Tsunade pretende organizar nuevamente los exámenes Chunnin en Konoha después de dos años, pero Gaara propone realizarlos en la Aldea de la Arena y además, hacerse conocer como el nuevo Kazekage. Pero, la verdadera intención de los exámenes es saber como responderá Akatsuki, ya que Gaara es un Jinchūriki. Los dos kages, Tsunade y Gaara, llegan a un acuerdo para que una prueba del examen se haga en cada aldea. Tras tener todo preparado, Tsunade hace una invitación a las cinco grandes naciones para saber como responderán, pero las aldeas de la Nube, la Roca y la niebla no aceptan la invitación. Ahora, Kakashi deberá llevar la invitación del examen a la Aldea de la Lluvia donde, además deberá obtener información sobre dicha aldea.

Kakashi logra entregarle en persona a Hanzō la invitación a los exámenes Chunnin, poco después Konan le informa a Pain del examen donde este pretende obtener información de los Jinchūriki con los gennin que enviaran al examen. En la Aldea Oculta de la Cascada Fū la Jinchūriki del Chōmei pretende participar en el examen donde el líder de esa aldea al final accede. En Konoha el equipo de asuma presenta un problema ya que Shikamaru ya es Chunnin y hace falta un integrante para participar, por lo que Ino intenta convencer a Sakura para completar el equipo, pero esta se niega ya que podría ser una molestia, poco más tarde Sakura atiende a un ninja el cual está mal herido donde con mucho esfuerzo logra salvarlo, Sakura finalmente accede participar en el examen, mientras que los participantes de las demás aldeas empiezan a llegar a Konoha.

Los candidatos al examen chunnin llegan a Konoha, donde seguidamente todos se registran para participar. Shikamaru es el sensor de la primera prueba que es escrita, donde a diferencia de los exámenes anteriores divide a los integrantes de cada equipo en salas distintas, una vez todo listo Shikamaru explica en que consiste el examen, cada miembro deberá responder una pregunta de un total de tres, donde al final el resultado tendrá ser de cien puntos exactos por equipo, tras saber esto los participantes descubren que cada aula esta completamente sellada, impidiéndoles comunicarse, por lo que todos empiezan a analizar la situación y buscar maneras de lograr comunicarse entre sus compañeros para solucionar el examen.

El primer examen escrito continua, Neji sigue analizando la situación donde llega a la conclusión de golpear la pared cuatro veces, indicando que el hará la pregunta de 40 puntos, pero un shinobi de la arena tras no entender la situación decide golpear cinco veces confundiendo a los demás, pero Neji alega que no importa las veces que se golpee la pared aun siendo cinco veces se puede aprobar el examen, tras pasar la media hora del examen Shikaramu se comunica con los participantes y explica la segunda ronda, la cual consiste en elegir quien debe ser la carnada para escapar de los enemigos. Tsunade mientras recibe una advertencia de Danzō, en la cual pide vigilar atentamente a los shinobis de la aldea de la nube. Tras finalizar la primera prueba Shikamaru reúne a todos y explica que aquellos que no escogieron a ningún compañero como carnada pasaron el examen, ahora Temari explica la siguiente fase del examen, los equipos deberán ir hasta la aldea de la arena lo cual les tomara tres días, pero solo treinta equipos serán aceptados, así todos los equipos parten, mientras que al tiempo Gaara prepara todo para la segunda prueba.

Los treinta equipos llegan justo a tiempo a la Aldea de la Arena, esa noche se prepara una cena especial antes de comenzar la segunda prueba, todo termina en un caos cuando un shinobi obeso y sudoroso de la Aldea de la hierba intenta acercarse a la comida y Neji y los demás de Konoha intervienen a causa de eso accidentalmente la comida cae al suelo, los de la arena se alteran e inician un combate donde todos terminan involucrados, Lee intenta detener el caos realizando una ráfaga de patadas pero es detenido por un shinobi de la arena llamado Shira quedando impresionado. En ese momento aparece Fū quien alega que quiere hacer amigos, pero los demás equipos se retiran, poco después Chōji sale del recinto y es atacado por un escorpión gigante donde Sakura e Ino salen en su ayuda pero además Fū interviene matando al escorpión, Neji y los sensores se sorprenden del poder de Fū, ya amaneciendo Temari explica en que consiste el segundo examen, una prueba de supervivencia en el desierto infernal.

La segunda prueba del examen Chunnin comienza, los equipos tienen tres días para obtener el pergamino que les hace falta, el equipo de Shira observa desde lejos al equipo de Neji y los ponen en un Genjutsu, Lee tras descubrir que están corriendo en círculos rápidamente se percatan y se liberan, poco después el equipo de Lee alcanza a Shira y sus compañeros, pero tras no conocer el terreno Neji y su equipo caen en arenas movedizas y son arrastrados hacia una cascada de arena, pero Lee usa la segunda puerta para liberarse de la arena para quedar atrapados en el fondo del valle, Shira y su equipo se reúnen con los demás shinobis de la arena quienes traicionan a Shira ya que no lo soportan como alguien que está siendo el líder en muchas cosas, Shira es herido al igual que sus compañeros pero en el último momento, tras estar a mano ambos equipos Lee descubre que Shira es como el ya que solo puede usar Taijutsu.

Shira recuerda su pasado, el cual tuvo que entrenar siempre solo ya que no poseía ninguna habilidad en ninjutsu ni genjutsu, es así como Shira entreno al lado de una roca durante bastante tiempo hasta que finalmente la destruyó, Gaara quien noto la ausencia de la roca le pide explicación a Shira de lo ocurrido, Shira le explica su situación, y Gaara decide entrenar con el y además abole la ley de aquellos que no pueden usar jutsus si pueden ser ninjas. Tras escuchar la historia de Shira Lee decide buscar a los ninjas de la arena que traicionaron a Shira y hacer que le pidan disculpas tras derrotarlos, Lee le pide a Shira pelear contra el usando solo taijutsu.

La pelea entre Rock Lee y Shira finalmente comienza, donde ambos luchan con todas sus fuerzas, aun cuando Lee se libera de sus peas es golpeado constantemente, y la situación se complica aún más ya que Shira golpea sin emitir ningún sonido, por lo que a Lee le cuesta esquivarlo, en un intento por tomar el control de la batalla Lee intenta usar las ocho puertas pero no puede ya que Shira ha bloqueado sus puntos de chakra, tras ser golpeado Finalmente Lee puede usar las ocho puertas pero en su estado solo pelea usando la cuarta puerta, Shira al verlo usa su propia versión de las ocho puertas donde a diferencia de Lee él puede manipular perfectamente su respiración, tras luchar al máximo por un rato finalmente Shira cae rendido ya que sus heridas aun no sanan del todo, Shira se alegra de haber podido conocerlo y no lamentar nada en su vida.

Kiba, Hinata y Shino, siguen en busca de algún equipo para obtener el pergamino, pero no son los únicos pues el equipo de la aldea de la hierba también lo esta, ambos equipos se encuentran donde empiezan a luchar parejamente pero el equipo de Konoha empieza a tener problemas, en especial del ninja obeso el cual se percata que Kiba posee el pergamino, tras tenderles una trampa el equipo de Kiba pierde el pergamino, ahora deberán hacer todo lo posible para rescatar su pergamino y vencer al enemigo.

El equipo de la aldea de la hierba se percata que aun son perseguidos por Kiba y los demás, es por eso que deciden quitarse el olor para perder el rastro, Kiba al darse cuenta de la situación pide ayuda a Shino quien usa sus insectos para abarcar áreas más grandes y encontrar al enemigo más rápido, cuando parece que los encontraron se percatan que es un espejismo, tras el aparente fracaso el equipo 10 Kiba decide no darse por vencido y perseguirlos para recuperar su pergamino, en ese momento Kiba recuerda el duro entrenamiento por el que paso para realizar el Santouro el cual realizó en una montaña donde Naruto previamente había entrenado. En ese momento el equipo de la hierba los ataca desprevenidamente, pero al final resultó ser clones de insectos y finalmente el equipo 10 logra recuperar ambos pergaminos.

Tenten esta preocupada ya ella es muy practica al igual que las herramientas de combate, por lo que ella recuerda lo que le dijo Guy, que se especializara en alguna técnica para ayudar a su equipo. Por otra parte el equipo de la lluvia se percata que el equipo de Neji las está siguiendo, así que los dos equipos se ven cara a cara en una ruinas, Neji propone no luchar pero es ignorado por el equipo de la lluvia, el combate parece ser igual, pero rápidamente el equipo de Konoha toma el control, pero una explosión envía a Tenten y Ajisai a unas galerías bajo tierra, es allí donde el combate termina y ambos equipos deciden buscar a sus compañeras, Tenten inconsciente sigue recordando sus entrenamientos para mejorar sus técnicas, cuando despierta decide ayudar a Ajisai.

Tenten y Ajisai buscan una manera de salir de las galerías donde cayeron, pero en el camino se topan con hormigas gigantes las cuales causan algunos problemas, en la superficie ambos equipos también siguen en la búsqueda de sus compañeras, en las galerías Tenten conoce un poco mejor a Ajisai y sobre la aldea de la lluvia. Ajisai propone capturar a la hormigas para usarlas como invocación, por que llegan a la guarida pero al ver que son muchas deciden buscar la salida rápidamente, el equipo de Neji y Ajisai encuentran la entrada a las galerías pero al intentar entrar las hormigas aparecen por lo que Lee decide enfrentarlas mientras los demás entran. La salida está bloqueada por escombros por lo que Ajisai decide usan su técnica de absorber cosas pero rápidamente queda agotada por lo que Tenten deberá hacerse cargo de la situación ya que están rodeadas por las hormigas, pero Tenten aun insegura de realizar su técnica especial recibe valor de Ajisai, y finalmente Tenten logra invocar una cantidad masiva de agua que las ayuda a escapar a la superficie.

Un equipo de la aldea de la arena logra percibir que el equipo de Ino esta cerca por que deciden vigilarlos, mientras que Sakura, Ino y Chouji siguen su camino siguen su camino, son atacados por un escorpión gigante, Chouji usa su jutsu para contrarrestarlo sin éxito, Sakura finalmente lo vence al golpearlo con su fuerza, después de ello, Ino cura la mano de Sakura y en ese momento empieza a recordar sus entrenamientos en el pasado en especial el jutsu secreto de su clan, pero en ese entonces al ver que Sakura también entrenaba ninjutsu medico decide intentarlo, Tsunade decide hacerle una prueba en donde deberá devolverle la vida a un pulpo, y tras meses de intento Ino logra revivirlo, una vez superada la prueba Ino conoce los motivos por los cuales Sakura entrena e Ino reconoce que ella también tiene su lugar en el equipo diez.

Sakura, Ino y Chouji se topan con el grupo de la arena el cual los estaba vigilando, este les propone entregar su pergamino y a cambio Sakura y los demás podrán obtener agua del oasis, pero tras rechazar la propuesta, la pelea es inminente entre ambos equipos, Ino quien imprudentemente ataca queda inconsciente, por lo que Sakura y Chouji deberán salir adelante, pero la situación se complica ya que sus contrincantes se hacen invisibles y los golpean en sus puntos ciegos, Ino quien recupera el sentido logra percibir al enemigo y logran contraatacar, pero el equipo de la arena se recupera rápidamente ya que tenían en sus cuerpos medusas que los curaban. Ino entonces concluye que para ganar la batalla debe usar el ninjutsu secreto de su clan en el cual deberá comunicarse instantáneamente con Sakura y Chouji, pero Ino aun no domina por completo la técnica, pero gracias a su esfuerzo y al entrenamiento con ninjutsu medico logra dar a conocer su estrategia a sus compañeros y ganar el encuentro, finalmente ambos equipos se curan entre si en el oasis.

El equipo de Ino prosigue su camino hacia la torre, pero Sakura pierde el conocimiento mientras es auxiliada por Ino y Chouji esta recuerda su entrenamiento con Tsunade donde aprende a usar el Byakugō no jutsu, para ello Sakura deberá acumular chakra durante tres años, pero el riesgo es que no podrá usar ninjutsu medico ni pelear. Una vez que Sakura recupera el sentido, observa una muñeca no muy lejos, tras acercarse un poco descubren a un equipo de la arena liderado por Saya quien además es la marionetista de la muñeca, una nueva batalla ha comenzado, Chouji es atacado entre dos personas poniéndolo en desventaja, Ino por otra parte es atacada por la muñeca la cual le corta algunos cabellos, inmediatamente Saya usa el Kagutsu modoki no jutsu, donde toma el control del cuerpo de Ino y empieza a atacar a Sakura, Chouji al ver la situación usa su jutsu de expansión, pero Saya ahora usa su técnica en el y toma control de su cuerpo y la vez Ino queda libre, ahora Saya pretende atacar a Ino y Sakura, en ese momento Ino realiza nuevamente su técnica para liberar a Chouji por lo que Sakura queda sola por el momento.

El cuerpo de Chouji sigue en control de Saya, Ino logra detener su técnica, una vez que Saya pierde el control, es atacada junto son sus compañeros por el puño de Chouji, cuando Ino regresa a su cuerpo, y Sakura la auxilia, Chouji descubre que Saya no era más que una marioneta y así prosiguen su camino. En ese momento la muñeca maldita alberga el alma de Saya y una vez que se reúne con su equipo planea la venganza contra el equipo de Ino, Sakura medita en el entrenamiento que ha tenido y lo que se ha esforzado por no estar a las espaldas de sus compañeros, en ese momento una tormenta de arena encierra al grupo y además unas estatuas de arena lo empiezan a atacar, Ino conecta los campos de visión y así no dejar puntos ciegos, la situación se complica cuando una de las estatuas es uno de los rivales, el cual logra morder a Chouji e Ino los cuales empiezan a perder la conciencia, Sakura al ver que sus compañeros están en peligro finalmente logra reunir el chakra necesario, llena de valor y confianza logra acabar con la batalla de un solo golpe, cuando Ino y Chouji despiertan le dan las gracias a Sakura por salvarlos y se alegran de haberla invitado a los exámenes chunnin

Hōichi un ninja budista aprendiz de Bunpuku, crea una gigantesca tormenta de arena la cual hace que la segunda fase del examen Chunnin sea temporalmente aplazada, el fin de dicha tormenta es lograr que Gaara salga a la batalla. En el cuartel general Temari y Kanguro deciden ir al desierto y ayudar a los equipos que están en problemas, tras ver el esfuerzo de los shinobis de la arena Gaara decide salir a ayudar a los participantes, el equipo de Fū también se refugia de la tormenta pero la Jinchūriki decide ayudar a los demás competidores, en ese momento se encuentra con Gaara y este reconoce el valor de Fū quien le recuerda a Naruto.

El equipo de Neji se topa con Matsuri quien les pide ayuda para salvar a Gaara, tras aceptar la petición de ayuda, Neji usa su Byakugan donde divisa a Gaara y Fū los cuales están en peligro, tras dirigirse a su rescate, el equipo de Fū también esta en su rescate por lo que ambos equipos deciden unirse. Mientras tanto Gaara le alega a Fū por haber venido, en su respuesta Fū dice que no podía abandonar a un amigo, tras eso la Jinchūriki del Chōmei, crea un capullo de chakra, el cual impide que Hōichi siga absorbiendo a los Bijūs, tras eso, Fū alega que solo resta esperar a que los rescaten, pero Gaara alega que nadie vendrá puesto que el enemigo es de Sunagakure, poco después Neji y compañía llegan al rescate, pero Hōichi logra crear una barrera que lo protege de los ataques, Neji logra entrar en el capullo y tras analizar la situación, logra cortar el flujo de chakra de las cadenas, inmediatamente estas se desprenden y salen de control, Hōichi que se percata de los sucedido ahora es atacado por su propia técnica y queda inmovilizado. Gaara y Fū que ahora están libres le dan las gracias y le piden ser sus amigos.

Una vez que Gaara y Fū son salvados la segunda fase del examen continua, los equipos empiezan a llegar a la torre, Gaara quien entabla una conversación con Fugi y le comenta sus sentimientos acerca de lo que es Hokage y lo que lo que es ser un amigo. En otro lugar el equipo de Matsuri se encuentra con Shira y sus compañeros, Matsuri propone un enfrentamiento por el pergamino, pero Shira se niega ya que son de la misma aldea, pero Matsuri decidida a probarse a si misma logra convencer a Shira, donde finalmente deciden luchar, tras ser un encuentro parejo al final Shira logra ganar el encuentro. Una vez que todos regresan a sus aldeas, la decisión de ser aprobados o no dependerá de los kages de cada aldea, en el caso de Konoha Tsunade decidirá quienes serán Chunnin, pero en el caso de Neji por solicitud de Gaara es ascendido a Jounnin. Fū al regresar a su aldea se topa con Hidan y Kakuzu donde posiblemente la capturaron, el equipo de Amegakure vuelve con información tal como lo solicitó Konan, poco después Ajisai muere en su primera misión como Chunnin.