Nachdem Naruto und das Team wieder nach Konoha zurückgekehrt sind, beschäftigt sich Sai intensiv damit, seine zwischenmenschlichen Beziehungen zu verbessern. Er liest Bücher über Kommunikation und lernt, dass es Nähe schafft, wenn man einem Menschen einen Spitznamen gibt, der zu dessen Eigenschaften oder seinem Charakter passt.

Tsunade entlässt Kakashi aus dem Krankenhaus. Zum Einen, weil er wieder gesund ist, aber zum Anderen auch, weil Naruto sich als nerviger Dauergast im Nebenbett einquartiert hat, um bloß nicht zu verpassen, wann Kakashi geht, denn mit dem will er unbedingt trainieren. Es geht darum, dass er lernen soll, die Form und die Eigenschaft seines Chakras zu verändern.

Naruto trainiert wie ein Besessener, um die Form und die Eigenschaften seines Chakras verändern zu können. Er erfährt, dass Asumas Chakra auch zum Windelement gehört und erhofft sich wertvolle Tipps von ihm – die er auch bekommt, aber nur unter der Bedingung, dass er das nächsten Essen im Grillhaus für Asumas Team bezahlt.

Truppführer Yamato und seine Assistenten Sakura, Naruto und Sai sind auf dem Weg zum Feuertempel. Sie wollen sich an einem bestimmten Wegzeichen mit Mönchen treffen, von denen sie um Hilfe gebeten wurden. Denn in letzter Zeit wurden immer wieder geheime Gräber ausgeraubt, in denen verdiente Shinobi ihre letzte Ruhe fanden.

Das Team Yamato erreicht den Feuertempel, und Naruto muss feststellen, dass Soras Verhalten ihm gegenüber immer provozierender wird. Nun ist Naruto kein Kind von Traurigkeit und will beweisen, dass auch er in der Lage ist, „auszuteilen." Es kommt zu verschiedenen Auseinandersetzungen, in denen es ihm gelingt, sich Respekt zu verschaffen.

Yamato und sein Team sind zusammen mit Chiriku und Sora vom Feuertempel den Grabräubern auf der Spur. Und tatsächlich finden sie sie. Erstaunlich ist, dass die Särge mit den Leichnamen offen zur Schau gestellt werden. Ist das vielleicht eine Falle? Die Gruppe teilt sich auf. Sai und Sakura, sowie Sora und Naruto bleiben zusammen und gehen in unterschiedliche Richtungen.

Das Team Kakashi ist ja inzwischen getrennt auf der Suche nach den Grabräubern, das heißt, noch sind Sakura und Sora Sakura zusammen, aber das ändert sich schnell, denn Sora macht sich plötzlich aus dem Staub. Für die „Einzelgänger" Sakura, Naruto und Sai gilt es nun, die verschiedensten Hindernisse zu überwinden, und das ist sehr schwierig, weil es sich um Fallen handelt …

Sora begegnet einem Fremden, mit dem er kämpft, der ihm allerdings haushoch überlegen ist – und ihn auch noch zu kennen scheint, was Sora beunruhigt. Der Fremde weiß, dass Sora über große Kräfte verfügt, größer, als Sora selbst es ahnt. Derweil kämpft Naruto weiterhin gegen Fuka und hat keine Chance gegen sie. Erst als Sakura, Sai und Yamato auftauchen, wendet sich das Blatt.

Sora ersetzt erstmal Sai, der verletzt ist, und wird so Mitglied des „Teams Kakashi". Das bedeutet, dass Yamato mit einigen grundlegenden Trainingseinheiten neu anfangen will, weil Sora die ja nicht kennen kann, aber Asuma rät ihm ab.

Danzo, der kurzzeitig verschwunden war, ist von den ANBU gefunden und zurück ins Dorf gebracht worden. Tsunade verhört ihn, weil sie Informationen von ihm haben möchte, doch er verhöhnt sie nur. Außerdem scheint er Koharu und Homura hinter sich zu haben, die Tsunades gemäßigte Politik offenbar auch nicht gutheißen.

Es ist soweit, Konoha wird von Furido und seinen Schergen angeriffen, indem sie erst einmal eine Verteidigungsbarriere um das Dorf ziehen, so dass die Bewachungstruppen von Konoha, die von Tsunade an den Toren stationiert worden waren, vom Dorf abgeschnitten sind. Ebisu versucht im Dorf derweil die Bewohner zu evakuieren und Sakura hat als Medizin-Ninja alle Hände voll zu tun …

Asuma begreift langsam, dass die vier Leichen von Kitane, Seito, Too und Nauma gestohlen wurden, um sie mit dem Jutsu der Wiedererweckung zurück zu holen, damit sie den vor Jahren gescheiterten Putsch nun endlich zum Erfolg führen können. Die Vier hören nur auf die Befehle desjenigen, der sie „erweckt" hat, doch bisher weiß niemand, um wen es sich handelt.

Izumo, Kotetsu und ihre Leute kämpfen nach wie vor gegen eine Übermacht von Zombies. Naruto hat es mal wieder mit Fuka zu tun und da sie viele Elemente beherrscht, sieht es nicht gut für ihn aus. Sora begreift endlich, dass Furidos Ziel, das Dorf zu vernichten, falsch ist und Shikamaru hat es satt in Tsunades Büro rumzuhängen und Strategien zu besprechen.

Die Zombies sind plötzlich verschwunden, aber Genma und seine Leute haben keine Ahnung, warum. Sie sind allerdings überzeugt davon, dass die Zombies nur ein Ablenkungsmanöver waren, aber über die tatsächlichen Pläne des Feindes wissen sie auch nichts. Genma und Co. beschließen, sich auf die Suche nach Sakura, Yamato und Asuma zu machen, von denen sie länger nichts gehört haben.

In Konoha scheinen die Bedrohungen weniger zu werden. Die Zombies und die Verteidigungsbarriere sind verschwunden, auch, wenn sich niemand so recht erklären kann, warum. Auch das Limelight Jutsu konnte vom Feind nicht umgesetzt werden. Derweil provoziert Furido Sora so dermaßen, dass der sich immer mehr in ein Monster verwandelt – und das bildet Schwänze.

Asuma kämpft verbissen mit Furido. Nachdem er festgestellt hat, dass Furido tatsächlich Kazuma und somit Soras Vater ist, ist er noch empörter darüber, dass der seinem Sohn so etwas antun konnte. Er hat einen Teil des Fuchsgeist-Chakras in Sora versiegelt und es nun freigelassen, damit Sora Konoha vernichtet.

Naruto versucht nach wie vor verzweifelt, Soras Bewusstsein zu erreichen, doch der Fuchsgeist scheint inzwischen endgültig die Oberhand gewonnen zu haben, denn Naruto dringt nicht zu Sora durch. Asuma hingegen kämpft erfolgreich gegen Furido, der tatsächlich Kazuma ist. Letztendlich setzt der Fuchsgeist sich durch und das hat den Vorteil, dass er aus Soras Körper verschwindet.