鸣人陷入濒临死亡的危机，木叶的同伴们以及纲手的心中充斥着不安，在担心着鸣人安危的同时，大家回忆起鸣人不论何时都是村子的希望，于是，时光回溯——。那是鸣人与自来也历经漫长时日展开修行之旅的时候。木叶村久违地准备与砂忍者村联合举办中忍考试。但，以人柱力为目标的“晓”在暗中活跃，盯上我爱罗性命的诡异影子也在背后蠢蠢欲动。尽管如此，我爱罗还是提出“作为就任风影的第一项工作，我希望让考试在砂忍者村举办”。在各个村子的想法和野望的漩涡当中，新中忍考试终于开幕！

为了迎接中忍考试的开始，木叶忍者村开始进行正式准备。在纲手的命令下，卡卡西接受了对不了解其内部状况的雨忍者村进行情报收集、同时发送请帖的任务。虽然雾、云、岩忍者村拒绝参加，但泷忍者村和草忍者村表示将会参加，在此之后参加人数也决定了。这些人当中，小樱由于鸣人和佐助不在而无法组成三人小队，于是井野和丁次邀请小樱代替已经成为中忍的鹿丸和他们一起参加考试，但小樱却拒绝了他们的邀请……

中忍考试终于开始了。第一次考试的考官是鹿丸！最初的考试是笔试。在队伍被打乱的应考下忍们陷入混乱时，鹿丸简短地进行了说明之后考试就开始了。限制时间30分钟。所出的题目是用一般方法无法答出来的三个问题。时间一分一秒地过去，宁次回想起之前的笔试中鸣人交了白卷仍然合格了，于是开始发觉这次考试并非是要考察回答问题的能力……

就在大家无法解开问题而焦躁的时候，宁次突然对房间里的众人说出“我来告诉你们解答的方法吧”。宁次站在领导者立场指示众人，对他这种态度感到不满的其他考生向宁次挑战，但考试中是禁止战斗的。害怕失去资格的人只好不情愿地按照宁次的指示开始解题，在经过30分钟后考试结束了。但，鹿丸接下来又出了一道问题，限制时间是3分钟。究竟宁次他们能不能合格呢！？

二次考试的会场在砂忍者村。但在砂忍者村有人想要取我爱罗的性命，勘九郎也认为管理官的立场会因警备变得薄弱而很危险，打算阻止我爱罗。但对于我爱罗来说，中忍考试是与鸣人相遇的契机，也是一切的开始，怀着这份特别心意的我爱罗宣言必定要将中忍考试进行到最后。之后，在二次考试开始前夜，参加者们在食堂集中，但其他村子的人们开始乱斗而引起骚动。就连木叶的成员也无法阻止这场骚动，这时让场面恢复平静的是来自泷忍者村的枫……

二次考试终于开始了！考试的内容是在广大的魔之沙漠当中进行的“天之书”和“地之书”的卷轴争夺战。持有这两种卷轴到达魔之沙漠中央据点即为合格。限制时间是72小时。开始的信号响起之后，宁次、小李、天天三人向灼热的沙漠中跑去。在考试前夜就完成了对敌人分析的宁次，提出应尽量避免与阻止了小李踢击的西拉小组和枫小组之间的战斗。但小李却燃起了想和西拉战斗看看的斗志！

西拉是和小李一样不会使用忍术的忍者，而在砂忍者村无法使用忍术的人是不会被承认为忍者的。但西拉由于体术方面的才能而在我爱罗的评价下被认同为忍者，并被提拔为体术指导。对西拉的出人头地感到嫉妒的同伴们袭击了西拉。对于有着和自己相似境遇的西拉无法放着不管的小李，独自一人去追赶伤害了西拉并侮辱了他的努力的砂忍们，却遭到众多敌人的围攻。但小李的心中却想着“不道歉的话就决不原谅你们！”，燃烧起愤怒的火焰！！

小李向和他一样使用体术的西拉发起挑战。将体术发挥至极致的两人，刚拳与刚拳的战斗开始了！双方拼尽全力的体术之间的相互冲突，技巧与速度以及招式的数量全都不相上下——虽说如此，小李由于体格上的差距而开始遭到压制，受到的伤害不断累积。小李为了打破这种状况，而解放了八门遁甲！但，他连第一门都没能打开。这是由于西拉的攻击造成的吗？之后，西拉的攻击毫不留情地打向小李的身体！！

牙、雏田、志乃小组在沙漠中行进。在这三人面前，草忍者村的忍者现身了！牙他们拥有的是天之书。而草忍则拿着地之书。为了从对方那里夺取必要的卷轴，双方开始展开壮绝的战斗，但牙的卷轴却被夺走了。草忍们是逃跑的专家，他们利用气味封住了牙的嗅觉，并潜伏在砂中回避了志乃的虫子。牙他们依靠着雏田的白眼对夺走天之书逃跑的草忍们展开追击，但却中了对方的计策，陷进了无底流砂动弹不得……

牙他们的卷轴被草忍们夺走了。虽然他们试图追踪，但对方是擅长逃跑的专家，就连精于感知能力的牙他们也无法追上。终点的塔近在眼前，如果还无法发现对方的话，草忍们就要率先到达终点了。已经不行了吗……牙对此感到悔恨。但此时——牙突然想起了鸣人，并说“如果是鸣人的话绝对不会放弃”。三人通过这番话回想起了鸣人，他们没有放弃，而是再一次开始对草忍展开追踪！

魔之沙漠的古代遗迹在卷轴争夺的战斗中崩塌，天天和紫阳花两人掉到遗迹深处被困住了。为了逃出这里，两人决定暂时休战。两人为了寻找出口而前进，但却遭到巨大的蚂蚁群袭击！天天利用时空间忍术取出武器向蚂蚁挑战。但，使用同种忍术的紫阳花却打算将这些蚂蚁作为自己的通灵动物。看到紫阳花对通灵术的熟练使用，天天回想起了和阿凯的修行……

在强烈的阳光直晒下，井野、小樱、丁次三人在沙漠中行走。但在历经数次战斗后，他们陷入了失去水和食物的绝境。井野和小樱由于互相推卸责任而吵了起来。此时，他们突然被巨大的蝎子袭击，小樱因此受了伤。井野则利用医疗忍术为小樱疗伤。在治疗的过程中，她回想起自己以前逃避猪鹿蝶的修行，并对小樱燃起竞争心而拜纲手为师修业的时候。

在向绿洲前进的井野等人面前，砂忍雨野、志志雄、光次三人袭来了！雨野是水平超过小樱的医疗忍术好手。不仅仅是治疗，连攻击也能特化的术让小樱她们吃尽苦头。而光次则是与丁次相似的力量型，其力量几乎能和丁次平分秋色。再加上志志雄使用消去身形的术玩弄着井野等人，将他们逼入绝境。井野等人由于强敌的出现而陷入苦战。但，本来应该是逃掉了山中一族修行的井野，不知为何却发动了感知术，反过来开始玩弄敌手！

小樱等人在沙漠中向着终点行进。小樱的查克拉由于接连的战斗而见底，于是一行人稍事休息。但，就在此时，砂忍所操纵的诡异的阿菊人偶出现在小樱等人的面前，他们也被敌方的忍者发现了。还没有恢复查克拉的小樱无法战斗。井野和丁次决定凭两人之力战斗，但砂忍们毫不留情地对三人发动了袭击！！

井野和丁次为了保护动弹不得的小樱而战斗。但两人的体力和查克拉也由于连续战斗而见底了。在这种什么都做不到、只能被人保护的状况下，小樱回想起了以前总是被鸣人和佐助保护着的自己。但，经过了纲手的锻炼，小樱想着“如果是现在的自己的话，应该能够保护井野和丁次”，并开始燃起了斗志。此时，敌方的砂忍为了对小樱等人发出致命一击而准备施展最后的攻击，究竟小樱能不能站起来呢！？

企图取第五代风影·我爱罗性命的砂忍者村上忍·伏木，骗过了身为监督官监视沙漠的我爱罗的眼睛，在魔之沙漠卷起了大规模的大沙暴。由于沙暴过于巨大，考虑到应考者们的安全，考试暂时中断。此时，砂忍者村的小祭等人被流砂吞没，遭遇了生命危险。我爱罗不顾众人反对，为了救出小祭，在不知道有陷阱的情况下飞奔向沙漠！

前去营救小祭等人的我爱罗遭到神秘法师的袭击，被束缚尾兽的查克拉锁链抓住了。虽然大沙暴停止了，但砂忍者村由于得不到我爱罗的消息而陷入了混乱。伏木的目的是趁着混乱的时候将我爱罗体内的尾兽抽出。并且，利用人柱力被抽离尾兽后会死亡这一特性，在取我爱罗性命的同时将危险的尾兽封印。另一方面，同为人柱力的枫察觉到了我爱罗的危机。于是她放弃了中忍考试，前去拯救我爱罗！

在沙漠的途中，宁次等人偶然救了倒下的小祭，并由此得知我爱罗的危机。此时，我爱罗和枫即将被神秘法师·芳一所放出的特殊锁链抽出尾兽。想着“没有人会来帮助我们”打算放弃的我爱罗，以及和他相反地想着“救援一定会来的啦！”不放弃希望的枫。但，芳一的锁链无视了枫的想法，将尾兽拔出。之后，得知了我爱罗危机的宁次等人，想着如果是鸣人的话应该会重视同伴胜过考试，于是毫不犹豫地前去拯救我爱罗！

第五代风影暗杀的主谋伏木与我爱罗对峙。我爱罗对伏木说，以前曾经带给村里的人们恐怖与伤害的自己大概没有做风影的资格。但，即使是在砂忍者村也会有理解自己想法的人。那就是担负了下一个时代的年轻人们。通过中忍考试感受到这一点的我爱罗，以坚定的决心向伏木提出不要把年轻人们卷进来，只以自己的命为目标。另一方面，枫对于据说是和自己很相似的鸣人的存在感到很在意，于是准备去找他，然而……。