.

L'équipe Kakashi est séparée et ses membres affrontent séparément les présumés pilleurs de tombe qui sont en réalité à la recherche de Sora. Saï et Sakura arrivent finalement à se retrouver et Naruto affronte une femme capable de manipuler les 5 éléments.

Naruto est dépassé par la maîtrise des 5 éléments et se fait prendre au piège. Pendant ce temps Sora se bat avec un homme et dévoile ses pouvoirs.

L'équipe Kakashi rentre au village et ramène Sora.

On apprend dans un flash-back que le père de Sora a été tué par Asuma Sarutobi. Pendant ce temps, Sora et Naruto s'entraînent au fūton.

Danzô essaie de s'échapper mais c'est sans compter sur les forces spéciales qu'il a entraînées, Sora attaque Tsunade après avoir fui le village.

Furîdo, Fuka, Fuen et Fudo attaquent Konoha. Fuen invoque un bouclier afin qu'aucun villageois ou ninja de Konoha ne puisse fuir. Fudo invoque des morts-vivants, le clan Kohaku...

Konoha se voit en état d'alerte niveau 1 : 4 des 12 protecteurs du seigneur féodal du Pays du Feu sont ressuscités et menacent d'utiliser une technique de foudre très puissante pouvant détruire le village.

Lorsque Fuen et Fudo se font tuer, les mort-vivants et le bouclier disparaissent.

Naruto trouve le point faible de Fuka et la vainc. Le limelight est neutralisé.

La vérité sur les pouvoirs de Sora est dévoilée : son corps renferme une rémanence du chakra de Kyûbi. Sora se met alors en colère et fait sortir son pouvoir.

Naruto réussit à raisonner Sora et leur combat prend fin. Pendant que Konoha se reconstruit, deux membres d'Akatsuki, Hidan et Kakuzu, font leur apparition.