Guy und sein Team kommen endlich wieder in Konoha an und Kakashi muss erstmal eine Woche im Krankenaus bleiben, weil die Benutzung seines neuen Sharingan ihn so mitgenommen hat. Sakura erzählt Tsunade derweil, dass Sasori ihr von dem geheimen Treffpunkt an der Brücke von Himmel und Erde berichtet hat, wo sie vielleicht neues über den Verbleib von Sasuke herausfinden können.

Da Sakura von Sasori die Info erhalten hat, dass es in wenigen Tagen an der Brücke zwischen Himmel und Erde ein Treffen geben soll, bei dem sie möglicherweise etwas über Sasuke erfahren kann, soll nun ein Team gebildet werden, dass diese Mission übernimmt. Kakashi fällt aus, weil er sich erstmal ausruhen muss, aber wer soll dann mit Naruto und Sakura gehen?

Während Naruto noch hofft, sich das fehlende Teammitglied selbst aussuchen zu dürfen, sieht Tsunade sich einer Intrige gegenüber, denn einer ihrer Widersacher, Danzo, hat längst entschieden, wer Teammitglied anstelle von Sasuke werden soll: Sai, der Junge, der Naruto vor kurzem angegriffen hat. Tsunade kann das nicht verhindern …

Naruto, Sakura, Sai und Yamato haben sich auf den Weg zur Brücke gemacht, um den Spion dort abzufangen, doch wie nicht anders zu erwarten, gibt es eine Menge Spannungen zwischen Sai und Naruto, der den Neuen nicht ausstehen kann. Zu allem Überfluss bewundert Sakura auch noch Sais künstlerische Ader, denn er kann toll zeichnen.

Die Spannungen zwischen Naruto und Sai sind nach wie vor vorhanden und darum entschließt Yamato sich, eine Simulationsübung zu machen, um zu sehen, ob das Zusammenspiel zwischen den Beiden klappt – was es natürlich nicht tut. Sai schneidet wesentlich besser ab, als Naruto und der ist entsprechend sauer.

Yamato und sein Team sind an der Brücke zwischen Himmel und Erde angekommen. Ihr Plan ist, dass Yamato sich als Sasori verkleidet und sich mit dem Spion trifft, damit sie ihn gefangen nehmen können. Alle sind gespannt, um wen es sich handelt – zu Recht, denn es ist Kabuto. Die Täuschung scheint zu klappen, bis zu dem Moment, in dem Orochimaru auftaucht.

Auf der Brücke zwischen Himmel und Erde steht Naruto nun seinem schlimmsten Feind, nämlich Orochimaru gegenüber und der reizt ihn so, dass das „Gewand des Fuchsgeistes" wieder zum Vorschein kommt. Dieses unheilvolle Chakra ist nur zu kontrollieren bis der dritte Schwanz des Fuchses sich bildet, ab dem vierten wird Naruto außer Kontrolle sein.

Naruto steht Orochimaru gegenüber und verwandelt sich immer mehr in den Neunschwänzigen Fuchs. Er denkt an seine letzte Begegnung mit Sasuke zurück und fühlt sich schlecht, weil er zu schwach war, Sasuke davon abzuhalten, zu Orochimaru überzulaufen. Doch er beschließt, nicht aufzugeben und um Sasuke zu kämpfen und so gewinnt der Fuchsgeist immer mehr die Oberhand …

Naruto steht Orochimaru im Kampf gegenüber und inzwischen hat sich der vierte Schwanz des Fuchsgeistes herausgebildet. Naruto ist nun lt. Jiraiya nicht mehr zu kontrollieren und bildet Unmengen an Chakra – was wiederum den Nachteil hat, dass es seine Bewegungsfähigkeit einschränkt.

Naruto ist nicht mehr zu kontrollieren, er scheint sich vollends in den Fuchsgeist zu verwandeln, was auch Orochimaru beunruhigt feststellt, denn sein Schwert, das sonst alles durchdringt, prallt an Naruto in seiner derzeitigen Gestalt völlig ab. Er verletzt sogar Sakura schwer, die versucht, ihn zu erreichen, und ausgerechnet Kabuto hilft ihr mit seinen medizinischen Fähigkeiten.

Naruto ist aus dem Kampf mit Orochimaru schwer verletzt hervorgegangen und Sakure heilt ihn nun. Währenddessen ist es Sai gelungen, mit Orochimaru zu sprechen und ihm von seinem Vorgesetzten Danzo etwas auszurichten. Kurz darauf verlässt er mit Orochimaru und Kabuto den Ort des Geschehens – von Yamatos Holzdoppelgänger beobachtet, so dass dieser im Wesentlichen über Vorgänge informiert ist.

Yamato und sein Team kommen langsam dahinter, warum Sai verschwunden ist. Sie nehmen an, dass er von Danzo in das Team geschmuggelt wurde, um an Orochimaru heranzukommen, den der sich zum Verbündeten machen will. Er will vermutlich Konoha zerstören, so dass sich der Unmut der Bevölkerung gegen Tsunade richtet und sie somit aus dem Amt stürzen.

Yamato versucht, Naruto klar zu machen, dass er nicht die Kräfte des Neunschwänzigen Fuchses benutzen darf, nur um schneller an sein Ziel, nämlich Sasuke zu finden, zu gelangen. Yamato erzählt ihm, dass er, Naruto, Sakura die Verletzung am Arm zugefügt hat und dass er mit allen Mitteln versuchen muss, den Fuchsgeist in sich zu unterdrücken …

Orochimaru und Kabuto haben Sai mit in ihr Versteck genommen, wo er Sasuke kennenlernt, der sich nicht die Bohne für ihn interessiert. Auch als Sai Naruto erwähnt, reagiert Sasuke nicht groß darauf, sondern behauptet, sich kaum noch an den erinnern zu können. Derweil versuchen Yamato, Sakura und Naruto in das Versteck zu gelangen …

Yamato und seinem Team ist es gelungen, in Orochimarus Versteck einzudringen und Sai ausfindig zu machen, der ihnen ihre schlimmsten Befürchtungen bestätigt: Tatsächlich will Danzo Orochimaru als Verbündeten haben, um Konoha zu übernehmen. Sakura spricht Sai auf das Bilderbuch an und es stellt sich heraus, dass Sai doch nicht so gefühllos ist, wie er es immer dargestellt hat …

Yamato und sein Team haben Sai aus Orochimarus Versteck geholt und ihn gefangen genommen, da kommt ihnen Kabuto in die Quere. Der jedoch hat allein gegen die Drei keine Chance und so befreit er Sai von dessen Fesseln, in der Hoffnung, dass er sich auf seine Seite schlägt, doch Sai reagiert anders: Er stellt sich auf die Seite des Teams und so gelingt es ihnen, Kabuto festzusetzen.

Yamato und sein Team suchen im geheimen Berg von Orochimaru nach Sasuke, doch es gibt so viele verwinkelte Wege und Zimmer, dass es fast aussichtslos scheint, ihn zu finden. Naruto bricht zusammen, weil ihm das Chakra des Fuchsgeistes immer noch zu schaffen macht und so bietet Sai an, allein weiter nach Sasuke zu suchen und Naruto, der glaubt, Sai stünde auf ihrer Seite, lässt es zu.

Yamato und sein Team finden heraus, dass Sai von Danzo nicht nur den Auftrag hatte, einen Kontakt zu Orochimaru herzustellen, sondern Sasuke zu eliminieren, denn Sasuke soll Orochimaru ja als nächster Körper dienen. Wenn es den nicht mehr gibt, verschwindet Orochimaru von der Bildfläche und niemand würde Danzo die Herrschaft über Konoha dann noch streitig machen können.

Nach langer Zeit stehen Naruto und Sakura nun endlich wieder Sasuke gegenüber, doch der scheint sich sehr verändert zu haben. Auf jeden Fall hat er kein Problem damit, sie alle gleichzeitig außer Gefecht zu setzen. Naruto will Antworten von ihm und hat diverse Erinnerungen an die gemeinsame Zeit mit Sasuke.

Nachdem Naruto, Sai, Sakura und Yamato Sasuke gefunden haben, begreift Naruto immer noch nicht, dass er sich mit Orochimaru zusammengetan hat. Naruto versucht Sasuke klar zu machen, dass Orochimaru nur seinen Körper will, um weiterleben zu können, aber Sasuke weiß das längst und es ist ihm egal. Wenn er dafür die Stärke erreicht, sich endlich an seinem Bruder Itachi rächen zu können.