小樱向纲手报告蝎在临终前说出的情报后，纲手决定派卡卡西小组一行人前往探查真相。除了要补足一名小组成员之外，还得安排暂时带队的队长，鸣人立刻到村子里寻找适当的人选……

木叶的两位顾问为了鸣人的事找了纲手协商，最后纲手不得已只能接受他们的要求，启用他们选派的一名新人安插在卡卡西小组里面，而代替卡卡西职务的人选，则是由纲手亲自挑选……

纲手从暗部中挑选出适当人选后，新的卡卡西小组也就此成军，大和在纲手的任命下，立刻以卡卡西小组的代替队长之姿集合组员碰面，没想到才刚碰面，祭就已经跟鸣人他们水火不容……

鸣人和小樱都无法接纳祭，以致卡卡西小组迟迟无法整合。为了统合小组的战力，大和不惜自掏腰包招待鸣人他们住宿温泉旅馆，同时他也以胁迫的方式让大家能暂时维持表面上的和谐……

在大和的威胁与利诱下，卡卡西小组总算是有了表面上的整合效果，然而祭却还是无法与鸣人他们打成一片，小樱虽然发现祭在绘画方面的天份，但是却又从祭的绘画中看到了诡异的气氛……。随着时间的逼近，大和为了顺利执行任务与更深入的了解蝎，于是召开行前会议，目的就是为了能生擒那个蝎派遗到大蛇丸身边的间谍……。

大和在分组之后，立刻展开始模拟战斗训练，从训练中发现鸣人跟祭的关系仍然无法改善，以及祭的实力超乎他当初的想像。虽然鸣人跟祭似乎有点水火不容，但鸣人跟小樱后来都决定，只要能够救出佐助，他们都愿意与祭联手合作……。

大和在做好行前准备后，便乔装成蝎的模样前往天地桥赴约，但令人惊讶的是，晓派去的间谍竟然是药师兜。然而更让大和他们跌破眼镜的，则是大蛇丸也现身了，在情势所逼的情况下，大和决定叫鸣人他们三个人一起现身……。

大蛇丸现身后，小樱他们他在大和的一声令下一起出动，没想到鸣人竟然因为大蛇丸的挑衅而出现妖狐外衣外漏的现象，甚至在短时间内就已达到三条尾巴之多，而大蛇丸也在此时说出，他人还在木叶时跟大和相关的一段过往……。

鸣人因为愤怒使得妖狐外衣再次外漏，不惜让自己的意识被九尾吞噬，也要得到更强大的力量好将佐助带回，而他的举动却让此行的任务出现了意外插曲，祭似乎也借着这个机会，开始了某项秘密任务……

鸣人禁不起大蛇丸的挑衅，决定与体内的九尾妖狐妥协，不惜出卖自己的身体换取更强大的力量，鸣人虽然因为这样在与大蛇丸的打斗中占上风，但是也因此重创了自己的身体……

眼看着鸣人的变化，小樱忍不住想前去阻止，虽然大和立刻采取行动，但小樱的手臂仍被九尾的查克拉所伤，大蛇丸也因为肉体产生排斥作用而准备撤退了。鸣人在大和的抢救下慢慢恢复了……

在大和与小樱帮助鸣人治疗的同时，祭趁机执行段藏所指派给他的任务，而前去与大蛇丸交涉。鸣人在清醒之后，完全不记得发生过的事，而小樱则是听了大和的解说后，了解了整个战斗的来龙去脉……

大和的木分身在追踪的途中发现了祭的尸体，而另一方面，鸣人清醒后，身体似乎并未完全复原，被九尾的查克拉伤害的小樱，情况也好不到哪里，大和决定要让鸣人知道真相……

当鸣人知道伤害小樱的真凶就是自己时，内心感到相当错愕。大和要鸣人别依赖九尾，要用自己的力量去拯救伙伴。另一方面，小樱看到祭的绘本后，对内容所描述的奇妙故事产生了疑问……

祭在大蛇丸的根据地里，与佐助有了一场战栗的会面。另一方面，鸣人和小樱吞下了大和所交付的神秘种子之后，三个人便利用土遁术潜入了大蛇丸的巢穴，展开救出佐助行动……

在大和的带领下，他们终于找到了祭的所在之处。在质问他关于“毁灭木叶计划”的事情时，祭也很干脆的说出了事情的原委。而小樱将祭所遗失的绘本归还给他后，也指出了隐藏在他行动中的矛盾心情……

鸣人虽然因为旧伤而感到吃力，却不愿意停下来休息，祭看着这样拼命的鸣人，也回想起了重要的回忆。但就在此时，大和也发现了祭的极秘任务的真相……

原来祭的真正任务就是要去暗杀佐助，而此时，大和也感觉到祭的查克拉似乎有了变化，他们便赶紧动身去寻找祭。当他们找到祭的同时，也跟佐助重逢了……

鸣人终于实现了几年来想与佐助重逢的愿望。但是，就算时间已经过了三年，佐助的心意还是没有改变。声称早已斩断牵绊的佐助，毫不留情的展开了攻击……

因为大蛇丸的介入，鸣人想带回佐助的心愿又再次落空。鸣人的无力感，小樱的坚强，祭的加入……他们将回到木叶村再次修炼，好好把握剩下的半年时间……