舞台は戻って第四次忍界大戦。尾獣を抜かれ、今にも死んでしまいそうなナルトを必死に医療忍術で助けようとするサクラだが、ついにナルトの心臓が止まってしまう。一方、マダラに刀で胸を貫かれたサスケのチャクラも消えてしまった。それを感知した香燐たちはサスケの元へ向かおうとするのだが、木遁を使うトビに阻まれる。そして全ての尾獣を手に入れたマダラは強大な力を持つ十尾の人柱力となり、もう片方の輪廻眼を取り返すため、オビトの元へ向かうのだった。

四代目火影・ミナトの九尾も黒ゼツに奪われナルトに死が迫る中、さらに十尾の人柱力と化したマダラがカカシたちの前に現れる。カカシたちは力を合わせマダラに攻撃をしかけるものの、全く歯が立たない。しかし、ナルトとぶつかり合った事で自分を取り戻したオビトがナルトを救うべく、一人マダラに挑む。そしてかつての自分を取り戻したオビトの姿を見てカカシも加勢。長い時を経て、かつて親友同士だったカカシとオビトがツーマンセルを組み、強敵・マダラに立ち向かう！

マダラと対峙しながらオビトは、カカシと出会った頃の事を思い出す。それはまだ二人が幼い頃――。「仲間は絶対に助ける。それがオレの流儀だ」と言っていたカカシはいつの頃からか冷酷に任務を優先するようになっていた。仲間の忍からも評判の悪いカカシ。父の死が影響してカカシは変わってしまったが、オビトはその理由を知らなかった。事あるごとにぶつかり合うオビトとカカシ。そんな二人はミナトの班に配属され、初めての実戦任務に赴く事になる。

「仲間を見捨てない」ことが流儀のオビトと、「任務優先」が流儀のカカシ。全く意見が合わないまま出撃した任務の先でオビトたちを敵が襲う！だがそんな状態でチームワークなど発揮できる訳もなくミナト班は窮地に立たされる。カカシの考えが理解できずにいたオビトだが、その後の神無毘橋の任務で何故カカシが任務を優先にするようになったのかをオビトは知ることになる。――そして舞台は戻りマダラと対峙するオビトとカカシ。二人の最後の作戦が今始まる!!

命が尽きかけているサスケの元に辿りついた香燐たち。しかしサスケの傍には謎の人物が佇んでいて…。一方、マダラと戦うカカシたちの元にはガイが駆けつけた。六道の力を得たマダラには仙術か体術による物理ダメージしか通用しない。仙術を使えるミナトが両腕を失い戦う事ができない今、体術を使うガイが八門遁甲を解放してマダラに突撃する！しかし、第七驚門までの体術ではマダラには効かない。そこでガイは八門遁甲最後の“死門”を開ける決意をし…。

八門遁甲“死門”を開く決意をしたガイは万年下忍で里の者たちから馬鹿にされていた父親、マイト・ダイの事を思い出す――。ある日父親を馬鹿にした中忍に怒った少年のガイはその中忍に立ち向かうのだが全く歯が立たない。強い者に勝つ事ができずに涙するガイだが、その時ダイから教わった『本当の勝利』と『自分ルール』をガイは自分の胸に刻むことになるのだった。そして――父親の教えを胸に、死を覚悟したガイの最後の闘いが始まる!!

リミッターを外し極限まで力を引き出す究極の技、八門遁甲の陣。一時、五影をも上回る何十倍もの力を出すことができる技だが、発動したものは必ず死ぬ――。その八門遁甲の陣を発動したガイは絶大な力で六道マダラに攻撃をしかける！その攻撃は大地に大穴を開ける程強力で六道の力を得たマダラですら直接攻撃を避けようとするのだった。さらにリーやカカシは死を覚悟したガイの攻撃を無駄にしないためにサポートへと回り、一致団結しマダラに挑む!!

気が付くと精神世界にいたナルト。自分は死んでしまったのか、と不安になる中ナルトは、伝説の忍と言われている六道仙人（りくどうせんにん）と出会う。そこでナルトは自分が六道仙人の息子・アシュラの、そしてサスケがその兄・インドラの転生者であることを聞かされる。かつてから争い続けてきたアシュラとインドラ。その両者の運命がナルトとサスケにもたらすものは果たして何なのか？

一方、戦場で命を賭してマダラと戦うガイの命の灯は消えようとしている。

映画『BORUTO』の公開を記念して、一時間スペシャルを放送！ナルトが自来也と修業の旅に出てから三年。久しぶりに木ノ葉の里に戻って来たナルトに木ノ葉丸は「新しい術を教えてくれ！」と頼み込む。早速、新術の手ほどきを始めるナルトだが、ナルトの説明は「ガーッとやって、バーン！」と大雑把。それだけ説明してナルトは任務に出てしまい、木ノ葉丸は一人取り残されてしまう。が、諦めない木ノ葉丸の苦悩と奮闘の物語が今、始まる！！

映画『BORUTO』の公開を記念して、一時間スペシャルを放送！ナルトが自来也と修業の旅に出てから三年。久しぶりに木ノ葉の里に戻って来たナルトに木ノ葉丸は「新しい術を教えてくれ！」と頼み込む。早速、新術の手ほどきを始めるナルトだが、ナルトの説明は「ガーッとやって、バーン！」と大雑把。それだけ説明してナルトは任務に出てしまい、木ノ葉丸は一人取り残されてしまう。が、諦めない木ノ葉丸の苦悩と奮闘の物語が今、始まる！！

ガイの命を懸けた八門遁甲の陣で大ダメージを負うマダラ。そこに六道の力を手に入れて復活したナルトが駆けつけてマダラと戦闘を開始。その戦いの最中ナルトは新しい螺旋丸で神樹を切り倒すのだが、マダラはその神樹をも取り込みさらなる力を得てしまう。傷も完治し不死なる身体となったマダラと対峙するナルト。そこに復活したサスケも駆けつけて、六道の力を手に入れたナルト＆サスケコンビとマダラの最後の闘いが始まる!!

オビトの異空間からサクラが戻り、マダラと戦う戦場にはカカシ率いる第七班のメンバーが揃った。子供の頃と変わらず戦闘中だというのに言い合いを始めてしまうナルトたち三人。その光景を見てカカシは第七班がはじめて集まった時の事を思い出す。そしてカカシは鈴を取り合った最初の任務をナルトたちに思い出させ、両目に輪廻眼を揃えさらなる力を手に入れた最強最悪の敵であるマダラに第七班がチームワークでぶつかる!!

無限月読。それは全人類に幻術をかけ、永遠に幸せな夢を見せ続ける最強幻術。そしてついにマダラの手で無限月読は発動され、夜空に浮かぶ満月は妖しく輝きだし不気味な写輪眼の紋様を浮かび上がらせた…。

その満月の光りを浴びた忍たちと人々は全員意識を失い、虚ろな表情でただただ満月を見上げる。一度かかれば逃れる手段はない無限月読。果たして人々はこのまま永遠に幸せな夢を見続けてしまうのか…？

無限月読が発動され眠りについてしまうテンテン。そして目が覚めてみるとそこは木ノ葉隠れの里だった。一瞬にして里まで飛ばされたのだと思い里の中を歩いてみるが、戦争中だと言うのに平和な雰囲気に包まれている。里の様子にテンテンが戸惑っているとガイとリーが現れ飛ばされたのは自分だけではなかったと喜ぶのもつかの間、ガイとリーは頭をきっちり七三に分け、見たことのないクールスタイルの服装に身を包んでいた。果たして、この世界は…？

無限月読が発動され眠りについてしまうテンテン。そして目が覚めてみるとそこは木ノ葉隠れの里だった。一瞬にして里まで飛ばされたのだと思い里の中を歩いてみるが、戦争中だと言うのに平和な雰囲気に包まれている。里の様子にテンテンが戸惑っているとガイとリーが現れ飛ばされたのは自分だけではなかったと喜ぶのもつかの間、ガイとリーは頭をきっちり七三に分け、見たことのないクールスタイルの服装に身を包んでいた。果たして、この世界は…？

無限月読にかかったキラービーが見る夢――。尾獣の力を使って世界を変えようともくろむ“暁”が暗躍する世界。その“暁”に尾獣の力を奪われナルトたち人柱力は各地で捕らわれの身となっていた。そしてその世界には“暁”に対抗する一人の姫がいる。その姫を守るため、捕らわれている人柱力を助けていつか来るであろう“暁”との戦いに備えるべくキラービーは一人立ち上がったのだ！

“暁”ＶＳキラービーの熱き戦いを描く、忍ロマンが今ここに始まる!!

“暁”が召喚した巨大兵器『十尾』。今この十尾を落風城の姫が封じているのだが、満月の夜にはその封印が解けてしまう。次の満月の夜までに人柱力全員を集めて姫を守ろうとするキラービーだが、そんなビーの目的を阻止しようとイタチ、デイダラら“暁”のメンバーを始め、大蛇丸、カブト、さらにはサスケまで現れて襲いかかってくる。人柱力たちも個性的なメンバーばかりでなかなか言う事を聞いてくれない中、果たしてビーは姫を守ることができるのか!?

無限月読にかかった香燐が見る夢――。うずまき一族として生まれ、噛んだ相手を回復させるその特殊な能力ゆえに過酷な過去を生きてきた香燐。里を追われ草隠れの里でよそ者扱いを受けている香燐が生きていくためにはただただ奴隷の様に言う事を聞くしかなかった。そんななか参加した中忍試験でサスケに香燐は命を救われた。その時見たサスケの笑顔が忘れられない香燐は夢の中で悲劇のヒロインとなり一体どんな夢を見るのか…？

無限月読はスサノオで守られているナルトたち第七班以外の忍たち全員を夢の世界へと誘う。火影である綱手もその術には抗えず夢の世界へと落ちて行く――。気が付くとそこは木ノ葉隠れの里で目の前のテーブルの上には誰かが書いた原稿が置いてある。表紙には『自来也忍法帳』と書いてあり、それは自来也が書き残していた最後の原稿で綱手はページをめくりその小説を読み始める。するとそれはナルトが主人公の、忍の未来を描いた小説だった。

自来也の書いた小説に読みふける綱手。するとその小説はナルトの少年時代を描いており、ミナトやクシナ、イタチなどが生きているもう一つの木ノ葉の里の物語だった。突如、手練れの中忍や上忍が行方不明になる事件が発生し四代目火影・ミナトの命により行方不明者の探索任務にガイ班や紅班など下忍たちが出撃する。カカシ率いる第七班も出撃するのだが、主人公であるうずまきナルトは火影の息子にも関わらず、落ちこぼれのレッテルを貼られていた。

姿を消した上忍を探索するナルトたちの前に現れた飛段。そしてシカマルたちの前には弥彦、小南、長門の三人が現れる！弥彦たちは“暁”の衣をまとっているが何故か“チーム・ジライヤ”と名乗りシカマルたちに襲いかかる。さらわれた上忍たちの安否がわからないまま戦闘に巻き込まれ焦るナルトたち。離れ離れになってしまった各班と合流しようにもそれもかなわず事態は悪い方向へと向かっていってしまう。

謎の集落へと誘導され、チーム・ジライヤと戦うシカマルたちだが、その戦いに集落の子供たちを巻き込んでしまう。戦闘で崩れた地面から地下のトンネルへ落下してしまった子供たちを弥彦たちは助けに向かうのだが、シカマルは何故か助けに行こうとはしないのだった。一方、集落の違う場所ではナルトたちとネジたちが合流するのだが、彼らに突如謎の声が語りかける。その声の主は掟に従う木ノ葉の忍たちを嘆いていてナルトたちを異空間へと誘い込もうとする。

ナルトとネジの前に姿を現した謎の仮面の男が二人に語りかける。「仲間の命よりも掟を優先する木ノ葉隠れの里の真実を知りたければついてこい」と。そして謎の男は過去に木ノ葉で起こったとある事件の映像を二人に見せ始める。

一方、子供たちを救うためチーム・ジライヤと共闘するシカマルたち。何よりも掟を優先すると思われていたシカマルたちだが、弥彦たちと一緒に戦うことによって誤解を解く事に成功するのだが…。

サスケとサクラの元に、ナルトとネジをのぞいたシカマルたち下忍が合流する。しかし、彼らの前に傀儡使いのヒルコが立ちふさがり、百体もの傀儡で木ノ葉の里への道を封鎖してしまう。傀儡を全て倒し命令通り四代目火影・ミナトに報告するべきだと言うサスケと、全員で上忍たちを救出に向かうべきだと言うシカマルたち。下忍たちの中で意見が分かれてしまう中、仮面の男はそのやり取りを見てこれで彼らの本性が証明されると仮面の下でほくそ笑むのだった。果たして彼らが取る行動とは！？

異空間へ救出しにきた自来也（ジライヤ）のおかげでナルトは動けるようになった。サスケたちをピンチから救い出すため自来也はナルトに九尾の力をコントロールさせようと九尾の封印を弱めるのだが、かつて大ガマ仙人から受けた予言を思い出す。それは自来也が弟子をどう導くかでその者が忍世界を救うか、滅ぼすか決まるというもの。しかし封印を弱めた途端ナルトは九尾に自我を乗っ取られて暴走してしまう。弟子の一人であるナルトは果たして、忍世界を滅ぼす者なのか！？

ナルトも合流し、傀儡に襲われたピンチを脱した下忍たち。その下忍たちの行動を見て、若い忍たちにも未来があると感じた仮面の男はその結果に満足し、上忍たちの解放を約束する。男と共に一部始終を見ていたネジも解放されナルトたちの前に姿を現す。そして首謀者である仮面の男は今回の事件の目的と正体を語りだすのだが、果たして男の正体とは一体誰なのか！？そしてこの事件は一応の解決を見せるのだが、その裏では…？

任務を終えたナルトたちは木ノ葉隠れの里に戻ってきた。今回の活躍で下忍の仲間たちから力を認められ始めるナルトであったが、一人サスケだけは認めようとはしない。ナルトは四代目火影の息子であり、その父との関係もうまくいっている。一方、サスケは父・フガクに、優秀な兄・イタチと比べられ、期待もされていなかった。父に認められたいサスケはカカシの元へ行き修業を始めるが、ナルトも負けじと修業を始める。そんなナルトの存在にサスケは次第に苛立ちを募らせていく。

イタチとつねに比べられ、一向にフガクに認められない事に苛立ちを募らせるサスケ。そしてその苛立ちをサスケはナルトにぶつけてしまい、ふたりは新術を撃ち合うケンカを始めてしまう。だが、大事になる寸前でミナトがふたりを止める。このケンカでナルトとの力の差を思い知らされたサスケは必ずナルトに勝つとの決意を胸に木ノ葉警務部隊に入る。そしてそれは、とある人物に師となってもらうためのサスケの策略だった。

三年が経ち――サスケは木ノ葉警務部隊の副隊長となった。しかし、警務部隊の乱暴な取り締まりに里の人々の不満は高まるばかりで、うちは一族の印象は悪くなっていく。そこへ自来也と共に修業の旅に出ていたナルトが帰ってきた。里に戻ってきて早々、街中で顔を合わせたナルトとサスケは険悪なムードとなり修業の成果を試すべく一触即発の状態となってしまう。その時、ある人物が二人の争いを止める。それは、木ノ葉上層部のひとりであるダンゾウだった。

大蛇丸（オロチまる）から力を得るために里を抜けるサスケだが、それはサスケの肉体を乗っ取ろうとする大蛇丸の罠だった。サスケの身の危険を知ったナルトたちは直ちにサスケの追跡に向かう。大事になる事を避けナルトとシカマルの二人で追いかけるがその途中、面を被った暗部の者達が二人に襲いかかる！そしてミナト直属の部隊のはずの暗部が、何故か息子であるナルトを殺す気で攻撃をしてくるのだった。果てして、ナルトはサスケに追いつくことができるのか！？

ナルトたちを襲ってきた暗部はダンゾウの部下である“根（ね）”の者達だった。大蛇丸にサスケの身体を届けると約束したダンゾウが、それを邪魔するナルトを抹殺するために送り込んだ刺客。しかしそのピンチにネジ、リー、テンテンの三人が駆けつけ、ナルトをサスケの元へ送り届けるため暗部達に戦いを挑む！

一方、“暁（あかつき）”であるヒルコ達は風の国の国境付近で怪しげな行動を取っていた。そしてヒルコの口から、ヒザシ事件の衝撃の事実が明かされる！

ネジやリー、テンテンが命を懸けて“根”の者達の足止めをしたおかげでナルトはサスケの目的地である塔へ辿りつく。が、時すでに遅くサスケは己の体を次の器として狙う大蛇丸と対面していた。大蛇丸から呪印を与えられ、その激痛で叫び声を上げるサスケ。その声に呼応するようにナルトは九尾の力を暴走させ、サスケのいる屋上へと辿りつく。ついに対面するナルトとサスケ。サスケを連れ戻すため思いをぶつけるナルトとサスケの力と力が衝突する！！

サスケは大蛇丸と共に去ってしまった。しかしナルトは諦めない。絶対に連れ戻すと決意しナルトはシカマル達と共に里へと戻る。一方、里では死んだはずの弥彦(ヤヒコ）が“ペイン”と名乗り現れた。そして木ノ葉に裏切られた復讐のためペインは真・地爆天星（しん・ちばくてんせい）を放ち、里全体を岩の結界で包み込み大きな球体にして宙に浮かしてしまう。さらにその結界は徐々に縮小し最後には大爆発を起こして里の者全てを殺してしまう術だと言うのだ！さらなる危機がナルトを襲う！！

ヒナタが殺されかけ怒り狂ったナルトは、尾が六本生えた状態で九尾化し暴走してしまう。その力は凄まじいものだが、ペインの放った地爆天星によりナルトは封印されてしまった。ただただ憎しみの感情に支配されていくナルトはペインを倒すべく封印を破ろうとするが、その思いとは裏腹に冷静さを欠いているため九尾の力をコントロールできず時間が過ぎてゆく。その間も里の壊滅が近づき焦るナルトだが、そんなナルトの前に突然クシナが現れる。

ペイン襲来から数ヵ月が経ち、木ノ葉隠れの里の復興は終わろうとしていた。そんな折、自来也がとある情報を手に入れてきた。それは「“暁”が忍里を襲い影や上忍達をさらい、さらにサスケが“暁”と行動を共にしている」というものだった。このままではサスケはお尋ね者となり、各里から命を狙われてしまう。仲間であり、友であるサスケを今度こそ連れ戻そうと決意するナルト。そして“暁”と忍たちの忍世界の未来を懸けた最終決戦が始まる！！

ナルトとサスケの最後の対決。サスケを連れ戻したいナルトだが、サスケはナルトを倒すため殺気を露わにする。なぜサスケはナルトを敵対視するのか？木ノ葉とうちは一族。火影とフガク。火影の息子であるナルトと、うちはの族長の息子であるサスケ。そして優秀な忍である兄・イタチの存在。サスケはナルトに対する思いがどこから生まれたのか、激しい攻撃でナルトを追い詰めながら己を振り返る。果たして戦いの行方は！？そして自来也忍法帳、ここに完結！！

マダラの無限月読で忍たちは幸せな夢を見続ける。ヒナタやシカマル、サイや我愛羅たちは目覚める事なく時が過ぎて行く――。

一方、ナルト達はサスケの輪廻眼で作られた須佐能乎の中で無限月読から逃れていた。しかし、月の光が差す間は須佐能乎の外に出る事ができない。そんな中、サスケは穢土転生体のイタチが昇天した時の事を思い出す。するとサスケの写輪眼が共鳴し始め、イタチの語られる事なかった真実の物語が動き始める。

幼き頃に忍界大戦を経験したイタチは、他を寄せつけない不思議な雰囲気を持つ子供だった。常に“命とは何か”を考える大人の様な思考も持ち合わせている。アカデミーに入学するとイタチは類稀なる才能を発揮。すでにフガクやシスイと修業をしているイタチにとってアカデミーの授業は物足りなく、気が付けば“優等生”としてアカデミー内で有名になっていた。しかし、それが気に食わない上級生にイタチは絡まれて、喧嘩をすることになってしまう。

アカデミーを卒業したイタチは下忍となり、チームを組むことになった。チームの仲間は出雲（いずも）テンマと稲荷（いなり）シンコの二人。担当上忍は水無月（みなづき）ユウキで、このメンバーで猫バアからの依頼の任務に出撃することになる。依頼の内容は迷い猫探し。それもただの猫ではなく忍猫の捜索。イタチたちは猫だらけの猫魔殿（ねこまでん）へと赴くことになり、忍具ならぬあの“猫具（ねこぐ）”をつけることになるのだった。テンマ達はイタチにとって初めての仲間。果たして、任務の行方は…？

親友・シスイからの依頼で共に演習へ行くことになったイタチ。演習の内容は三つで、一つ目は逃亡者の行方を探る事。二つ目は夜営。この二つの演習でイタチはシスイから色々な事を学び絆を深めていく。そして最後の演習へと向かう時、火影の暗部と“根”が戦闘する現場に二人は出くわす。互いの信念の違いでぶつかる暗部と“根”だが、イタチにはどちらが正しいのか分からない。しかしシスイは確固たる信念を持ってこの戦いを止めようとするのだった。

暗部に入隊したイタチはその実力で暗部の分隊長になる。しかしそれはヒルゼンではなくダンゾウが直接指示を出す部隊で、イタチはクーデターを企てるうちは一族を監視する二重スパイを強いられるのだった。うちは一族の里への不満が高まっていく中、フガクから南賀ノ神社（なかのじんじゃ）へ来るよう呼び出されるイタチ。そこでうちは一族の族長であるフガクが息子に語る話とは？そして、フガクが見せたその眼は…。

うちは一族は革命を決意し、ついにあの満月の夜が訪れる。

木ノ葉のため、弟のため全ての汚名を背負い抜け忍となったイタチは犯罪者集団“暁（あかつき）”に入る。出迎えたのはペインや大蛇丸で「元木ノ葉の暗部」「一族殺しのイタチ」と各地でその名を知られたイタチは“暁”に歓迎される。“暁”ではツーマンセルで行動するのが通例で、十蔵（じゅうぞう）という男とコンビを組むことになるイタチ。この二人の初任務は水の国のとある人物の暗殺なのだが、二人の前に現われたのは三尾の人柱力であり、四代目水影であるヤグラだった。

鬼鮫（キサメ）とコンビを組むことになったイタチは“暁”のメンバーとして行動し、デイダラを仲間にすることに成功する。リーダーであるペインは仲間になったばかりのデイダラとサソリに“暁”を抜けた大蛇丸を殺す命令を下すのだが、果たして大蛇丸ＶＳ芸術コンビ・サソリ＆デイダラの戦いの行方は…？

一方、まだコンビを組む相手がいない角都（カクズ）。そんな時、不死身の殺人鬼が現れたという情報が入り、イタチ、小南（コナン）、角都の三人は湯（ゆ）の国へと向かう。

大蛇丸が起こした“木ノ葉崩し”により里は崩壊し、三代目火影・ヒルゼンが命を落した。ペインの命令により、里の状況と九尾の人柱力の調査のため木ノ葉隠れの里へ来たイタチと鬼鮫。そこでイタチは、己が汚名を背負ってでも生き残らせたサスケと再会することになる。イタチの全ての真実が明らかになるイタチ真伝篇、ここに完結！

そして再び舞台は第四次忍界大戦の戦場に戻り――マダラと対峙するナルトたち。勝利を確信するマダラだが…？

突如マダラの体を貫く黒ゼツ。マダラから現れた大筒木カグヤ（おおづつき　かぐや）。ナルトとサスケに自分の力を分け与えた六道仙人・ハゴロモの母であるカグヤのその力は絶大で、瞬時にしてナルトたちを溶岩地帯へと瞬間移動させる。六道の力を持つナルトとサスケしかカグヤを封印することはできないのだが、カグヤの強力な力の前に成す術なく、二人は黒ゼツに捕まってしまう。そして黒ゼツはカグヤの真実とこの世界の成り立ちを語り始める。果たして黒ゼツの正体とは！？

それはまだチャクラという概念すらなかった遠い昔――

この大地に突如として出現した神樹（しんじゅ）に人々が困惑する中、大筒木カグヤが天から舞い降りた。得体の知れないカグヤを疑う祖（そ）の国の者達であったが、皇（おう）であるテンジはその美貌に魅入られカグヤを大事にする。しかし、この時は争いの絶えない戦乱の時代。“神樹を見守る者”と自らを名乗るカグヤは平和を望むのだが、戦乱の波はカグヤを飲み込んでいくのだった。

毎日ただ空を見上げ、何も語らないカグヤ。母であるカグヤの心の内を知るすべもなく戸惑う息子のハゴロモとハムラであったが、そんな二人の前に後の大ガマ仙人・ガマ丸（まる）が姿を現す。神樹がある一帯は“終焉の峠（しゅうえん　の　とうげ）”と呼ばれていて、カグヤの定めた掟により何人もその峠に近づくことは許されていない。しかしガマ丸はその峠を指差し「そこに真実がある」と言う。その言葉が気になり掟を破り峠に向かう事を決意するハゴロモ。果たしてそこにある真実とは…？

掟を破ったハゴロモに激怒するカグヤ。母がかつてこの大地にした恐るべき事を知り、カグヤと戦う覚悟をするハゴロモ。カグヤは何者でどこから来たのか――母の事を何一つ知らないままでいたハゴロモはカグヤの事を信じる事ができず、そしてカグヤは怒りでハゴロモに襲いかかる。カグヤの怒りの理由、それは全てカグヤの愛とカグヤが味わった絶望によるものなのだが、二人ともお互いを分かり合えぬままに母と息子の悲しくも長き戦いが始まってしまう。

アシュラとインドラの時代から、現在にいたる第四次忍界大戦勃発と無限月読（むげんつくよみ）の発動は全て黒ゼツが暗躍して描いた筋書きだった。忍の物語は全て母・カグヤが復活するための物語だと語る黒ゼツ。しかしナルトは「お前らだけが忍の歴史じゃねーんだよ！！」とそれを否定する。カグヤを封印するため協力し合うナルトとサスケだがカグヤに対抗する手段が見つからない。そんな時ナルトは“あの術”で攻める作戦をサスケに提案する。

穢土転生体であるためか無限月読にかからずに済んだ柱間（ハシラマ）、扉間（トビラマ）、ヒルゼン、ミナトら四人。その四人の前に突如、チャクラの思念体の姿で六道仙人（りくどうせんにん）・ハゴロモが現れ、柱間とマダラの事を息子・アシュラとインドラの転生者の前任だと言う。今カグヤと戦っているナルトとサスケを助けるためには柱間達にも全てを知ってもらう必要があり、ハゴロモは忍宗の起源とアシュラとインドラの生い立ちを語り始めるのだった。果たしてハゴロモの語る過去とは！？

ハゴロモに二人の息子、アシュラとインドラが生まれた。幼い二人は共に学び共に遊び仲睦まじく過ごし、その中でインドラは天才的な才能を発揮して幼いながらも“忍宗（にんしゅう）の天才”と称されるようになる。一方のアシュラは忍宗の才能が無く、落ちこぼれだった。それでも二人は仲がよく共に修業に励み平和に過ごしていくのだが、ハゴロモすら気づかないその影で闇の力が蠢いているのだった。

優しい心を持つインドラであったが天才的な才能が故、力が重要だと考え“世界を束ねるのは力であり力による規律こそ理想”と言い、人々に厳しく接するようになる。アシュラは優しい心の持ち主だが才能がなく落ちこぼれ。人々は誰もが忍宗の後継者にはインドラが選ばれると思っていたのだが、ハゴロモは十尾（じゅうび）の残骸が残る地へと二人を向かわせ、そこで起きている問題を解決しその結果を見て後継者を決めると言い出す。

アシュラは元々後継者になるつもりはなかった。優秀な兄・インドラが当然後継者になると思っていたアシュラは、自分さえ居なければ兄が選ばれると考え戻らないつもりで旅に出る。しかし、たどり着いた先は謎の病気で苦しむ人たちが住む村。そこでアシュラは人々を助けようと病気の原因を探ろうとするのだが、村人から猛反発を受けてしまう。しかしアシュラはハゴロモの“問題を解決しろ”という言葉を思い出しある決意をする。

インドラは、ハゴロモの出した課題をすぐに解決し時経たずして戻ってきた。一方のアシュラは村がかかえる問題の解決に時間がかかり、旅立ってから一年が経とうとしているにも関わらずなかなか戻って来ない。誰もがインドラが後継者に相応しいと思う中、なかなか後継者を決めないハゴロモに弟子たちの動揺が広がるのだが、ついにアシュラが旅を終えて帰ってくる。そしてハゴロモは満を持して後継者の名を口にするのだった。

ついにあの“真実”がここに――

君は、この伝説を見逃すな。

異空間でのカグヤとの戦い。カグヤを封印するにはナルトとサスケが力を合わせる必要があるのだが、サスケだけが別の空間へと飛ばされてしまう。しかしカグヤの時空間を移動する能力が、カカシやオビトの瞳術“神威（かむい）”に似ていることを突き止めたオビトの作戦により、ナルト、サクラ、オビトの三人は他の五つの空間に繋がる始球空間（しきゅう　くうかん）へ入る事に成功する。そしてサクラとオビトは力を合わせ、サスケが飛ばされた空間を探し始める。

サクラと力を合わせ、異空間に飛ばされたサスケを見つけることに成功したオビト。必ずサスケを届けるとナルトと約束したオビトだったが、リンとの約束を守れなかった自分の生き様を思い出し、また同じことを繰り返してしまうという後悔の念を抱きながら力尽き気を失ってしまう。

一方、カグヤと壮絶な戦いを繰り広げるナルト。その戦いを見ながらカカシは、つけ入るスキすら見いだせずただただ自分の無力さに立ち尽くす。

ナルトをかばい、そしてカカシを守るためカグヤの「共殺の灰骨（ともごろし　の　はいこつ）」を受けるオビト。オビトを救おうとするナルトだが、六道（りくどう）の力を持ってしてもオビトに迫る死を止めることができない。無様に死ぬだけだとオビトをバカにする黒ゼツに怒りを露わにするナルトだが、罪人の自分には相応しい最期だとオビトは今までの過ちを思い出す。その中でオビトはかつて火影（ほかげ）を目指していた自分とナルトを重ね、ナルトに自分の思いを語り始める。

チャクラは二つの世界を繋げる力。そうリンに語るオビトは死してもなお、カカシのためにチャクラの思念体となってカカシの精神世界に現れる。かつて上忍（じょうにん）祝いのプレゼントとして自分の左目の写輪眼（しゃりんがん）をカカシに託したオビト。そして今度はカカシが“六代目火影”になることを願ってオビトは、就任前のプレゼントとして万華鏡写輪眼（まんげきょうしゃりんがん）をカカシに託す。

かつて他国にその名を轟かせた“写輪眼のカカシ”ここに復活！！

第七班は力を合わせ、ついにカグヤの封印に成功する。カグヤに吸収されていた尾獣（びじゅう）たちも全員解放され、これで戦いは終わり世界を救うことができた。かに思われたが…黒ゼツだけは封印を逃れ、またも母を復活させるため逃げようとする。しかしナルトは黒ゼツの存在を見逃してはいなかった。黒ゼツは「お前など、オレの創った忍の歴史の一部」とナルトに言うのだが、ナルトは「忍の歴史はいろんな忍者の生き様と死に様だ！」と黒ゼツに怒りをぶつける。

カグヤとの戦いも終わり、残るは無限月読（むげんつくよみ）の術を解除することのみ。無限月読はナルトとサスケが力を合わせれば解除できる。のだが…サスケはその前に「この無限月読の中、今の五影（ごかげ）共を処刑する」と言い出す。サスケの目的は忍世界を一新する“革命”。そしてその目的を遂げるためにサスケはまずナルトを殺そうとするのだった。

かつて二人が激突した場所で、ついにナルトとサスケの最終決戦が始まる…！！

一流の忍同士であれば拳を一度交えただけで互いの心が読める――。もはや一流の忍と呼べるまで実力をつけたナルトとサスケは拳を交叉させただけで、お互いの想いを理解できる。しかしサスケはナルトの想いを理解してもなお、ナルトを斬らなければならないと断言する。 大地を削り、山を斬り、空を、海を裂く、かつてないほどの二人の熾烈を極めた戦いの行方は…。 ナルトとサスケの烈々たる想いが火花を散らす!!

一流の忍同士であれば拳を一度交えただけで互いの心が読める――。もはや一流の忍と呼べるまで実力をつけたナルトとサスケは拳を交叉させただけで、お互いの想いを理解できる。しかしサスケはナルトの想いを理解してもなお、ナルトを斬らなければならないと断言する。 大地を削り、山を斬り、空を、海を裂く、かつてないほどの二人の熾烈を極めた戦いの行方は…。 ナルトとサスケの烈々たる想いが火花を散らす!!

互いの渾身の術をぶつけ合い、激しい巨大な光のエネルギーに包まれるナルトとサスケ。そして二人が気が付くと目の前には、子供の頃過ごした光景が広がっていた。ここは精神世界なのか、それとも死後の世界なのか――。

ナルトは九尾を封印されたことにより、そしてサスケはうちは一族惨殺事件によって木ノ葉隠れの里の者たちから忌み嫌われていた。似たような過去を持つ二人の意識が次第に交錯し、ナルトとサスケは互いの想いを語り始める。

「火影を超す！んでもって、里の奴ら全員にオレの存在を認めさせてやるんだ！」その言葉の通り自分の忍道を貫き続けたナルトは今や、誰からも認められる忍へと成長し、世界を救い英雄となった。そんなナルトがこれから歩む道とは…？　さらに忍世界の行く末はどうなるのか!?

皆の心の中を、まさに疾風のごとく駆け抜けていったうずまきナルトの物語。

「NARUTO」

かつて木ノ葉隠れの里を襲った九尾が体に封印されているナルトは、里の者たちから忌み嫌われていた。そのため一人ぼっちのナルトはよく森の中で修業に励んでいたが、とある人物が現れ…？

「HINATA」

ヒナタは日向一族宗家の娘として、三歳の誕生日の祝いの日を迎える。その祝いの場でヒナタは初めてネジと出会う。

「SASUKE」

幼少時代のサスケは、兄のイタチにかまってほしくてしょうがなかった。そんなある日、父のフガクと母のミコトが一日家を留守にすることとなり、サスケとイタチは二人きりで過ごすことになり…？

「SAKURA」

内気なサクラは一人で過ごすことが多く、口数の少ない女の子だった。唯一の友達であるいのが、そんなサクラにとあるプレゼントを渡す。

「GAARA」

自分の誕生と同時に母を失い、そして体の中に尾獣を宿した我愛羅は里の者たちから気味悪がられていた。そんな我愛羅を、母親代わりとも言える夜叉丸が世話をする。

「SHIKAMARU」

なんでもかんでも「めんどくせー」で片づけるシカマルはチョウジと親友。授業がつまらないシカマルはチョウジにいたずらし、そこにナルトも加わって廊下に立たされてしまう始末。そんな悪ガキ三人のとある一日。

「JIRAIYA」

自来也は子供の頃からスケベだった。そんな自来也の風呂場覗きや、綱手の気を引く作戦に大蛇丸は振り回される。“木ノ葉の伝説の三忍”と呼ばれる前の三人のお話。

「KAKASHI」

カカシは父・サクモが死んでから一人で暮らしていた。忍としての実力がズバ抜けているカカシに興味津々のリンとオビトが付きまとうのだが、カカシは飄々としていて、何を考えているのかわからず…？

ナルトとサスケが終末の谷で激突したラストバトル。その後、第四次忍界大戦は終結し、サスケは過去に犯した罪を償うため一度も木ノ葉隠れの里に帰ることなく一人旅を続けている――

そんな折、木ノ葉隠れの里では忍が行方不明になる事件が勃発。六代目火影となったカカシやナルトが危惧する中、今度は謎の忍たちが里を襲撃する。

この贖罪の旅の果てに、サスケが見る未来とは――

突如木ノ葉隠れの里を襲った謎の起爆人間。そして、里からは遠い地であるはずのサスケが訪れた村にも起爆人間が現れ、罪のない村の人々が次々と爆発してしまう。この事件の真相を暴くため、里には戻らず独自に調査を始めるサスケ。まずは村の者が口にした雷光団（らいこうだん）の「風心（フウシン）」という男が怪しいと悟ったサスケは村で偶然出会った忍崩れの旅芸人、チノとノワキと共に情報を得るためある場所へと向かう。その場所でサスケが出会った人物は…？

大蛇丸（オロチまる）の導きで闘技場（コロシアム）へとやってきたサスケは、事件の手掛かりを知るという御屋城（おやしろ）エンをおびき出す為、御屋城の手札と対決を迫られる。しかし、そこにも起爆人間が出現しサスケを襲う。試合は中断となり、御屋城に会うチャンスを失ったかに思われたが、写輪眼を持つサスケに興味を持った御屋城は自らサスケに接触してくる。そこでサスケは今回の事件に意外にも“うちは一族”が関係していることを知らされる。

ついに風心（フウシン）の正体を突き止めたサスケは、事件の全貌を聞き出すため風心と戦い、追い詰めていく。風心の記憶を写輪眼で覗き見ようとしたその瞬間、またもや巨大な赤眼（せきがん）の幻術トラップが襲いかかりサスケは気を失ってしまう。目が覚めるとそこには誰もおらず、命からがら逃げたと思われる風心の足跡が雪の上に残っていた。それを辿ってゆき真っ赤な池が煮立ち湯気を上げる、到底人が住めるとは思えない“地獄谷（じごくだに）”へとサスケは辿り着く。

木ノ葉隠れの里が起爆人間に襲われることで始まったこの事件。独自に調査を始めたサスケは数々の襲いかかる危険を乗り越え、ついに真実に辿り着く。

『起爆人間』『血龍眼』『地獄谷』『血之池（ちのいけ）一族』、そしてうちは一族…。

これらが一つとなり、導き出された事件の全貌!?

ついに全ての謎が明かされる!!

第四次忍界大戦から二年。「めんどくせー」が口癖であるシカマルは今や、木ノ葉隠れの里、そして忍連合においても責任ある立場となり重要な仕事を任せられていた。仕事に忙殺される日々が続き、いつしか雲を見ることすら忘れ自分らしさを失っていくシカマル。そしてある日、忍が大量失踪する事件が勃発し、シカマルは自分らしさからは程遠い“暗殺任務”へと赴くことになる。

大戦での失踪者や抜け忍が大量に流れ込んでいる黙(しじま)の国。そこに潜入したサイから不穏な報せが届き、シカマルは現状を探るため暗部である鏃(ソク)と朧(ロウ)と共に、黙の国を目指す。しかし三人の前には厳重な警備下に置かれた関所が立ちはだかり、容易に入ることができない。黙の国の内情と、サイの消息を探るためには関所を突破するしかなく、三人は力を合わせ潜入を試みるのだが…？

ゲンゴという男がいる俘囚城(ふしゅうじょう)はもう目の前だった。だが、ゲンゴは用心深く、シカマルたちは何一つ情報を得られていない。俘囚城の周辺を探ると、町は貧しいながらも色々な国の人間が集まっており、中でもとりわけ目立つのがゲンゴの意志に賛同した“革者(かくしゃ)”という者達。ゲンゴには人を惹きつける何かがあるのか…？そんな折、ゲンゴが演説をするということでシカマル達が会場に潜入してみると、そこには囚われたサイの姿があった。

ゲンゴの暗殺とサイの救出を試みたシカマルだが、失敗し囚われの身となってしまう。牢屋に閉じ込められた上、アスマのライターから何まで全て奪われ、まさに絶体絶命…。しかしシカマルは諦めず、持ち前の頭脳と知略を駆使し起死回生のチャンスをうかがう。そしてその機会がようやく訪れた、と思われたその時――信頼していたはずの鏃と朧が、ゲンゴに志を植えつけられシカマルの前に立ちはだかる！

シカマルの絶体絶命のピンチに、いの、チョウジ、そしてテマリが援軍として駆けつける！心を奪われてしまった朧をチョウジが。鏃をテマリが。そしてサイの心を取り戻すためいのが、それぞれ激闘を繰り広げる。

一方、シカマルはゲンゴを追う。忍が生きやすい世界を作るという大儀の名のもとに、忍を集め、操り、戦争を起こす野望を持つゲンゴ。シカマルはゲンゴの野望を打ち砕き、平和を取り戻す事ができるのか!?最終決戦がついに始まる!!

ナルトとヒナタが結婚することになった。しかし二人の結婚式が間近に迫る中カカシは、ある問題に頭を悩ませていた。今は平和になったとはいえ、ナルトの友人達は里の第一線で活躍している忍ばかり。連日連夜任務をこなす身であり、結婚式当日に出席できない者が必ず出てしまう。火影として不公平のない解決を考えるカカシは“二人の結婚祝いを用意する”という極秘任務を皆に言い渡す！

ナルトとヒナタが結婚することになった。しかし二人の結婚式が間近に迫る中カカシは、ある問題に頭を悩ませていた。今は平和になったとはいえ、ナルトの友人達は里の第一線で活躍している忍ばかり。連日連夜任務をこなす身であり、結婚式当日に出席できない者が必ず出てしまう。火影として不公平のない解決を考えるカカシは“二人の結婚祝いを用意する”という極秘任務を皆に言い渡す！

ナルトとヒナタの結婚祝いを探すという極秘任務の魔の手はシカマルにも襲いかかる。頭の回転が早いシカマルだが、結婚祝いは何が良いか中々答えを出せない。そんな中、チョウジはすでにシカマルが納得する程の最高のお祝いを用意していた。シカマルは焦る。焦るあまり「現金がいいのでは…？」と間違った答えを出す始末。しかし、チョウジから“旅行”というヒントを得たシカマルは、女性の意見を聞くためテマリに相談をする。

五影会談のため、木ノ葉隠れの里に集結する五影たち。オオノキや雷影（らいかげ）はナルトが結婚することを聞きつけており、すでに祝いの品を用意していた。しかしまだ用意をしていない我愛羅（ガアラ）は、結婚祝いなど選んだことがなく何が良いのかわからない。風影として盛大に祝えばいいと周りがアドバイスをしてくれるが、ビーの情報によれば雷影は“雲隠れの舞”を踊るらしい。これは我愛羅も踊りで対抗するしかないとカンクロウが言い出すのだが、果たして我愛羅は…？

シノとキバはまだ何を贈ればよいか決めていなかった。二人はヒナタと同じ第八班のメンバー。ヒナタは結婚という道を選び、キバは火影になるという目標に向かって突き進んでいる。しかしシノはまだ、これから先の事を何も決めていない。ヒナタが結婚するとなれば、これから一緒に行動することも少なくなり、この極秘任務が“第八班最後の任務”になる。前へ向かって進んで行く二人とは違い、何も決まらないままシノはこの最後の任務へと赴くが…。

ナルトの結婚式が間近に迫る中、仲間たちは着々と結婚祝いを用意しカカシから発令された極秘任務を達成していた。しかしまだ誰にも明かされていない極秘任務の真の目的は――祝いの品を見定めナルトとヒナタの結婚式に出席できる者を決める事。発令したものの、皆が一生懸命集めた品を見てカカシは「本当にこれでいいのだろうか…」と思い悩む。そんな中、極秘任務の真の目的を知ってしまったサクラやキバ達は怒り、カカシに詰め寄るのだった。

誰にも認められず孤独に過ごしていたナルト。しかし、イルカがナルトを認めた事で、ナルトの物語は始まった。イルカの言葉や存在が、今日までナルトを支えてきた。そんなナルトの結婚がもう間近に迫る中イルカは、自分がナルトにとってどういう存在なのかわからなくなり、結婚祝いの言葉に何と言っていいのか答えを出せずにいた。

果たしてイルカがナルトへ贈ったメッセージとは…？

長きに渡り続いてきたNARUTO-ナルト-疾風伝、ここに完結!!